cmalign - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

cmalign - ഒരു covariance മോഡലിലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

cmalign
[ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

cmalign RNA സീക്വൻസുകളെ വിന്യസിക്കുന്നു ഇൻ കോവേരിയൻസ് മോഡലിലേക്ക് (CM). .
പുതിയ അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ആണ് stdout സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റിൽ, പക്ഷേ ഒരു ഫയലിലേക്ക് റീഡയറക്‌ടുചെയ്യാനാകും
കൂടെ -o ഓപ്ഷൻ.

ഒന്നുകിൽ or (എന്നാൽ രണ്ടും അല്ല) '-' (ഡാഷ്) ആയിരിക്കാം, അതായത് ഇത് വായിക്കുക
നിന്ന് ഇൻപുട്ട് stdin ഒരു ഫയൽ എന്നതിലുപരി.

സീക്വൻസ് ഫയൽ FASTA അല്ലെങ്കിൽ Genbank ഫോർമാറ്റിൽ ആയിരിക്കണം.

cmalign വിവരിച്ചതുപോലെ ഡിഫോൾട്ടായി വിന്യാസം ത്വരിതപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഒരു HMM ബാൻഡിംഗ് ടെക്നിക് ഉപയോഗിക്കുന്നു
വേണ്ടി താഴെ --hbanded ഓപ്ഷൻ. ഉപയോഗിച്ച് HMM ബാൻഡിംഗ് ഓഫ് ചെയ്യാം --ബന്ധമില്ലാത്തത് ഓപ്ഷൻ.

സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, cmalign പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന പരമാവധി കൃത്യതയോടെ വിന്യാസം കണക്കാക്കുന്നു
ഒരു എച്ച്എംഎമ്മിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ നിയന്ത്രണങ്ങളുമായി (ബാൻഡുകൾ) സ്ഥിരത പുലർത്തുന്നു, ഇതിന്റെ ബാൻഡഡ് പതിപ്പ് ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഡർബിൻ/ഹോംസ് ഒപ്റ്റിമൽ കൃത്യത അൽഗോരിതം. ഉപയോഗിച്ച് ഈ സ്വഭാവം മാറ്റാവുന്നതാണ് --സൈക്ക് or
--സാമ്പിൾ ഓപ്ഷനുകൾ.

cmalign ചില ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ ഉള്ള, വെട്ടിച്ചുരുക്കിയ സീക്വൻസുകളെ ശരിയായി വിന്യസിക്കാൻ പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധിക്കുന്നു
യഥാർത്ഥ മുഴുനീള ജൈവ ക്രമത്തിന്റെ ആരംഭം മുതൽ (5') കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ അവസാനം (3').
ഇൻപുട്ട് ശ്രേണിയിൽ ഇല്ല (ഡിഎൽ കോൾബെയും എസ്ആർ എഡിയും കാണുക, ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്, 25:1236-1243,
2009). ഈ സ്വഭാവം ഡിഫോൾട്ടായി ഓണാണ്, എന്നാൽ ഇത് ഉപയോഗിച്ച് ഓഫ് ചെയ്യാം --നടക്കുന്നില്ല. മുമ്പത്തെ അവസ്ഥയിൽ
ന്റെ പതിപ്പുകൾ cmalign The --ഉപ വെട്ടിച്ചുരുക്കിയത് ഉചിതമായി കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ ഓപ്ഷൻ ആവശ്യമാണ്
ക്രമങ്ങൾ. ദി --ഉപ ഈ പതിപ്പിൽ ഓപ്ഷൻ ഇപ്പോഴും ലഭ്യമാണ്, എന്നാൽ പുതിയ സ്ഥിരസ്ഥിതി രീതി
വെട്ടിച്ചുരുക്കിയ സീക്വൻസുകൾ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിന് ഏകദേശം ഉപ രീതിയേക്കാൾ മികച്ചതോ മികച്ചതോ ആയിരിക്കണം
എല്ലാ കേസുകളും.

ദി --മാപാലി ഓപ്‌ഷൻ നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന നിശ്ചിത പരിശീലന വിന്യാസം ഉൾപ്പെടുത്താൻ അനുവദിക്കുന്നു
ഫയലിൽ നിന്ന് മുഖ്യമന്ത്രി ഔട്ട്പുട്ട് വിന്യാസത്തിനുള്ളിൽ cmalign.

ഒരേ മുഖ്യമന്ത്രി സൃഷ്ടിച്ച രണ്ടോ അതിലധികമോ അലൈൻമെന്റുകൾ ഈസൽ ഉപയോഗിച്ച് ലയിപ്പിക്കാൻ സാധിക്കും
മിനിആപ്പ് esl-alimerge (ഇൻഫെർണലിന്റെ ഈസൽ/മിനിആപ്പുകൾ/ ഉപഡയറക്‌ടറിയിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു). മുമ്പത്തെ
ന്റെ പതിപ്പുകൾ cmalign വിന്യാസങ്ങൾ ലയിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തിയിരുന്നുവെങ്കിലും അവ ഒഴിവാക്കപ്പെട്ടു
ഇതിന്റെ വികസനം esl-alimerge, ഇത് കാര്യമായി കൂടുതൽ മെമ്മറി കാര്യക്ഷമമാണ്.

സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, cmalign stdout-ലേക്ക് അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യും. അലൈൻമെന്റ് റീഡയറക്‌ട് ചെയ്യാം
ഒരു ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിലേക്ക് കൂടെ -o ഓപ്ഷൻ. കൂടെ -ഓ, വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്ന ഓരോന്നിന്റെയും വിവരങ്ങൾ
സ്‌കോറും മോഡൽ അലൈൻമെന്റ് ബൗണ്ടറികളും ഉൾപ്പെടെയുള്ള ക്രമം stdout-ലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യും (കൂടുതൽ
ഇതിൽ താഴെ).

ഔട്ട്പുട്ട് വിന്യാസം ഡിഫോൾട്ടായി സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റിലായിരിക്കും. ഇത് Pfam-ലേക്ക് മാറ്റാം,
FASTA (AFA), A2M, Clustal അല്ലെങ്കിൽ Phylip ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിച്ച് വിന്യസിച്ചു --ഔട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഓപ്ഷൻ,
എവിടെ ആവശ്യമുള്ള ഫോർമാറ്റിന്റെ പേരാണ്. ഒരു പ്രത്യേക സാഹചര്യത്തിൽ, ഔട്ട്പുട്ട് വിന്യാസമാണെങ്കിൽ
എന്നതിനേക്കാൾ വലുതാണ് (10,000-ലധികം സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ മൊത്തം 10,000,000-ൽ കൂടുതൽ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ)
ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് Pfam ഫോർമാറ്റ് ആയിരിക്കും, ഓരോ സീക്വൻസും ഒരൊറ്റ വരിയിൽ ദൃശ്യമാകും
മെമ്മറി കാര്യക്ഷമതയുടെ കാരണങ്ങൾ. ഇതിലും വലിയ വിന്യാസങ്ങൾക്കായി, ഉപയോഗിക്കുന്നു --ഇലീവഡ് ഫോഴ്സ് ചെയ്യും
interleaved Stockholm ഫോർമാറ്റ്, എന്നാൽ ഇതിന് ധാരാളം ആവശ്യമുണ്ടെന്ന് ഉപയോക്താവ് അറിഞ്ഞിരിക്കണം
മെമ്മറി. --ഇലീവഡ് 100,000 സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ 100,000,000 വരെയുള്ള അലൈൻമെന്റുകൾക്ക് മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ
മൊത്തം ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ.

ഔട്ട്പുട്ട് അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റ് സ്റ്റോക്ക്ഹോം അല്ലെങ്കിൽ Pfam ആണെങ്കിൽ, ഔട്ട്പുട്ട് വിന്യാസം ഇതായിരിക്കും
വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്ന ഓരോന്നിന്റെയും ആത്മവിശ്വാസത്തിന്റെ തോത് കണക്കാക്കുന്ന പിൻഭാഗ സാധ്യതകൾ ഉപയോഗിച്ച് വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നു
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്. ഈ വ്യാഖ്യാനം "#=GR" എന്ന് തുടങ്ങുന്ന വരികളായി ദൃശ്യമാകുന്നു പിപി", ഒന്ന്
ക്രമം, ഓരോന്നും അനുബന്ധ വിന്യസിച്ച ക്രമത്തിന് തൊട്ടുതാഴെ " ".
PP ലൈനുകളിലെ പ്രതീകങ്ങൾക്ക് 12 സാധ്യമായ മൂല്യങ്ങളുണ്ട്: "0-9", "*", അല്ലെങ്കിൽ ".". "" ആണെങ്കിൽ, സ്ഥാനം
ക്രമത്തിലെ ഒരു വിടവിനോട് യോജിക്കുന്നു. "0" ന്റെ ഒരു മൂല്യം അതിന്റെ പിൻഭാഗത്തെ സംഭാവ്യതയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
0.0 നും 0.05 നും ഇടയിൽ, "1" 0.05 നും 0.15 നും ഇടയിൽ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, "2" 0.15 നും XNUMX നും ഇടയിൽ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
0.25 മുതൽ "9" വരെ 0.85 നും 0.95 നും ഇടയിൽ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. "*" എന്നതിന്റെ മൂല്യം a സൂചിപ്പിക്കുന്നു
0.95 നും 1.0 നും ഇടയിലുള്ള പിൻഭാഗത്തെ സംഭാവ്യത. ഉയർന്ന പിൻഭാഗ സാധ്യതകൾ യോജിക്കുന്നു
വിന്യസിച്ച ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് എവിടെയാണ് ദൃശ്യമാകുന്നത് എന്നതിന്റെ കൂടുതൽ ആത്മവിശ്വാസം
വിന്യാസം. കൂടെ --ബന്ധമില്ലാത്ത, പിൻഭാഗത്തെ സാധ്യതകളുടെ കണക്കുകൂട്ടൽ എല്ലാം പരിഗണിക്കുന്നു
മുഖ്യമന്ത്രിയിലേക്കുള്ള ലക്ഷ്യ ക്രമത്തിന്റെ സാധ്യമായ വിന്യാസങ്ങൾ. കൂടാതെ --ബന്ധമില്ലാത്തത് (അതായത് സ്ഥിരസ്ഥിതിയിൽ
മോഡ്), HMM ബാൻഡുകളിൽ സാധ്യമായ വിന്യാസങ്ങൾ മാത്രമേ കണക്കുകൂട്ടൽ പരിഗണിക്കൂ. കൂടുതൽ,
പിൻഭാഗത്തെ സാധ്യതകൾ വിന്യാസത്തിന്റെ വെട്ടിച്ചുരുക്കൽ മോഡിൽ വ്യവസ്ഥാപിതമാണ്. വേണ്ടി
ഉദാഹരണത്തിന്, സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് 5' വെട്ടിച്ചുരുക്കുകയാണെങ്കിൽ, "9" ന്റെ ഒരു PP മൂല്യം ഇവയ്ക്കിടയിലാണ് സൂചിപ്പിക്കുന്നത്
എല്ലാ 0.85' വെട്ടിച്ചുരുക്കിയ വിന്യാസത്തിലും 0.95 ഉം 5 ഉം നൽകിയിരിക്കുന്ന ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഉൾപ്പെടുന്നു
സ്ഥാനം. പിൻഭാഗത്തെ വ്യാഖ്യാനം ഉപയോഗിച്ച് ഓഫ് ചെയ്യാം --പ്രശ്നമില്ല ഓപ്ഷൻ. എങ്കിൽ --ചെറിയ
പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കി, പിൻ വ്യാഖ്യാനവും ഉപയോഗിച്ച് ഓഫാക്കിയിരിക്കണം --പ്രശ്നമില്ല.

എങ്കിൽ stdout-ലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്ന പട്ടിക ഔട്ട്പുട്ട് -o ഓപ്ഷനിൽ ഒരു വരി ഉൾപ്പെടുന്നു
ഓരോ ശ്രേണിയിലും ഓരോ വരിയിലും പന്ത്രണ്ട് ഫീൽഡുകൾ: "idx": ഇൻപുട്ടിലെ ക്രമത്തിന്റെ സൂചിക
ഫയൽ, "seq പേര്": ക്രമ നാമം; "ദൈർഘ്യം": ക്രമത്തിന്റെ ദൈർഘ്യം; "cm മുതൽ" ഒപ്പം
"cm to": വിന്യാസത്തിന്റെ മാതൃക ആരംഭ, അവസാന സ്ഥാനങ്ങൾ; "trunc": ക്രമമാണെങ്കിൽ "ഇല്ല"
വെട്ടിച്ചുരുക്കിയിട്ടില്ല, "5'" എന്ന ക്രമത്തിന്റെ ആരംഭം വെട്ടിച്ചുരുക്കിയാൽ 5', "3'" അവസാനം ആണെങ്കിൽ
ക്രമം വെട്ടിച്ചുരുക്കി, തുടക്കവും അവസാനവും വെട്ടിച്ചുരുക്കിയാൽ "5'&3'";
"bit sc": വിന്യാസത്തിന്റെ ബിറ്റ് സ്കോർ, "ശരാശരി pp" ശരാശരി പിൻഭാഗ സാധ്യത
വിന്യാസത്തിലെ എല്ലാ വിന്യസിച്ച ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളും; "ബാൻഡ് കാൽക്", "അലൈൻമെന്റ്", "മൊത്തം": സമയം
എച്ച്എംഎം ബാൻഡുകൾ കണക്കാക്കുന്നതിനും വിന്യാസം കണക്കാക്കുന്നതിനും പൂർത്തിയാക്കുന്നതിനും ആവശ്യമായ നിമിഷങ്ങൾ
യഥാക്രമം ക്രമത്തിന്റെ പ്രോസസ്സിംഗ്; "mem (Mb)": എല്ലാ ചലനാത്മകതയുടെയും Mb-ൽ വലിപ്പം
ക്രമം വിന്യസിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ പ്രോഗ്രാമിംഗ് മെട്രിക്സ്. ഈ പട്ടിക ഡാറ്റ സംരക്ഷിക്കാൻ കഴിയും
ഫയൽ ചെയ്യാൻ കൂടെ --sfile ഓപ്ഷൻ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-o സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റിൽ ഒരു ഫയലിലേക്ക് അലൈൻമെന്റ് സംരക്ഷിക്കുക . അത് എഴുതുക എന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക്.

-g ടാർഗെറ്റിലേക്ക് ക്വറി മോഡലിന്റെ ആഗോള വിന്യാസത്തിനായി മോഡൽ കോൺഫിഗർ ചെയ്യുക
ക്രമങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, പ്രാദേശിക വിന്യാസത്തിനായി മോഡൽ ക്രമീകരിച്ചിരിക്കുന്നു. പ്രാദേശിക
വിന്യാസങ്ങളിൽ "ലോക്കൽ അറ്റങ്ങൾ" എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്ന വലിയ ഉൾപ്പെടുത്തലുകളും ഇല്ലാതാക്കലുകളും അടങ്ങിയിരിക്കാം
സാധാരണ ഇൻഡലുകളേക്കാൾ വ്യത്യസ്തമായി പിഴ ചുമത്തേണ്ട ഘടന. എന്നിങ്ങനെയാണ് ഇവ വ്യാഖ്യാനിച്ചിരിക്കുന്നത്
ഔട്ട്പുട്ട് വിന്യാസത്തിന്റെ RF ലൈനിലെ "~" നിരകൾ. ദി -g ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കാം
ഈ പ്രാദേശിക അറ്റങ്ങൾ അനുവദിക്കരുത്. ദി -g എങ്കിൽ ഓപ്ഷൻ ആവശ്യമാണ് --ഉപ ഓപ്ഷൻ കൂടിയാണ്
ഉപയോഗിച്ചു.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി നിയന്ത്രിക്കുന്നു ദി അലൈൻമെന്റ് അൽഗോരിതം

--optacc
ഡർബിൻ/ഹോംസ് ഒപ്റ്റിമൽ കൃത്യത അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുക. ഇതാണ്
സ്ഥിരസ്ഥിതി. ഒപ്റ്റിമൽ കൃത്യത വിന്യാസം എച്ച്എംഎം ബാൻഡുകളാൽ നിയന്ത്രിക്കപ്പെടും
അല്ലാതെ ത്വരണം --ബന്ധമില്ലാത്തത് ഓപ്ഷൻ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കി. ഒപ്റ്റിമൽ കൃത്യത
അൽഗോരിതം വിന്യസിക്കുന്നത് നിർണ്ണയിക്കുന്നു, അത് പിൻഭാഗത്തെ സാധ്യതകൾ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു
അതിനുള്ളിൽ വിന്യസിച്ച ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ. പിൻഭാഗത്തെ പ്രോബബിലൈറ്റുകൾ ഉപയോഗിച്ച് നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു
(ഒരുപക്ഷേ HMM ബാൻഡഡ്) അകത്തും പുറത്തും അൽഗോരിതങ്ങളുടെ വകഭേദങ്ങൾ.

--സൈക്ക് സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കാൻ ഡർബിൻ/ഹോംസ് ഒപ്റ്റിമൽ കൃത്യത അലൈൻമെന്റ് ഉപയോഗിക്കരുത്,
പകരം ഒപ്റ്റിമൽ സ്കോറിംഗ് (പരമാവധി) നിർണ്ണയിക്കുന്ന CYK അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക
സാധ്യത) എച്ച്എംഎം ബാൻഡുകൾ നൽകിയിട്ടുള്ള മോഡലിന്റെ ശ്രേണിയുടെ വിന്യാസം (അല്ലാതെ
--ബന്ധമില്ലാത്തത് എന്നതും പ്രവർത്തനക്ഷമമാണ്).

--സാമ്പിൾ
വിന്യാസങ്ങളുടെ പിൻഭാഗത്തെ വിതരണത്തിൽ നിന്ന് ഒരു വിന്യാസം സാമ്പിൾ ചെയ്യുക. പിൻഭാഗം
ഒരു HMM ബാൻഡഡ് ഉപയോഗിച്ചാണ് വിതരണം നിർണ്ണയിക്കുന്നത് (അല്ലാതെ --ബന്ധമില്ലാത്തത്) ന്റെ വേരിയൻറ്
ഇൻസൈഡ് അൽഗോരിതം.

--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഉപയോഗിച്ച് സീഡ് ചെയ്യുക , ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ >= 0. ഈ ഐച്ഛികത്തിന് മാത്രമേ കഴിയൂ
എന്നിവയുമായി സംയോജിച്ച് ഉപയോഗിക്കാം --സാമ്പിൾ. If പൂജ്യമല്ല, സ്റ്റോക്കാസ്റ്റിക് സാമ്പിൾ
വിന്യാസങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്; ഒരേ കമാൻഡ് സമാന ഫലങ്ങൾ നൽകും. എങ്കിൽ
0 ആണ്, റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഏകപക്ഷീയമായി സീഡ് ചെയ്യുന്നു, ഒപ്പം സ്ഥായിയായതുമാണ്
ഒരേ കമാൻഡിന്റെ റൺ മുതൽ റൺ വരെ സാമ്പിളുകൾ വ്യത്യാസപ്പെടാം. ഡിഫോൾട്ട് സീഡ് 181 ആണ്.

--നടക്കുന്നില്ല
വെട്ടിച്ചുരുക്കിയ അലൈൻമെന്റ് അൽഗോരിതങ്ങൾ ഓഫാക്കുക. ഇൻപുട്ട് ഫയലിലെ എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ആയിരിക്കും
പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ളതായി കണക്കാക്കുന്നു, ഒഴികെ --ഉപ എന്നതും ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഈ സാഹചര്യത്തിൽ പ്രോഗ്രാമിന് കഴിയും
ഇപ്പോഴും വെട്ടിച്ചുരുക്കിയ സീക്വൻസുകൾ കൈകാര്യം ചെയ്യുമെങ്കിലും അവയ്‌ക്കായി ഒരു ബദൽ തന്ത്രം ഉപയോഗിക്കും
വിന്യാസം.

--ഉപ ഉപ മോഡൽ നിർമ്മാണവും അലൈൻമെന്റ് നടപടിക്രമവും ഓണാക്കുക. ഓരോ ക്രമത്തിനും, ഒരു
എച്ച്എംഎം ആദ്യം മോഡൽ സ്റ്റാർട്ട് ആൻഡ് എൻഡ് സമവായ നിരകൾ പ്രവചിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു, കൂടാതെ പുതിയതും
തുടക്കം മുതൽ അവസാനം വരെ സമവായ നിരകൾ മാത്രം മാതൃകയാക്കുന്ന തരത്തിലാണ് സബ് സിഎം നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്. ദി
തുടർന്ന് ഈ ഉപമുഖ്യമന്ത്രിയോട് ക്രമം വിന്യസിക്കുന്നു. ഉപ വിന്യാസം എന്നതിനേക്കാൾ പഴയ രീതിയാണ്
വെട്ടിച്ചുരുക്കിയിരിക്കാൻ സാധ്യതയുള്ള സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുന്നതിനുള്ള ഡിഫോൾട്ട് ഒന്ന്. സ്വതവേ, cmalign
വെട്ടിച്ചുരുക്കിയ സീക്വൻസുകൾ കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ പ്രത്യേക ഡിപി അൽഗോരിതങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു, അത് കൂടുതൽ ആയിരിക്കണം
മിക്ക കേസുകളിലും ഉപ രീതിയേക്കാൾ കൃത്യമാണ്. --ഉപ ഇപ്പോഴും ഒരു ഓപ്ഷനായി ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്
പ്രധാനമായും ഈ ഡിഫോൾട്ട് ട്രങ്കേറ്റഡ് സീക്വൻസ് ഹാൻഡ്‌ലിങ്ങിനെതിരെയുള്ള പരിശോധനയ്ക്കായി. ഈ "ഉപ മുഖ്യമന്ത്രി"
വെയ്ൻബർഗും റുസോയും വിവരിച്ച "സബ് മുഖ്യമന്ത്രിമാർ" പോലെയല്ല നടപടിക്രമം.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി നിയന്ത്രിക്കുന്നു വേഗത ഒപ്പം MEMORY ആവശ്യകതകൾ

--hbanded
ഈ ഓപ്ഷൻ ഡിഫോൾട്ടായി ഓണാക്കിയിരിക്കുന്നു. പ്രദേശങ്ങൾ വെട്ടിമാറ്റിക്കൊണ്ട് വിന്യാസം ത്വരിതപ്പെടുത്തുക
ഒരു എച്ച്എംഎം നിസ്സാരമെന്ന് കരുതുന്ന CM DP മാട്രിക്സിന്റെ. ആദ്യം, ഓരോ ക്രമവും
ഫോർവേഡ്, ബാക്ക്‌വേർഡ് എച്ച്എംഎം ഉപയോഗിച്ച് മുഖ്യമന്ത്രിയിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ CM പ്ലാൻ 9 HMM ഉപയോഗിച്ച് സ്കോർ ചെയ്തു
ഓരോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡും ഓരോന്നിനും വിന്യസിക്കുന്ന പിൻഭാഗ സാധ്യതകൾ കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള അൽഗോരിതങ്ങൾ
HMM-ന്റെ അവസ്ഥ. ഈ പിൻഭാഗത്തെ സംഭാവ്യതകൾ നിയന്ത്രണങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
(ബാൻഡുകൾ) CM DP മാട്രിക്സിൽ. അവസാനമായി, ലക്ഷ്യ ക്രമം മുഖ്യമന്ത്രിയുമായി വിന്യസിക്കുന്നു
ബാൻഡഡ് ഡിപി മാട്രിക്സ് ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഈ സമയത്ത് ബാൻഡുകൾക്ക് പുറത്തുള്ള സെല്ലുകൾ അവഗണിക്കപ്പെടുന്നു.
സാധാരണയായി പൂർണ്ണമായ ഡിപി മാട്രിക്സിന്റെ ഭൂരിഭാഗവും ബാൻഡുകൾക്ക് പുറത്താണ് (പലപ്പോഴും 95% ത്തിൽ കൂടുതൽ),
കുറച്ച് ഡിപി കണക്കുകൂട്ടലുകൾ ആവശ്യമായതിനാൽ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ വേഗത്തിലാക്കുന്നു
മെമ്മറി കാര്യക്ഷമമായതിനാൽ ബാൻഡുകൾക്കുള്ളിലെ സെല്ലുകൾ മാത്രമേ അനുവദിക്കൂ.

പ്രധാനമായി, എച്ച്എംഎം ബാൻഡിംഗ് ഒപ്റ്റിമൽ നിർണ്ണയിക്കുന്നതിനുള്ള ഗ്യാരന്റി ബലികഴിക്കുന്നു
കൃത്യമായ അല്ലെങ്കിൽ ഒപ്റ്റിമൽ വിന്യാസം, അത് ബാൻഡുകൾക്ക് പുറത്താണെങ്കിൽ അത് നഷ്‌ടമാകും.
ഈ സമയത്ത് നിസ്സാരമായി കണക്കാക്കുന്ന പ്രോബബിലിറ്റി പിണ്ഡത്തിന്റെ അളവാണ് ടൗ പാരാമീറ്റർ
HMM ബാൻഡ് കണക്കുകൂട്ടൽ; ടൗവിന്റെ താഴ്ന്ന മൂല്യങ്ങൾ കൂടുതൽ സ്പീഡ് അപ്പ് നൽകുന്നു
ഒപ്റ്റിമൽ വിന്യാസം നഷ്‌ടപ്പെടാനുള്ള സാധ്യത. ഡിഫോൾട്ട് ടൗ 1E-7 ആണ്, നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു
അനുഭവപരമായി സെൻസിറ്റിവിറ്റിയും വേഗതയും തമ്മിലുള്ള ഒരു നല്ല ഇടപാട് എന്ന നിലയിൽ, ഈ മൂല്യത്തിന് കഴിയുമെങ്കിലും
കൂടെ മാറ്റും --ടൗ ഓപ്ഷൻ. ത്വരിതഗതിയുടെ തോത് വർദ്ധിക്കുന്നു
കുടുംബത്തിന്റെ ദൈർഘ്യവും പ്രാഥമിക ശ്രേണി സംരക്ഷണ നിലയും. ഉദാഹരണത്തിന്,
1E-7 ന്റെ ഡിഫോൾട്ട് ടൗ ഉപയോഗിച്ച്, tRNA മോഡലുകൾ (കുറഞ്ഞ പ്രൈമറി സീക്വൻസ് കൺസർവേഷൻ
ഏകദേശം 75 ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ നീളം) ഏകദേശം 10X ത്വരണം കാണിക്കുന്നു, കൂടാതെ SSU ബാക്ടീരിയൽ rRNA
മോഡലുകൾ (ഏകദേശം 1500 ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ നീളമുള്ള ഉയർന്ന പ്രാഥമിക ശ്രേണി സംരക്ഷണം)
ഏകദേശം 700X കാണിക്കുക. ഉപയോഗിച്ച് HMM ബാൻഡിംഗ് ഓഫ് ചെയ്യാം --ബന്ധമില്ലാത്തത് ഓപ്ഷൻ.

--ടൗ
എച്ച്എംഎം ബാൻഡ് കണക്കുകൂട്ടൽ സമയത്ത് ഉപയോഗിച്ച ടെയിൽ ലോസ് പ്രോബബിലിറ്റി ആയി സജ്ജീകരിക്കുക . ഇതാണ്
HMM പിൻഭാഗത്തെ പ്രോബബിലിറ്റികൾക്കുള്ളിലെ പ്രോബബിലിറ്റി പിണ്ഡത്തിന്റെ അളവ്
നിസ്സാരമായി കണക്കാക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം 1E-7 ആണ്. പൊതുവേ, ഉയർന്ന മൂല്യങ്ങൾ ആയിരിക്കും
കൂടുതൽ ത്വരിതപ്പെടുത്തലിന് കാരണമാകുന്നു, എന്നാൽ ഒപ്റ്റിമൽ നഷ്‌ടപ്പെടാനുള്ള സാധ്യത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു
HMM ബാൻഡുകൾ മൂലമുള്ള വിന്യാസം.

--mxsize
പരമാവധി അനുവദനീയമായ മൊത്തം ഡിപി മാട്രിക്സ് വലുപ്പം സജ്ജമാക്കുക മെഗാബൈറ്റുകൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ഇത്
വലിപ്പം 1028 Mb ആണ്. ഭൂരിഭാഗം അലൈൻമെന്റുകൾക്കും ഇത് മതിയാകും,
എന്നിരുന്നാലും അത് ഇല്ലെങ്കിൽ cmalign HMM ബാൻഡുകൾ ആവർത്തിച്ച് ശക്തമാക്കാൻ ശ്രമിക്കും
tau പരാമീറ്റർ ഉയർത്തി വീണ്ടും കണക്കാക്കി വിന്യാസം നിയന്ത്രിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ആവശ്യമായ മൊത്തം മാട്രിക്സ് വലുപ്പം താഴെ വീഴുന്നതുവരെ ബാൻഡുകൾ മെഗാബൈറ്റ് അല്ലെങ്കിൽ പരമാവധി
അനുവദനീയമായ tau മൂല്യം (സ്വതവേ 0.05, എന്നാൽ ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റാവുന്നതാണ് --maxtau) എത്തിയിരിക്കുന്നു. ചെയ്തത്
ബാൻഡ് മുറുക്കലിന്റെ ഓരോ ആവർത്തനവും, tau ഒരു 2.0 കൊണ്ട് ഗുണിക്കുന്നു. ബാൻഡ് മുറുകുന്നു
ഉപയോഗിച്ച് തന്ത്രം ഓഫ് ചെയ്യാം --fixedtau ഓപ്ഷൻ. പരമാവധി tau ആണെങ്കിൽ
എത്തിച്ചേരുകയും ആവശ്യമായ മാട്രിക്സ് വലുപ്പം ഇപ്പോഴും കവിയുകയും ചെയ്യുന്നു അല്ലെങ്കിൽ HMM ബാൻഡിംഗ് ഇല്ലെങ്കിൽ
ഉപയോഗിക്കുകയും ആവശ്യമായ മാട്രിക്സ് വലുപ്പം കവിയുകയും ചെയ്യുന്നു അപ്പോള് cmalign പുറത്തുകടക്കും
അകാലത്തിൽ, മാട്രിക്സ് അതിന്റെ പരമാവധി കവിഞ്ഞതായി ഒരു പിശക് സന്ദേശം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
അനുവദനീയമായ വലിപ്പം. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, ദി --mxsize വലുപ്പ പരിധി ഉയർത്താൻ ഉപയോഗിക്കാം അല്ലെങ്കിൽ
പരമാവധി ടൗ ഉപയോഗിച്ച് ഉയർത്താം --മാക്സ്റ്റൗ. പരിധി സാധാരണയായി കവിയും
എപ്പോഴാണ് ആ --ബന്ധമില്ലാത്തത് ഓപ്ഷൻ ഇല്ലാതെ ഉപയോഗിക്കുന്നു --ചെറിയ ഓപ്ഷൻ, പക്ഷേ ഇപ്പോഴും സംഭവിക്കാം
എപ്പോൾ --ബന്ധമില്ലാത്തത് ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല. എങ്കിൽ ശ്രദ്ധിക്കുക cmalign പ്രവർത്തിപ്പിക്കപ്പെടുന്നു ഒന്നിലധികം
ഒരു മൾട്ടികോർ മെഷീനിലെ ത്രെഡുകൾ പിന്നീട് ഓരോ ത്രെഡിലും ഒരു അലോക്കേറ്റഡ് മാട്രിക്സ് ഉണ്ടായിരിക്കാം
വലിപ്പത്തിലേക്ക് ഏത് സമയത്തും എം.ബി.

--fixedtau
എന്നതിന്റെ വിശദീകരണത്തിൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന HMM ബാൻഡ് കർശനമാക്കൽ തന്ത്രം ഓഫാക്കുക
--mxsize മുകളിലുള്ള ഓപ്ഷൻ.

--maxtau
ൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന ബാൻഡ് ഇറുകിയ സമയത്ത് tau-യ്ക്ക് അനുവദനീയമായ പരമാവധി മൂല്യം സജ്ജമാക്കുക
എന്ന വിശദീകരണം --mxsize മുകളിൽ, വരെ . സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ഈ മൂല്യം 0.05 ആണ്.

--ബന്ധമില്ലാത്തത്
HMM ബാൻഡിംഗ് ഓഫാക്കുന്നു. തിരിച്ചുവന്ന വിന്യാസം ആഗോളതലത്തിൽ തന്നെയായിരിക്കുമെന്ന് ഉറപ്പുനൽകുന്നു
ഒപ്റ്റിമൽ കൃത്യതയുള്ള ഒന്ന് (സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി) അല്ലെങ്കിൽ ആഗോളതലത്തിൽ ഒപ്റ്റിമൽ സ്കോർ ചെയ്യുന്ന ഒന്ന് (എങ്കിൽ --സൈക്ക്
പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിരിക്കുന്നു). ദി --ചെറിയ ഈ ഓപ്ഷനുമായി സംയോജിച്ച് ഓപ്ഷൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു,
കാരണം HMM ബാൻഡിംഗ് ഇല്ലാത്ത സ്റ്റാൻഡേർഡ് അലൈൻമെന്റിന് ധാരാളം മെമ്മറി ആവശ്യമാണ് (കാണുക
--ചെറിയ ).

--ചെറിയ
SR Eddy, BMC-യിൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന വിഭജിച്ച് കീഴടക്കുന്ന CYK അലൈൻമെന്റ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക
ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 3:18, 2002 --ബന്ധമില്ലാത്തത് എന്ന ഓപ്ഷൻ സംയോജിപ്പിച്ച് ഉപയോഗിക്കണം
ഈ ഓപ്ഷനുകൾ. കൂടാതെ, എപ്പോൾ വേണമെങ്കിലും ഇത് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു --ബന്ധമില്ലാത്തത് എന്നാണ് ഉപയോഗിക്കുന്നത് --ചെറിയ is
HMM ബാൻഡിംഗ് ഇല്ലാത്ത സ്റ്റാൻഡേർഡ് CM അലൈൻമെന്റിന് വളരെയധികം ആവശ്യമുള്ളതിനാൽ ഉപയോഗിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
മെമ്മറി, പ്രത്യേകിച്ച് വലിയ ആർഎൻഎകൾക്ക്. --ചെറിയ പ്രായോഗികമായി മുഖ്യമന്ത്രി വിന്യാസം അനുവദിക്കുന്നു
മെമ്മറി പരിധികൾ, വിന്യാസത്തിന് ആവശ്യമായ മെമ്മറി കുറയ്ക്കുന്നു LSU rRNA, ഏറ്റവും വലുത്
അറിയപ്പെടുന്ന RNA-കൾ, 150 Gb മുതൽ 300 Mb വരെ. ഈ ഓപ്ഷൻ മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കാനാകൂ
സംയോജനമാണ് --ബന്ധമില്ലാത്ത, --നടക്കുന്നില്ല, ഒപ്പം --സൈക്ക്.

കണ്ണന്റെ ഔട്ട്പ് ഫയലുകൾ

--sfile
ഓരോ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് സ്‌കോറും ടിമിഗ് വിവരങ്ങളും ഫയൽ ചെയ്യാൻ ഡംപ് ചെയ്യുക . എന്ന ഫോർമാറ്റ്
ഈ ഫയൽ മുകളിൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു (ഇത് ടാബ്ലറിന്റെ അതേ ഫോർമാറ്റിലുള്ള അതേ ഡാറ്റയാണ്
എപ്പോൾ stdout ഔട്ട്പുട്ട് -o ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു).

--tfile
ഓരോ വ്യക്തിഗത ക്രമത്തിനും ഒരു ഫയലിലേക്ക് ടേബിൾ സീക്വൻസ് ട്രെയ്സ്ബാക്കുകൾ ഡംപ് ചെയ്യുക .
ഡീബഗ്ഗിംഗിന് പ്രാഥമികമായി ഉപയോഗപ്രദമാണ്.

--ifile
ഫയലിലേക്ക് ഓരോ സീക്വൻസ് ഇൻസേർട്ട് വിവരങ്ങൾ ഡംപ് ചെയ്യുക . ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ് ആണ്
ഫയലിന്റെ മുകളിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുള്ള "#" പ്രിഫിക്‌സ് ചെയ്‌ത കമന്റ് ലൈനുകൾ വിവരിക്കുന്നു . ദി
ഇൻസേർട്ട് ഇൻഫർമേഷൻ സാധുവാണ് --പൊരുത്തം മാത്രം ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

--elfile
ഓരോ സീക്വൻസിലും ഡംപ് ചെയ്യുക EL അവസ്ഥ (ലോക്കൽ എൻഡ്) ഫയലിലേക്ക് വിവരങ്ങൾ ചേർക്കുക . ഫോർമാറ്റ്
ഫയലിന്റെ മുകളിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുള്ള "#"-പ്രിഫിക്സഡ് കമന്റ് ലൈനുകളാൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു
ഫയല് . EL ഇൻസേർട്ട് വിവരങ്ങൾക്ക് സാധുതയുണ്ട് --പൊരുത്തം മാത്രം ഓപ്ഷൻ ആണ്
ഉപയോഗിച്ചു.

മറ്റുള്ളവ ഓപ്ഷനുകൾ

--മാപാലി
ഫയലിൽ നിന്ന് വിന്യാസം വായിക്കുന്നു മോഡൽ നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിച്ചത് അതിനെ സിംഗിൾ ആയി വിന്യസിക്കുന്നു
മുഖ്യമന്ത്രിയോട് ആക്ഷേപം; ഉദാ ഇൻ അലൈൻമെന്റ് നിശ്ചയിച്ചിരിക്കുന്നു. ഇത് നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു
ഒരു മോഡലിലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുക cmalign നിലവിലുള്ള ഒരു പശ്ചാത്തലത്തിൽ അവയെ കാണുക
വിശ്വസനീയമായ ഒന്നിലധികം വിന്യാസം. മുഖ്യമന്ത്രി നിർമ്മിച്ച അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ ആയിരിക്കണം
നിന്ന്. ഫയലിന്റെ ചെക്ക്സം ഫയലിന്റെ ചെക്ക്സം പൊരുത്തപ്പെടുന്നുണ്ടോയെന്ന് പ്രോഗ്രാം പരിശോധിക്കുന്നു
മുഖ്യമന്ത്രി നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിച്ചു. ഇതിന് സമാനമായ ഒരു ഓപ്ഷൻ വിളിച്ചു --വിത്താലി in
മുൻ പതിപ്പുകൾ cmalign.

--mapstr
എന്നിവയുമായി സംയോജിപ്പിച്ച് ഉപയോഗിക്കണം --മാപാലി . ഘടനാപരമായ വിവരങ്ങൾ പ്രചരിപ്പിക്കുക
നിലവിലുള്ള ഏതെങ്കിലും കപട നോട്ടുകൾക്കായി ഔട്ട്പുട്ട് വിന്യാസത്തിലേക്ക്. സമാനമായ ഒരു ഓപ്ഷൻ
ഇവനെ വിളിച്ചു --withstr മുൻ പതിപ്പുകളിൽ cmalign.

--വിവരങ്ങൾ
ഇൻപുട്ട് എന്ന് ഉറപ്പിക്കുക ഫോർമാറ്റിലാണ് . Babelfish ഫോർമാറ്റ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കരുത്
സ്വയം കണ്ടെത്തൽ. ഇത് പ്രോഗ്രാമിന്റെ വിശ്വാസ്യതയെ ഒരു പരിധിവരെ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു, കാരണം
ബാബെൽഫിഷിന് തെറ്റുകൾ വരുത്താം; പ്രത്യേകിച്ച് ശ്രദ്ധിക്കപ്പെടാത്ത, ഉയർന്ന-
Infernal-ന്റെ ത്രൂപുട്ട് റൺസ്. സ്വീകാര്യമായ ഫോർമാറ്റുകൾ ഇവയാണ്: FASTA, GENBANK, DDBJ.
കേസ്-ഇൻസെൻസിറ്റീവ് ആണ്.

--ഔട്ട് ഫോർമാറ്റ്
ഔട്ട്പുട്ട് അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റ് ഇതായി വ്യക്തമാക്കുക . സ്വീകാര്യമായ ഫോർമാറ്റുകൾ ഇവയാണ്: Pfam, AFA,
A2M, ക്ലസ്റ്റൽ, ഫിലിപ്. AFA വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്നു. Pfam, Stockholm വിന്യാസം മാത്രം
ഫോർമാറ്റുകളിൽ സമവായ ഘടന വ്യാഖ്യാനവും പോസ്‌റ്റീരിയർ പ്രോബബിലിറ്റിയും ഉൾപ്പെടും
വിന്യസിച്ച അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ വ്യാഖ്യാനം.

--dnaout
അലൈൻമെന്റുകൾ RNA സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റുകളായി ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

--പ്രശ്നമില്ല
ഔട്ട്‌പുട്ട് വിന്യാസം പിൻഭാഗത്തെ പ്രോബബിലിറ്റികൾ ഉപയോഗിച്ച് വ്യാഖ്യാനിക്കരുത്.

--പൊരുത്തം മാത്രം
ഔട്ട്‌പുട്ട് അലൈൻമെന്റിൽ പൊരുത്ത നിരകൾ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക, ഉൾപ്പെടുത്തലുകളൊന്നും ഉൾപ്പെടുത്തരുത്
സമവായ മാതൃകയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട്. വളരെ വലുത് സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗപ്രദമാകും
ധാരാളം മെമ്മറിയും ഡിസ്ക് സ്ഥലവും ആവശ്യമുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ, അവയിൽ മിക്കതും ആവശ്യമാണ്
മിക്ക സീക്വൻസുകളിലും വിടവുള്ള നിരകൾ തിരുകാൻ മാത്രം.

--ഇലീവഡ്
ഒരു നിശ്ചിത വീതിയിൽ ഇന്റർലീവ്ഡ് സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റിൽ അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക
പരീക്ഷയ്ക്ക് കൂടുതൽ സൗകര്യപ്രദമാണ്. ഇതായിരുന്നു ഡിഫോൾട്ട് ഔട്ട്പുട്ട് അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റ്
മുൻ പതിപ്പുകൾ cmalign. അതല്ല cmalign ഈ സമയത്ത് കൂടുതൽ മെമ്മറി ആവശ്യമാണ്
ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഈ കാരണത്താൽ, --ഇലീവഡ് വരെയുള്ള അലൈൻമെന്റുകൾക്കായി മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ
100,000 സീക്വൻസുകൾ അല്ലെങ്കിൽ മൊത്തം 100,000,000 വിന്യസിച്ച ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ.

--പിന്നോക്കം
ഫയൽ ചെയ്യാൻ രചയിതാവിന്റെ വിവരങ്ങളില്ലാതെ ഔട്ട്‌പുട്ട് അലൈൻമെന്റിന്റെ ഒരു അധിക പകർപ്പ് സംരക്ഷിക്കുക
.

--വാക്കുകൾ
പട്ടിക സ്‌കോറുകളുടെ ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ അധിക വിവരങ്ങൾ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുക (stdout-ലേക്ക് ഔട്ട്‌പുട്ട് if -o
ഉപയോഗിക്കുന്നു, അല്ലെങ്കിൽ if --sfile ഉപയോഗിക്കുന്നു). ഇവ പ്രധാനമായും പരിശോധനയ്ക്കും ഉപയോഗപ്രദവുമാണ്
ഡീബഗ്ഗിംഗ്.

--സിപിയു
അത് വ്യക്തമാക്കുക സമാന്തര സിപിയു തൊഴിലാളികളെ ഉപയോഗിക്കുന്നു. എങ്കിൽ "0" ആയി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, തുടർന്ന്
ത്രെഡുകൾ ഉപയോഗിക്കാതെ സീരിയൽ മോഡിൽ പ്രോഗ്രാം പ്രവർത്തിക്കും. നിങ്ങൾക്ക് നിയന്ത്രിക്കാനും കഴിയും
ഒരു എൻവയോൺമെന്റ് വേരിയബിൾ സജ്ജീകരിക്കുന്നതിലൂടെ ഈ നമ്പർ, INFERNAL_NCPU. ഈ ഓപ്ഷൻ ചെയ്യും
ഇൻഫെർണൽ നിർമ്മിച്ച യന്ത്രം ഉപയോഗിക്കാൻ പ്രാപ്തമാണെങ്കിൽ മാത്രമേ ലഭ്യമാകൂ
POSIX ത്രെഡിംഗ് (കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് ഉപയോക്തൃ ഗൈഡിന്റെ ഇൻസ്റ്റലേഷൻ വിഭാഗം കാണുക
വിവരങ്ങൾ).

--mpi ഒരു MPI സമാന്തര പ്രോഗ്രാമായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക. Infernal ഉണ്ടെങ്കിൽ മാത്രമേ ഈ ഓപ്ഷൻ ലഭ്യമാകൂ
"--enable-mpi" ഫ്ലാഗ് ഉപയോഗിച്ച് കോൺഫിഗർ ചെയ്യുകയും നിർമ്മിക്കുകയും ചെയ്തു (ഇൻസ്റ്റലേഷൻ കാണുക
കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് ഉപയോക്തൃ ഗൈഡിന്റെ വിഭാഗം).

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് cmalign ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക