gmx-densorder - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-densorder - ഉപരിതല ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-അഥവാ [<.out> [...]]] [-ഒഗ് [<.xpm> [...]]]
[-സ്പെക്റ്റ് [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-[no]1d] [-bw ]
[-bwn ] [- ഓർഡർ ] [-ആക്സിസ് ]
[- രീതി ] [-ഡി 1 ] [-ഡി 2 ]
[-tblock ] [-നില ]

വിവരണം

gmx സാന്ദ്രത ഒരു അച്ചുതണ്ടിലൂടെയുള്ള രണ്ട്-ഘട്ട സാന്ദ്രത വിതരണം കുറയ്ക്കുന്നു, ഒരു എം.ഡി
ഒരു ഫങ്ഷണൽ പ്രൊഫൈലിലേക്ക് യോജിപ്പിച്ച്, സമയത്തിൽ ചാഞ്ചാടുന്ന 2D പ്രതലങ്ങളിലേക്കുള്ള പാത
ഇന്റർഫേഷ്യൽ സാന്ദ്രത. ഇന്റർഫേസുകളുടെ സമയ-ശരാശരി സ്പേഷ്യൽ പ്രാതിനിധ്യം ആകാം
ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് -tavg.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-n [<.ndx>] (index.ndx)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.dat>] (Density4D.dat) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഡാറ്റ ഫയൽ

-അഥവാ [<.out> [...]] (hello.out) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ

-ഒഗ് [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

-സ്പെക്റ്റ് [<.out> [...]] (intfspect.out) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-[no]1d (അല്ല)
സ്യൂഡോ-1d ഇന്റർഫേസ് ജ്യാമിതി

-bw (0.2)
ഇന്റർഫേസിലേക്കുള്ള സാന്ദ്രത വിതരണത്തിന്റെ ബിൻവിഡ്ത്ത്

-bwn (0.05)
ഇന്റർഫേസിലേക്കുള്ള സാന്ദ്രത വിതരണത്തിന്റെ ബിൻവിഡ്ത്ത് സാധാരണമാണ്

- ഓർഡർ (0)
ഗാസിയൻ ഫിൽട്ടറിന്റെ ക്രമം, ഓർഡർ 0 എന്നത് ഫിൽട്ടറിംഗ് ഇല്ല എന്നതിന് തുല്യമാണ്

-ആക്സിസ് (Z)
അച്ചുതണ്ട് ദിശ - X, Y അല്ലെങ്കിൽ Z

- രീതി (വിഭജനം)
ഇന്റർഫേസ് ലൊക്കേഷൻ രീതി: ബൈസെക്റ്റ്, ഫങ്ഷണൽ

-ഡി 1 (0)
ബൾക്ക് ഡെൻസിറ്റി ഫേസ് 1 (ചെറിയ z ൽ)

-ഡി 2 (1000)
ബൾക്ക് ഡെൻസിറ്റി ഫേസ് 2 (വലിയ z ൽ)

-tblock (100)
ഒരു ടൈം ബ്ലോക്ക് ശരാശരിയിലെ ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണം

-നില (100)
2D - XPixMaps-ലെ ഉയരം ലെവലുകളുടെ എണ്ണം

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-densorder ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക