gmod_bulk_load_gff3.plp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

$0 - ഒരു ചാഡോ ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് gff3 ഫയലുകൾ ബൾക്ക് ലോഡ് ചെയ്യുന്നു.

സിനോപ്സിസ്

% $0 [ഓപ്ഷനുകൾ]
% പൂച്ച | $0 [ഓപ്ഷനുകൾ]

ഓപ്ഷനുകൾ

--gfffile GFF3 അടങ്ങിയ ഫയൽ (ഓപ്ഷണൽ, വായിക്കാൻ കഴിയും
stdin-ൽ നിന്ന്)
--fastafile Fasta ഫയൽ സീക്വൻസ് ലോഡുചെയ്യാൻ
--organism ഡാറ്റയ്ക്കുള്ള ജൈവം
(GFF organism=xxx എന്നതിൽ നിന്ന് വായിക്കാൻ 'fromdata' മൂല്യം ഉപയോഗിക്കുക)
--dbprofile ഡാറ്റാബേസ് കോൺഫിഗറേഷൻ പ്രൊഫൈൽ നാമം
--dbname ഡാറ്റാബേസ് നാമം
--dbuser ഡാറ്റാബേസ് ഉപയോക്തൃനാമം
--dbpass ഡാറ്റാബേസ് പാസ്‌വേഡ്
--dbhost ഡാറ്റാബേസ് ഹോസ്റ്റ്
--dbport ഡാറ്റാബേസ് പോർട്ട്
--വിശകലനം GFF ഡാറ്റ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ വിശകലനത്തിൽ നിന്നുള്ളതാണ്
--noload ബൾക്ക് ലോഡ് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക, എന്നാൽ യഥാർത്ഥത്തിൽ അവ ലോഡ് ചെയ്യരുത്.
--nosequence ഫയലിൽ ആണെങ്കിലും സീക്വൻസ് ലോഡ് ചെയ്യരുത്
--notransact ഡാറ്റാബേസ് ലോഡുചെയ്യാൻ ഒരു ഇടപാട് പോലും ഉപയോഗിക്കരുത്
--drop_indexes ലോഡ് ആരംഭിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് ബാധിച്ച പട്ടികകളുടെ സൂചികകൾ ഡ്രോപ്പ് ചെയ്യുക
ലോഡ് പൂർത്തിയായ ശേഷം വീണ്ടും സൃഷ്ടിക്കുക; പൊതുവെ
പ്രകടനത്തെ സഹായിക്കുന്നില്ല.
--സാധൂകരിക്കുക തിരുകാൻ ശ്രമിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് SOFA നിബന്ധനകൾ സാധൂകരിക്കുക (കഴിയും
സ്ക്രിപ്റ്റ് സ്റ്റാർട്ടപ്പ് മന്ദഗതിയിലാകാൻ കാരണം, ഡിഫോൾട്ടായി ഓഫ്)
--ontology മറ്റ് ഒന്റോളജി_ടേമുകൾ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള നിർദ്ദേശങ്ങൾ നൽകുക
--skip_vacuum ഇൻസേർട്ടുകൾക്ക് ശേഷം പട്ടികകൾ വാക്വം ചെയ്യുന്നത് ഒഴിവാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
--no_skip_vaccum പട്ടികകൾ വാക്വം ചെയ്യുന്നത് ഒഴിവാക്കരുത്
--ഇൻസേർട്ട്സ് STDIN-ൽ നിന്ന് പകർപ്പ് എന്നതിന് പകരം ഇൻസേർട്ട് സ്റ്റേറ്റ്‌മെന്റുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
--noexon സിഡിഎസ് ഫീച്ചറുകൾ എക്സോണുകളാക്കി മാറ്റരുത് (എന്നാൽ ഇപ്പോഴും സൃഷ്ടിക്കുക
പോളിപെപ്റ്റൈഡ് സവിശേഷതകൾ)
--recreate_cache അദ്വിതീയനാമമായ കാഷെ പുനഃസൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
--remove_lock ഒരു പുതിയ പ്രോസസ്സ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ലോക്ക് നീക്കം ചെയ്യുക
--save_tmpfiles ഡാറ്റാബേസ് ലോഡുചെയ്യുന്നതിന് ഉപയോഗിക്കുന്ന താൽക്കാലിക ഫയലുകൾ സംരക്ഷിക്കുക
--random_tmp_dir ക്രമരഹിതമായി സൃഷ്ടിച്ച tmp dir ഉപയോഗിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
നിലവിലെ ഡയറക്‌ടറി ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്)
--no_target_syn ഡിഫോൾട്ടായി, ലോഡർ ടാർഗെറ്റ് ഐഡി ചേർക്കുന്നു
സവിശേഷതയുടെ പര്യായപദങ്ങളുടെ പട്ടിക. ഈ പതാക
ഇത് നിർജ്ജീവമാക്കുക.
--unique_target ടാർഗെറ്റ് ഐഡികളുടെ ഏകത്വം വിശ്വസിക്കുക. ഐഡികൾ കേസാണ്
സെൻസിറ്റീവ്. ഡിഫോൾട്ടായി, ഒരു പുതിയ ടാർഗെറ്റിന്റെ അദ്വിതീയ നാമം
'TargetId_PrimaryKey' ആയിരിക്കും. ഈ പതാക ഉപയോഗിച്ച്,
അത് 'TargetId' ആയിരിക്കും. കൂടാതെ, പേര്
സൃഷ്ടിച്ച ടാർഗെറ്റ് അതിന്റെ TargetId ആയിരിക്കും, പകരം
സവിശേഷതയുടെ പേര്.
--dbxref ആദ്യത്തെ Dbxref വ്യാഖ്യാനം ഒന്നുകിൽ ഉപയോഗിക്കുക
പ്രാഥമിക dbxref (അത് ഫീച്ചർ.dbxref_id-ലേക്ക് പോകുന്നു),
അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഓപ്ഷണൽ ആർഗ്യുമെന്റ് നൽകിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ആദ്യത്തേത്
ഒരു ഡാറ്റാബേസ് ഭാഗമുള്ള dbxref (അതായത്, ':' ന് മുമ്പ്)
വിതരണം ചെയ്ത പാറ്റേണുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നവ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
--ഡിലീറ്റ് ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് സവിശേഷതകൾ ചേർക്കുന്നതിനുപകരം,
ഫീച്ചറുകൾ ഇല്ലാതാക്കാൻ GFF ലൈനുകൾ ഉപയോഗിക്കുക
എല്ലാ ലൈനുകളിലും CRUD=delete-all ഓപ്ഷൻ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
(ചുവടെയുള്ള GFF വഴി ഇല്ലാതാക്കലുകളും അപ്‌ഡേറ്റുകളും കാണുക). ദി
തുടരുന്നതിന് മുമ്പ് ലോഡർ സ്ഥിരീകരണം ആവശ്യപ്പെടും.
--delete_i_really_mean_it
--delete പോലെ പ്രവർത്തിക്കുന്നു എന്നല്ലാതെ അത് ചോദിക്കുന്നില്ല
സ്ഥിരീകരണത്തിനായി.
--fp_cv ഫീച്ചർ പ്രോപ്പർട്ടി നിയന്ത്രിത പദാവലിയുടെ പേര്
('feature_property' എന്നതിലേക്കുള്ള സ്ഥിരസ്ഥിതി).
--noaddfpcv സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ലോഡർ GFF ആട്രിബ്യൂട്ട് തരങ്ങൾ ചേർക്കുന്നു
പുതിയ ഫീച്ചർ_പ്രോപ്പർട്ടി സിവി നിബന്ധനകൾ നഷ്‌ടപ്പെടുമ്പോൾ. ഈ പതാക
അതിനെ നിർജ്ജീവമാക്കുന്നു.
** dgg കുറിപ്പ്: ഈ ഫ്ലാഗിന്റെ പേര് മാറ്റണം: --[no]autoupdate
ചാഡോ ടേബിളുകൾക്കായി cvterm, cv, db, organism, analysis ...

--മാനുവൽ വിശദമായ മാനുവൽ പേജുകൾ
--custom_adapter ബയോ::GMOD::DB::അഡാപ്റ്ററിനായി ഒരു ഇഷ്‌ടാനുസൃത സബ്ക്ലാസ് അഡാപ്റ്റർ ഉപയോഗിക്കുക
ഒരു ആർഗ്യുമെന്റായി അഡാപ്റ്ററിലേക്കുള്ള പാത നൽകുക
--private_schema ഒരു നോൺ-പബ്ലിക് സ്കീമയിലേക്ക് ഡാറ്റ ലോഡ് ചെയ്യുക.
--use_public_cv ഒരു നോൺ-പബ്ലിക് സ്കീമയിലേക്ക് ലോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ, ഏതെങ്കിലും cv ലോഡുചെയ്യുക
cvterm ഡാറ്റ പൊതു സ്കീമയിലേക്ക്
--end_sql SQL കോഡ് ഡേറ്റാ ലോഡ് പൂർത്തിയായ ശേഷം എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യുക
--allow_external_parent
നിലവിലുള്ളതിന് പുറത്തുള്ള ഐഡികൾ റഫർ ചെയ്യാൻ രക്ഷാകർതൃ ടാഗുകളെ അനുവദിക്കുക
GFF ഫയൽ

ഓർഗാനിസം പോലെ 'db' ആരംഭിക്കുന്ന എല്ലാ ആർഗ്യുമെന്റുകളും നൽകാനാകുമെന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
'make install' റൺ ചെയ്യുമ്പോൾ ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത ബയോ::GMOD::Config വഴി ഡിഫോൾട്ട്. കൂടാതെ ശ്രദ്ധിക്കുക
dbprofile ഓപ്ഷനും മറ്റെല്ലാ db* ഓപ്ഷനുകളും പരസ്പരവിരുദ്ധമാണ്--നിങ്ങൾ വിതരണം ചെയ്യുകയാണെങ്കിൽ
dbprofile, മറ്റ് db* ഓപ്ഷനുകളൊന്നും നൽകരുത്, കാരണം അവ ഉപയോഗിക്കില്ല.

വിവരണം

സ്പെസിഫിക്കേഷന്റെ കർശനമായ നിയന്ത്രണം കാരണം ഡാറ്റാ ഫയലിലെ GFF പതിപ്പ് 3 ആയിരിക്കണം
നിയന്ത്രിത പദാവലിയുടെ ഉപയോഗവും. അതനുസരിച്ച്, ഫീച്ചർ തരങ്ങളുടെ പേരുകൾ കൃത്യമായിരിക്കണം
സീക്വൻസ് ഒന്റോളജി ഫീച്ചർ അനോട്ടേഷനിൽ (SOFA), പര്യായപദങ്ങളല്ല, അല്ല
പ്രവേശന നമ്പരുകൾ (എസ്ഒ പ്രവേശന നമ്പറുകൾ ഇതിന്റെ ഭാവി പതിപ്പുകളിൽ പിന്തുണച്ചേക്കാം
സ്ക്രിപ്റ്റ്).

ഒരു പ്രഖ്യാപിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു മാർഗമായി ##sequence-region നിർദ്ദേശം പിന്തുണയ്ക്കുന്നില്ല എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഒരു GFF3 ഫയലിനുള്ള റഫറൻസ് സീക്വൻസ്. ##ക്രമം-മേഖല നിർദ്ദേശം പ്രകടിപ്പിക്കുന്നില്ല
ക്രമം ഏത് തരത്തിലുള്ള വസ്തുവാണെന്ന് നിർവചിക്കാൻ മതിയാകും (അതായത്, ഇത് ഒരു ക്രോമസോം, ഒരു കോണ്ടിഗ്, ഒരു
കൈ മുതലായവ?). നിങ്ങളുടെ GFF ഫയൽ ഈ രീതിയിൽ ഒരു ##sequence-region നിർദ്ദേശം ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ, നിങ്ങൾ അത് ചെയ്യണം
ഇത് ഒരു പൂർണ്ണ GFF3 ലൈനിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക. ഉദാഹരണത്തിന്, നിങ്ങൾക്ക് ഈ വരി ഉണ്ടെങ്കിൽ:

##സീക്വൻസ്-മേഖല chrI 1 9999999

അപ്പോൾ is ഇതുപോലെ ഒരു GFF3 ലൈനിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യണം:

chrI. ക്രോമസോം 1 9999999 . . ID=chrI

എങ്ങനെ GFF3 is സംഭരിച്ചു in ചാഡോ
ചാഡോയിൽ GFF3 ഡാറ്റ എങ്ങനെ സംഭരിക്കുന്നു എന്നതിന്റെ സംഗ്രഹം ഇതാ:

നിര 1 (റഫറൻസ് സീക്വൻസ്)
ഫീച്ചറിന്റെ റഫറൻസ് സീക്വൻസ്, എന്നതിലെ സവിശേഷതയുടെ srcfeature_id ആയി മാറുന്നു
ആ ഫീച്ചറിനായി ഫീച്ചർലോക്ക് പട്ടിക. ആ ഫീച്ചർലോക്ക് സാധാരണയായി പൂജ്യത്തിന്റെ ഒരു റാങ്ക് നൽകി
ഈ സവിശേഷതയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട മറ്റ് ലൊക്കേഷനുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ (ഉദാഹരണത്തിന്, ഒരു പൊരുത്തത്തിന്
ഫീച്ചർ), മറ്റ് ലൊക്കേഷനുകൾക്ക് ഇതിലും വലിയ ഫീച്ചർലോക്ക്. റാങ്ക് മൂല്യങ്ങൾ നൽകും
പൂജ്യം.

കോളം 2 (ഉറവിടം)
ഉറവിടം ഒരു dbxref ആയി സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു. ചാഡോ ഉദാഹരണം db ടേബിളിൽ ഒരു എൻട്രി ആയിരിക്കണം
'GFF_source' എന്ന് പേരിട്ടു. സ്ക്രിപ്റ്റ് പിന്നീട് ഫീച്ചറുകൾക്കായി ഒരു dbxref എൻട്രി സൃഷ്ടിക്കും
source_dbxref ടേബിൾ വഴി അതിനെ ഫീച്ചറുമായി ബന്ധപ്പെടുത്തുക.

നിര 3 (തരം)
SOFA തരത്തിന്റെ cvterm.cvterm_id, feature.type_id-ൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു.

നിര 4 (ആരംഭം)
ആരംഭ മൈനസ് 1 ന്റെ മൂല്യം featureloc.fmin-ൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു (ഒന്ന് കുറയ്ക്കുന്നത് കാരണം
ചാഡോ ഇന്റർബേസ് കോർഡിനേറ്റുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു, അതേസമയം GFF അടിസ്ഥാന കോർഡിനേറ്റുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു).

കോളം 5 (അവസാനം)
അവസാനത്തിന്റെ മൂല്യം featureloc.fmax-ൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു.

കോളം 6 (സ്കോർ)
വിശകലന ഫീച്ചർ പട്ടികയിലെ സ്കോർ കോളങ്ങളിലൊന്നിൽ സ്കോർ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു. ദി
സ്ഥിരസ്ഥിതി വിശകലന സവിശേഷതയാണ്. വിശകലന ഫലങ്ങളെക്കുറിച്ച് ചുവടെയുള്ള വിഭാഗം കാണുക
കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്.

നിര 7 (സ്ട്രാൻഡ്)
സ്‌ട്രാൻഡ് ഫീച്ചർലോക്.സ്ട്രാൻഡിൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു.

നിര 8 (ഘട്ടം)
ഘട്ടം ഫീച്ചർലോക്.ഫേസിൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു. നിലവിൽ ഒരു പ്രശ്നമുണ്ടെന്ന കാര്യം ശ്രദ്ധിക്കുക
വ്യത്യസ്‌ത ഘട്ടങ്ങളുള്ള സിംഗിൾ എക്സോണുകളുടെ കാര്യത്തിനായുള്ള ചാഡോ സ്കീമ
ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ. നിങ്ങളുടെ ഡാറ്റയ്ക്ക് അത്തരമൊരു കേസ് ഉണ്ടെങ്കിൽ, പരാതിപ്പെടുക
[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു] ഈ പ്രശ്നം പരിഹരിക്കാനുള്ള വഴികൾ കണ്ടെത്താൻ.

നിര 9 (ഗ്രൂപ്പ്)
ഇവിടെയാണ് മാജിക് സംഭവിക്കുന്നത്.

feature.name, feature.uniquename എന്നിവ നൽകൽ
Feature.name, feature.uniquename എന്നിവയുടെ മൂല്യങ്ങൾ ഇവയനുസരിച്ചാണ് നൽകിയിരിക്കുന്നത്
ലളിതമായ നിയമങ്ങൾ:

ഒരു ഐഡി ടാഗ് ഉണ്ടെങ്കിൽ, അത് feature.uniquename ആയി ഉപയോഗിക്കും
അല്ലെങ്കിൽ, 'യാന്ത്രിക' സംയോജിപ്പിച്ചതിന് തുല്യമായ ഒരു അദ്വിതീയ നാമം നൽകിയിരിക്കുന്നു
ഫീച്ചർ_ഐഡിക്കൊപ്പം.

ഒരു നെയിം ടാഗ് ഉണ്ടെങ്കിൽ, അതിന്റെ മൂല്യം feature.name ആയി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു;
അല്ലെങ്കിൽ അത് ശൂന്യമാണ്.

ഈ നിയമങ്ങൾ Bio::DB::GFF നിയമങ്ങളേക്കാൾ വളരെ ലളിതമാണെന്ന കാര്യം ശ്രദ്ധിക്കുക
ഉപയോഗിക്കുന്നു, വീണ്ടും സന്ദർശിക്കേണ്ടതായി വന്നേക്കാം.

ഫീച്ചർ_റിലേഷൻഷിപ്പ് എൻട്രികൾ അസൈൻ ചെയ്യുന്നു
പാരന്റ് ടാഗ് ചെയ്‌ത എല്ലാ ഫീച്ചറുകൾക്കും 'part_of' എന്നതിന്റെ ഫീച്ചർ_റിലേഷൻഷിപ്പ് എൻട്രികൾ നൽകിയിട്ടുണ്ട്
അവരുടെ മാതൃ സവിശേഷതകളിലേക്ക്. Derived_from ടാഗുകൾ 'derived_from' അസൈൻ ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു
ബന്ധങ്ങൾ. പാരന്റ് ഫീച്ചറുകൾ ഫയലിൽ ദൃശ്യമാകണം
സവിശേഷതകൾ ആ സവിശേഷതയെ പരാമർശിക്കുന്ന ഒരു പാരന്റ് അല്ലെങ്കിൽ ഡെറിവേഡ്_ഫ്രോം ടാഗുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

അപരനാമ ടാഗുകൾ
അപരനാമ മൂല്യങ്ങൾ synonym.name എന്നതിനും കീഴിലും പര്യായ പട്ടികയിൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു
synonym.synonym_sgml, കൂടാതെ feature_synonym ടേബിൾ വഴി ഫീച്ചറുമായി ലിങ്ക് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.

Dbxref ടാഗുകൾ
Dbxref മൂല്യങ്ങൾ 'db_name:accession' എന്ന രൂപത്തിലായിരിക്കണം, ഇവിടെ db_name-ന് ഒരു ഉണ്ടായിരിക്കണം
'DB:db_name' എന്നതിന് തുല്യമായ db.name മൂല്യമുള്ള db പട്ടികയിലെ എൻട്രി; നിരവധി
'make prepdb' റൺ ചെയ്യുമ്പോൾ ഡാറ്റാബേസ് പേരുകൾ ഡാറ്റാബേസിനൊപ്പം പ്രീഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്തു.
ഏതൊക്കെ ഡാറ്റാബേസുകൾ ഇതിനകം ലഭ്യമാണെന്ന് കണ്ടെത്താൻ 'SELECT name FROM db' എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യുക.
പുതിയ dbxref എൻട്രികൾ dbxref ടേബിളിൽ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു, കൂടാതെ dbxrefs ലിങ്ക് ചെയ്തിരിക്കുന്നു
ഫീച്ചർ_dbxref പട്ടിക വഴിയുള്ള സവിശേഷതകൾ.

വിടവ് ടാഗുകൾ
നിലവിൽ അധികവും അവഗണിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു - മൂല്യം ഒരു ഫീച്ചർപ്രോപ്പായി സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു, എന്നാൽ അങ്ങനെയല്ല
ഇതുവരെ ഉപയോഗിച്ചിട്ടില്ല.

കുറിപ്പ് ടാഗുകൾ
ഫീച്ചറിനായുള്ള ഫീച്ചർപ്രോപ്പ് എൻട്രികളായി മൂല്യങ്ങൾ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നു.

ഏതെങ്കിലും ഇഷ്‌ടാനുസൃത (അതായത്, ചെറിയക്ഷരം-ആദ്യം) ടാഗുകൾ
ഇഷ്‌ടാനുസൃത ടാഗുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു. cvterm പട്ടികയിൽ ടാഗ് നിലവിലില്ലെങ്കിൽ,
അത് സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും. മൂല്യം അതിന്റെ അനുബന്ധ cvterm-ൽ സംഭരിക്കും
ഫീച്ചർപ്രോപ്പ് പട്ടിക.

ഒന്റോളജി_ടേം
Ontology_term ടാഗുകൾ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, ജീൻ ഓന്റോളജി, സീക്വൻസ് എന്നിവയിൽ നിന്നുള്ള ഇനങ്ങൾ
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡിബി: ആക്‌സസ് ഫോർമാറ്റ് ആയിരിക്കുമ്പോൾ ഓന്റോളജി സ്വയമേവ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യും
ഉപയോഗിച്ചത് (ഉദാ: GO:0001234). മറ്റ് ഓന്റോളജി പദങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അത് വ്യക്തമാക്കണം
GFF ഫയലിലെ DB ഇൻഡെന്റിഫയറുകളുടെ മാപ്പിംഗും ഇൻ ഓന്റോളജികളുടെ പേരും
സിവി ടേബിൾ കോമയായി വേർതിരിച്ച ടാഗ്=മൂല്യം ജോഡികൾ. ഉദാഹരണത്തിന്, പ്ലാന്റ് ഉപയോഗിക്കാനും
സെൽ ഓന്റോളജി നിബന്ധനകൾ, നിങ്ങൾ കമാൻഡ് ലൈനിൽ വിതരണം ചെയ്യും:

--ontology 'PO=പ്ലാന്റ് ഓന്റോളജി,CL=സെൽ ഓന്റോളജി'

ഇവിടെ 'പ്ലാന്റ് ഓന്റോളജി', 'സെൽ ഓന്റോളജി' എന്നിവയാണ് സിവി ടേബിളിലെ പേരുകൾ
അവ ദൃശ്യമാകുന്നതുപോലെ.

ടാർഗെറ്റ് ടാഗുകൾ
ടാർഗെറ്റ് ടാഗുകളുടെ ശരിയായ പ്രോസസ്സിംഗിന് രണ്ട് ഉറവിട സവിശേഷതകൾ ആവശ്യമാണ്
ഡാറ്റാബേസിൽ ഇതിനകം ലഭ്യമാണ്, 'പ്രാഥമിക' ഉറവിട സവിശേഷത (ക്രോമസോം അല്ലെങ്കിൽ
contig) കൂടാതെ EST, cDNA അല്ലെങ്കിൽ പോലുള്ള സമാനത വിശകലനത്തിൽ നിന്നുള്ള 'വിഷയം'
സിന്തനിക് ക്രോമസോം. വിഷയ സവിശേഷത ഇല്ലെങ്കിൽ, ലോഡർ ചെയ്യും
അതിന്റെ സ്ഥാനത്ത് ഒരു പ്ലെയ്‌സ്‌ഹോൾഡർ ഫീച്ചർ ഒബ്‌ജക്റ്റ് സൃഷ്‌ടിക്കാൻ ശ്രമിക്കുക. നിങ്ങൾക്ക് ഒരു ഫാസ്റ്റുണ്ടെങ്കിൽ
ഫയലിൽ വിഷയം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, നിങ്ങൾക്ക് perl സ്ക്രിപ്റ്റ് ഉപയോഗിക്കാം, gmod_fasta2gff3.pl,
ലോഡുചെയ്യുന്നതിന് അനുയോജ്യമായ ഒരു GFF3 ഫയൽ ആക്കുന്നതിന് ഈ വിതരണത്തോടൊപ്പം വരുന്നു
നിങ്ങളുടെ വിശകലന ഫലങ്ങൾ ലോഡുചെയ്യുന്നതിന് മുമ്പ് chado.

CDS, UTR സവിശേഷതകൾ
ചാഡോയിൽ CDS സവിശേഷതകൾ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന രീതി a യുടെ ഒരു കവലയാണ്
ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിന്റെ എക്സോണുകളും ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് പോളിപെപ്റ്റൈഡും. ശരിയായി അനുവദിക്കുന്നതിന്
ഒരു GFF3 ഫയലിന്റെ CDS ഫീച്ചറുകളുടെ വിവർത്തനം, ഈ ലോഡർ CDS, UTR എന്നിവയെ പരിവർത്തനം ചെയ്യും
അനുബന്ധ എക്സോൺ സവിശേഷതകളിലേക്ക് ഫീച്ചർ ലൈനുകൾ (കൂടാതെ ഒരു ഫീച്ചർപ്രോപ്പ് കുറിപ്പ് ചേർക്കുക
എക്സോൺ ഒരു GFF3 CDS കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ UTR ലൈനിൽ നിന്ന് അനുമാനിച്ചതാണ്), കൂടാതെ ഒരു പോളിപെപ്റ്റൈഡ് സൃഷ്ടിക്കുക
വിവർത്തനത്തിന്റെ തുടക്കം മുതൽ സ്റ്റോപ്പ് വരെ ജീനോമിക് മേഖലയെ വ്യാപിപ്പിക്കുന്ന സവിശേഷത.

നിങ്ങളുടെ GFF3 ഫയലിൽ എക്‌സോൺ, CDS/UTR എന്നീ രണ്ട് ഫീച്ചറുകൾ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കും
എക്സോൺ ഫീച്ചറുകളുടെ സൃഷ്ടിയെ അടിച്ചമർത്തുക, പകരം a മാത്രമേ ആവശ്യമുള്ളൂ
പോളിപെപ്റ്റൈഡ് സവിശേഷത സൃഷ്ടിക്കണം. ഇത് ചെയ്യുന്നതിന്, --noexon ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക. ഇതിൽ
CDS, UTR സവിശേഷതകൾ ഇപ്പോഴും എക്‌സോൺ ഫീച്ചറുകളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യപ്പെടും
മുകളിൽ വിവരിച്ചത്.

നിങ്ങളുടെ GFF ഫയലിൽ CDS കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ UTR ഫീച്ചറുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന സാഹചര്യത്തിൽ ശ്രദ്ധിക്കുക
'സെൻട്രൽ ഡോഗ്മ' ജീനുകളിൽ പെട്ടതല്ല (അതായത്, ഒരു ജീൻ, ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്,
CDS/exon സവിശേഷതകൾ), മുകളിൽ പറഞ്ഞതൊന്നും സംഭവിക്കില്ല കൂടാതെ ഫീച്ചറുകൾ സംഭരിക്കപ്പെടും
അതു പൊലെ.

കുറിപ്പുകൾ
ഫാസ്റ്റ ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യുന്നു
--fastafile-ന് ഒരു ആർഗ്യുമെന്റ് നൽകുമ്പോൾ, അത് ഫയലിലേക്കുള്ള പാതയാണ്
ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസ് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, ഫീച്ചർ ടേബിൾ അപ്‌ഡേറ്റ് ചെയ്യാൻ ലോഡർ ശ്രമിക്കും
നൽകിയിരിക്കുന്ന ക്രമം. ഫാസ്റ്റ വിവരണ വരിയിൽ നൽകിയിട്ടുള്ള ഐഡി നിർബന്ധമാണെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഫീച്ചർ ടേബിൾ അദ്വിതീയ നാമ ഫീൽഡിൽ ഉള്ളത് കൃത്യമായി പൊരുത്തപ്പെടുത്തുക. ഉണ്ടെങ്കിൽ ശ്രദ്ധിക്കുക
സവിശേഷതയുടെ അദ്വിതീയനാമം അത് എപ്പോൾ അദ്വിതീയത ഉറപ്പാക്കാൻ മാറ്റി
യഥാർത്ഥ GFF-ൽ നിന്ന് ലോഡ് ചെയ്തു. ഒരു ഫാസ്റ്റയിൽ നിന്ന് ക്രമം ലോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ ശ്രദ്ധിക്കുക
ഫയൽ, സ്റ്റാൻഡേർഡിൽ നിന്ന് GFF ലോഡ് ചെയ്യുന്നത് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കി. അസൗകര്യത്തിൽ ഖേദിക്കുന്നു.

##ക്രമം-മേഖല
ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഒന്നിനും ക്രമ-മേഖല നിർദ്ദേശങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല. അത് എ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നുവെങ്കിൽ
ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് ചേർക്കേണ്ട സവിശേഷത, അത് ഒരു ഉപയോഗിച്ച് പ്രതിനിധീകരിക്കണം
മുഴുവൻ GFF ലൈൻ. ഇല്ലെങ്കിൽ ഫീച്ചറുകൾക്കുള്ള റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ഇതിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു
ഒരു ക്രോമസോം പോലെ ഇതിനകം ഡാറ്റാബേസിൽ. ഉദാഹരണത്തിന്, ഇത്:

##സീക്വൻസ്-മേഖല chr1 1 213456789

ഇതിലേക്ക് മാറണം:

chr1 UCSC ക്രോമസോം 1 213456789 . . . ID=chr1

ഇടപാടുകൾ
ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ, ഡിഫോൾട്ടായി, എല്ലാ ഡാറ്റയും ഒറ്റത്തവണയായി ലോഡ് ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കും
കൈമാറ്റം. ഡാറ്റാബേസിന്റെ വീക്ഷണകോണിൽ നിന്ന് ഇത് സുരക്ഷിതമാണ്, കാരണം എന്തെങ്കിലും മോശമാണെങ്കിൽ
ലോഡ് സമയത്ത് സംഭവിക്കുന്നത്, ഇടപാട് പിൻവലിക്കുകയും ഡാറ്റാബേസ് ആകുകയും ചെയ്യും
തൊട്ടുകൂടാത്ത. നിരവധി വരികൾ (പറയുക, 2-300,000-ൽ കൂടുതൽ) ഉണ്ടെങ്കിൽ പ്രശ്നം സംഭവിക്കുന്നു
GFF ഫയലിൽ. അങ്ങനെയായിരിക്കുമ്പോൾ, ഒറ്റ ട്രാൻസാക്കേഷൻ ആയി ലോഡ് ചെയ്യാൻ കഴിയും
മെഷീൻ മെമ്മറി തീർന്നുപോകുന്നതിനും പ്രക്രിയകളെ നശിപ്പിക്കുന്നതിനും കാരണമാകുന്നു. എങ്കിൽ --notranscat ആണ്
കമാൻഡ് ലൈനിൽ നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഓരോ ടേബിളും ഒരു പ്രത്യേക ഇടപാടായി ലോഡ് ചെയ്യും.

SQL ഇൻസേർട്ടുകൾ വേഴ്സസ് കോപ്പി ഫ്രം
ഈ ബൾക്ക് ലോഡർ യഥാർത്ഥത്തിൽ രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്നത് വാക്യഘടനയിൽ നിന്നുള്ള PostgreSQL പകർപ്പ് ഉപയോഗിക്കാനാണ്.
ഡാറ്റയുടെ ബൾക്ക് ലോഡിംഗ്. എന്നിരുന്നാലും, 'ഇടപാടുകൾ' വിഭാഗത്തിൽ സൂചിപ്പിച്ചതുപോലെ, മെമ്മറി
പ്രശ്നങ്ങൾ ചിലപ്പോൾ അത്തരം ബൾക്ക് ലോഡുകളെ തടസ്സപ്പെടുത്താം. മറികടക്കാനുള്ള മറ്റൊരു ശ്രമത്തിൽ
ഈ പ്രശ്നം, INSERT പ്രസ്താവനകൾ ഓപ്ഷണലായി സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനായി ബൾക്ക് ലോഡർ പരിഷ്‌ക്കരിച്ചിരിക്കുന്നു
പ്രസ്താവനകളിൽ നിന്നുള്ള പകർപ്പിന് പകരം. INSERT പ്രസ്താവനകൾ വളരെ സാവധാനത്തിൽ ലോഡ് ചെയ്യും
പ്രസ്‌താവനകളിൽ നിന്ന് പകർത്തുന്നതിനേക്കാൾ, എന്നാൽ അവ വ്യക്തിഗതമായി ലോഡുചെയ്യുകയും കമ്മിറ്റ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുമ്പോൾ, അവ കൂടുതലാണ്
വിജയകരമായി പൂർത്തിയാക്കാൻ കൂടുതൽ സാധ്യത. വേഗത വ്യത്യാസങ്ങളുടെ സൂചനയായി
ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു, യീസ്റ്റ് GFF3 വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ ലോഡുചെയ്യുന്നു (ഏകദേശം 16K വരികൾ), ഇതിന് ഏകദേശം 5 തവണ എടുക്കും
എന്റെ ലാപ്‌ടോപ്പിൽ INSERT-കളും COPY-യും കൂടുതൽ സമയം ഉപയോഗിക്കുന്നു.

GFF വഴി ഇല്ലാതാക്കുകയും അപ്‌ഡേറ്റ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
നിലവിലുള്ള ഒരു ഡാറ്റാബേസിലെ സവിശേഷതകൾ പരിഷ്കരിക്കുന്നതിന് അടിസ്ഥാന പിന്തുണയുണ്ട്
ജിഎഫ്എഫ്. നിലവിൽ, ഇല്ലാതാക്കുന്നതിനുള്ള പിന്തുണ മാത്രമേ ഉള്ളൂ. ഇല്ലാതാക്കാൻ, GFF ലൈൻ
ഒമ്പതാം നിരയിൽ ഒരു ഇഷ്‌ടാനുസൃത ടാഗ് ഉണ്ടായിരിക്കണം, 'CRUD' (സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനും മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നതിനും അപ്‌ഡേറ്റ് ചെയ്യുന്നതിനും
ഇല്ലാതാക്കുക) കൂടാതെ ഒരു അംഗീകൃത മൂല്യം ഉണ്ടായിരിക്കുക. നിലവിൽ രണ്ട് അംഗീകൃത മൂല്യങ്ങളാണ്
CRUD=ഇല്ലാതാക്കുക, CRUD=എല്ലാം ഇല്ലാതാക്കുക.

പ്രധാന കുറിപ്പ്: ഇല്ലാതാക്കൽ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നത് അനാഥത്വം സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള സാധ്യതയുണ്ട്
സവിശേഷതകൾ (ഉദാ, ജീൻ ഇല്ലാതാക്കിയ എക്സോണുകൾ). ഉറപ്പാക്കാൻ നിങ്ങൾ ശ്രദ്ധിക്കണം
അത് സംഭവിക്കുന്നില്ല. ഈ വിതരണത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നത് ഒരു PostgreSQL ട്രിഗർ ആണ് (എഴുതിയിരിക്കുന്നത്
plpgsql) അത് എല്ലാ അനാഥ കുട്ടികളെയും ആവർത്തിച്ച് ഇല്ലാതാക്കും, അതിനാൽ ഒരു ജീൻ ഇല്ലാതാക്കിയാൽ,
ആ ജീനിന്റെ എല്ലാ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളും എക്സോണുകളും പോളിപെപ്റ്റൈഡുകളും ഇല്ലാതാക്കപ്പെടും.
കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് ഫയൽ modules/sequence/functions/delete-trigger.plpgsql കാണുക.

ഇല്ലാതാക്കുക
ഡിലീറ്റ് ഓപ്‌ഷൻ പേര്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുന്ന ഒരേയൊരു ഫീച്ചർ ഇല്ലാതാക്കും
ജിഎഫ്എഫ് ലൈനിലുള്ളതും ഡാറ്റാബേസിൽ ഉള്ളതുമായി ഓർഗാനിസം പൊരുത്തപ്പെടുന്നു. കുറിപ്പ്
ആ ഫീച്ചർ.uniquename പരിഗണിക്കില്ല, അല്ലെങ്കിൽ കോർഡിനേറ്റുകൾ അവതരിപ്പിച്ചിട്ടില്ല
GFF ഫയൽ. GFF മുഖേനയുള്ള അപ്‌ഡേറ്റുകൾ കോർഡിനന്റുകളിൽ നടത്തുന്നതിന് വേണ്ടിയാണിത്. എങ്കിൽ
പേര്, തരം, ജീവികൾ എന്നിവയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഒന്നിലധികം സവിശേഷതകൾ ഉണ്ട്
ലോഡർ ഒരു പിശക് സന്ദേശം അച്ചടിച്ച് നിർത്തും. പൊരുത്തപ്പെടുന്ന സവിശേഷതകളൊന്നും ഇല്ലെങ്കിൽ
പേര്, തരം, ജീവജാലം, ലോഡർ ഒരു മുന്നറിയിപ്പ് സന്ദേശം പ്രിന്റ് ചെയ്ത് തുടരും.

എല്ലാം ഇല്ലാതാക്കുക
ഡിലീറ്റ് ഓപ്‌ഷനും ഡിലീറ്റ് ഓപ്‌ഷനും സമാനമായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു, അത് ചെയ്യും
GFF ലൈനിലെ പേര്, തരം, ഓർഗാനിസം എന്നിവയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന എല്ലാ സവിശേഷതകളും ഇല്ലാതാക്കുക
ഒരു സവിശേഷത മാത്രം ഇല്ലാതാക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നതിന് എതിരാണ്). സവിശേഷതകൾ ഇല്ലെങ്കിൽ
ആ പൊരുത്തം, ലോഡർ ഒരു മുന്നറിയിപ്പ് സന്ദേശം പ്രിന്റ് ചെയ്ത് തുടരും.

റൺ ലോക്ക്
ബൾക്ക് ലോഡർ ഒരു മൾട്ടി യൂസർ ആപ്ലിക്കേഷനല്ല. രണ്ട് വ്യത്യസ്ത ബൾക്ക് ലോഡ് പ്രക്രിയകൾ ആണെങ്കിൽ
ഒരേ സമയം ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് ഡാറ്റ ലോഡുചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കുക, കുറഞ്ഞത് ഒന്ന്, ഒരുപക്ഷേ എല്ലാം
ലോഡ് പരാജയപ്പെടും. ഇത് സംഭവിക്കാതിരിക്കാൻ, ബൾക്ക് ലോഡർ ഒരു ലോക്ക് ഇടുന്നു
മറ്റ് gmod_bulk_load_gff3.pl പ്രക്രിയകൾ ഒരേ സമയം പ്രവർത്തിക്കുന്നത് തടയുന്നതിനുള്ള ഡാറ്റാബേസ്
സമയം. ആപ്ലിക്കേഷൻ സാധാരണയായി പുറത്തുകടക്കുമ്പോൾ, ഈ ലോക്ക് നീക്കം ചെയ്യപ്പെടും, പക്ഷേ അങ്ങനെയാണെങ്കിൽ
ചില കാരണങ്ങളാൽ ക്രാഷുകൾ, ലോക്ക് നീക്കം ചെയ്യപ്പെടില്ല. ൽ നിന്ന് ലോക്ക് നീക്കം ചെയ്യാൻ
കമാൻഡ് ലൈൻ, ഫ്ലാഗ് നൽകുക --remove_lock. ലോഡർ തകരാറിലായാൽ ശ്രദ്ധിക്കുക
ലോക്ക് നീക്കം ചെയ്യേണ്ടി വരുന്നതിനാൽ, നിങ്ങൾ അദ്വിതീയനാമം പുനർനിർമ്മിക്കേണ്ടി വന്നേക്കാം
കാഷെ (അടുത്ത ഭാഗം കാണുക).

അദ്വിതീയനാമം കാഷെ
ഫീച്ചർ_ഐഡികൾ കാഷെ ചെയ്യുന്ന ഒരു പട്ടിക സൃഷ്ടിക്കാൻ ലോഡർ ചാഡോ ഡാറ്റാബേസ് ഉപയോഗിക്കുന്നു,
ഡാറ്റാബേസിൽ നിലവിലുള്ള സവിശേഷതകളുടെ തനതായ പേരുകൾ, ടൈപ്പ്_ഐഡികൾ, ഓർഗാനിസം_ഐഡികൾ
ലോഡ് ആരംഭിക്കുന്ന സമയവും ലോഡ് ആകുമ്പോൾ ചേർക്കുന്ന സവിശേഷതകളും
പൂർണ്ണമായ. സാധ്യമെങ്കിൽ, ചില രീതികളിലൂടെ പുതിയ സവിശേഷതകൾ ചേർത്തിട്ടുണ്ട്
ഈ ലോഡർ അല്ല (ഉദാഹരണത്തിന്, അപ്പോളോ എഡിറ്റ് ചെയ്യുകയോ XORT ഉപയോഗിച്ച് ലോഡ് ചെയ്യുകയോ ചെയ്യുക) അല്ലെങ്കിൽ ഇത് ഉപയോഗിച്ച ഒരു മുൻ ലോഡ് ആണെങ്കിൽ
ലോഡർ നിർത്തലാക്കി, തുടർന്ന് ഉറപ്പാക്കാൻ നിങ്ങൾ --recreate_cache ഓപ്ഷൻ നൽകണം
കാഷെ പുതിയതാണ്.

അനുക്രമം
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, GFF ഫയലിൽ ക്രമം ഉണ്ടെങ്കിൽ, അത് അവശിഷ്ടങ്ങളിലേക്ക് ലോഡ് ചെയ്യും
ഫീച്ചർ ടേബിൾ വരിയിലെ കോളം ആ ഫീച്ചറുമായി യോജിക്കുന്നു. വിതരണം ചെയ്യുന്നതിലൂടെ
--nosequence ഓപ്ഷൻ, സീക്വൻസ് ഒഴിവാക്കും. നിങ്ങളാണെങ്കിൽ ഇത് ചെയ്യാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം
വളരെ വലിയ സീക്വൻസുകൾ ഉണ്ട്, അത് ലോഡ് ചെയ്യാൻ പ്രയാസമാണ്. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, "വളരെ
വലുത്" എന്നാൽ 200MB-യിൽ കൂടുതൽ എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്.

സീക്വൻസുകൾ ശരിയായി ലോഡുചെയ്യുന്നതിന്, GFF ഫയലിൽ ##FASTA ഉണ്ടായിരിക്കണം എന്നതും ശ്രദ്ധിക്കുക
നിർദ്ദേശം (Bio ::FeatureIO വഴി ശരിയായ പാഴ്‌സിംഗിന് ഇത് ആവശ്യമാണ്), കൂടാതെ ഐഡിയും
എന്നതിന് ശേഷമുള്ള ശ്രേണിയുടെ പേരിന് സമാനമായിരിക്കണം സവിശേഷത
ഫാസ്റ്റ വിഭാഗം.

ഓർഗാനിസം പട്ടിക
ഓർഗാനിസം ടേബിളിൽ നിങ്ങളെ കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെന്ന് ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് അനുമാനിക്കുന്നു
ജീവകം. അങ്ങനെയാണോ എന്ന് നിങ്ങൾക്ക് ഉറപ്പില്ലെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് ഈ കമാൻഡ് എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യാം
psql കമാൻഡ് ലൈൻ:

ജീവികളിൽ നിന്ന് * തിരഞ്ഞെടുക്കുക;

നിങ്ങളുടെ ഓർഗാനിസം ലിസ്റ്റുചെയ്‌തിരിക്കുന്നതായി നിങ്ങൾ കാണുന്നില്ലെങ്കിൽ, അത് ചേർക്കുന്നതിന് ഈ കമാൻഡ് എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യുക:

ഓർഗാനിസത്തിലേക്ക് തിരുകുക (ചുരുക്കം, ജനുസ്സ്, സ്പീഷീസ്, പൊതുവായ_നാമം)
മൂല്യങ്ങൾ ('H.sapiens', 'Homo','sapiens','Human');

നിങ്ങളുടെ ശരീരത്തിന് അനുയോജ്യമായ മൂല്യങ്ങളിൽ പകരം വയ്ക്കുക.

മാതാപിതാക്കൾ/കുട്ടികളുടെ ഓർഡർ
GFF ഫയലിൽ മാതാപിതാക്കൾ കുട്ടികളുടെ മുമ്പിൽ വരണം.

വിശകലനം
നിങ്ങൾ വിശകലന ഫലങ്ങൾ ലോഡുചെയ്യുകയാണെങ്കിൽ (അതായത്, ബ്ലാറ്റ് ഫലങ്ങൾ, ജീൻ പ്രവചനങ്ങൾ), നിങ്ങൾ ചെയ്യണം
-a ഫ്ലാഗ് വ്യക്തമാക്കുക. -a-യിൽ ആർഗ്യുമെന്റുകളൊന്നും നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ലോഡർ ചെയ്യും
എന്ന പേരുള്ള ഒരു വിശകലന സെറ്റിന്റെ ഫലങ്ങൾ ആണെന്ന് കരുതുക
സ്രോതസ്സും (നിര 2) രീതിയും (നിര 3) അടിവരയോടുകൂടിയ സംയോജനം
ഇടയിൽ. അല്ലെങ്കിൽ, -a എന്നതിനൊപ്പം നൽകിയിരിക്കുന്ന ആർഗ്യുമെന്റ് എന്നതിന്റെ പേരായി എടുക്കും
വിശകലന സെറ്റ്. എന്തായാലും, വിശകലന സെറ്റ് ഇതിനകം തന്നെ വിശകലന പട്ടികയിലായിരിക്കണം.
ഇത് psql ഷെല്ലിൽ നേരിട്ട് തിരുകുക എന്നതാണ് ഇതിനുള്ള എളുപ്പവഴി:

വിശകലനത്തിലേക്ക് തിരുകുക (പേര്, പ്രോഗ്രാം, പ്രോഗ്രാം പതിപ്പ്)
മൂല്യങ്ങൾ ('genscan 2005-2-28','genscan','5.4');

വിശകലന പട്ടികയിൽ ഓപ്ഷണൽ ആയ മറ്റ് നിരകൾ ഉണ്ട്; സ്കീമ കാണുക
കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് psql-ൽ ഡോക്യുമെന്റേഷനും '\d വിശകലനവും'.

GFF സ്കോർ കോളത്തിൽ സ്കോർ സംഭരിക്കുന്നതിന് ചാഡോയ്ക്ക് സാധ്യമായ നാല് കോളങ്ങളുണ്ട്; ദയവായി
ഏറ്റവും അനുയോജ്യമായത് ഉപയോഗിക്കുക, അത് --score_col ഫ്ലാഗ് ഉപയോഗിച്ച് തിരിച്ചറിയുക (പ്രാധാന്യം
സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്). നിരയുടെ പേര് ഒരു അക്ഷരത്തിലേക്ക് ചുരുക്കാൻ കഴിയുമെന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക. എങ്കിൽ
ഓരോ ഫീച്ചറുമായും നിങ്ങൾക്ക് ഒന്നിൽ കൂടുതൽ സ്കോർ ഉണ്ട്, മറ്റൊന്ന് നിങ്ങൾക്ക് നൽകാം
'ഐഡന്റിറ്റി=99' പോലെയുള്ള ഒരു ടാഗ്=മൂല്യ ജോഡിയായി ഒമ്പതാം നിരയിലെ സ്‌കോറുകൾ, കൂടാതെ ബൾക്ക്
ലോഡർ അത് ഫീച്ചർപ്രോപ്പ് പട്ടികയിൽ ഇടും (ഐഡന്റിറ്റിക്കായി ഒരു cvterm ഉണ്ടെങ്കിൽ;
ഇഷ്‌ടാനുസൃത ടാഗുകളെക്കുറിച്ചുള്ള മുകളിലെ വിഭാഗം കാണുക). ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകൾ ഇവയാണ്:

പ്രാധാന്യം (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
ഐഡന്റിറ്റി
മാനദണ്ഡം
അസംസ്കൃത സ്കോർ

വിശകലന ഫലങ്ങൾ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള പ്രവർത്തനക്ഷമതയിൽ ഒരു ആസൂത്രിത കൂട്ടിച്ചേർക്കൽ അനുവദിക്കുക എന്നതാണ്
"മിക്സഡ്" GFF ഫയലുകൾ, ചില വരികൾ വിശകലന ഫലങ്ങളാണ്, ചിലത് അല്ല.
കൂടാതെ, തരങ്ങളുടെ ലിസ്റ്റുകൾ (ഉറവിടങ്ങളോടൊപ്പം ഓപ്ഷണലായി) നൽകാനും ഒരാൾക്ക് കഴിയും
വിശകലന പട്ടികയിൽ അവയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട എൻട്രി. ഫോർമാറ്റ് ഒരുപക്ഷേ ടാഗ് മൂല്യമായിരിക്കും
ജോഡികൾ:

--വിശകലനം പൊരുത്തം:Rice_est=rice_est_blast, \
പൊരുത്തം:Maize_cDNA=maize_cdna_blast, \
mRNA=genscan_prediction,exon=genscan_prediction

ഐഡി പ്രകാരം സവിശേഷതകൾ ഗ്രൂപ്പുചെയ്യുന്നു
GFF3 സ്പെസിഫിക്കേഷൻ, CDS-കൾ, match_parts എന്നിവ പോലുള്ള സവിശേഷതകൾ ഗ്രൂപ്പുചെയ്യാൻ അനുവദിക്കുന്നു
ഒരേ ഐഡി പങ്കിട്ടുകൊണ്ട് ഒരുമിച്ച്. ഈ ലോഡർ ഈ രീതിയെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നില്ല
ഗ്രൂപ്പിംഗ്. അതിനുപകരം പാരന്റ് ഫീച്ചർ ഭാഗങ്ങൾക്ക് മുമ്പായി വ്യക്തമായി സൃഷ്‌ടിച്ചിരിക്കണം
പാരന്റ് ടാഗ് ഉപയോഗിച്ച് ഭാഗങ്ങൾ രക്ഷിതാവിനെ സൂചിപ്പിക്കണം.

ബാഹ്യ രക്ഷാകർതൃ ഐഡികൾ
ഒരു GFF ഫയലിനുള്ളിൽ മാത്രമേ ഐഡികൾ സാധുതയുള്ളൂ എന്ന് GFF3 സ്പെസിഫിക്കേഷൻ പറയുന്നു, അതിനാൽ നിങ്ങൾ
മറ്റൊരു ഫയലിലെ ഐഡികളെ പരാമർശിക്കുന്ന പാരന്റ് ടാഗുകൾ ഉണ്ടാകരുത്. വ്യക്തമാക്കുന്നതിലൂടെ
"allow_external_parent" ഫ്ലാഗ്, നിങ്ങൾക്ക് ഈ നിയന്ത്രണം ഇളവ് ചെയ്യാം. ഒരു മുന്നറിയിപ്പ് വാക്ക്
എന്നിരുന്നാലും: ലോഡിംഗ് സമയത്ത് പാരന്റ് ഫീച്ചറിന്റെ അദ്വിതീയനാമം/ഐഡി പരിഷ്കരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ (അത് നിർമ്മിക്കാൻ
അതുല്യമായത്), ഈ പ്രവർത്തനം പ്രവർത്തിക്കില്ല, കാരണം ഇതിന് യഥാർത്ഥമായത് കണ്ടെത്താൻ കഴിയില്ല
ഫീച്ചർ ശരിയായി. യഥാർത്ഥത്തിൽ, ഇത് പ്രവർത്തിക്കാത്തതിനേക്കാൾ മോശമായേക്കാം, അത് കുട്ടിയെ അറ്റാച്ചുചെയ്യാം
തെറ്റായ മാതാപിതാക്കളുടെ സവിശേഷതകൾ. അതുകൊണ്ടാണ് ഈ പ്രവർത്തനം ഉപയോഗിക്കുന്നത് മോശമായ ആശയം!
ദയവായി ജാഗ്രതയോടെ ഉപയോഗിക്കുക.

AUTHORS

അലൻ ഡേ[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>, സ്കോട്ട് കെയ്ൻ[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>

പകർപ്പവകാശം (സി) 2011

ഈ ലൈബ്രറി ഒരു സ്വതന്ത്ര സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ആണ്; നിങ്ങൾക്ക് ഇത് പുനർവിതരണം ചെയ്യാനും കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ പരിഷ്ക്കരിക്കാനും കഴിയും
പേൾ തന്നെ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmod_bulk_load_gff3.plp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക