GoGPT Best VPN GoSearch

OnWorks ഫെവിക്കോൺ

cmstat - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

ഉബുണ്ടു ഓൺലൈൻ, ഫെഡോറ ഓൺലൈൻ, വിൻഡോസ് ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിവയിലൂടെ OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ cmstat പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന കമാൻഡ് cmstat ആണിത്.

പട്ടിക:

NAME


cmstat - ഒരു കോവേരിയൻസ് മോഡൽ ഫയലിനായുള്ള സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ

സിനോപ്സിസ്


cmstat [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം


ദി cmstat യൂട്ടിലിറ്റി ഓരോ കോവേറിയൻസിനും സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളുടെ ഒരു ടാബ്ലർ ഫയൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു
മോഡൽ ഇൻ .

'-' (ഒരു ഡാഷ് പ്രതീകം) ആയിരിക്കാം, ഈ സാഹചര്യത്തിൽ CM-കൾ വായിക്കുന്നത് a പൈപ്പ്
പകരം ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന്.

സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, cmstat മോഡലിന്റെ പൊതുവായ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളും അത് നിർമ്മിച്ച വിന്യാസവും പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു
മുതൽ, ഒരു ടേബിൾ ഫോർമാറ്റിൽ ഒരു മോഡലിന് ഒരു വരി. നിരകൾ ഇവയാണ്:

idx ഈ പ്രൊഫൈലിന്റെ സൂചിക, 1 മുതൽ ആരംഭിക്കുന്ന ഫയലിൽ ഓരോന്നിനും അക്കമിട്ട്.

പേര് പ്രൊഫൈലിന്റെ പേര്.

പ്രവേശനം
പ്രൊഫൈലിന്റെ ഓപ്‌ഷണൽ പ്രവേശനം, അല്ലെങ്കിൽ ഒന്നുമില്ലെങ്കിൽ "-".

nseq പ്രൊഫൈൽ കണക്കാക്കിയ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം.

eff_nseq
അതിനുശേഷം പ്രൊഫൈൽ കണക്കാക്കിയ സീക്വൻസുകളുടെ ഫലപ്രദമായ എണ്ണം
ഡിഫോൾട്ട് പോലെയുള്ള ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ കണക്കുകൂട്ടൽ Infernal പ്രയോഗിച്ചു
എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിംഗ്.

clen സമവായ അവശിഷ്ടങ്ങളിൽ മോഡലിന്റെ ദൈർഘ്യം (മാച്ച് സ്റ്റേറ്റുകൾ).

W മോഡലിന് ഒരു ഹിറ്റ് പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന പരമാവധി ദൈർഘ്യം.

ടിസിഎസ് മോഡലിലെ ബേസ്‌പെയറുകളുടെ എണ്ണം.

ബിഫ്സ് മോഡലിലെ വിഭജനങ്ങളുടെ എണ്ണം.

മാതൃക ഏത് തരത്തിലുള്ള മോഡലാണ് ഡിഫോൾട്ടായി ഉപയോഗിക്കുന്നത് സെമീ സെർച്ച് ഒപ്പം cmscan ഈ പ്രൊഫൈലിനായി,
ഒന്നുകിൽ "cm" അല്ലെങ്കിൽ "hmm". 0 ബേസ്‌പെയറുകൾ ഉള്ള പ്രൊഫൈലുകൾക്ക്, ഇത് "hmm" ആയിരിക്കും (അല്ലാതെ
--നാമം ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു). മറ്റെല്ലാ പ്രൊഫൈലുകൾക്കും, ഇത് "cm" ആയിരിക്കും.

rel എൻട്രോപ്പി, സെമി:
ബിറ്റുകളിൽ, മാച്ച് സ്റ്റേറ്റിലെ ശരാശരി ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി. ഇത് പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന (ശരാശരി) സ്കോർ ആണ്
സമവായ നിലപാട്. ഇതാണ് ഡിഫോൾട്ട് എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിംഗ് രീതി
ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ എസ്റ്റിമേഷൻ ഫോക്കസ് ചെയ്യുന്നു, അതിനാൽ ഡിഫോൾട്ട് ഇൻഫെർണലിനായി ഇത്
മൂല്യം പലപ്പോഴും എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിങ്ങിനുള്ള ഡിഫോൾട്ട് ലക്ഷ്യത്തെ പ്രതിഫലിപ്പിക്കും. "മാതൃക" ആണെങ്കിൽ
ഈ പ്രൊഫൈലിന്റെ ഫീൽഡ് "hmm" ആണ്, ഈ ഫീൽഡ് "-" ആയിരിക്കും.

rel എൻട്രോപ്പി, ഹും:
മുഖ്യമന്ത്രിയെ ഒരു ആയി രൂപാന്തരപ്പെടുത്തിയാൽ, ഓരോ മാച്ച് അവസ്ഥയിലും ശരാശരി ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി, ബിറ്റുകളിൽ
HMM (ഘടനയിൽ നിന്നുള്ള വിവരങ്ങൾ അവഗണിക്കപ്പെട്ടു). തമ്മിലുള്ള വലിയ വ്യത്യാസം
CM, HMM ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി, മോഡൽ ഘടനയെ കൂടുതൽ ആശ്രയിക്കും
ഹോമോലോഗുകൾ തിരിച്ചറിയുമ്പോൾ ആപേക്ഷിക ക്രമ സംരക്ഷണം.

മോഡൽ(കൾ) ആണെങ്കിൽ ഉപയോഗിച്ച് കാലിബ്രേറ്റ് ചെയ്തിട്ടുണ്ട് cmcalibrate The -ഇ, -ടി, ഒപ്പം -Z
ഒരു ഇതര ഔട്ട്‌പുട്ട് മോഡ് അഭ്യർത്ഥിക്കാനും ഇ-മൂല്യങ്ങൾ റിപ്പോർട്ടുചെയ്യാനും ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കാനും കഴിയും
ഒരു നിർദ്ദിഷ്ട ഡാറ്റാബേസ് വലുപ്പത്തിനായുള്ള അനുബന്ധ ബിറ്റ് സ്കോറുകൾ മെഗാബേസുകൾ (Mb). എങ്കിൽ
മോഡൽ(കൾ) കാലിബ്രേറ്റ് ചെയ്‌തു കൂടാതെ Rfam GA, TC, കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ NC ബിറ്റ് സ്‌കോർ ത്രെഷോൾഡുകൾ ഉൾപ്പെടുന്നു
--കട്ട്_ഗാ, --cut_tc, ഒപ്പം / അല്ലെങ്കിൽ --cut_nc ഇ-മൂല്യങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിന് ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കാം
ബിറ്റ് സ്കോർ ത്രെഷോൾഡുകളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു. പ്രത്യേക ബിറ്റ് സ്കോറുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ഇ-മൂല്യങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കും
സാധ്യമായ നാല് CM തിരയൽ അൽഗോരിതം, മോഡൽ കോൺഫിഗറേഷൻ ജോഡികളിൽ ഓരോന്നിനും: ലോക്കൽ
അകത്ത്, ലോക്കൽ CYK, glocal Inside, glocal CYK.

സീറോ ബേസ്‌പെയർ ഉള്ള പ്രൊഫൈലുകൾക്ക് ("മോഡൽ" ഫീൽഡിൽ "hmm" ഉള്ളവ), ഏതെങ്കിലും ഇ-മൂല്യം കൂടാതെ
ബിറ്റ് സ്കോർ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ CM-ന് പകരം പ്രൊഫൈൽ HMM ഫിൽട്ടറുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതാണ്. ഇതാണ്
എങ്കിൽ എല്ലാ പ്രൊഫൈലുകൾക്കും ശരിയാണ് --ഹമ്മൺലി ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ


-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-E
ഒരു ഇ-മൂല്യവുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ബിറ്റ് സ്കോറുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക ഒരു ഡാറ്റാബേസിൽ
മെഗാബേസുകൾ (Mb), എവിടെ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 10 ആണ്, എന്നാൽ ഇത് ഉപയോഗിച്ച് സെറ്റബിൾ ചെയ്യാം -Z ഓപ്ഷൻ.

-T
ബിറ്റ് സ്കോറുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഇ-മൂല്യങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക ഒരു ഡാറ്റാബേസിൽ
മെഗാബേസുകൾ (Mb), എവിടെ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 10 ആണ്, എന്നാൽ ഇത് ഉപയോഗിച്ച് സെറ്റബിൾ ചെയ്യാം -Z ഓപ്ഷൻ.

-Z കൂടെ -ഇ, -ടി, --കട്ട്_ഗാ, --cut_nc, ഒപ്പം --കട്ട്_ടിസി ഓപ്ഷനുകൾ, ഇ-മൂല്യങ്ങൾ ഇതുപോലെ കണക്കാക്കുക
ടാർഗെറ്റ് ഡാറ്റാബേസ് വലുപ്പം മെഗാബേസുകൾ (Mb). സ്വതവേ, ആണ്.

--കട്ട്_ഗാ
എയിലെ GA (Rfam gathering threshold) ബിറ്റ് സ്‌കോറുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഇ-മൂല്യങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ഡാറ്റാബേസ് മെഗാബേസുകൾ (Mb), എവിടെ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 10 ആണ്, എന്നാൽ ഇത് ഉപയോഗിച്ച് സെറ്റബിൾ ചെയ്യാം -Z
ഓപ്ഷൻ.

--കട്ട്_ടിസി
എയിലെ TC (Rfam വിശ്വസനീയമായ കട്ട്ഓഫ്) ബിറ്റ് സ്‌കോറുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഇ-മൂല്യങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ഡാറ്റാബേസ് മെഗാബേസുകൾ (Mb), എവിടെ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 10 ആണ്, എന്നാൽ ഇത് ഉപയോഗിച്ച് സെറ്റബിൾ ചെയ്യാം -Z
ഓപ്ഷൻ.

--cut_nc
എയിലെ NC (Rfam നോയിസ് കട്ട്ഓഫ്) ബിറ്റ് സ്‌കോറുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഇ-മൂല്യങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ഡാറ്റാബേസ് മെഗാബേസുകൾ (Mb), എവിടെ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 10 ആണ്, എന്നാൽ ഇത് ഉപയോഗിച്ച് സെറ്റബിൾ ചെയ്യാം -Z
ഓപ്ഷൻ.

--താക്കോൽ
മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ പേരോ പ്രവേശനമോ ഉള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ മാത്രം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക , മറ്റെല്ലാ മോഡലുകളും ഒഴിവാക്കുക
.

--ഹമ്മൺലി
CM-കൾക്ക് പകരം എല്ലാ പ്രൊഫൈലുകൾക്കുമായി പ്രൊഫൈൽ HMM ഫിൽട്ടറുകളിൽ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ അച്ചടിക്കുക.
നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കാൻ ഉദ്ദേശിക്കുന്നുവെങ്കിൽ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാകും --ഹമ്മൺലി ഓപ്ഷൻ സെമീ സെർച്ച് or cmscan.

--നാമം
പൂജ്യമുള്ളവയ്ക്ക് പോലും, ഓരോ പ്രൊഫൈലിനും മുഖ്യമന്ത്രിയെക്കുറിച്ചുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ എപ്പോഴും പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
അടിസ്ഥാന ജോഡികൾ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി cmstat ഉപയോഗിക്കുക


സൗജന്യ സെർവറുകളും വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളും

Windows & Linux ആപ്പുകൾ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുക

ലിനക്സ് കമാൻഡുകൾ

Ad




×
വിജ്ഞാപനം
❤️ഇവിടെ ഷോപ്പുചെയ്യുക, ബുക്ക് ചെയ്യുക അല്ലെങ്കിൽ വാങ്ങുക — ചെലവില്ലാതെ, സേവനങ്ങൾ സൗജന്യമായി നിലനിർത്താൻ സഹായിക്കുന്നു.