സ്വതന്ത്ര കോൺടാക്റ്റ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഫ്രീ കോൺടാക്റ്റ് - ഫാസ്റ്റ് പ്രോട്ടീൻ കോൺടാക്റ്റ് പ്രെഡിക്ടർ

സിനോപ്സിസ്

സ്വതന്ത്രമായി ബന്ധപ്പെടുക [ഓപ്ഷൻ]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | സ്വതന്ത്ര കോൺടാക്റ്റ്
--parprof evfold > contacts.out

സ്വതന്ത്ര കോൺടാക്റ്റ് --ali=അലിഫിൽ --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUMBER --സാന്ദ്രത=NUMBER --cov20=BOOL
--estimate-ivcov=BOOL --gapth=NUMBER --icme-timeout=NUMBER --input-format=[ഫ്ലാറ്റ്|xml]
--mincontsep=NUMBER --output-format=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUMBER
--pscount-weight=NUMBER --rho=NUMBER --ത്രെഡുകൾ=NUMBER --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

വിവരണം

ഫ്രീകോൺടാക്റ്റ് വേഗതയ്‌ക്കായി ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്‌ത പ്രോട്ടീൻ അവശിഷ്ട കോൺടാക്റ്റ് പ്രെഡിക്റ്ററാണ്. FreeContact കഴിയും
EVfold-mfDCA യുടെ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച കോൺടാക്റ്റ് പ്രെഡിക്റ്ററുകൾക്ക് ത്വരിതപ്പെടുത്തിയ ഡ്രോപ്പ്-ഇൻ ആയി പ്രവർത്തിക്കുന്നു
ഡി.എസ്. മാർക്സ് തുടങ്ങിയവർ. (2011) [1], കൂടാതെ D. ജോൺസ് മറ്റുള്ളവരുടെ PSICOV. (2011) [2].

വെക്റ്റർ നിർദ്ദേശങ്ങൾ, ഒന്നിലധികം ത്രെഡുകൾ, കൂടാതെ ഫ്രീകോൺടാക്റ്റ് ത്വരിതപ്പെടുത്തുന്നു
പ്രധാന ഭാഗങ്ങൾ വേഗത്തിൽ നടപ്പിലാക്കൽ. വിന്യാസത്തെ ആശ്രയിച്ച്, 8 മടങ്ങ് അല്ലെങ്കിൽ ഉയർന്ന വേഗത
സാധ്യമാണ്.

അർത്ഥവത്തായ ഫലങ്ങൾക്ക് വേണ്ടത്ര വലിയ വിന്യാസം ആവശ്യമാണ്. കുറഞ്ഞത്, ഒരു
ദൈർഘ്യത്തേക്കാൾ വലുതായ (ഭാരത്തിന് ശേഷമുള്ള) ക്രമം കണക്കിലെടുത്തുള്ള വിന്യാസം
അന്വേഷണ ക്രമം ഉപയോഗിക്കണം. പതിനായിരക്കണക്കിന് (ഫലപ്രദമായ) സീക്വൻസുകളുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ
നല്ല ഇൻപുട്ട് ആയി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു.

ജാക്ക്ഹമ്മർ(1) അല്ലെങ്കിൽ hhblits(1) വിന്യാസങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാം, ഉദാഹരണത്തിന്.

[1] PLoS വൺ. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. എപബ് 2011 ഡിസംബർ 7.
പ്രോട്ടീൻ 3D ഘടന പരിണാമ ക്രമ വ്യതിയാനത്തിൽ നിന്ന് കണക്കാക്കുന്നു. മാർക്ക് ഡിഎസ്, കോൾവെൽ എൽജെ,
ഷെറിഡൻ ആർ, ഹോപ്പ് ടിഎ, പഗ്നാനി എ, സെച്ചിന ആർ, സാൻഡർ സി.

[2] ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്. 2012 ജനുവരി 15;28(2):184-90. എപബ് 2011 നവംബർ 17. PSICOV: കൃത്യമായ
സ്പാർസ് ഇൻവേഴ്‌സ് കോവേരിയൻസ് എസ്റ്റിമേഷൻ ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഘടനാപരമായ കോൺടാക്റ്റ് പ്രവചനം
ക്രമ വിന്യാസങ്ങൾ. ജോൺസ് ഡിടി, ബുക്കൻ ഡിഡബ്ല്യു, കോസെറ്റോ ഡി, പോണ്ടിൽ എം.

ഇൻപുട്ട്
ഇനിപ്പറയുന്ന ഫോർമാറ്റുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു:

പരന്ന
ഇനിപ്പറയുന്ന ലളിതമായ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു:

# ക്വറിസ്റ്റാർട്ട്=5
# ചോദ്യം=ചോദ്യം വിത്ത് ഇൻസെർഷൻ
ചോദ്യങ്ങൾ
-അലൈൻ ചെയ്തു---ക്രമം--വിടവുകളോടെ----
മറ്റൊരു അലൈൻഡ് ---------- ക്രമം

'#' തലക്കെട്ട് വരികൾ ഓപ്ഷണലാണ്. കോൺടാക്റ്റ് അവശിഷ്ടങ്ങൾ കണക്കാക്കാൻ ഹെഡർ ലൈനുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
അക്കങ്ങളും ചില ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റുകൾക്കായി ബന്ധപ്പെട്ട അന്വേഷണ അവശിഷ്ടങ്ങൾ നോക്കാനും.

ചോദ്യങ്ങളൊന്നും നിർവചിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ, അലൈൻമെന്റിലെ ആദ്യ ക്രമം ചോദ്യമായി ഉപയോഗിക്കുന്നു
ക്രമം. അന്വേഷണ ക്രമത്തിൽ വിന്യാസത്തിൽ വിടവുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കരുത്.

എല്ലാ വിന്യാസ വരികളും ഒരേ നീളം ആയിരിക്കണം, അതിൽ മാത്രം അടങ്ങിയിരിക്കാം
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] എന്നത് [D] ലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു, [Z] എന്നത് [E] ലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു, [JOUX] ആണ്
[X] ലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്‌തു. മുഴുവൻ പ്രോഗ്രാമിനുമായി [X] പൊരുത്തപ്പെടുന്നു.

A2M ഇൻപുട്ട് വിന്യാസങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് മുകളിലുള്ള ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യാൻ കഴിയും
/usr/share/freecontact/a2m2aln. അലൈൻമെന്റ് നേരിട്ട് പൈപ്പ് ചെയ്യാൻ a2m2aln ഉപയോഗിക്കാം
സ്വതന്ത്ര കോൺടാക്റ്റിലേക്ക്.

XML ഒന്നിനൊപ്പം XML ഡോക്യുമെന്റ്http://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
BioXSD [4] ൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ FreeContact സ്കീമയിൽ [5] നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന ഘടകം.

ഉദാഹരണം: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

ഔട്ട്പുട്ട്
യഥാർത്ഥ EVfold-mfDCA അല്ലെങ്കിൽ PSICOV ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഡിഫോൾട്ടായി ഉപയോഗിക്കുന്നു
പാരാമീറ്റർ പ്രൊഫൈൽ തിരഞ്ഞെടുത്തു.

evfold (EVfold-mfDCA)
5 കെ 6 എൽ 0.332129 3.59798
| | | | | + തിരുത്തിയ മാനദണ്ഡം (CN) കോൺടാക്റ്റ് സ്കോർ
| | | | + പരസ്പര വിവരങ്ങൾ (MI) സ്കോർ
| | | + അമിനോ ആസിഡ് അവശിഷ്ട കോഡുമായി ബന്ധപ്പെടുക
| | + ബന്ധപ്പെടാനുള്ള ശേഷിക്കുന്ന നമ്പർ
| + അമിനോ ആസിഡ് അവശിഷ്ട കോഡുമായി ബന്ധപ്പെടുക
+ ബന്ധപ്പെടാനുള്ള ശേഷിക്കുന്ന നമ്പർ

കോൺടാക്റ്റുകൾ അവശിഷ്ട നമ്പറിൽ അടുക്കിയിരിക്കുന്നു.

pfrmat_rr (PSICOV)
CASP റെസിഡ്യൂ-റെസിഡ്യൂ വേർഷൻ പ്രവചനം (PFRMAT RR) ഫോർമാറ്റ് [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + കോൺടാക്റ്റ് സ്കോർ
| | ശേഷിക്കുന്ന ജോഡിക്കായി പ്രവചിച്ച Cb-Cb ദൂരത്തിന്റെ +-+ ശ്രേണി [Å]
| | (ഗ്ലൈസിനുകൾക്കുള്ള സി-ആൽഫ)
| | ഈ രണ്ട് ഫീൽഡുകളും ഔട്ട്പുട്ടിൽ മാറ്റമില്ലാത്തവയാണ്.
| + ശേഷിക്കുന്ന നമ്പറുമായി ബന്ധപ്പെടുക
+ ബന്ധപ്പെടാനുള്ള ശേഷിക്കുന്ന നമ്പർ

കോൺടാക്‌റ്റുകൾ സ്‌കോർ, അവരോഹണക്രമത്തിൽ അടുക്കുന്നു.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
ഒന്നിനൊപ്പം XML ഡോക്യുമെന്റ്http://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
BioXSD [4] ൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ FreeContact സ്കീമയിൽ [5] നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന ഘടകം.

ഉദാഹരണം: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

ശ്രദ്ധിക്കുക: FreeContact-മായി സഹകരിച്ച് BioXSD സജീവമായി വികസിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുന്നതിനാൽ,
FreeContact സ്കീമ യഥാർത്ഥത്തിൽ [5] എന്നതിൽ ഇതുവരെ ലഭ്യമല്ലാത്ത ഒരു പതിപ്പിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞതാകാം.

[4]

[5]http://bioxsd.org>

ഔട്ട്പുട്ട് സാധ്യമായ എല്ലാ കോൺടാക്റ്റുകളും ലിസ്റ്റ് ചെയ്തേക്കില്ല.

അവലംബം

സമർപ്പിച്ചു. FreeContact: വേഗതയേറിയതും സൗജന്യവുമായ നേരിട്ടുള്ള അവശിഷ്ടങ്ങൾ-അവശിഷ്ടങ്ങൾ ബന്ധപ്പെടാനുള്ള പ്രവചനം.
കജാൻ എൽ, സുസ്റ്റിക് എംഎ, മാർക്ക് ഡിഎസ്, ഹോപ്പ് ടിഎ, കലാഷ് എം, റോസ്റ്റ് ബി.

ഓപ്ഷനുകൾ

-a [ --threads ] arg
ഉപയോഗിക്കാനുള്ള ത്രെഡുകൾ [0-). 0 എന്നാൽ കോറുകളുടെ അത്രയും.

--apply-gapth arg
ശരിയാണെങ്കിൽ, വെയ്റ്റഡ് ഗ്യാപ്പ് ഫ്രീക്വൻസി > ഉള്ള അവശിഷ്ട നിരകളും വരികളും ഒഴിവാക്കുക --വിടവ്
കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സിൽ നിന്ന് [ബൂളിയൻ].

-c [ --clustpc ] arg
BLOSUM ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ശതമാനം [0-100].

--cov20 arg
ശരിയാണെങ്കിൽ, കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സിൽ നിന്ന് ഒരു അമിനോ ആസിഡ് വിടുക, ഇത് അമിതമായി നിർണ്ണയിക്കപ്പെടാത്തതാക്കുക
[ബൂളിയൻ].

-d [ --ഡെൻസിറ്റി ] arg
ടാർഗെറ്റ് പ്രിസിഷൻ മാട്രിക്സ് ഡെൻസിറ്റി [0-1]. സജ്ജമാക്കുക 0 സാന്ദ്രത നിയന്ത്രിക്കാതിരിക്കാൻ.

--ഡീബഗ്
ഡീബഗ്ഗിംഗ് ഓണാക്കുക.

--എസ്റ്റിമേറ്റ്-ivcov arg
മാട്രിക്സ് ഇൻവേർഷൻ [ബൂളിയൻ] എന്നതിന് പകരം വിപരീത കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സ് എസ്റ്റിമേഷൻ ഉപയോഗിക്കുക.

-f [ --ali ] arg (=-)
അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ [പാത്ത്]. '-' ആണെങ്കിൽ, സാധാരണ ഇൻപുട്ട്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: '-'.

-g [ --gapth ] arg
വെയ്റ്റഡ് ഗ്യാപ് ഫ്രീക്വൻസി ത്രെഷോൾഡ് (0-1].

-h [ --സഹായം ]
ഈ സഹായ സന്ദേശം നിർമ്മിക്കുക.

-i [ --input-format ] arg (=ഫ്ലാറ്റ്)
ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ് [ഫ്ലാറ്റ്|xml].

--icme-timeout arg (=1800)
വിപരീത കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സ് എസ്റ്റിമേഷൻ സമയപരിധി സെക്കൻഡിൽ [0-). ഓരോ വിപരീതത്തിലും പ്രയോഗിക്കുന്നു
സ്വതന്ത്രമായി വിളിക്കുക. കാലഹരണപ്പെടൽ സംഭവിക്കുകയാണെങ്കിൽ, പ്രോഗ്രാം സ്റ്റാറ്റസോടെ പുറത്തുകടക്കുന്നു 2.

--mincontsep arg
അമിനോ ആസിഡുകളിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ അനുക്രമം തിരിച്ചുള്ള കോൺടാക്റ്റിംഗ് അവശിഷ്ട ജോഡി വേർതിരിവ്
(ji>=arg). 1 അടുത്തുള്ള അവശിഷ്ടങ്ങൾക്കായി. [1-).

-o [ --output-format ] arg
ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (=default)
പാരാമീറ്റർ പ്രൊഫൈൽ (ഓപ്ഷണൽ) [default|evfold|psicov]. ഡിഫോൾട്ട് പ്രൊഫൈൽ ആണ് evfold.

പ്രൊഫൈൽ മൂല്യങ്ങൾ അസാധുവാക്കാൻ കമാൻഡ് ലൈൻ ആർഗ്യുമെന്റുകൾ ഉപയോഗിക്കാം.

evfold
EVfold-mfDCA [1] അനുയോജ്യത മോഡ് ട്രിഗർ ചെയ്യുന്നു.

psicov
PSICOV [2] അനുയോജ്യത മോഡ് ട്രിഗർ ചെയ്യുന്നു.

psicov-sd
PSICOV [2] സെൻസിബിൾ ഡിഫോൾട്ട് മോഡ് ട്രിഗർ ചെയ്യുന്നു: സ്ഥിരമായ സ്ഥിരസ്ഥിതി rho, സാന്ദ്രത നിയന്ത്രണമില്ല.

-w [ --pscount-weight ] arg
സ്യൂഡോകൗണ്ട് ഭാരം [0-1].

-p [ --pseudocnt ] arg
സ്യൂഡോകൗണ്ട് [0-).

--പെപ്പ്
സാധാരണ പിശകിൽ ഫലപ്രദമായ പാരാമീറ്ററുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക. ഏതൊക്കെ പാരാമീറ്ററുകൾ കാണുന്നതിന് ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക
സ്വതന്ത്ര കോൺടാക്റ്റ്(1) വിശദമായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു. എപ്പോൾ ഇത് പ്രത്യേകിച്ചും ഉപയോഗപ്രദമാണ് --parprof
ഓപ്ഷൻ മറ്റ് ഓപ്ഷനുകളുമായി സംയോജിച്ച് ഉപയോഗിക്കുന്നു.

--റോ ആർഗ്
ഗ്ലാസ്സോ റെഗുലറൈസേഷൻ പാരാമീറ്ററിന്റെ പ്രാരംഭ മൂല്യം [0-). നെഗറ്റീവ് ആണെങ്കിൽ, മൂല്യം തിരഞ്ഞെടുക്കുക
ഓട്ടോമാറ്റിയ്ക്കായി.

--quiet arg (=0)
സാധാരണ പിശകിൽ പിശക് സന്ദേശങ്ങളല്ലാതെ മറ്റൊന്നും പ്രിന്റ് ചെയ്യുക. ബാധിക്കില്ല --ഡീബഗ്.

--veczw arg
ലഭ്യമാകുമ്പോൾ വെക്‌ടറൈസ്ഡ് സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് ഉപയോഗിക്കുക [ബൂളിയൻ].

--പതിപ്പ്
പ്രിന്റ് പതിപ്പ്.

പുറത്ത് പദവി

0 തെറ്റില്ല - വിജയം.

1 വ്യക്തമാക്കാത്ത പിശക്.

2 കാലഹരണപ്പെടൽ (കാണുക --icme-timeout) സംഭവിച്ചു.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examles/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examles/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examles/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

കുറിപ്പുകൾ

മികച്ച പ്രകടനത്തിന്, സ്വയമേവ ട്യൂൺ ചെയ്ത ലീനിയർ ആൾജിബ്ര സോഫ്റ്റ്‌വെയർ (ATLAS) ഉപയോഗിക്കുക
ലൈബ്രറി സമാഹരിച്ചത് on The മെഷീൻ അവിടെ ഫ്രീ കോൺടാക്റ്റ് പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ freecontact ഉപയോഗിക്കുക