cmtk - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

cmtk - കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ മോർഫോമെട്രി ടൂൾകിറ്റ്

സിനോപ്സിസ്

cmtk [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

CMTK നൽകുന്ന എല്ലാ കമാൻഡ് ലൈൻ ടൂളുകളിലേക്കും ഈ സഹായ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഒരു ഏകീകൃത ആക്സസ് നൽകുന്നു.
പ്രവർത്തിപ്പിക്കാനുള്ള CMTK-യുടെ കമാൻഡും അതിൻ്റെ ഓപ്ഷനുകളും ദയവായി വ്യക്തമാക്കുക. കാണുക cmtk- (1) മാൻപേജ് അല്ലെങ്കിൽ
ട്ട്പുട്ട് cmtk --സഹായിക്കൂ വേണ്ടി നിർദ്ദിഷ്ട ഓപ്ഷനുകൾ

കമാൻഡുകൾ

അസെഗ്മെന്റ്
ഒരു ടാർഗെറ്റ് ഇമേജ് ഒരു അറ്റ്ലസിലേക്ക് രജിസ്റ്റർ ചെയ്യുക, അഫൈൻ ഉപയോഗിച്ച് നോൺറിജിഡ് ബി-സ്പ്ലൈൻ ഉപയോഗിക്കുക
രജിസ്ട്രേഷൻ, തുടർന്ന് ടാർഗെറ്റ് ഇമേജിലേക്ക് അറ്റ്ലസ് ലേബൽ മാപ്പ് റീഫോർമാറ്റ് ചെയ്യുക.

asegment_sri24
SRI24 ഹ്യൂമൻ ബ്രെയിൻ അറ്റ്‌ലസിന്റെ തിരഞ്ഞെടുത്ത ഒരു ചാനലിലേക്ക് ഒരു ടാർഗെറ്റ് ഇമേജ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്യുക
ടാർഗെറ്റ് ഇമേജിലേക്ക് അറ്റ്ലസ് ലേബൽ മാപ്പുകളിൽ ഒന്ന് റീഫോർമാറ്റ് ചെയ്യുക. കുറിപ്പ്: എന്ന് അനുമാനിക്കാം
ടാർഗെറ്റ് ഇമേജ് തലയോട്ടി ഉരിഞ്ഞതാണ്, അതായത് തലച്ചോറ് മാത്രമേ അടങ്ങിയിട്ടുള്ളൂ.

ശരാശരി_അഫിൻ
ഈ ഉപകരണം ഉപയോക്താവ് നൽകുന്ന അഫൈൻ കോർഡിനേറ്റിന്റെ ഒരു ശ്രേണിയുടെ ശരാശരി കണക്കാക്കുന്നു
രൂപാന്തരങ്ങൾ.

ശരാശരി_ചിത്രങ്ങൾ
ഈ ഉപകരണം pixelwiase ശരാശരി, വേരിയൻസ്, സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ, z- സ്കോർ, അല്ലെങ്കിൽ
ഉപയോക്താവ് നൽകുന്ന തീവ്രത ചിത്രങ്ങളുടെ പട്ടികയിൽ നിന്നുള്ള എൻട്രോപ്പി ചിത്രങ്ങൾ.

ശരാശരി_ലേബലുകൾ
ഭാഗിക വോള്യങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ശരാശരി സഹ-രജിസ്റ്റർ ചെയ്ത ലേബൽ ചിത്രങ്ങൾ

ശരാശരി_adm
ഒരു ആക്റ്റീവ് ഉപയോഗിച്ച് ശരാശരി ആകൃതിയിലുള്ള ശരാശരി തീവ്രത ചിത്രങ്ങളും രൂപഭേദം വരുത്തുന്ന മാപ്പുകളും കണക്കാക്കുക
രൂപഭേദം മാതൃക.

concat_affine
ഒന്നിലധികം അഫൈൻ കോർഡിനേറ്റിന്റെ വ്യക്തമായ സംയോജനം ഈ ഉപകരണം കണക്കാക്കുന്നു
പരിവർത്തനങ്ങൾ, ഓരോന്നും ഓപ്ഷണലായി വിപരീതമാക്കാം.

convert_warp
ഈ ഉപകരണം നോൺ റിജിഡ് ബി-സ്പ്ലൈൻ ഫ്രീ ഫോർമാറ്റ് ഡിഫോർമേഷൻ കോർഡിനേറ്റ് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു
വ്യത്യസ്‌ത പ്രാതിനിധ്യങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള പരിവർത്തനങ്ങൾ (ഉദാ, കേവല vs. ആപേക്ഷികം
വെക്റ്ററുകൾ). ഫ്രാക്ഷണൽ പരിവർത്തനങ്ങളും സൃഷ്ടിക്കുന്നു.

പരിവർത്തനം
ഈ ടൂൾ ഇമേജ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളും പിക്സൽ ഡാറ്റ തരങ്ങളും തമ്മിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു. അതിനും അപേക്ഷിക്കാം
പ്രക്രിയയിൽ ലളിതവും പൊതുവായതുമായ ഇമേജ് പ്രവർത്തനങ്ങൾ. ഒരു അനിയന്ത്രിതമായ സംഖ്യ
കമാൻഡ് ലൈനിൽ പ്രവർത്തനങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും, അത് കൃത്യമായി പ്രയോഗിക്കും
ഓർഡർ നൽകി.

dbtool
ഈ ടൂൾ ചിത്രങ്ങളുടെയും പരിവർത്തനങ്ങളുടെയും ഡാറ്റാബേസ് പരിഷ്കരിക്കുകയും അന്വേഷിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
അവരെ.

dcm2 ഇമേജ്
DICOM സ്ലൈസുകളുടെ സെറ്റുകൾ 3D ഇമേജ് സ്റ്റാക്കുകളിലേക്ക് സംയോജിപ്പിക്കുക

വിവരിക്കുക
ഈ ടൂൾ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളുടെ വിശദമായ വിവരണം ഒന്നുകിൽ ഇമേജ്(കൾ) അല്ലെങ്കിൽ
രൂപാന്തരം(കൾ).

നശിപ്പിക്കുക
ഈ പ്രോഗ്രാം നേടിയെടുത്ത ഇമേജ് സ്റ്റാക്കുകളിലെ സ്ട്രൈപ്പ് ആർട്ടിഫാക്‌റ്റുകൾ ശരിയാക്കുന്നു
ഇടയിൽ-സ്ലൈസ് തീവ്രത സ്കെയിൽ വ്യത്യാസങ്ങൾ.

ഡിറ്റക്റ്റ്_അദ്നി_ഫാന്റം
ഈ ടൂൾ എല്ലാ ഗോളാകൃതിയിലുള്ള ലാൻഡ്‌മാർക്കുകളുടെയും ലൊക്കേഷനുകൾ ഒരു 3D ഇമേജിൽ കണ്ടെത്തുന്നു
മാഗ്ഫാൻ EMR051 ഘടനാപരമായ ഇമേജിംഗ് ഫാൻ്റം (അഡ്നി ഫാൻ്റം എന്നും അറിയപ്പെടുന്നു).

ഡിറ്റക്റ്റ്_സ്ഫിയേഴ്സ്_മാച്ച്ഡ്_ഫിൽറ്റർ
ഈ ഉപകരണം ഗോളാകൃതിയിലുള്ള വസ്തുക്കളെ ത്രിമാന ചിത്രങ്ങളിൽ കണ്ടെത്തുന്നു.

ഡോഫ്2മാറ്റ്
ഫ്രീഡം പ്രാതിനിധ്യത്തിൽ നിന്ന് മാട്രിക്സ് രൂപത്തിലേക്ക് അഫൈൻ പരിവർത്തനം പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

dwi_mask_bad_slices
ഈ ടൂൾ 3D ഡിഫ്യൂഷൻ വെയ്റ്റഡ് എംആർ ഇമേജുകളുടെ ഒരു കൂട്ടം വായിക്കുകയും മോശം സ്ലൈസുകൾ കണ്ടെത്തുകയും ചെയ്യുന്നു. ഒരു മോശം
ഒരു ഡിഫ്യൂഷൻ ഇമേജിലെ സ്ലൈസ്, അതിൻ്റെ ശരാശരി തീവ്രത a പുറത്തുള്ള ഒന്നായി കണ്ടെത്തി
എന്നതിൽ നിന്നുള്ള എല്ലാ അനുബന്ധ സ്ലൈസുകളുടെയും മാർഗത്തിൻ്റെ ശരാശരിയെ ചുറ്റിപ്പറ്റിയുള്ള നിശ്ചിത ഇടവേള
ശേഷിക്കുന്ന വ്യാപന ചിത്രങ്ങൾ.

epiunwarp
എക്കോ പ്ലാനർ ഇമേജുകളിലെ ശരിയായ B0 ഫീൽഡ് ഇൻഹോമോജെനിറ്റി-ഇൻഡ്യൂസ്ഡ് ഡിസ്റ്റോർഷൻ (ഉദാ,
ഡിഫ്യൂഷൻ-വെയ്റ്റഡ് ഇമേജുകൾ) എതിർ ഘട്ട എൻകോഡിംഗ് ഉപയോഗിച്ച് നേടിയ രണ്ട് ഇമേജുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ദിശകൾ.

fib2image
UNC ഫൈബർ ട്രാക്കിംഗ് ടൂളിൽ നിന്നുള്ള ഫൈബർ ട്രാക്കിംഗ് ഫലങ്ങൾ സാധാരണ ഇൻപുട്ടിൽ നിന്ന് വായിക്കുന്നു
കൂടാതെ എല്ലാ ഫൈബർ പോയിൻ്റുകളും ഒരു 3D ഇമേജിലേക്ക് വരച്ചിരിക്കുന്നു. ഫലം ഒന്നിൽ എഴുതിയിരിക്കുന്നു
പിന്തുണയ്ക്കുന്ന ഇമേജ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ.

fibxform
UNC ഫൈബർ ട്രാക്കിംഗ് ടൂളിൽ നിന്നുള്ള ഫൈബർ ട്രാക്കിംഗ് ഫലങ്ങളുള്ള ഒരു ഫയൽ വായിക്കുന്നു
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇൻപുട്ടും ഒന്നോ അതിലധികമോ (കൺകറ്റേറ്റഡ്) കോർഡിനേറ്റ് പരിവർത്തനങ്ങളും പ്രയോഗിക്കുന്നു
എല്ലാ ഫൈബർ പോയിൻ്റ് കോർഡിനേറ്റുകളിലേക്കും. ഫലം സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് വീണ്ടും എഴുതുന്നു
UNC ഫൈബർ ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്.

സിനിമ ഈ ടൂൾ ഇൻ്റർലീവ് ചെയ്ത ഇൻപുട്ട് ഇമേജിനെ പാസ് ഇമേജുകളായി വിഭജിക്കുകയും അവയെ സഹ-രജിസ്റ്റർ ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു,
ഒപ്പം ചലനം തിരുത്തിയ ചിത്രം പുനർനിർമ്മിക്കുന്നു

ഫിൽറ്റർ ചെയ്യുക
cnotent-sensitive ഉൾപ്പെടെയുള്ള സ്പേഷ്യൽ ഫിൽട്ടറിംഗ് ഓപ്പറേറ്റർമാർക്ക് ഈ ഉപകരണം ബാധകമാണ്
തിരഞ്ഞെടുത്ത ഗൗസിയൻ കേർണലുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഓപ്പറേറ്റർമാർ.

fit_affine_dfield
ഒരു രേഖീയ അഫൈൻ ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ നോൺ റിജിഡ് ട്രാൻസ്ഫോർമേഷനിലേക്ക് ഘടിപ്പിക്കുക, ഒന്നുകിൽ ബി-സ്പ്ലൈൻ
ഫ്രീ-ഫോം ഡിഫോർമേഷൻ അല്ലെങ്കിൽ നോൺ-പാരാമെട്രിക് ഡിഫോർമേഷൻ ഫീൽഡ്.

fit_affine_xform
സംയോജിപ്പിച്ചതും ഓപ്ഷണലായി വിപരീതവുമായ പട്ടികയിലേക്ക് ഒരു ലീനിയർ അഫൈൻ രൂപാന്തരം ഘടിപ്പിക്കുക,
രൂപാന്തരങ്ങൾ.

fit_affine_xform_landmarks
പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ലാൻഡ്‌മാർക്കുകളുടെ ഒരു കൂട്ടത്തിലേക്ക് ഒരു ലീനിയർ അഫൈൻ രൂപാന്തരം ഘടിപ്പിക്കുക.

fit_spline_dfield
ഒരു പാരാമെട്രിക് നോൺ റിജിഡ് ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ (ബി-സ്പ്ലൈൻ ഫ്രീ-ഫോം ഡിഫോർമേഷൻ) a ലേക്ക് ഘടിപ്പിക്കുക
രൂപഭേദം ഫീൽഡ്

fit_spline_xform
ഒരു പാരാമെട്രിക് നോൺ റിജിഡ് ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ (ബി-സ്പ്ലൈൻ ഫ്രീ-ഫോം ഡിഫോർമേഷൻ) ഒരു ലിസ്റ്റിലേക്ക് ഘടിപ്പിക്കുക
സംയോജിത, ഓപ്ഷണലായി വിപരീത, പരിവർത്തനങ്ങൾ.

fview

ജിയോമാച്ച്
ഈ ടൂൾ രണ്ടോ അതിലധികമോ ചിത്രങ്ങൾ വായിക്കുകയും അവയുടെ ഗ്രിഡ് അളവുകൾ പിക്സൽ ആണോ എന്ന് പരിശോധിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
വലുപ്പങ്ങൾ, ഇമേജ്-ടു-സ്പേസ് പരിവർത്തനങ്ങൾ എന്നിവ പൊരുത്തപ്പെടുന്നു. ഓപ്ഷണലായി, എല്ലാ ചിത്രങ്ങളും
ടെസ്റ്റ് നടത്തുന്നതിന് മുമ്പ് സാധാരണ ഓറിയൻ്റേഷനിലേക്ക് പുനഃക്രമീകരിച്ചു. എല്ലാ ചിത്രങ്ങളും പൊരുത്തപ്പെടുന്നുവെങ്കിൽ,
ടൂൾ എക്സിറ്റ് കോഡ് 0 ഉപയോഗിച്ച് മടങ്ങുന്നു, അല്ലാത്തപക്ഷം അത് എക്സിറ്റ് കോഡ് 2 ഉപയോഗിച്ച് മടങ്ങുന്നു
ഒരു പിശക് (ഉദാ, ചിത്രങ്ങളിലൊന്ന് വായിക്കാൻ കഴിയില്ല), എക്സിറ്റ് കോഡ് 1 ആണ്.

glm ഒരു ജനറൽ ലീനിയർ ഉപയോഗിച്ച് ഒന്നിലധികം ചിത്രങ്ങളിലെ പിക്സൽ തീവ്രതകളുടെ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ മോഡലിംഗ്
മോഡൽ.

ഗ്രാം ഗാസിയൻ മിശ്രിതങ്ങൾക്കുള്ള EM അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ച് ഒരു ഇമേജ് c ക്ലാസുകളായി വിഭജിക്കുക
ഓപ്ഷണൽ മുൻകൂർ.

gregxform
ഈ ഉപകരണം ഒഴിവാക്കിയിരിക്കുന്നു. പകരം സ്ട്രീംഎക്സ്ഫോം ഉപയോഗിക്കുക.

ഗ്രൂപ്പ് തിരിച്ച്_അഫിൻ
ഈ ടൂൾ ഒരു ടെംപ്ലേറ്റ് ഇല്ലാതെ, ഒരേസമയം ഇൻപുട്ട് ഇമേജുകളുടെ ഒരു പോപ്പുലേഷൻ രജിസ്റ്റർ ചെയ്യുന്നു,
ഒന്നുകിൽ 'കൺജീലിംഗ്' അൽഗോരിതം അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഗ്രൂപ്പിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സാമ്യത അളക്കുന്നത്
പരസ്പര വിവരങ്ങളുടെ തുടർച്ചയായ ഏകദേശം ('RMI').

ഗ്രൂപ്പ് തിരിച്ച്_ഇനിറ്റ്
ഒരു ഗ്രൂപ്പായി ഉപയോഗിക്കാവുന്ന ഇൻപുട്ട് ഇമേജുകളുടെ ഒരു കൂട്ടം പ്രാരംഭ അഫൈൻ വിന്യാസം കണക്കാക്കുക
ഗ്രൂപ്പ് തിരിച്ചുള്ള രജിസ്ട്രേഷനുള്ള ഇൻപുട്ട്

ഗ്രൂപ്പ് തിരിച്ച്_വാർപ്പ്
ഈ ടൂൾ കർശനമായി ഇൻപുട്ട് ഇമേജുകളുടെ ഒരു പോപ്പുലേഷൻ രേഖപ്പെടുത്തുന്നു, ഒരു ഇല്ലാതെ
ടെംപ്ലേറ്റ്, ഒന്നുകിൽ 'കൺജീലിംഗ്' അൽഗോരിതം അല്ലെങ്കിൽ ഗ്രൂപ്പ് തിരിച്ചുള്ള സമാനത അളക്കൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു
പരസ്പര വിവരങ്ങളുടെ ('RMI') തുടർച്ചയായ ഏകദേശത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി.

ഹൗസ്ഡോർഫ്
ഈ ടൂൾ രണ്ട് ലേബൽ ഇമേജുകൾ തമ്മിലുള്ള ഹൗസ്ഡോർഫ് ദൂരം കണക്കാക്കുന്നു.

ഹിസ്റ്റോഗ്രാം
ഇമേജ് തീവ്രതകളുടെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം സൃഷ്‌ടിച്ച് ടാബ്-വേർതിരിച്ച ടെക്‌സ്‌റ്റ് ഫയലായി എഴുതുക
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ട്

ഇമേജ്മാത്ത്
സ്റ്റാക്ക് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പോസ്റ്റ്ഫിക്സ് നൊട്ടേഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ചിത്രങ്ങളിൽ പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടത്തുക.

interleaved_bad_slices
ഈ ടൂൾ 3D ചിത്രങ്ങളുടെ ഒരു സമയ ശ്രേണി വായിക്കുകയും ഔട്ട്‌ലറുകൾ കണ്ടെത്തുകയും ചെയ്യുന്നു.

ആവർത്തന_ആകൃതി_ശരാശരി

jidb ഈ ടൂൾ ഇൻ്റർലീവ് ചെയ്ത ഇൻപുട്ട് ഇമേജിനെ പാസ് ഇമേജുകളായി വിഭജിക്കുകയും അവയെ സഹ-രജിസ്റ്റർ ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു,
ഒപ്പം ചലനം തിരുത്തിയ ചിത്രം പുനർനിർമ്മിക്കുന്നു

ലെവൽസെറ്റ്
കുറഞ്ഞ പ്രാദേശിക വ്യത്യാസം ഉപയോഗിച്ച് മുൻഭാഗം/പശ്ചാത്തലം ലെവൽസെറ്റ്-തരം വിഭജനം
ഊര്ജം

lmsba
ഈ ടൂൾ കോ-രജിസ്റ്റർ ചെയ്തതിൽ നിന്നും ഒന്നിലധികം മൾട്ടി-ക്ലാസ് സെഗ്മെൻ്റേഷനുകളെ സംയോജിപ്പിക്കുന്നു
പ്രാദേശികമായി വെയ്റ്റഡ് ഷേപ്പ്-ബേസ്ഡ് ആവറേജിംഗ് ഉപയോഗിച്ച് റീഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത അറ്റ്ലസുകൾ.

lsba ഈ ടൂൾ ഒന്നിലധികം ബൈനറി സെഗ്മെന്റേഷനുകൾ സംയോജിപ്പിക്കുന്നു
പ്രാദേശികമായി വെയ്റ്റഡ് ഷേപ്പ്-ബേസ്ഡ് ആവറേജിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്ന അറ്റ്ലസുകൾ.

വോട്ട്
കോ-രജിസ്റ്റർ ചെയ്തതും റീഫോർമാറ്റ് ചെയ്തതുമായ അറ്റ്‌ലസുകളിൽ നിന്നുള്ള ഒന്നിലധികം സെഗ്‌മെൻ്റേഷനുകളെ ഈ ഉപകരണം സംയോജിപ്പിക്കുന്നു
പ്രാദേശികമായി തൂക്കമുള്ള വോട്ടിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്നു.

ഉണ്ടാക്കുക_ഇനിഷ്യൽ_അഫിൻ
പിണ്ഡത്തിന്റെയോ പ്രധാന അക്ഷങ്ങളുടെയോ കേന്ദ്രങ്ങൾ വിന്യസിച്ചുകൊണ്ട് പ്രാരംഭ അഫൈൻ പരിവർത്തനം കണക്കാക്കുക

mat2dof
ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ മാട്രിക്സ് ഫ്രീഡം ഡിഗ്രിയിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

മക്കഫീൻ
ഹിസ്റ്റോഗ്രാം അധിഷ്ഠിതമോ സഹവർത്തിത്വത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയോ ഉപയോഗിച്ച് മൾട്ടി-ചാനൽ അഫൈൻ ഇമേജ് രജിസ്ട്രേഷൻ
സംയുക്ത എൻട്രോപ്പി നടപടികൾ

mcwarp
ഹിസ്റ്റോഗ്രാം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള അല്ലെങ്കിൽ ഉപയോഗിച്ച് മൾട്ടി-ചാനൽ നോൺറിജിഡ് ബി-സ്പ്ലൈൻ ഇമേജ് രജിസ്ട്രേഷൻ
സഹവർത്തിത്വത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സംയുക്ത എൻട്രോപ്പി നടപടികൾ

mk_adni_phantom
ADNI സ്ട്രക്ചറൽ ഇമേജിംഗ് കാലിബ്രേഷൻ ഫാൻ്റമിൻ്റെ (മഗ്ഫാൻ) ചിത്രം സൃഷ്ടിക്കുക
EMR051).

mk_analyze_hdr
ഉപയോക്താവ് നൽകിയ പാരാമീറ്ററുകൾ അടിസ്ഥാനമാക്കി അനൽസൈ 7.5 ഫോർമാറ്റ് അനുസരിച്ച് ഹെഡർ ഫയൽ ഉണ്ടാക്കുക
ജ്യാമിതി, ഡാറ്റ തരം, ഓറിയന്റേഷൻ മുതലായവ.

mk_nifti_hdr
ഉപയോക്താവ് നൽകിയ പാരാമീറ്ററുകൾ അടിസ്ഥാനമാക്കി NIFTI ഫയൽ ഫോർമാറ്റ് അനുസരിച്ച് ഹെഡർ ഫയൽ ഉണ്ടാക്കുക
ജ്യാമിതി, ഡാറ്റ തരം, ഓറിയന്റേഷൻ മുതലായവ.

mk_phantom_3d
ഡ്രോയിംഗ് കമാൻഡുകൾ തിരഞ്ഞെടുത്ത് ഉപയോഗിച്ച് 3D ഡിജിറ്റൽ ഫാന്റം ഇമേജുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

mrbias
ഈ പ്രോഗ്രാം ഒരു ബയസ് ഉപയോഗിച്ച് എംആർ ചിത്രങ്ങളിലെ തീവ്രത ഇൻഹോമോജെനിറ്റി ആർട്ടിഫാക്‌റ്റുകൾ ശരിയാക്കുന്നു
എൻട്രോപ്പി മിനിമൈസേഷൻ വഴി കണക്കാക്കിയ ഫീൽഡ്.

ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുക
രണ്ടോ അതിലധികമോ ചിത്രങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ഓവർലാപ്പ് അളവുകൾ കണക്കാക്കുക

അന്വേഷണം
ഈ ടൂൾ ഉപയോക്താക്കൾ നൽകുന്ന ചിത്രത്തിന്റെ ലിസ്റ്റിൽ പിക്സൽ മൂല്യങ്ങളോ പ്രതീകാത്മക ലേബലുകളോ പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു
കോർഡിനേറ്റുകൾ.

pxsearch
ഈ ഉപകരണം ഒരു ഇമേജ് ഫയലും സ്റ്റാൻഡേർഡിൽ നിന്നുള്ള പിക്സൽ കോർഡിനേറ്റുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റും വായിക്കുന്നു
ഇൻപുട്ട്. ഓരോ പിക്സലിനും, ചിത്രത്തിലെ ഒരു പ്രാദേശിക അയൽപക്കം തിരയുന്നു
പരമാവധി മൂല്യം. മാക്സിമം ലൊക്കേഷൻ പിന്നീട് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് എഴുതുന്നു.

reformatx
റീഫോർമാറ്റ് ചെയ്‌ത ചിത്രങ്ങളും യാക്കോബിയൻ മാപ്പുകളും കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള വിപുലമായ വോളിയം റീഫോർമാറ്റർ ടൂൾ
സംയോജിത പരിവർത്തനങ്ങളുടെ ഏകപക്ഷീയമായ ക്രമങ്ങൾ

രജിസ്ട്രേഷൻ
മൾട്ടി-റെസല്യൂഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഈ പ്രോഗ്രാം കർക്കശവും അഫൈൻ ഇമേജ് രജിസ്ട്രേഷൻ നടത്തുന്നു
വോക്സൽ അധിഷ്‌ഠിത ഇമേജ് സമാനത അളവുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ.

രജിസ്ട്രേഷൻx
മൾട്ടി-റെസല്യൂഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഈ പ്രോഗ്രാം കർക്കശവും അഫൈൻ ഇമേജ് രജിസ്ട്രേഷൻ നടത്തുന്നു
വോക്സൽ അധിഷ്‌ഠിത ഇമേജ് സമാനത അളവുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ.

പിൻവാങ്ങൽ
ഡീഫോർമേഷൻ ഫീൽഡുകളുടെയും ഇമേജുകളുടെയും ലീനിയർ (കൂടാതെ ഉയർന്ന ക്രമത്തിലുള്ള പോളിനോമിയൽ) റിഗ്രഷൻ.

പുനഃക്രമീകരിക്കുക
ഇമേജ് ഓറിയൻ്റേഷനുകൾക്കിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക, അതായത്, പിക്സൽ അറേ ഫിസിക്കലി റീ-ഓർഡർ ചെയ്യുക, അഡാപ്റ്റുചെയ്യുക
ശരീരഘടനാപരമായ ഓറിയൻ്റേഷൻ വിവരങ്ങൾ സംഭരിച്ചു

sba യൂക്ലിഡിയൻ ഡിസ്റ്റൻസ് ട്രാൻസ്ഫോം ഉപയോഗിച്ച് ശരാശരി സെഗ്മെൻ്റേഷനുകൾ (ലേബൽ ഫീൽഡുകൾ). എല്ലാം
ഇൻപുട്ട് ഇമേജുകൾ ഒരേ സ്ഥലത്ത് ആയിരിക്കണം. ഈ സ്ഥലത്തും EDT കണക്കാക്കുന്നു. കാണുക
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 അന്തർലീനമായ അൽഗോരിതത്തിന്റെ വിശദാംശങ്ങൾക്കായി.

sbai യൂക്ലിഡിയൻ ഡിസ്റ്റൻസ് ട്രാൻസ്ഫോം ഉപയോഗിച്ച് ശരാശരി സെഗ്മെൻ്റേഷനുകൾ (ലേബൽ ഫീൽഡുകൾ). ഈ
ടൂൾ ജോയിൻ്റ് ഇൻ്റർപോളേഷനും ഇഡിടിയിൽ നിന്ന് ഇൻ്റർപോളേറ്റ് ചെയ്തുകൊണ്ട് ശരാശരിയും ചെയ്യുന്നു. ഈ
ഇൻപുട്ടുകൾ ഒരേ സ്ഥിരതയിൽ നിന്ന് (ആവശ്യമില്ല) പരിവർത്തനം ആവശ്യമാണ്
വ്യത്യസ്ത ചലിക്കുന്ന ചിത്രങ്ങൾ. ചലിക്കുന്ന ഓരോ ചിത്രത്തിൻ്റെയും ഇടത്തിലാണ് EDT കണക്കുകൂട്ടൽ നടത്തുന്നത്.
കാണുക http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 അടിസ്ഥാനപരമായ വിശദാംശങ്ങൾക്ക്
അൽഗോരിതം.

ക്രമം
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇൻപുട്ടിൽ നിന്ന് വായിക്കുന്ന സംഖ്യാ മൂല്യങ്ങളുടെ ക്രമം വിശകലനം ചെയ്യുക

സമാനത
തീവ്രത വ്യത്യാസം അല്ലെങ്കിൽ ലേബൽ ഓവർലാപ്പുകൾ പോലെയുള്ള സമാനത അളവുകൾ കണക്കാക്കുക
രണ്ട് ചിത്രങ്ങൾ.

രണ്ടായി പിരിയുക
വോളിയം ഇമേജ് ഉപചിത്രങ്ങളായി വിഭജിക്കുക, അതായത്, ഇന്റർലീവ് ചെയ്ത ചിത്രങ്ങളെ പാസുകളായി വേർതിരിക്കാൻ

സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
ഇമേജ് പിക്സൽ തീവ്രതയെക്കുറിച്ചുള്ള സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ കണക്കുകൂട്ടലുകൾ, അതായത്, മാർഗങ്ങളും സ്റ്റാൻഡേർഡും
വ്യതിയാനങ്ങൾ

സ്ട്രീം_പിക്സലുകൾ
ഈ ഉപകരണം ഒന്നോ അതിലധികമോ ചിത്രങ്ങൾ വായിക്കുകയും അവയുടെ എല്ലാ പിക്സലുകളും സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് എഴുതുകയും ചെയ്യുന്നു
ബൈനറി രൂപം. ഓപ്ഷണലായി, ഓരോ ചിത്രവും ഒരു നിർദ്ദിഷ്ട ശരീരഘടനയിലേക്ക് പുനഃക്രമീകരിക്കാവുന്നതാണ്
ഓറിയൻ്റേഷൻ കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ മറ്റൊരു ഡാറ്റ തരത്തിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്തു. പൈപ്പിടാൻ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഒരു പൈപ്പ് ലൈനിലൂടെയുള്ള ഇമേജ് ഡാറ്റ, ഉദാ, കാമിനോ DTI ടൂൾകിറ്റ്.

