gmt-music-proximityp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmt മ്യൂസിക് പ്രോക്സിമിറ്റി - മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റിൽ ഒരു പ്രോക്സിമിറ്റി വിശകലനം നടത്തുക.

പതിപ്പ്

ഈ പ്രമാണം gmt സംഗീത പ്രോക്‌സിമിറ്റി പതിപ്പ് 0.04 (2016-01-01 ന് 23:10:19) വിവരിക്കുന്നു.

സിനോപ്സിസ്

gmt മ്യൂസിക് പ്രോക്സിമിറ്റി --maf-file=? --output-file=? --output-dir=? [--max-proximity=?]
[--ഒഴിവാക്കുക-നോൺ-കോഡിംഗ്] [--skip-silent]

... സംഗീത സാമീപ്യം \
--maf-file input_dir/myMAF.tsv \
--output-dir output_dir/ \
--പരമാവധി-അടുത്തത് 15

ആവശ്യമാണ് വാദങ്ങൾ

maf-file ടെക്സ്റ്റ്
TCGA MAF സ്പെസിഫിക്കേഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ ലിസ്റ്റ് v2.3

ഔട്ട്പുട്ട്-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
ചെയ്യാൻ

ഔട്ട്പുട്ട്-ദിയർ ടെക്സ്റ്റ്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ എഴുതുന്ന ഡയറക്ടറി

കണ്ണന്റെ വാദങ്ങൾ

max-proximity ടെക്സ്റ്റ്
2 മ്യൂട്ടേഷനുകൾക്കിടയിൽ അനുവദനീയമായ പരമാവധി AA ദൂരം

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '7'

ഒഴിവാക്കുക-നോൺ-കോഡിംഗ് ബൂളിയൻ
നൽകിയിരിക്കുന്ന MAF ഫയലിൽ നിന്നുള്ള നോൺ-കോഡിംഗ് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-non-coding ബൂളിയൻ
skip-non-coding 'false' ആക്കുക

ഒഴിവാക്കുക-നിശബ്ദത ബൂളിയൻ
നൽകിയ MAF ഫയലിൽ നിന്ന് നിശബ്ദ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-Silent ബൂളിയൻ
ഒഴിവാക്കൽ-നിശബ്ദത 'തെറ്റ്' ആക്കുക

വിവരണം

ഈ മൊഡ്യൂൾ ആദ്യം MAF ഫയലിലെ ഓരോ മ്യൂട്ടേഷന്റെയും അമിനോ ആസിഡ് സ്ഥാനം കണക്കാക്കുന്നു
അതത് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിനുള്ളിൽ. തുടർന്ന്, ഓരോ മ്യൂട്ടേഷനും രണ്ട് മൂല്യങ്ങൾ കണക്കാക്കുന്നു: 1)
സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്ന പ്രോക്സിമിറ്റി പരിധിക്കുള്ളിൽ ഒരേ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിലെ മറ്റ് മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ എണ്ണം
max-proximity ഇൻപുട്ട് പാരാമീറ്റർ, കൂടാതെ 2) ഇതിലെ ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള മറ്റ് മ്യൂട്ടേഷനിലേക്കുള്ള ദൂരം
അടുത്തുള്ള സെറ്റ്. അടുത്തടുത്തുള്ള മറ്റൊരു മ്യൂട്ടേഷനുള്ള മ്യൂട്ടേഷനുകൾ മാത്രമേ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടുകയുള്ളൂ
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിൽ.

സ്റ്റാൻഡേർഡ് പതിപ്പ് 2.3 MAF ഹെഡറുകൾക്ക് പുറമേ, 3 കോളങ്ങൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കേണ്ടതുണ്ട്.
MAF-ലെ ഈ കോളം തലക്കെട്ടുകളിൽ ടൂളിന്റെ ക്രമത്തിൽ ഈ പേരുകൾ തലക്കെട്ടിൽ ഉണ്ടായിരിക്കണം
അവരെ കണ്ടെത്താൻ:
transcript_name - NM_000028 amino_acid_change പോലെയുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് നാമം - അമിനോ
p.R290H പോലുള്ള ആസിഡ് മാറ്റം
c_position - c.869 പോലെയുള്ള ന്യൂക്ലിയോടൈഡിന്റെ സ്ഥാനം മാറി

താഴെ പറയുന്ന കോളം ഹെഡറുകൾ ഉപയോഗിച്ചാണ് ഔട്ട്‌പുട്ട് ജനറേറ്റ് ചെയ്യുന്നത്: Mutations_Within_Proximity,
സമീപ_മ്യൂട്ടേഷൻ, ജീൻ, ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്, ബാധിച്ച_അമിനോ_ആസിഡ്(കൾ), Chr, ആരംഭിക്കുക, നിർത്തുക, Ref_Allele,
Var_Allele, സാമ്പിൾ

AUTHORS

നഥാൻ ഡി ഡീസ്, പിഎച്ച്ഡി
ഡാൻ കോബോൾട്ട്, എം.എസ്
സിറിയക് കണ്ടോത്ത്, ഡോ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmt-music-proximityp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക