gmx-insert-molecules - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-insert-molecules - നിലവിലുള്ള ഒഴിവുകളിലേക്ക് തന്മാത്രകൾ ചേർക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx ഇൻസേർട്ട്-തന്മാത്രകൾ [-f [<.gro/.g96/...>]] [-സി.ഐ [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-പെട്ടി ]
[-nmol ] [-ശ്രമിക്കുക ] [-വിത്ത് ]
[-ആരം ] [- സ്കെയിൽ ] [-ഡോ ]
[- ചെംചീയൽ ]

വിവരണം

gmx ഇൻസേർട്ട്-തന്മാത്രകൾ ഇൻസേർട്ട്സ് -nmol ൽ വ്യക്തമാക്കിയ സിസ്റ്റത്തിന്റെ പകർപ്പുകൾ -സി.ഐ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ.
നൽകിയിട്ടുള്ള സോൾട്ട് കോൺഫോർമേഷനിലെ ഒഴിഞ്ഞ സ്ഥലത്തിലേക്കാണ് ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ നടക്കുന്നത്
-f, അല്ലെങ്കിൽ നൽകിയ ശൂന്യമായ ബോക്സിലേക്ക് -പെട്ടി. രണ്ടും വ്യക്തമാക്കുന്നു -f ഒപ്പം -പെട്ടി പോലെ പെരുമാറുന്നു -f, പക്ഷേ
ചേർക്കുന്നതിന് മുമ്പ് ലായനിക്ക് ചുറ്റും ഒരു പുതിയ പെട്ടി സ്ഥാപിക്കുക. നിലവിലുള്ള ഏത് വേഗതയും ഉണ്ട്
നിരസിച്ചു.

സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ഉൾപ്പെടുത്തൽ സ്ഥാനങ്ങൾ ക്രമരഹിതമാണ് (പ്രാരംഭ വിത്ത് വ്യക്തമാക്കിയത് -വിത്ത്). എസ്
വരെ പ്രോഗ്രാം ആവർത്തിക്കുന്നു -nmol ബോക്സിൽ തന്മാത്രകൾ ചേർത്തു. തന്മാത്രകൾ അല്ല
നിലവിലുള്ള ഏതെങ്കിലും ആറ്റവും ചേർത്തതിന്റെ ഏതെങ്കിലും ആറ്റവും തമ്മിലുള്ള ദൂരം എവിടെ ചേർത്തു
രണ്ട് ആറ്റങ്ങളുടേയും വാൻ ഡെർ വാൽസ് റേഡിയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള തുകയേക്കാൾ കുറവാണ് തന്മാത്ര. ഒരു ഡാറ്റാബേസ്
(vdwradii.dat) ന്റെ വാൻ ഡെർ വാൽസ് ആരം പ്രോഗ്രാം വായിക്കുന്നു, തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന ആരങ്ങളും
സ്കെയിൽ ചെയ്തു - സ്കെയിൽ. ഡാറ്റാബേസിൽ റേഡിയുകൾ കണ്ടെത്തിയില്ലെങ്കിൽ, ആ ആറ്റങ്ങൾ നൽകിയിരിക്കുന്നു
(പ്രീ-സ്കെയിൽഡ്) ദൂരം -ആരം.

ആകെ -nmol * -ശ്രമിക്കുക ഉപേക്ഷിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് ഉൾപ്പെടുത്തൽ ശ്രമങ്ങൾ നടത്തുന്നു. വർധിപ്പിക്കുക -ശ്രമിക്കുക നിങ്ങൾ എങ്കിൽ
നിറയ്ക്കാൻ നിരവധി ചെറിയ ദ്വാരങ്ങളുണ്ട്. ഓപ്ഷൻ - ചെംചീയൽ ഉൾപ്പെടുത്തൽ തന്മാത്രകളാണോ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നു
ചേർക്കൽ ശ്രമങ്ങൾക്ക് മുമ്പ് ക്രമരഹിതമായി ഓറിയന്റഡ് ചെയ്യുന്നു.

പകരമായി, സ്ഥാനങ്ങളിൽ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന സ്ഥാനങ്ങളിൽ മാത്രമേ തന്മാത്രകൾ ചേർക്കാൻ കഴിയൂ.
(-ip). ആ ഫയലിന് 3 നിരകൾ (x,y,z) ഉണ്ടായിരിക്കണം, അത് താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ സ്ഥാനചലനങ്ങൾ നൽകുന്നു
ഇൻപുട്ട് തന്മാത്രയുടെ സ്ഥാനം (-സി.ഐ). അതിനാൽ, ആ ഫയലിൽ കേവലം അടങ്ങിയിരിക്കണം
സ്ഥാനങ്ങൾ, ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് തന്മാത്ര (0,0,0) കേന്ദ്രീകരിച്ചിരിക്കണം gmx ഇൻസേർട്ട്-തന്മാത്രകൾ
(ഉദാ. നിന്ന് gmx editconf -കേന്ദ്രം). # ൽ ആരംഭിക്കുന്ന ആ ഫയലിലെ കമന്റുകൾ അവഗണിക്കപ്പെടും.
ഓപ്ഷൻ -ഡോ ഇൻസെർഷ്യൽ ട്രയലുകളിൽ പരമാവധി അനുവദനീയമായ സ്ഥാനചലനങ്ങൾ നിർവ്വചിക്കുന്നു. -ശ്രമിക്കുക ഒപ്പം
- ചെംചീയൽ സ്ഥിരസ്ഥിതി മോഡിൽ പ്രവർത്തിക്കുക (മുകളിൽ കാണുക).

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (ഓപ്ഷണൽ)
ഇതിൽ ചേർക്കാൻ നിലവിലുള്ള കോൺഫിഗറേഷൻ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp ടിപിആർ

-സി.ഐ [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
ചേർക്കാനുള്ള കോൺഫിഗറേഷൻ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp ടിപിആർ

-ip [<.dat>] (positions.dat) (ഓപ്ഷണൽ)
മുൻകൂട്ടി നിശ്ചയിച്ച ഇൻസേർഷൻ ട്രയൽ സ്ഥാനങ്ങൾ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
ഉൾപ്പെടുത്തലിനു ശേഷമുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് കോൺഫിഗറേഷൻ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-പെട്ടി (0 0 0)
ബോക്സ് വലിപ്പം (nm ൽ)

-nmol (0)
ചേർക്കാനുള്ള അധിക തന്മാത്രകളുടെ എണ്ണം

-ശ്രമിക്കുക (10)
തിരുകാൻ ശ്രമിക്കുക -nmol തവണ -ശ്രമിക്കുക തവണ

-വിത്ത് (1997)
ക്രമരഹിതമായ ജനറേറ്റർ വിത്ത്

-ആരം (0.105)
ഡിഫോൾട്ട് വാൻ ഡെർ വാൽസ് ദൂരം

- സ്കെയിൽ (0.57)
ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് വാൻ ഡെർ വാൽസ് ആരം ഗുണിക്കുന്നതിനുള്ള സ്കെയിൽ ഘടകം
share/gromacs/top/vdwradii.dat. 0.57 ന്റെ ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം സാന്ദ്രതയ്ക്ക് അടുത്താണ്
വെള്ളത്തിലെ പ്രോട്ടീനുകൾക്ക് 1000 ഗ്രാം/ലി.

-ഡോ (0 0 0)
സ്ഥാനങ്ങളിൽ നിന്ന് x/y/z-ൽ അനുവദനീയമായ സ്ഥാനചലനം -ip ഫയല്

- ചെംചീയൽ
തിരുകിയ തന്മാത്രകൾ ക്രമരഹിതമായി തിരിക്കുക: xyz, z, ഒന്നുമില്ല

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-insert-molecules ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക