Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് പ്രൊവൈഡറിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന ഡൊമെയ്ൻസെക്സെ കമാൻഡ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
domainseqs - ഒരു DCF ഫയലിലേക്ക് സീക്വൻസ് റെക്കോർഡുകൾ ചേർക്കുന്നു.
സിനോപ്സിസ്
ഡൊമെയ്ൻസെക്കുകൾ -dcfinfile infile -dpdbdir ഡയറക്ടറി -ഗെറ്റ്സ്വിസ് ടോഗിൾ ചെയ്യുക -pdbtospfile infile
- ഡാറ്റാ ഫയൽ മാട്രിക്സ് - ഗാപോപെൻ ഫ്ലോട്ട് -ഗപെക്സ്റ്റെൻഡ് ഫ്ലോട്ട് -dcfoutfile ഔട്ട്ഫിൽ
-ലോഗ് ഫയൽ ഔട്ട്ഫിൽ
ഡൊമെയ്ൻസെക്കുകൾ -ഹെൽപ്പ്
വിവരണം
ഡൊമെയ്ൻസെക്കുകൾ EMBOSS-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു കമാൻഡ് ലൈൻ പ്രോഗ്രാമാണ് ("യൂറോപ്യൻ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ഓപ്പൺ
സോഫ്റ്റ്‌വെയർ സ്യൂട്ട്"). ഇത് "Utils:Database creation" കമാൻഡ് ഗ്രൂപ്പിന്റെ(കളുടെ) ഭാഗമാണ്.
ഓപ്ഷനുകൾ
ഇൻപുട്ട് വിഭാഗം
-dcfinfile infile
ഈ ഐച്ഛികം DCF ഫയലിന്റെ പേര് (ഡൊമെയ്ൻ വർഗ്ഗീകരണ ഫയൽ) (ഇൻപുട്ട്) വ്യക്തമാക്കുന്നു. എ
'ഡൊമെയ്ൻ ക്ലാസിഫിക്കേഷൻ ഫയലിൽ' നിന്നുള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾക്കായുള്ള വർഗ്ഗീകരണവും മറ്റ് ഡാറ്റയും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
SCOP അല്ലെങ്കിൽ CATH, DCF ഫോർമാറ്റിൽ (EMBL പോലെ). SCOPPARSE ഉപയോഗിച്ചാണ് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നത്
ഒപ്പം കാത്ത്പാർസും. ഉപയോഗിച്ച് ഡൊമെയ്ൻ സീക്വൻസ് വിവരങ്ങൾ ഫയലിലേക്ക് ചേർക്കാം
DOMAINSEQS.
-dpdbdir ഡയറക്ടറി
ഈ ഓപ്ഷൻ ഡൊമെയ്ൻ CCF ഫയലിന്റെ സ്ഥാനം വ്യക്തമാക്കുന്നു (കോർഡിനേറ്റ് ഫയലുകൾ വൃത്തിയാക്കുക)
(ഇൻപുട്ട്). ഒരു 'ക്ലീൻ കോർഡിനേറ്റ് ഫയലിൽ' ഒരൊറ്റ PDB-യുടെ കോർഡിനേറ്റും മറ്റ് ഡാറ്റയും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ SCOP അല്ലെങ്കിൽ CATH-ൽ നിന്നുള്ള ഒരൊറ്റ ഡൊമെയ്ൻ, CCF ഫോർമാറ്റിൽ (EMBL പോലെയുള്ളത്). ഫയലുകൾ,
PDBPARSE (PDB ഫയലുകൾ) അല്ലെങ്കിൽ DOMAINER (ഡൊമെയ്‌നുകൾ) ഉപയോഗിച്ച് സൃഷ്‌ടിച്ചത്, 'ക്ലീൻഡ്-അപ്പ്' അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
സ്വയം സ്ഥിരതയുള്ളതും പിശക് തിരുത്തിയതുമായ ഡാറ്റ. അവശിഷ്ട ലായകത്തിനുള്ള രേഖകൾ
പ്രവേശനക്ഷമതയും ദ്വിതീയ ഘടനയും PDBPLUS ഉപയോഗിച്ച് ഫയലിലേക്ക് ചേർക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി
മൂല്യം: ./
-ഗെറ്റ്സ്വിസ് ടോഗിൾ ചെയ്യുക
സ്ഥിര മൂല്യം: എൻ
-pdbtospfile infile
ഈ ഐച്ഛികം swissprot ഇൻഡക്സിംഗ് ഫയലിലേക്കുള്ള pdbcodes-ന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുന്നു. ദി
swissprot:PDB തുല്യത ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കുന്നത് PDBTOSP ആണ്
- ഡാറ്റാ ഫയൽ മാട്രിക്സ്
ഈ ഐച്ഛികം റെസിഡ്യൂ സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മാട്രിക്സ് വ്യക്തമാക്കുന്നു, അത് സീക്വൻസിനായി ഉപയോഗിക്കുന്നു
താരതമ്യം. സ്ഥിര മൂല്യം: EBLOSUM62
ആവശ്യമായ വിഭാഗം
അധികമായ വിഭാഗം
- ഗാപോപെൻ ഫ്ലോട്ട്
ഈ ഓപ്ഷൻ ഗ്യാപ്പ് ഇൻസേർഷൻ പെനാൽറ്റി വ്യക്തമാക്കുന്നു. എപ്പോൾ എടുത്ത സ്കോർ ഇതാണ്
വിടവ് സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു. മികച്ച മൂല്യം താരതമ്യ മാട്രിക്സിന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി
പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾക്കായി നിങ്ങൾ EBLOSUM62 മാട്രിക്സ് ഉപയോഗിക്കുന്നുണ്ടെന്ന് മൂല്യം അനുമാനിക്കുന്നു, കൂടാതെ
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകൾക്കുള്ള EDNAFULL മാട്രിക്സ്. സ്ഥിര മൂല്യം: 10
-ഗപെക്സ്റ്റെൻഡ് ഫ്ലോട്ട്
ഈ ഓപ്ഷൻ വിടവ് വിപുലീകരണ പെനാൽറ്റി വ്യക്തമാക്കുന്നു. ഇത് സ്റ്റാൻഡേർഡ് വിടവിലേക്ക് ചേർത്തു
ഓരോ അടിസ്ഥാനത്തിനും അല്ലെങ്കിൽ വിടവിലെ അവശിഷ്ടത്തിനും പിഴ. ദൈർഘ്യമേറിയ വിടവുകൾക്ക് പിഴ ചുമത്തുന്നത് ഇങ്ങനെയാണ്.
സാധാരണയായി നിങ്ങൾ പല ചെറിയ വിടവുകളേക്കാൾ കുറച്ച് നീണ്ട വിടവുകൾ പ്രതീക്ഷിക്കും, അതിനാൽ വിടവ്
വിപുലീകരണ പെനാൽറ്റി വിടവ് പിഴയേക്കാൾ കുറവായിരിക്കണം. സ്ഥിര മൂല്യം: 0.5
ഔട്ട്പുട്ട് വിഭാഗം
-dcfoutfile ഔട്ട്ഫിൽ
ഈ ഐച്ഛികം DCF ഫയലിന്റെ പേര് (ഡൊമെയ്ൻ വർഗ്ഗീകരണ ഫയൽ) (ഔട്ട്പുട്ട്) വ്യക്തമാക്കുന്നു. എ
'ഡൊമെയ്ൻ ക്ലാസിഫിക്കേഷൻ ഫയലിൽ' നിന്നുള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾക്കായുള്ള വർഗ്ഗീകരണവും മറ്റ് ഡാറ്റയും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
SCOP അല്ലെങ്കിൽ CATH, DCF ഫോർമാറ്റിൽ (EMBL പോലെ). SCOPPARSE ഉപയോഗിച്ചാണ് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നത്
ഒപ്പം കാത്ത്പാർസും. ഉപയോഗിച്ച് ഡൊമെയ്ൻ സീക്വൻസ് വിവരങ്ങൾ ഫയലിലേക്ക് ചേർക്കാം
DOMAINSEQS. സ്ഥിര മൂല്യം: domainseqs.out
-ലോഗ് ഫയൽ ഔട്ട്ഫിൽ
ഈ ഓപ്ഷൻ ബിൽഡിനായി ലോഗ് ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുന്നു. ലോഗ് ഫയലിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ഡൊമെയ്ൻസെക്കുകൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുമ്പോൾ ഉണ്ടാകുന്ന എന്തെങ്കിലും പിശകുകളെക്കുറിച്ചുള്ള സന്ദേശങ്ങൾ. സ്ഥിര മൂല്യം: domainseqs.log
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് domainseqse ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