streamxform
പോയിൻ്റ് കോർഡിനേറ്റുകളുടെ ഒരു ASCII- ഫോർമാറ്റ് ലിസ്റ്റ് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇൻപുട്ടിൽ നിന്നും ഒരു ഉപയോക്താവിൽ നിന്നും വായിക്കുന്നു-
നൽകിയിരിക്കുന്ന കോർഡിനേറ്റ് പരിവർത്തനങ്ങളുടെ ക്രമം (ഓപ്ഷണലായി വിപരീതമായി) പ്രയോഗിക്കുന്നു
അവരോട്. രൂപാന്തരപ്പെടുത്തിയ പോയിൻ്റുകൾ സാധാരണ ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് എഴുതുന്നു.

ചിഹ്നം
നിർണ്ണയിക്കാൻ ഒരു ചിത്രത്തിൻ്റെ ഏകദേശ സമമിതി തലം കണക്കാക്കുക, ഉദാഹരണത്തിന്, the
മനുഷ്യ മസ്തിഷ്ക ചിത്രങ്ങളിലെ മധ്യ സാഗിറ്റൽ തലം. ഔട്ട്പുട്ടിൻ്റെ വിവിധ രൂപങ്ങൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു,
ഉദാ, ഇൻപുട്ട് ഇമേജ് അതിലേക്ക് വരച്ച സമമിതി തലം അല്ലെങ്കിൽ ഇൻപുട്ട് ഉപയോഗിച്ച് എഴുതുക
ചിത്രം സമമിതി തലത്തിൽ പുനഃക്രമീകരിച്ചു.

സിംപ്ലക്സ്
നിർണ്ണയിക്കാൻ ഒരു ചിത്രത്തിൻ്റെ ഏകദേശ സമമിതി തലം കണക്കാക്കുക, ഉദാഹരണത്തിന്, the
മനുഷ്യ മസ്തിഷ്ക ചിത്രങ്ങളിലെ മധ്യ സാഗിറ്റൽ തലം. ഔട്ട്പുട്ടിൻ്റെ വിവിധ രൂപങ്ങൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു,
ഉദാ, ഇൻപുട്ട് ഇമേജ് അതിലേക്ക് വരച്ച സമമിതി തലം അല്ലെങ്കിൽ ഇൻപുട്ട് ഉപയോഗിച്ച് എഴുതുക
ചിത്രം സമമിതി തലത്തിൽ പുനഃക്രമീകരിച്ചു.

പരീക്ഷ
സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ പ്രാധാന്യമുള്ള പിക്സൽവൈസ് ടെസ്റ്റുകൾ. പരസ്പര ബന്ധങ്ങളും z-സ്കോറുകളും കണക്കാക്കുക

പിളരാത്തത്
ഒരൊറ്റ ഇന്റർലീവഡ് ഇമേജ് വോളിയത്തിലേക്ക് പ്രത്യേക ഇമേജ് സ്റ്റാക്കുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക

unwarp_image_phantom
ഈ ടൂൾ ഒന്നുകിൽ ഒരു പോളിനോമിയൽ ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ അല്ലെങ്കിൽ ബി-സ്പ്ലൈൻ ഫ്രീ-ഫോം കണക്കാക്കുന്നു
ഒരു ഇമേജ് അഴിച്ചുമാറ്റാനുള്ള രൂപഭേദം. പരിവർത്തനം പ്രതീക്ഷിച്ചതും കണ്ടെത്തിയതും അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്
അതേ സ്കാനറിൽ ലഭിച്ച ഒരു ഘടനാപരമായ ഫാൻ്റമിൻ്റെ ചിത്രത്തിലെ ലാൻഡ്‌മാർക്കുകൾ. ഉപയോഗിക്കുക
ഒരു ചിത്രത്തിലെ ADNI ഫാൻ്റമിൻ്റെ ലാൻഡ്‌മാർക്കുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള 'detect_adni_phantom' ഉപകരണം
ഈ ടൂളിനൊപ്പം ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് അനുയോജ്യമായ ഒരു ഫാൻ്റം വിവരണ ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കുക.

vol2csv
ഈ ഉപകരണം ഒരു ലേബൽ ഇമേജിലെ പ്രദേശങ്ങളുടെ വോള്യങ്ങൾ കണക്കാക്കുന്നു. ഇത് ഓപ്ഷണലായി സ്വീകരിക്കുന്നു
സാന്ദ്രത ഭൂപടങ്ങൾ (ഉദാ, വ്യത്യസ്ത ടിഷ്യൂകൾക്കായി) കൂടാതെ ഓരോ പ്രദേശവും കണക്കാക്കുകയും പ്രിൻ്റ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
ഓരോന്നിനും ഉള്ളടക്കം. കൂടാതെ, ഉപകരണത്തിന് അക്കൗണ്ടിലേക്ക് ഒരു ഓപ്ഷണൽ 'പിക്സൽ വോള്യം' മാപ്പ് സ്വീകരിക്കാനാകും
പ്രാദേശിക പിക്സൽ വോളിയം വ്യതിയാനങ്ങൾക്ക്, ഉദാ, സ്പേഷ്യൽ ഡിസ്റ്റോർഷൻ കാരണം.

വോളിയം_ഇൻജക്ഷൻ
ഒന്നിലധികം കോ-രജിസ്റ്റേർഡ് (കുറഞ്ഞ റെസല്യൂഷൻ) നിന്ന് ഉയർന്ന റെസല്യൂഷൻ വോളിയം പുനർനിർമ്മിക്കുക
ഫോർവേഡ് വോളിയം ഇഞ്ചക്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ചിത്രങ്ങൾ

വോളിയം_പുനർനിർമ്മാണം
വിപരീത ഇൻ്റർപോളേഷൻ ഉപയോഗിച്ച് കോ-രജിസ്റ്റർ ചെയ്ത ചിത്രങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള ആവർത്തന വോളിയം പുനർനിർമ്മാണം
അല്ലെങ്കിൽ സംയുക്ത debluring

vtkxform
ഒരു ASCII- ഫോർമാറ്റ് VTK ഫയൽ സാധാരണ ഇൻപുട്ടിൽ നിന്നും ഉപയോക്താവ് നൽകിയ കോർഡിനേറ്റിൽ നിന്നും വായിക്കുന്നു
പരിവർത്തനം (ഓപ്ഷണലായി വിപരീതം) വെർട്ടെക്സ് കോർഡിനേറ്റുകളിൽ പ്രയോഗിക്കുന്നു. എ വി.ടി.കെ
രൂപാന്തരപ്പെട്ട പോയിൻ്റുകളുള്ള ഫയൽ പിന്നീട് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് എഴുതുന്നു.

വാർപ്പ് മൾട്ടി-റെസല്യൂഷൻ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഈ പ്രോഗ്രാം നോൺറിജിഡ് ഇമേജ് രജിസ്ട്രേഷൻ നടത്തുന്നു
വോക്സൽ അധിഷ്ഠിത ഇമേജ് സാമ്യത അളവുകളും ഒരു മൾട്ടി-റെസല്യൂഷൻ ബി-സ്പ്ലൈനും
പരിവർത്തന മാതൃക.

warp2ps
വിഷ്വലൈസേഷനായി പോസ്റ്റ്‌സ്‌ക്രിപ്റ്റ് ഫോർമാറ്റിൽ രൂപഭേദം വരുത്തിയ ഗ്രിഡായി രൂപഭേദം ഫീൽഡ് എഴുതുക
ദൃഷ്ടാന്തം

warpx
മൾട്ടി-റെസല്യൂഷൻ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഈ പ്രോഗ്രാം നോൺറിജിഡ് ഇമേജ് രജിസ്ട്രേഷൻ നടത്തുന്നു
വോക്സൽ അധിഷ്ഠിത ഇമേജ് സാമ്യത അളവുകളും ഒരു മൾട്ടി-റെസല്യൂഷൻ ബി-സ്പ്ലൈനും
പരിവർത്തന മാതൃക.

xform2dfield
പാരാമെട്രിക് റിജിഡ് അല്ലെങ്കിൽ നോൺ റിജിഡ് ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ ഡിഫോർമേഷൻ ഫീൽഡിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
തന്നിരിക്കുന്ന റഫറൻസ് ചിത്രത്തിൻ്റെ പിക്സൽ ലൊക്കേഷനുകൾ

xform2itk
ഈ ഉപകരണം CMTK ഫോർമാറ്റിൽ നിന്ന് ITK ഫോർമാറ്റിലേക്ക് കോർഡിനേറ്റ് പരിവർത്തനങ്ങളെ പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു
പ്രക്രിയ, ഇമേജ് കോർഡിനേറ്റ് കൺവെൻഷനുകളിലെ വ്യത്യാസങ്ങൾക്കും ശരിയാണ്

xform2scalar
ഈ ഉപകരണം പരിവർത്തനങ്ങളിൽ നിന്നും രൂപഭേദം വരുത്തുന്ന ഫീൽഡുകളിൽ നിന്നും സ്കെയിലർ അളവുകൾ വേർതിരിച്ചെടുക്കുന്നു,
ഗ്രിഡ് ലൊക്കേഷനുകളിൽ സാമ്പിൾ എടുത്ത് ഫലങ്ങൾ ഒരു ചിത്രത്തിലേക്ക് എഴുതുന്നു. പിന്തുണയ്ക്കുന്നവയുടെ ഉദാഹരണങ്ങൾ
സ്കെയിലർ അളവുകൾ ഇവയാണ്: പരിവർത്തനത്തിൻ്റെ x,y,z ഘടകം, വ്യാപ്തി
രൂപാന്തരം, യാക്കോബിയൻ ഡിറ്റർമിനൻ്റുകൾ.

AUTHORS

ടോർസ്റ്റൺ റോൾഫിംഗ്, മൈക്കൽ പി. ഹസക്ക്, ഗ്രെഗ് ജെഫറിസ്, കാൽവിൻ ആർ എന്നിവരുടെ സംഭാവനകളോടെ.
മൗറർ, ഡാനിയൽ ബി. റസ്സക്കോഫ്, യാരോസ്ലാവ് ഹാൽചെങ്കോ

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് cmtk ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക