dcmstack - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

dcmstack - DICOM മുതൽ NIFTI കൺവെർട്ടർ

വിവരണം

ഉപയോഗം: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--വോക്സൽ-ഓർഡർ VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--ടൈം-ഓർഡർ TIME_ORDER] [--വെക്റ്റർ-ഓർഡർ VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--കണിശമായ] [--പതിപ്പ്]
[src_dirs [src_dirs ...]]

ഓരോ സോഴ്‌സ് ഡയറക്‌ടറിയിൽ നിന്നും DICOM ഫയലുകൾ 2D മുതൽ 5D വരെയുള്ള വോള്യങ്ങളിലേക്ക് അടുക്കുക, ഓപ്‌ഷണലായി എക്‌സ്‌ട്രാക്റ്റുചെയ്യുക
മെറ്റാ ഡാറ്റ.

പൊസിഷണൽ വാദങ്ങൾ:
src_dirs
DICOM ഫയലുകൾ അടങ്ങിയ ഉറവിട ഡയറക്ടറികൾ.

ഓപ്ഷണൽ വാദങ്ങൾ:
-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

ഇൻപുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:
--നിർബന്ധിച്ച് വായിക്കുക
ആമുഖം നഷ്‌ടപ്പെട്ടാലും എല്ലാ ഫയലുകളും DICOM ആയി വായിക്കാൻ ശ്രമിക്കുക.

--file-ext FILE_EXT
തന്നിരിക്കുന്ന എക്സ്റ്റൻഷൻ ഉപയോഗിച്ച് മാത്രം ഫയലുകൾ വായിക്കാൻ ശ്രമിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: .dcm

--അനുവദിക്കുക-ഡമ്മികൾ
പിക്സൽ ഡാറ്റ നഷ്‌ടമായ DICOM ഫയലുകൾ അനുവദിക്കുക, ഔട്ട്‌പുട്ടിന്റെ ആ സ്ലൈസ് പൂരിപ്പിക്കുക
പരമാവധി പ്രതിനിധീകരിക്കാവുന്ന മൂല്യമുള്ള നിഫ്റ്റി.

ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:
--dest-dir DEST_DIR
ലക്ഷ്യസ്ഥാന ഡയറക്‌ടറി, ഉറവിട ഡയറക്‌ടറിയിലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട്.

-o OUTPUT_NAME, --ഔട്ട്പുട്ട്-നാമം OUTPUT_NAME
DICOM ടാഗുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽനാമങ്ങൾ നിർണ്ണയിക്കുന്ന പൈത്തൺ ഫോർമാറ്റ് സ്ട്രിംഗ്.

--output-ext OUTPUT_EXT
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ തരത്തിനായുള്ള വിപുലീകരണം. സ്ഥിരസ്ഥിതി: .nii.gz

-d, --ഡമ്പ്-മെറ്റാ
എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റുചെയ്‌ത മെറ്റാ ഡാറ്റയുടെ അതേ അടിസ്ഥാന നാമമുള്ള ഒരു JSON ഫയലിലേക്ക് ഡംപ് ചെയ്യുക
നിഫ്റ്റി സൃഷ്ടിച്ചു

--എംബെഡ്-മെറ്റാ
എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റ് ചെയ്‌ത മെറ്റാ ഡാറ്റ ഒരു നിഫ്റ്റി ഹെഡർ എക്‌സ്‌റ്റൻഷനിലേക്ക് (JSON ഫോർമാറ്റിൽ) ഉൾച്ചേർക്കുക.

ശേഖരിക്കുന്നു ഓപ്ഷനുകൾ:
-g GROUP_BY, --ഗ്രൂപ്പ്-ബൈ GROUP_BY
ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ സ്റ്റാക്കുകളായി ഗ്രൂപ്പുചെയ്യാൻ മെറ്റാ ഡാറ്റ കീകളുടെ കോമ വേർതിരിക്കുന്ന ലിസ്റ്റ്.

--വോക്സൽ-ഓർഡർ VOXEL_ORDER
രോഗിയിൽ ഈ ദിശകളിൽ നിന്ന് സ്പേഷ്യൽ സൂചികകൾ ആരംഭിക്കുന്നതിന് വോക്സലുകൾ ഓർഡർ ചെയ്യുക
സ്ഥലം. രോഗിയുടെ സ്ഥലത്തെ ദിശകൾ മൂന്ന് പ്രതീക കോഡായി നൽകണം:
(l)eft, (r)right, (a)interior, (p)osterior, (s)upperior, (i)nferior. ശൂന്യമായി കടന്നുപോകുന്നു
സ്ട്രിംഗ് റീഓറിയന്റേഷൻ പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കും. സ്ഥിരസ്ഥിതി: LAS

-t TIME_VAR, --സമയം-var TIME_VAR
DICOM എലമെന്റ് കീവേഡ് സമയത്തിന്റെ അളവനുസരിച്ച് സ്റ്റാക്ക് ഓർഡർ ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കും.

--വെക്റ്റർ-var VECTOR_VAR
വെക്റ്റർ ഡൈമൻഷനിലൂടെ സ്റ്റാക്ക് ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഉപയോഗിക്കേണ്ട DICOM എലമെന്റ് കീവേഡ്.

--സമയക്രമം TIME_ORDER
മൂല്യങ്ങൾക്കായി (ഒരു വരിയിൽ ഒന്ന്) ആവശ്യമുള്ള ക്രമത്തിൽ ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ നൽകുക
ടൈം വേരിയബിളായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ആട്രിബ്യൂട്ട്. ഈ ഓപ്ഷൻ വളരെ അപൂർവമായി മാത്രമേ ആവശ്യമുള്ളൂ.

--വെക്റ്റർ-ഓർഡർ VECTOR_ORDER
മൂല്യങ്ങൾക്കായി (ഒരു വരിയിൽ ഒന്ന്) ആവശ്യമുള്ള ക്രമത്തിൽ ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ നൽകുക
വെക്റ്റർ വേരിയബിളായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ആട്രിബ്യൂട്ട്. ഈ ഓപ്ഷൻ വളരെ അപൂർവമായി മാത്രമേ ആവശ്യമുള്ളൂ.

മെറ്റാ എക്സ്ട്രാക്ഷൻ ഒപ്പം അരിക്കല് ഓപ്ഷനുകൾ:
-l, --ലിസ്റ്റ്-വിവർത്തകർ
പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയ വിവർത്തകരെ പട്ടികപ്പെടുത്തി പുറത്തുകടക്കുക

--disable-translator ഡിസാബിൾ_ട്രാൻസ്ലേറ്റർ
നൽകിയിരിക്കുന്ന ടാഗുകൾക്കായി വിവർത്തകരെ പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക. ടാഗുകൾ ഫോർമാറ്റിൽ നൽകണം
"0x0_0x0". കോമയാൽ വേർതിരിച്ച പട്ടികയിൽ ഒന്നിൽ കൂടുതൽ നൽകാം. "എല്ലാം" എന്ന വാക്ക് ആണെങ്കിൽ
നൽകിയിരിക്കുന്നു, എല്ലാ വിവർത്തകരെയും പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കും.

--എക്സ്ട്രാക്റ്റ്-സ്വകാര്യം
വിവർത്തകനില്ലെങ്കിലും സ്വകാര്യ ഘടകങ്ങളിൽ നിന്ന് മെറ്റാ ഡാറ്റ എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റ് ചെയ്യുക. എങ്കിൽ
മൂലകത്തിന്റെ മൂല്യത്തിൽ അസ്കി അല്ലാത്ത ബൈറ്റുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, അത് ഇപ്പോഴും അവഗണിക്കപ്പെടും. ദി
എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റുചെയ്‌ത മെറ്റാ ഡാറ്റ ഇപ്പോഴും പതിവ് എക്‌സ്‌പ്രഷനുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഫിൽട്ടർ ചെയ്‌തേക്കാം.

-i INCLUDE_REGEX, --regex-ഉൾപ്പെടുത്തുക INCLUDE_REGEX
നൽകിയിരിക്കുന്ന റെഗുലർ എക്‌സ്‌പ്രഷനുമായി കീ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഏതെങ്കിലും മെറ്റാ ഡാറ്റ ഉൾപ്പെടുത്തുക. ഈ
ഏതെങ്കിലും ഒഴിവാക്കൽ പദപ്രയോഗങ്ങൾ അസാധുവാക്കും. എല്ലാ മെറ്റാ ഡാറ്റയ്ക്കും ബാധകമാണ്.

-e EXCLUDE_REGEX, --ഒഴിവാക്കുക-regex EXCLUDE_REGEX
നൽകിയിരിക്കുന്ന സാധാരണ എക്‌സ്‌പ്രഷനുമായി കീ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഏതെങ്കിലും മെറ്റാ ഡാറ്റ ഒഴിവാക്കുക. ഈ
എക്‌സ്‌പ്രെഷനുകൾ ഒഴിവാക്കി ഡിഫോൾട്ട് സപ്ലിമെന്റ് ചെയ്യും. എല്ലാ മെറ്റാ ഡാറ്റയ്ക്കും ബാധകമാണ്.

--default-regexes
സ്ഥിരമായ എക്‌സ്‌പ്രെഷനുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തി ഒഴിവാക്കി ഡിഫോൾട്ടിന്റെ ലിസ്റ്റ് പ്രിന്റ് ചെയ്‌ത് പുറത്തുകടക്കുക.

പൊതുവായ ഓപ്ഷനുകൾ:
-v, --വാക്കുകൾ
അധിക വിവരങ്ങൾ അച്ചടിക്കുക.

--കണിശമായ
ഒരു മുന്നറിയിപ്പ് കാണിക്കുന്നതിന് പകരം ആദ്യ ഒഴിവാക്കലിൽ പരാജയപ്പെടുക.

--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക.

മെറ്റാഡാറ്റയിൽ സ്വകാര്യ ആരോഗ്യ വിവരങ്ങൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ അത് അറിയേണ്ടത് നിങ്ങളുടെ ഉത്തരവാദിത്തമാണ്
ഈ പ്രോഗ്രാം വഴി എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റുചെയ്‌തത്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് dcmstack ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക