gmx_d - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx - മോളിക്യുലർ ഡൈനാമിക്സ് സിമുലേഷൻ സ്യൂട്ട്

സിനോപ്സിസ്

gmx [-[ഇല്ല]h] [-[ഇല്ല] നിശബ്ദം] [-[ഇല്ല] പതിപ്പ്] [-[ഇല്ല] പകർപ്പവകാശം] [-നല്ലത് ]
[-[ഇല്ല]ബാക്കപ്പ്]

വിവരണം

GROMACS എന്നത് മോളിക്യുലാർ ഡൈനാമിക്സ് സിമുലേഷനുകൾ നടപ്പിലാക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു പൂർണ്ണ ഫീച്ചർ ചെയ്ത പ്രോഗ്രാമുകളാണ്,
അതായത്, നൂറുകണക്കിന് മുതൽ ദശലക്ഷക്കണക്കിന് വരെ കണികകൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന സിസ്റ്റങ്ങളുടെ സ്വഭാവം അനുകരിക്കാൻ
ചലനത്തിന്റെ ന്യൂട്ടോണിയൻ സമവാക്യങ്ങൾ. പ്രോട്ടീനുകൾ, ലിപിഡുകൾ, എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള ഗവേഷണത്തിനാണ് ഇത് പ്രാഥമികമായി ഉപയോഗിക്കുന്നത്
പോളിമറുകൾ, പക്ഷേ വൈവിധ്യമാർന്ന രാസ-ജീവശാസ്ത്ര ഗവേഷണങ്ങളിൽ പ്രയോഗിക്കാൻ കഴിയും
ചോദ്യങ്ങൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-[ഇല്ല]h (അല്ല)
സഹായം അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-[ഇല്ല] നിശബ്ദം (അല്ല)
സാധാരണ സ്റ്റാർട്ടപ്പ് വിവരങ്ങളോ ഉദ്ധരണികളോ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്

-[ഇല്ല] പതിപ്പ് (അല്ല)
വിപുലീകൃത പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-[ഇല്ല] പകർപ്പവകാശം (അതെ)
സ്റ്റാർട്ടപ്പിലെ പകർപ്പവകാശ വിവരങ്ങൾ അച്ചടിക്കുക

-നല്ലത് (19)
നൈസ് ലെവൽ സജ്ജമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് കമാൻഡിനെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു)

-[ഇല്ല]ബാക്കപ്പ് (അതെ)
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകൾ നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ ബാക്കപ്പുകൾ എഴുതുക

ഗ്മ്ക്സ കമാൻഡുകൾ

താഴെ പറയുന്ന കമാൻഡുകൾ ലഭ്യമാണ്. ദയവായി അവരുടെ വ്യക്തിഗത മാൻ പേജുകൾ കാണുക അല്ലെങ്കിൽ gmx
സഹായിക്കൂ കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്.

പാത വിശകലനം
gmx-gangle(1)
കോണുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-ദൂരം(1)
ജോഡി സ്ഥാനങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ദൂരം കണക്കാക്കുക

gmx-freevolume(1)
സൗജന്യ വോളിയം കണക്കാക്കുക

gmx-pairdist(1)
സ്ഥാനങ്ങളുടെ ഗ്രൂപ്പുകൾ തമ്മിലുള്ള ജോഡിവൈസ് ദൂരം കണക്കാക്കുക

gmx-rdf(1)
റേഡിയൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ഫംഗ്‌ഷനുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-sasa(1)
ലായനി ആക്സസ് ചെയ്യാവുന്ന ഉപരിതല വിസ്തീർണ്ണം കണക്കാക്കുക

gmx-തിരഞ്ഞെടുക്കുക(1)
തിരഞ്ഞെടുക്കലുകളെക്കുറിച്ചുള്ള പൊതുവായ വിവരങ്ങൾ അച്ചടിക്കുക

സൃഷ്ടിക്കുന്നു ടോപ്പോളജികൾ ഒപ്പം നിർദ്ദേശാങ്കങ്ങൾ
gmx-editconf(1)
ബോക്സ് എഡിറ്റ് ചെയ്ത് ഉപഗ്രൂപ്പുകൾ എഴുതുക

gmx-x2top(1)
കോർഡിനേറ്റുകളിൽ നിന്ന് ഒരു പ്രാകൃത ടോപ്പോളജി സൃഷ്ടിക്കുക

gmx-solvate(1)
ഒരു സിസ്റ്റം പരിഹരിക്കുക

gmx-insert-molecules(1)
നിലവിലുള്ള ഒഴിവുകളിലേക്ക് തന്മാത്രകൾ ചേർക്കുക

gmx-genconf(1)
'റാൻഡം' ഓറിയന്റേഷനുകളിൽ ഒരു കോൺഫോർമേഷൻ ഗുണിക്കുക

gmx-genion(1)
ഊർജ്ജസ്വലമായ അനുകൂല സ്ഥാനങ്ങളിൽ മോണോ ആറ്റോമിക് അയോണുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

gmx-genrestr(1)
സൂചിക ഗ്രൂപ്പുകൾക്കായി സ്ഥാന നിയന്ത്രണങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ ദൂര നിയന്ത്രണങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കുക

gmx-pdb2gmx(1)
കോർഡിനേറ്റ് ഫയലുകളെ ടോപ്പോളജിയിലേക്കും എഫ്എഫ്-കംപ്ലയന്റ് കോർഡിനേറ്റ് ഫയലുകളിലേക്കും പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

പ്രവർത്തിക്കുന്ന a സിമുലേഷൻ
gmx-grompp(1)
ഒരു റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഉണ്ടാക്കുക

gmx-mdrun(1)
ഒരു സിമുലേഷൻ നടത്തുക, ഒരു സാധാരണ മോഡ് വിശകലനം ചെയ്യുക അല്ലെങ്കിൽ ഊർജ്ജം കുറയ്ക്കുക

gmx-convert-tpr(1)
പരിഷ്കരിച്ച റൺ-ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഉണ്ടാക്കുക

കാണുന്നു പാതകൾ
gmx-nmtraj(1)
ഒരു ഈജൻ വെക്‌ടറിൽ നിന്ന് ഒരു വെർച്വൽ ആന്ദോളന പാത സൃഷ്‌ടിക്കുക

gmx-കാഴ്ച(1)
ഒരു X-Windows ടെർമിനലിൽ ഒരു പാത കാണുക

നടപടി g ർജ്ജം
gmx-enemat(1)
ഒരു ഊർജ്ജ ഫയലിൽ നിന്ന് ഒരു ഊർജ്ജ മാട്രിക്സ് എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റ് ചെയ്യുക

gmx-ഊർജ്ജം(1)
xvg ഫയലുകളിലേക്കും ഡിസ്പ്ലേ ശരാശരികളിലേക്കും ഊർജ്ജം എഴുതുന്നു

gmx-mdrun(1)
(വീണ്ടും)-റൺ ഉപയോഗിച്ച് ട്രജക്ടറി ഫ്രെയിമുകൾക്കുള്ള ഊർജ്ജം കണക്കാക്കുക

പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു ഫയലുകൾ
gmx-editconf(1)
ഘടനാ ഫയലുകൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുകയും കൈകാര്യം ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു

gmx-eneconv(1)
ഊർജ്ജ ഫയലുകൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

gmx-sigeps(1)
c6/12 അല്ലെങ്കിൽ c6/cn കോമ്പിനേഷനുകൾ സിഗ്മ/എപ്സിലോണിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

gmx-trjcat(1)
ട്രാക്ക് ഫയലുകൾ സംയോജിപ്പിക്കുക

gmx-trjconv(1)
ട്രാക്ക് ഫയലുകൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുകയും കൈകാര്യം ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു

gmx-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) മെട്രിക്‌സുകൾ പോസ്റ്റ്‌സ്‌ക്രിപ്‌റ്റിലേക്കോ XPM ലേക്കോ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

ഉപകരണങ്ങൾ
gmx-വിശകലനം(1)
ഡാറ്റ സെറ്റുകൾ വിശകലനം ചെയ്യുക

gmx-dyndom(1)
ഇന്റർപോളേറ്റ്, എക്സ്ട്രാപോളേറ്റ് ഘടന ഭ്രമണങ്ങൾ

gmx-ഫിൽറ്റർ(1)
സുഗമമായ സിനിമകൾ നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗപ്രദമായ ഫ്രീക്വൻസി ഫിൽട്ടർ ട്രാക്ടറികൾ

gmx-നുണ(1)
ലീനിയർ കോമ്പിനേഷനുകളിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജം കണക്കാക്കുക

gmx-morph(1)
അനുരൂപീകരണങ്ങൾക്കിടയിൽ രേഖീയമായി ഇന്റർപോളേറ്റ് ചെയ്യുക

gmx-pme_error(1)
തന്നിരിക്കുന്ന ഇൻപുട്ട് ഫയലിനൊപ്പം PME ഉപയോഗിക്കുന്നതിലെ പിശക് കണക്കാക്കുക

gmx-ഷാം(1)
ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകളിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജങ്ങളോ മറ്റ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകളോ കണക്കാക്കുക

gmx-സ്പേഷ്യൽ(1)
സ്പേഷ്യൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ഫംഗ്ഷൻ കണക്കാക്കുക

gmx-traj(1)
പ്ലോട്ട് x, v, f, ബോക്സ്, താപനിലയും ഭ്രമണ ഊർജ്ജവും പാതകളിൽ നിന്ന്

gmx-tune_pme(1)
ക്രമീകരണങ്ങൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുന്നതിന് PME റാങ്കുകളുടെ ഒരു ഫംഗ്‌ഷനായി ടൈം mdrun

gmx-wham(1)
കുട സാമ്പിളിംഗിന് ശേഷം വെയ്റ്റഡ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം വിശകലനം നടത്തുക

gmx- ചെക്ക്(1)
ഫയലുകൾ പരിശോധിച്ച് താരതമ്യം ചെയ്യുക

gmx-dump(1)
ബൈനറി ഫയലുകൾ മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന തരത്തിലാക്കുക

gmx-make_ndx(1)
സൂചിക ഫയലുകൾ ഉണ്ടാക്കുക

gmx-mk_angndx(1)
'gmx ആംഗിളിനായി' സൂചിക ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

gmx-trjorder(1)
ഒരു ഗ്രൂപ്പിലേക്കുള്ള ദൂരം അനുസരിച്ച് തന്മാത്രകൾ ക്രമീകരിക്കുക

gmx-xpm2ps(1)
XPM (XPixelMap) മെട്രിക്‌സുകൾ പോസ്റ്റ്‌സ്‌ക്രിപ്‌റ്റിലേക്കോ XPM ലേക്കോ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

ദൂരം തമ്മിലുള്ള ഘടനകളെ
gmx-ക്ലസ്റ്റർ(1)
ക്ലസ്റ്റർ ഘടനകൾ

gmx-confrms(1)
രണ്ട് ഘടനകൾ യോജിപ്പിച്ച് RMSD കണക്കാക്കുന്നു

gmx-rms(1)
ഒരു റഫറൻസ് ഘടനയും RMSD മെട്രിക്സും ഉപയോഗിച്ച് RMSD-കൾ കണക്കാക്കുക

gmx-rmsf(1)
ആറ്റോമിക് ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ കണക്കാക്കുക

ദൂരം in ഘടനകളെ മേൽ കാലം
gmx-mindist(1)
രണ്ട് ഗ്രൂപ്പുകൾ തമ്മിലുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൂരം കണക്കാക്കുക

gmx-mdmat(1)
അവശിഷ്ട കോൺടാക്റ്റ് മാപ്പുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-polystat(1)
പോളിമറുകളുടെ സ്റ്റാറ്റിക് പ്രോപ്പർട്ടികൾ കണക്കാക്കുക

gmx-rmsdist(1)
പവർ -2, -3 അല്ലെങ്കിൽ -6 ഉപയോഗിച്ച് ശരാശരി ആറ്റം ജോഡി ദൂരം കണക്കാക്കുക

ബഹുജന വിതരണ പ്രോപ്പർട്ടികൾ മേൽ കാലം
gmx-gyrate(1)
ഗൈറേഷന്റെ ആരം കണക്കാക്കുക

gmx-msd(1)
കണക്കാക്കുന്നത് ചതുരാകൃതിയിലുള്ള സ്ഥാനചലനങ്ങൾ എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്

gmx-polystat(1)
പോളിമറുകളുടെ സ്റ്റാറ്റിക് പ്രോപ്പർട്ടികൾ കണക്കാക്കുക

gmx-rdf(1)
റേഡിയൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ഫംഗ്‌ഷനുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-rotacf(1)
തന്മാത്രകൾക്കുള്ള റൊട്ടേഷണൽ കോറിലേഷൻ ഫംഗ്ഷൻ കണക്കാക്കുക

gmx-rotmat(1)
ഒരു റഫറൻസ് ഘടനയിൽ ഘടിപ്പിക്കുന്നതിന് റൊട്ടേഷൻ മാട്രിക്സ് പ്ലോട്ട് ചെയ്യുക

gmx-sans(1)
ചെറിയ ആംഗിൾ ന്യൂട്രോൺ സ്കാറ്ററിംഗ് സ്പെക്ട്ര കണക്കാക്കുക

gmx-saxs(1)
ചെറിയ ആംഗിൾ എക്സ്-റേ സ്കാറ്ററിംഗ് സ്പെക്ട്ര കണക്കാക്കുക

gmx-traj(1)
പ്ലോട്ട് x, v, f, ബോക്സ്, താപനിലയും ഭ്രമണ ഊർജ്ജവും പാതകളിൽ നിന്ന്

gmx-vanhove(1)
വാൻ ഹോവ് ഡിസ്‌പ്ലേസ്‌മെന്റ്, കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷനുകൾ കണക്കാക്കുക

വിശകലനം ചെയ്യുന്നു ബോണ്ടഡ് ഇടപെടലുകൾ
gmx-കോണ്(1)
കോണുകൾക്കും ഡൈഹെഡ്രലുകൾക്കുമുള്ള വിതരണങ്ങളും പരസ്പര ബന്ധങ്ങളും കണക്കാക്കുക

gmx-mk_angndx(1)
'gmx ആംഗിളിനായി' സൂചിക ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

ഘടന പ്രോപ്പർട്ടികൾ
gmx-anadock(1)
ഓട്ടോഡോക്കിൽ നിന്നുള്ള ക്ലസ്റ്റർ ഘടനകൾ പ്രവർത്തിക്കുന്നു

gmx-ബണ്ടിൽ(1)
അക്ഷങ്ങളുടെ ബണ്ടിലുകൾ വിശകലനം ചെയ്യുക, ഉദാ, ഹെലിസുകൾ

gmx-clustsize(1)
ആറ്റോമിക് ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ വലുപ്പ വിതരണങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

gmx-disre(1)
ദൂര നിയന്ത്രണങ്ങൾ വിശകലനം ചെയ്യുക

gmx-hbond(1)
ഹൈഡ്രജൻ ബോണ്ടുകൾ കണക്കാക്കുകയും വിശകലനം ചെയ്യുകയും ചെയ്യുക

gmx-ഓർഡർ(1)
കാർബൺ ടെയിലുകൾക്കായി ഓരോ ആറ്റത്തിനും ഓർഡർ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുക

gmx-പ്രിൻസിപ്പൽ(1)
ഒരു കൂട്ടം ആറ്റങ്ങൾക്കായി ജഡത്വത്തിന്റെ പ്രധാന അക്ഷങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

gmx-rdf(1)
റേഡിയൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ഫംഗ്‌ഷനുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-saltbr(1)
ഉപ്പ് പാലങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

gmx-സോറിയന്റ്(1)
ലായനികൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ലായക ഓറിയന്റേഷൻ വിശകലനം ചെയ്യുക

gmx-spol(1)
ലായക ദ്വിധ്രുവ ഓറിയന്റേഷനും ലായനികൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ധ്രുവീകരണവും വിശകലനം ചെയ്യുക

ചലനാത്മകം പ്രോപ്പർട്ടികൾ
gmx-bar(1)
ബെന്നറ്റിന്റെ സ്വീകാര്യത അനുപാതം വഴി സൗജന്യ ഊർജ്ജ വ്യത്യാസം കണക്കാക്കുക

gmx-നിലവിലെ(1)
വൈദ്യുത സ്ഥിരാങ്കങ്ങളും നിലവിലെ ഓട്ടോകോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷനും കണക്കാക്കുക

gmx-dos(1)
അതിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ സംസ്ഥാനങ്ങളുടെയും ഗുണങ്ങളുടെയും സാന്ദ്രത വിശകലനം ചെയ്യുക

gmx-dycoupl(1)
പാതകളിൽ നിന്ന് ഡൈ ഡൈനാമിക്സ് എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ചെയ്യുക

gmx-പ്രിൻസിപ്പൽ(1)
ഒരു കൂട്ടം ആറ്റങ്ങൾക്കായി ജഡത്വത്തിന്റെ പ്രധാന അക്ഷങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

gmx-tcaf(1)
ദ്രാവകങ്ങളുടെ വിസ്കോസിറ്റി കണക്കാക്കുക

gmx-traj(1)
പ്ലോട്ട് x, v, f, ബോക്സ്, താപനിലയും ഭ്രമണ ഊർജ്ജവും പാതകളിൽ നിന്ന്

gmx-vanhove(1)
വാൻ ഹോവ് ഡിസ്‌പ്ലേസ്‌മെന്റ്, കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷനുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-velacc(1)
വേഗത ഓട്ടോകോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷനുകൾ കണക്കാക്കുക

ഇലക്ട്രോസ്റ്റാറ്റിക് പ്രോപ്പർട്ടികൾ
gmx-നിലവിലെ(1)
വൈദ്യുത സ്ഥിരാങ്കങ്ങളും നിലവിലെ ഓട്ടോകോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷനും കണക്കാക്കുക

gmx-dielectric(1)
ആവൃത്തി ആശ്രിത വൈദ്യുത സ്ഥിരാങ്കങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

gmx-dipoles(1)
മൊത്തം ദ്വിധ്രുവവും ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകളും കണക്കാക്കുക

gmx-സാധ്യത(1)
ബോക്സിലുടനീളം ഇലക്ട്രോസ്റ്റാറ്റിക് പൊട്ടൻഷ്യൽ കണക്കാക്കുക

gmx-spol(1)
ലായക ദ്വിധ്രുവ ഓറിയന്റേഷനും ലായനികൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ധ്രുവീകരണവും വിശകലനം ചെയ്യുക

gmx-genion(1)
ഊർജ്ജസ്വലമായ അനുകൂല സ്ഥാനങ്ങളിൽ മോണോ ആറ്റോമിക് അയോണുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

പ്രോട്ടീൻ-നിർദ്ദിഷ്ടം വിശകലനം
gmx-do_dssp(1)
ദ്വിതീയ ഘടന നൽകുകയും ലായക ആക്സസ് ചെയ്യാവുന്ന ഉപരിതല വിസ്തീർണ്ണം കണക്കാക്കുകയും ചെയ്യുക

gmx-chi(1)
ചിയെയും മറ്റ് ഡൈഹെഡ്രലുകളെയും കുറിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അറിയേണ്ടതെല്ലാം കണക്കാക്കുക

gmx-helix(1)
ആൽഫ ഹെലിസുകളുടെ അടിസ്ഥാന ഗുണങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

gmx-helixorient(1)
ഹെലിസുകൾക്കുള്ളിൽ ലോക്കൽ പിച്ച്/ബെൻഡിംഗ്/റൊട്ടേഷൻ/ഓറിയന്റേഷൻ കണക്കാക്കുക

gmx-rama(1)
രാമചന്ദ്രൻ പ്ലോട്ടുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-ചക്രം(1)
പ്ലോട്ട് ഹെലിക്കൽ ചക്രങ്ങൾ

സംയോജകഘടകങ്ങള്
gmx-ബണ്ടിൽ(1)
അക്ഷങ്ങളുടെ ബണ്ടിലുകൾ വിശകലനം ചെയ്യുക, ഉദാ, ഹെലിസുകൾ

gmx-സാന്ദ്രത(1)
സിസ്റ്റത്തിന്റെ സാന്ദ്രത കണക്കാക്കുക

gmx-densmap(1)
2D പ്ലാനർ അല്ലെങ്കിൽ ആക്സിയൽ-റേഡിയൽ ഡെൻസിറ്റി മാപ്പുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-densorder(1)
ഉപരിതല ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-h2order(1)
ജല തന്മാത്രകളുടെ ഓറിയന്റേഷൻ കണക്കാക്കുക

gmx-hydorder(1)
തന്നിരിക്കുന്ന ആറ്റത്തിന് ചുറ്റുമുള്ള ടെട്രാഹെഡ്രാലിറ്റി പാരാമീറ്ററുകൾ കണക്കാക്കുക

gmx-ഓർഡർ(1)
കാർബൺ ടെയിലുകൾക്കായി ഓരോ ആറ്റത്തിനും ഓർഡർ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുക

gmx-സാധ്യത(1)
ബോക്സിലുടനീളം ഇലക്ട്രോസ്റ്റാറ്റിക് പൊട്ടൻഷ്യൽ കണക്കാക്കുക

കോവിയറൻസ് വിശകലനം
gmx-anaeig(1)
ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ വിശകലനം ചെയ്യുക

gmx-covar(1)
കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സ് കണക്കാക്കി ഡയഗണലൈസ് ചെയ്യുക

gmx-make_edi(1)
അത്യാവശ്യമായ ഡൈനാമിക്സ് സാമ്പിളിനായി ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

സാധാരണമായ മോഡുകൾ
gmx-anaeig(1)
സാധാരണ മോഡുകൾ വിശകലനം ചെയ്യുക

gmx-nmeig(1)
സാധാരണ മോഡ് വിശകലനത്തിനായി ഹെസ്സിയൻ ഡയഗണലൈസ് ചെയ്യുക

gmx-nmtraj(1)
ഒരു ഈജൻ വെക്‌ടറിൽ നിന്ന് ഒരു വെർച്വൽ ആന്ദോളന പാത സൃഷ്‌ടിക്കുക

gmx-nmens(1)
സാധാരണ മോഡുകളിൽ നിന്ന് ഘടനകളുടെ ഒരു സമന്വയം സൃഷ്ടിക്കുക

gmx-grompp(1)
ഒരു റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഉണ്ടാക്കുക

gmx-mdrun(1)
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഊർജ്ജം കണ്ടെത്തി ഹെസ്സിയൻ കണക്കാക്കുക

പകർപ്പവകാശ

2015, GROMACS വികസന ടീം

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx_d ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക