gff2ps - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gff2ps - GFF ഫയലുകളിൽ നിന്ന് പോസ്റ്റ്സ്ക്രിപ്റ്റ് ഗ്രാഫിക്കൽ ഔട്ട്പുട്ട് നിർമ്മിക്കുന്നു.

സിനോപ്സിസ്

gff2ps [ഓപ്ഷനുകൾ] -- gff_files

വിവരണം

ഈ പ്രോഗ്രാം gff ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഡാറ്റാ ഫീൽഡുകളുള്ള ഫയലുകളിൽ നിന്ന് നിറങ്ങൾ നിറഞ്ഞ ഡോട്ട്പ്ലോട്ടുകൾ വരയ്ക്കുന്നു. ദി
GFF ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഒരു ജീനോമിക് സീക്വൻസിലെ വ്യാഖ്യാനിച്ച സവിശേഷതകൾ പ്രോഗ്രാം ഇൻപുട്ടായി എടുക്കുന്നു, കൂടാതെ
പോസ്റ്റ്സ്ക്രിപ്റ്റിൽ ഒരു വിഷ്വൽ ഔട്ട്പുട്ട് നിർമ്മിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h ഓപ്ഷനുകളുടെ സംഗ്രഹം കാണിക്കുക.

-H
നിർദ്ദിഷ്ട ഓപ്‌ഷനുള്ള സഹായം മാത്രം കാണിക്കുന്നു.

-V വെർബോസ് മോഡ്, ഒരു പൂർണ്ണ റിപ്പോർട്ട് സാധാരണ പിശകിലേക്ക് അയയ്‌ക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് മാത്രം അയയ്ക്കുന്നു
മുന്നറിയിപ്പുകൾ).

-v സൈലന്റ് മോഡ്: എല്ലാ മുന്നറിയിപ്പുകളും പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക, സാധാരണ പിശകിലേക്ക് സന്ദേശങ്ങളൊന്നും അയച്ചിട്ടില്ല.

-d ഡിഫോൾട്ട് ഇഷ്‌ടാനുസൃത ഫയൽ എഴുതുക (അല്ലെങ്കിൽ വീണ്ടും എഴുതുക).

-D
നൽകിയിരിക്കുന്ന ഫയൽ നാമം ഉപയോഗിച്ച് ഒരു പുതിയ സ്ഥിരസ്ഥിതി ഇഷ്‌ടാനുസൃത ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കുക.

-C
നൽകിയിരിക്കുന്ന ഇഷ്‌ടാനുസൃത ഫയൽ ലോഡുചെയ്‌ത് ഡിഫോൾട്ട് ഇഷ്‌ടാനുസൃത ഫയലിലേക്ക് (.gff2psrc) ചേർക്കുക.

-s
പേജ് വലുപ്പം പരിഷ്കരിക്കാൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ് (ഡിഫോൾട്ട് a4 ആണ്).

-p പേജ് ഓറിയന്റേഷൻ പോർട്രെയ്‌റ്റിലേക്ക് മാറ്റുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി ലാൻഡ്‌സ്‌കേപ്പ് ആണ്).

-G
FOREGROUND എന്നതിനായി നിറം സജ്ജമാക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി കറുപ്പാണ്).

-g
പശ്ചാത്തലത്തിനായി നിറം സജ്ജീകരിക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് വെള്ളയാണ്).

-P <#> നിങ്ങളുടെ ഔട്ട്‌പുട്ട് വിഭജിക്കാൻ എത്ര പേജുകൾ ആവശ്യമാണെന്ന് സജ്ജീകരിക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് ഒന്നാണ്).

-S <#> ആദ്യം ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സൂം ചെയ്യുക (ഡിഫോൾട്ട് സീക്വൻസ് ഉത്ഭവം).

-E <#> അവസാന ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സൂം ചെയ്യുക (ഡിഫോൾട്ട് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യമാണ്).

-B <#> ഓരോ പേജിനും ബ്ലോക്കുകൾ സജ്ജമാക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി ഒന്ന്).

-N <#> ഓരോ വരിയിലും ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ സജ്ജീകരിക്കുന്നു (ഇൻപുട്ട് gff-ൽ നിന്നുള്ള ഏറ്റവും വലിയ സീക്വൻസ് പൊസിഷനാണ് ഡിഫോൾട്ട്.
ഫയലുകൾ).

-b ഇടത്തുനിന്ന് വലത്തോട്ടും മുകളിൽ നിന്ന് താഴേക്കും തടയുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് ആദ്യം മുകളിൽ നിന്ന് താഴേക്ക്).

-L തലക്കെട്ട് സ്വിച്ച് ഓഫ് ചെയ്യുക (ശീർഷക മേഖല).

-T
ശീർഷകം നിർവചിക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് ഇൻപുട്ട് gff ഫയൽനാമമാണ്).

-t
ഉപശീർഷകം നിർവചിക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് ഒന്നുമില്ല).

-l പേജ് നമ്പറിംഗ് കാണിക്കുന്നില്ല.

-O തീയതി കാണിക്കുന്നില്ല.

-o സമയം കാണിക്കുന്നില്ല.

-M <#> ഒരു വരിയിലെ പ്രധാന ടിക്ക്മാർക്കുകളുടെ എണ്ണം (ഡിഫോൾട്ട് 10).

-K <#> ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളിലെ പ്രധാന ടിക്ക്മാർക്കുകളുടെ സ്കെയിൽ, വരികൾക്കുള്ള ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് നീളമാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി
പ്രധാന ടിക്ക്മാർക്കുകളുടെ നമ്പർ കൊണ്ട് ഹരിക്കുക (ഓപ്ഷൻ -T കാണുക).

-m <#> പ്രധാന ടിക്ക്മാർക്കുകൾക്കിടയിലുള്ള ചെറിയ ടിക്ക്മാർക്കുകളുടെ എണ്ണം (ഡിഫോൾട്ട് 10).

-k <#> ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ ഡിഫോൾട്ടിലെ മൈനർ ടിക്ക്മാർക്കുകളുടെ സ്കെയിൽ പ്രധാന ടിക്ക്മാർക്കുകളുടെ വലുപ്പം കൊണ്ട് ഹരിച്ചതാണ്
ചെറിയ ടിക്ക്മാർക്കുകളുടെ നമ്പർ (ഓപ്ഷൻ -t കാണുക).

-w, -f ഫോർവേഡ്-സ്ട്രാൻഡ് (വാട്സൺ) ഘടകങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നത് സ്വിച്ച് ഓഫ് ചെയ്യുക.

-സി, -r റിവേഴ്സ്-സ്ട്രാൻഡ് (ക്രിക്ക്) ഘടകങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നത് സ്വിച്ച് ഓഫ് ചെയ്യുക.

-i സ്ട്രാൻഡ്-ഇൻഡിപെൻഡന്റ് ഘടകങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നത് സ്വിച്ച് ഓഫ് ചെയ്യുക.

-0
ഫ്രെയിമിന് "0" നിറം സജ്ജമാക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി നീലയാണ്).

-1 ഫ്രെയിമിന് "1" നിറം സജ്ജമാക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് ചുവപ്പ്).

-2 ഫ്രെയിമിന് "2" നിറം സജ്ജമാക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി പച്ചയാണ്).

-3 ഫ്രെയിമിനായി നിറം സജ്ജമാക്കുന്നു "." (ഡിഫോൾട്ട് ഓറഞ്ച് ആണ്).

-n മൂലക സ്ഥാനങ്ങൾക്കായി ലേബലുകൾ സ്വിച്ച് ഓഫ് ചെയ്യുക.

-a പ്ലോട്ടിലെ പകർപ്പവകാശ ലൈൻ ഓഫ് ചെയ്യുക.

ENVIRONMENT വ്യത്യാസങ്ങൾ

ഉപയോക്താക്കൾക്ക് അവരുടെ മുൻഗണനകളിലേക്ക് സജ്ജമാക്കാൻ കഴിയുന്ന മൂന്ന് പരിസ്ഥിതി വേരിയബിളുകൾ ഉണ്ട്:

+ ഷെല്ലിനൊപ്പം സ്ഥിരസ്ഥിതി ഫയലുകൾ GFF2PS-ന് കണ്ടെത്താനാകുന്ന പാത നിങ്ങൾക്ക് വ്യക്തമാക്കാം
വേരിയബിൾ "GFF2PS_CFDIR". നിങ്ങൾ GFF2PS പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്ന പാതയാണ് ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം.
+ വേരിയബിളിനൊപ്പം നിങ്ങൾക്ക് ഇഷ്ടപ്പെട്ട സ്ഥിരസ്ഥിതി ഇഷ്‌ടാനുസൃത ഫയൽനാമം നിർവ്വചിക്കാനും കഴിയും
"GFF2PS_CUSTOMFILE", ഇഷ്‌ടാനുസൃത ഫയലിനായുള്ള പ്രോഗ്രാമിന്റെ ഡിഫോൾട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് ".gff2psrc" ആണ്.
+ GFF2PS നിലവിലെ അനുമതികളോടെ ഒരു ഡയറക്ടറിയിൽ കുറച്ച് താൽക്കാലിക ഫയലുകൾ എഴുതേണ്ടതുണ്ട്
വായിക്കാനും എഴുതാനുമുള്ള ഉപയോക്താവ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി താൽക്കാലിക ഡയറക്‌ടറി പാത്ത് ""/ tmp /"എന്നാൽ നിങ്ങൾക്ക് കഴിയും
"GFF2PS_TMP" എന്ന വേരിയബിൾ ഉപയോഗിച്ച് മറ്റൊരു താൽക്കാലിക ഡയറക്ടറി പാത്ത് നൽകുക.

Bourne-shell (bash) ൽ ആ vars സജ്ജീകരിക്കുന്നു:
GFF2PS_CFDIR="പാത്ത്" കയറ്റുമതി ചെയ്യുക
GFF2PS_CUSTOMFILE="file_name" കയറ്റുമതി ചെയ്യുക
GFF2PS_TMP="പാത്ത്" കയറ്റുമതി ചെയ്യുക

ഒരു സി-ഷെൽ (csh) ഉപയോഗിക്കുന്നു:
setenv GFF2PS_CFDIR "പാത്ത്"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "file_name"
setenv GFF2PS_TMP "പാത്ത്"

COMMENTS

* നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന നിറങ്ങൾ ഇവയാണ്:
അടിസ്ഥാന നിറങ്ങൾ: കറുപ്പ് വെള്ള
വേരിയബിൾ നിറങ്ങൾ: ഗ്രേ മജന്ത വയലറ്റ് നീല സ്കൈബ്ലൂ സിയാൻ സീഗ്രീൻ പച്ച നാരങ്ങ പച്ച മഞ്ഞ
ഓറഞ്ച് ചുവപ്പ് തവിട്ട്
വേരിയബിൾ നിറങ്ങളിൽ നിന്ന് "വെരി ഡാർക്ക്", "ഡാർക്ക്", "ലൈറ്റ്" എന്നിങ്ങനെ അഞ്ച് കളർ ഷേഡുകൾ നിങ്ങൾക്ക് ലഭിക്കും.
"വളരെ നേരിയ" പ്രിഫിക്സുകൾ. ഒരു ഉദാഹരണം: വെരി ഡാർക്ക് സീഗ്രീൻ ഡാർക്ക് സീഗ്രീൻ സീഗ്രീൻ ലൈറ്റ് സീഗ്രീൻ
വളരെ നേരിയ കടൽപച്ച

* നിർവ്വചിച്ച പേജ് വലുപ്പങ്ങൾ ഇവയാണ്:
A0 മുതൽ A10 വരെ, B0 മുതൽ B10 വരെ, 10x14, എക്സിക്യൂട്ടീവ്, ഫോളിയോ, ലെഡ്ജർ, നിയമപരമായ, കത്ത്, ക്വാർട്ടോ,
പ്രസ്താവനയും ടാബ്ലോയിഡും.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gff2ps ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക