Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന fastml കമാൻഡ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
ഫാസ്റ്റ്എംഎൽ - പൂർവ്വികരുടെ അമിനോ ആസിഡ് സീക്വൻസ് പുനർനിർമ്മാണത്തിന്റെ പരമാവധി സാധ്യത
സിനോപ്സിസ്
ഫാസ്റ്റ്എംഎൽ [ഓപ്ഷനുകൾ]
വിവരണം
ഫാസ്റ്റ്എംഎൽ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പൂർവ്വിക ശ്രേണികളുടെ പുനർനിർമ്മാണത്തിനുള്ള ഒരു ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് ഉപകരണമാണ്.
ഹോമോലോഗസ് സീക്വൻസുകൾ തമ്മിലുള്ള ഫൈലോജെനെറ്റിക് ബന്ധങ്ങൾ. FastML നിരവധി അൽഗോരിതങ്ങൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നു
രണ്ടിന്റെയും കൃത്യമായ പുനർനിർമ്മാണത്തിന് ഊന്നൽ നൽകി പൂർവ്വിക ശ്രേണികൾ പുനർനിർമ്മിക്കുക
ഇൻഡലുകളും പ്രതീകങ്ങളും. പ്രതീക പുനർനിർമ്മാണത്തിനായി മുമ്പ് വിവരിച്ച FastML
ഓരോന്നിനും ഏറ്റവും സാധ്യതയുള്ള പൂർവ്വിക ശ്രേണികൾ കാര്യക്ഷമമായി അനുമാനിക്കാൻ അൽഗോരിതങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
വൃക്ഷത്തിന്റെ ആന്തരിക നോഡ്. സംയുക്തവും നാമമാത്രവുമായ പുനർനിർമ്മാണങ്ങൾ നൽകിയിട്ടുണ്ട്. വേണ്ടി
ഇൻഡെൽസ് പുനർനിർമ്മാണം കണ്ടെത്തിയ ഇൻഡെൽ ഇവന്റുകൾ അനുസരിച്ച് സീക്വൻസുകൾ ആദ്യം കോഡ് ചെയ്യുന്നു
മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റിനുള്ളിൽ (എംഎസ്എ) തുടർന്ന് അത്യാധുനിക സാധ്യതാ മോഡലും
പൂർവ്വികരുടെ ഇൻഡൽ സ്റ്റേറ്റുകളെ പുനർനിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഫലങ്ങൾ ഏറ്റവും സാധ്യതയുള്ളതാണ്
സീക്വൻസുകൾ, ഓരോ പ്രതീകത്തിനും ഇൻഡലിനും പിന്നിലെ പ്രോബബിലിറ്റികൾക്കൊപ്പം
മരത്തിന്റെ ഓരോ ആന്തരിക നോഡിനും ക്രമ സ്ഥാനം. FastML പൊതുവായതും ബാധകവുമാണ്
ഏതെങ്കിലും തരത്തിലുള്ള തന്മാത്രാ ശ്രേണികൾക്കായി (ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്, പ്രോട്ടീൻ അല്ലെങ്കിൽ കോഡൺ സീക്വൻസുകൾ).
ഓപ്ഷനുകൾ
-h സഹായിക്കൂ
-s സീക്വൻസ് ഇൻപുട്ട് ഫയൽ (ഉദാഹരണത്തിന് ഉപയോഗിക്കുക -s emySequences/eseq.txt)
-t ട്രീ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ (ട്രീ നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ഒരു അയൽക്കാരനായ ട്രീയെ കണക്കാക്കുന്നു).
-g സൈറ്റ് റേറ്റ് വേരിയേഷൻ മോഡൽ (ഗാമ) ഇടയിൽ അനുമാനിക്കുക [ഡിഫോൾട്ടായി പ്രോഗ്രാം
ഒരു ഏകീകൃത മാതൃക സ്വീകരിക്കും. വളരെ വേഗം, എന്നാൽ കൃത്യത കുറവാണ്!]
-m മോഡലിന്റെ പേര്
-എംജെ [JTT]
- മില്ലി LG
-മിസ്റ്റർ mtREV (മൈറ്റോകോൺഡ്രിയൽ ജീനോമുകൾക്ക്)
-എംഡി DAY
-mw WAG
-എംസി cpREV (ക്ലോറോപ്ലാസ്റ്റ് ജീനോമുകൾക്ക്)
-മാ അമിനോ ആസിഡുകൾക്കുള്ള ജ്യൂക്കുകളും കാന്ററും (ജെസി).
-mn ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾക്കുള്ള ജൂക്കുകളും കാന്ററും (ജെസി).
-mh ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾക്കുള്ള HKY മോഡൽ
-എംജി ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾക്കുള്ള nucgtr മോഡൽ
-എംടി tamura92 ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾക്കുള്ള മാതൃക
-ente യാങ് M5 കോഡണുകളുടെ മോഡൽ
-മെ അനുഭവപരമായ കോഡൺ മാട്രിക്സ്
ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു:
-x ട്രീ ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് Newick ഫോർമാറ്റിൽ [tree.newick.txt]
-y ട്രീ ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ANCESTOR ഫോർമാറ്റിൽ [tree.ancestor.txt]
-j ജോയിന്റ് സീക്വൻസുകളുടെ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ [seq.joint.txt]
-k മാർജിനൽ സീക്വൻസുകളുടെ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ [seq.marginal.txt]
-d ജോയിന്റ് പ്രോബബിലിറ്റി ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ [prob.joint.txt]
-e മാർജിനൽ പ്രോബബിലിറ്റികളുടെ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ [prob.marginal.txt]
-q പൂർവ്വിക ശ്രേണികളുടെ ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്. (-ക്യുസി = [ക്ലസ്റ്റൽ], -qf = ഫാസ്റ്റ,
-ക്യുഎം = MOLPHY, -qs = MASE, -ക്യുപി = PHLIYP, -ക്യുഎൻ = നെക്സസ്)
വിപുലമായ ഓപ്ഷനുകൾ:
-a കംപ്യൂട്ടിംഗിനുള്ള ത്രെഷോൾഡ് വീണ്ടും മാർജിനൽ പ്രോബബിലിറ്റികൾ [0.9]
-b ആരംഭിക്കുന്ന മരത്തിൽ ശാഖകളുടെ നീളം ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യരുത്
[ഡിഫോൾട്ട് ബ്രാഞ്ചുകളും ആൽഫയും ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് ML ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു]
-c ഗാമാ വിതരണത്തിനായുള്ള വ്യതിരിക്ത ഗാമ വിഭാഗങ്ങളുടെ എണ്ണം [8]
-f സംയുക്ത പുനർനിർമ്മാണം കണക്കാക്കരുത് (ശാഖയും ബൗണ്ട് അൽഗോരിതവും എടുക്കുകയാണെങ്കിൽ നല്ലത്
വളരെയധികം സമയം, ഗാമ ഉപയോഗിച്ച് നാമമാത്രമായ പുനർനിർമ്മാണം കണക്കാക്കുക എന്നതാണ് ലക്ഷ്യം).
-z ഉപയോഗിച്ച ബൗണ്ട്. -zs - തുകയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. -zm പരമാവധി അടിസ്ഥാനമാക്കി. -zb [രണ്ടും]
-p ഗാമാ വിതരണത്തിന്റെ ഉപയോക്തൃ ആൽഫ പാരാമീറ്റർ [ആൽഫ നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ആൽഫ കൂടാതെ
ശാഖകൾ ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് വിലയിരുത്തപ്പെടും (അസാധുവാക്കുക -b)
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി ഫാസ്റ്റ്എംഎൽ ഉപയോഗിക്കുക
