glam2 - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഗ്ലാം2 - മോട്ടിഫുകളുടെ വിടവുള്ള പ്രാദേശിക വിന്യാസം

സിനോപ്സിസ്

ഗ്ലാം2 [ഓപ്ഷനുകൾ] അക്ഷരമാല my_seqs.fa

അല്ലാതെ മറ്റൊരു അക്ഷരമാല p or n അക്ഷരമാല ഫയലിന്റെ പേരായി വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെടുന്നു.

വിവരണം

GLAM2, സാധാരണയായി അമിനോ ആസിഡ് അല്ലെങ്കിൽ സീക്വൻസുകളിൽ മോട്ടിഫുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള ഒരു സോഫ്റ്റ്വെയർ പാക്കേജാണ്.
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകൾ. ഒരു മോട്ടിഫ് എന്നത് വീണ്ടും സംഭവിക്കുന്ന സീക്വൻസ് പാറ്റേണാണ്: സാധാരണ ഉദാഹരണങ്ങളാണ്
ടാറ്റ ബോക്സും CAAX പ്രിനൈലേഷൻ മോട്ടിഫും. GLAM2-ന്റെ പ്രധാന കണ്ടുപിടുത്തം അത് അനുവദിക്കുന്നു എന്നതാണ്
മോട്ടിഫുകളിൽ ഉൾപ്പെടുത്തലുകളും ഇല്ലാതാക്കലും.

ഓപ്ഷനുകൾ (ഡിഫോൾട്ട് ക്രമീകരണങ്ങൾ)

-h
എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളും അവയുടെ സ്ഥിരസ്ഥിതി ക്രമീകരണങ്ങളും കാണിക്കുക.

-o
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ (stdout).

-r
അലൈൻമെന്റ് റണ്ണുകളുടെ എണ്ണം (10).

-n
ഇത്രയും ആവർത്തനങ്ങൾക്ക് ശേഷം മെച്ചപ്പെടുത്താതെ ഓരോ ഓട്ടവും അവസാനിപ്പിക്കുക (10000).

-2
രണ്ട് സ്ട്രോണ്ടുകളും പരിശോധിക്കുക - ഫോർവേഡ്, റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ്.

-z
വിന്യാസത്തിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം സീക്വൻസുകൾ (2).

-a
വിന്യസിച്ച നിരകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം (2).

-b
വിന്യസിച്ച നിരകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം (50).

-w
വിന്യസിച്ച നിരകളുടെ പ്രാരംഭ എണ്ണം (20).

-d
Dirichlet മിശ്രിതം ഫയൽ.

-D
കപടസംഖ്യ ഇല്ലാതാക്കൽ (0.1).

-E
ഇല്ലാതാക്കരുത് കപടസംഖ്യ (2.0).

-I
സ്യൂഡോകൗണ്ട് ഇൻസേർഷൻ (0.02).

-J
നോ-ഇൻസെർഷൻ സ്യൂഡോകൗണ്ട് (1.0).

-q
ജനറിക് വേഴ്സസ് സീക്വൻസ് സെറ്റ് സ്പെസിഫിക് റെസിഡ്യൂ ബാൻഡൻസുകൾക്കുള്ള ഭാരം (1e + 99).

-t
പ്രാരംഭ താപനില (1.2).

-c
ഓരോ n ആവർത്തനത്തിനും തണുപ്പിക്കൽ ഘടകം (1.44).

-u
താപനില താഴ്ന്ന പരിധി (0.1).

-p
ഓരോ ആവർത്തനത്തിലും പുരോഗതി വിവരങ്ങൾ അച്ചടിക്കുക.

-m
ഓരോ സൈറ്റ്-സാംപ്ലിംഗ് നീക്കത്തിനും നിര-സാമ്പിൾ നീക്കങ്ങൾ (1.0).

-x
സൈറ്റ് സാമ്പിൾ അൽഗോരിതം: 0=വേഗത 1= പതുക്കെ 2=FFT (0).

-s
കപട-റാൻഡം നമ്പറുകൾക്കുള്ള വിത്ത് (1).

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് glam2 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക