bp_seqfeature_loadp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

bp_seqfeature_load.pl - ഒരു SeqFeature ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് GFF ലോഡ് ചെയ്യുക

വിവരണം

ലോഡുചെയ്യാൻ ഏതെങ്കിലും എണ്ണം GFF അല്ലെങ്കിൽ ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് ഫയലുകൾ (അല്ലെങ്കിൽ എംബഡഡ് ഫാസ്റ്റയുള്ള GFF) കൈമാറുക
ഒരു SeqFeature ഡാറ്റാബേസിലേക്കുള്ള ഫീച്ചറുകളും സീക്വൻസുകളും. ഉപയോഗിക്കാനുള്ള ഡാറ്റാബേസ് (അഡാപ്റ്റർ) ആണ്
കമാൻഡ് ലൈനിൽ വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു. ഒരു പുതിയ SeqFeature ഡാറ്റാബേസ് സൃഷ്ടിക്കാൻ --create ഫ്ലാഗ് ഉപയോഗിക്കുക.

സിനോപ്സിസ്

bp_seqfeature_load.pl [ഓപ്ഷനുകൾ] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് 'bp_seqfeature_load.pl --help' അല്ലെങ്കിൽ '--man' പരീക്ഷിക്കുക.

ഓപ്ഷനുകൾ

-d, --dsn
DBI ഡാറ്റ ഉറവിടം (ഡിഫോൾട്ട് dbi:mysql:test)

-n, --namespace
ഉപയോഗിക്കാനുള്ള ടേബിൾ പ്രിഫിക്‌സ് (ഡിഫോൾട്ട് undef) നിരവധി സ്വതന്ത്ര ശ്രേണി ഫീച്ചറുകൾ അനുവദിക്കുന്നു
ഡാറ്റാബേസുകൾ ഒരൊറ്റ ഡാറ്റാബേസിൽ സൂക്ഷിക്കണം

-s, --seqfeature
സൃഷ്ടിക്കേണ്ട SeqFeature തരം... RTSC (ഡിഫോൾട്ട് ബയോ::DB::SeqFeature)

-എ, --അഡാപ്റ്റർ
ഉപയോഗിക്കാനുള്ള സ്റ്റോറേജ് അഡാപ്റ്റർ (ക്ലാസ്) (ഡിഫോൾട്ട് DBI::mysql)

-v, --വെർബോസ്
വെർബോസ് പ്രോഗ്രസ് റിപ്പോർട്ടിംഗ് ഓണാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് ട്രൂ) ഇത് ഓഫ് ചെയ്യാൻ --noverbose ഉപയോഗിക്കുക.

-f, --വേഗത
വേഗത്തിലുള്ള ലോഡിംഗ് സജീവമാക്കുക. (ഡിഫോൾട്ട് 0) ചില അഡാപ്റ്ററുകൾക്ക് മാത്രം ലഭ്യമാണ്.

-ടി, --താത്കാലിക-ഡയറക്‌ടറി
വേഗത്തിലുള്ള ലോഡിംഗിനായി താൽക്കാലിക ഡയറക്ടറി വ്യക്തമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് ഫയൽ:: സ്പെക്->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
ശരിയാണെങ്കിൽ, GFF3 ഫയലിലെ ##sequence-region നിർദ്ദേശങ്ങൾ അവഗണിക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്, ഒരു സൃഷ്ടിക്കുക
ഓരോ പ്രദേശത്തിന്റെയും സവിശേഷത)

-സി, --സൃഷ്ടിക്കുക
ഡാറ്റാബേസ് സൃഷ്‌ടിച്ച് അത് പുനരാരംഭിക്കുക (സ്ഥിര തെറ്റ്) ശ്രദ്ധിക്കുക, ഇത് മുമ്പത്തേത് മായ്‌ക്കും
ഡാറ്റാബേസ് ഉള്ളടക്കങ്ങൾ, എന്തെങ്കിലും ഉണ്ടെങ്കിൽ.

-u, --ഉപയോക്താവ്
ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് കണക്റ്റുചെയ്യാനുള്ള ഉപയോക്താവ്

-p, --പാസ്‌വേഡ്
ഡാറ്റാബേസുമായി ബന്ധിപ്പിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കേണ്ട പാസ്‌വേഡ്

-z, --zip
സ്ഥലം ലാഭിക്കാൻ ഡാറ്റാബേസ് പട്ടികകൾ കംപ്രസ് ചെയ്യുക (സ്ഥിര തെറ്റ്)

-എസ്, --ഉപവിശേഷങ്ങൾ
സബ്‌ഫീച്ചറുകളുടെ ഇൻഡക്‌സിംഗ് ഓണാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് ട്രൂ) ഇത് ഓഫ് ചെയ്യാൻ --nosubfeatures ഉപയോഗിക്കുക.

--സംഗ്രഹം
കവറേജ് ഗ്രാഫുകൾക്കായി സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് തെറ്റ്) ഇത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയും
മുമ്പ് ലോഡ് ചെയ്ത ഡാറ്റാബേസ് അല്ലെങ്കിൽ ലോഡ് സമയത്ത്. --create ആണെങ്കിൽ അത് ശരിയാകും
ഉപയോഗിച്ചു.

-N, --nosummary
കുറച്ച് സ്ഥലവും ലോഡ് സമയവും ലാഭിക്കുന്നതിന് സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ സൃഷ്ടിക്കരുത് (ഡിഫോൾട്ട് എങ്കിൽ
--create വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ല, സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ വ്യക്തമായി ഓഫാക്കുന്നതിന് ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക
എപ്പോൾ --സൃഷ്ടി എന്ന് വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു)

--noalias-ലക്ഷ്യം
ഒരു ടാർഗെറ്റ് ആട്രിബ്യൂട്ടിലെ (എങ്കിൽ) ടാർഗെറ്റ്_ഐഡി മൂല്യമുള്ള ഒരു അപരനാമ ഗുണം സൃഷ്ടിക്കരുത്
സവിശേഷതയിൽ ഒരു ടാർഗെറ്റ് ആട്രിബ്യൂട്ട് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, ഒരു അപരനാമ ആട്രിബ്യൂട്ട് സൃഷ്ടിക്കുക എന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി
ടാർഗെറ്റ് ആട്രിബ്യൂട്ടിലെ target_id ആരുടെ മൂല്യമാണ്)

കാണുക http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml GFF3 നെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾക്ക്
ഫോർമാറ്റ്. BioPerl ഒരു ##ഇൻഡക്സ്-സബ്ഫീച്ചർ നിർദ്ദേശം ചേർത്ത് ഫോർമാറ്റ് ചെറുതായി വിപുലീകരിക്കുന്നു. സജ്ജമാക്കുക
ഒരു സവിശേഷത വീണ്ടെടുക്കാൻ ഡാറ്റാബേസിന് കഴിയണമെന്ന് നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നുവെങ്കിൽ ഇത് യഥാർത്ഥ മൂല്യത്തിലേക്ക്
ഉയർന്ന തലത്തിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്രമായി വ്യക്തിഗത ഭാഗങ്ങൾ (ഒരു ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിന്റെ എക്സോണുകൾ പോലുള്ളവ).
ഫീച്ചർ:

##സൂചിക-ഉപവിശേഷങ്ങൾ 1

സബ്ഫീച്ചറുകളുടെ ഇൻഡക്‌സിംഗ് നിയന്ത്രിക്കാനും ഓരോ കേസിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ സാധ്യമാണ്
സവിശേഷതയുടെ ആട്രിബ്യൂട്ട് ലിസ്റ്റിലേക്ക് "ഇൻഡക്സ്=1" അല്ലെങ്കിൽ "ഇൻഡക്സ്=0" ചേർക്കുന്നു. ഇത് മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കാവൂ
ഉപ ഫീച്ചറുകൾക്കായി.

സബ്ഫീച്ചർ ഇൻഡക്സിംഗ് സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ശരിയാണ്. ധാരാളം ഡാറ്റാബേസ് ഇടം ലാഭിക്കുന്നതിന് തെറ്റ് (0) എന്ന് സജ്ജീകരിക്കുക
ഒപ്പം സ്പീഡ് പ്രകടനവും. ഇത് നിർബന്ധിക്കാൻ നിങ്ങൾക്ക് --nosubfeatures ഉപയോഗിക്കാം.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി bp_seqfeature_loadp ഉപയോഗിക്കുക