gmx-sham - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-sham - ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകളിൽ നിന്ന് സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജങ്ങളോ മറ്റ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകളോ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx ഷാം [-f [<.xvg>]] [-ജി [<.xvg>]] [-എനെ [<.xvg>]] [- ജില്ല [<.xvg>]]
[- ഹിസ്റ്റോ [<.xvg>]] [-ബിൻ [<.ndx>]] [-എൽപി [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ]
[-[സമയമില്ല] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[തലയാട്ടുക] [-[ഇല്ല]ഷം] [-ത്ഷാം ]
[-pmin ] [-മങ്ങിയ ] [-എൻഗ്രിഡ് ]
[-xmin ] [-എക്സ്മാക്സ് ] [-pmax ]
[-gmax ] [-എമിൻ ] [-ഇമാക്സ് ]
[- ലെവലുകൾ ]

വിവരണം

gmx ഷാം മൾട്ടി-ഡൈമൻഷണൽ ഫ്രീ എനർജി, എൻതാൽപ്പി, എൻട്രോപ്പി പ്ലോട്ടുകൾ ഉണ്ടാക്കുന്നു. gmx ഷാം വായിക്കുന്നു
ഒന്നോ അതിലധികമോ .xvg ഡാറ്റാ സെറ്റുകൾ ഫയലുകളും വിശകലനങ്ങളും ചെയ്യുന്നു. യുടെ അടിസ്ഥാന ലക്ഷ്യം gmx ഷാം ഗൂഢാലോചന നടത്തുക എന്നതാണ്
ഗിബ്സ് ഫ്രീ എനർജി ലാൻഡ്സ്കേപ്പുകൾ (ഓപ്ഷൻ -ls) ബോൾസ്മാൻ മൾട്ടി-ഡൈമൻഷണൽ ഇൻവെർട്ടിംഗ് ചെയ്തത്
ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകൾ (ഓപ്ഷൻ -എൽപി), എന്നാൽ ഇതിന് എൻതാൽപ്പി ഉണ്ടാക്കാനും കഴിയും (ഓപ്ഷൻ -lsh) കൂടാതെ എൻട്രോപ്പി (ഓപ്ഷൻ
-lss) പ്ലോട്ടുകൾ. ഉപയോക്താവ് വിതരണം ചെയ്യുന്ന ഏത് അളവിലും ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകൾ നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും. ഒരു വരി
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഒരു സമയത്തിൽ ആരംഭിക്കാം (ഓപ്ഷൻ കാണുക - സമയം) കൂടാതെ ഏതെങ്കിലും സംഖ്യ y-മൂല്യങ്ങൾ ആകാം
പിന്തുടരുക. ഒന്നിലധികം സെറ്റുകൾ & (ഓപ്ഷൻ -n), ഇതിൽ
കേസ് ഒന്ന് മാത്രം yഓരോ വരിയിൽ നിന്നും മൂല്യം വായിക്കുന്നു. #, @ എന്നിവയിൽ ആരംഭിക്കുന്ന എല്ലാ വരികളും
ഒഴിവാക്കി.

ഓപ്ഷൻ -ജി സമന്വയം ഒരു അല്ലാത്തപ്പോൾ സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജമുള്ള ഒരു ഫയൽ വിതരണം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കാം
ബോൾട്ട്‌സ്മാൻ സമന്വയം, എന്നാൽ ഈ സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജത്താൽ പക്ഷപാതപരമായി പ്രവർത്തിക്കേണ്ടതുണ്ട്. ഒരു സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജ മൂല്യം
ഓരോ (മൾട്ടി-ഡൈമൻഷണൽ) ഡാറ്റാ പോയിന്റിനും ആവശ്യമാണ് -f ഇൻപുട്ട്.

ഓപ്ഷൻ -എനെ ഊർജ്ജങ്ങളുള്ള ഒരു ഫയൽ വിതരണം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കാം. ഈ ഊർജ്ജങ്ങൾ എ ആയി ഉപയോഗിക്കുന്നു
കുമാർ തുടങ്ങിയവരുടെ സിംഗിൾ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം വിശകലന രീതിയിലുള്ള വെയ്റ്റിംഗ് ഫംഗ്ഷൻ. എപ്പോൾ
താപനില വിതരണം ചെയ്യുന്നു (ഫയലിലെ രണ്ടാമത്തെ നിരയായി), ഒരു പരീക്ഷണാത്മക വെയിറ്റിംഗ്
സ്കീം പ്രയോഗിക്കുന്നു. കൂടാതെ എൻതാൽപ്പി, എൻട്രോപ്പി പ്ലോട്ടുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനും വാൽസ് ഉപയോഗിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -മങ്ങിയ, ദൂരങ്ങൾക്ക് അളവുകൾ നൽകാം. ഒരു ദൂരം 2- അല്ലെങ്കിൽ
3-ഡൈമൻഷണൽ, ചുറ്റളവ് അല്ലെങ്കിൽ രണ്ട് കണങ്ങളാൽ സാമ്പിൾ ചെയ്ത ഉപരിതലം വർദ്ധിക്കുന്നു
വർദ്ധിച്ചുവരുന്ന ദൂരം. ഒരാൾ കാണിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നതിനെ ആശ്രയിച്ച്, ഒരാൾക്ക് തിരുത്താൻ തിരഞ്ഞെടുക്കാം
ഈ വോളിയം ഇഫക്റ്റിനുള്ള ഹിസ്റ്റോഗ്രാമും ഫ്രീ-എനർജിയും. പ്രോബബിലിറ്റി നോർമലൈസ് ചെയ്തത് r ആണ്
യഥാക്രമം 2, 2 എന്നിവയുടെ അളവുകൾക്കായി r^3. ഒരു സൂചിപ്പിക്കാൻ -1 എന്ന മൂല്യം ഉപയോഗിക്കുന്നു
രണ്ട് വെക്‌ടറുകൾക്കിടയിലുള്ള ഡിഗ്രി കോൺ: ഒരു sin(ആംഗിൾ) നോർമലൈസേഷൻ പ്രയോഗിക്കും. കുറിപ്പ്
വെക്‌ടറുകൾക്കിടയിലുള്ള കോണുകൾക്ക് ആന്തരിക ഉൽപ്പന്നം അല്ലെങ്കിൽ കോസൈൻ സ്വാഭാവിക അളവാണ്
ഉപയോഗിക്കുക, കാരണം അത് ഒരേ അളവിലുള്ള ബിന്നുകൾ നിർമ്മിക്കും.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xvg>] (graph.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ജി [<.xvg>] (gibbs.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-എനെ [<.xvg>] (esham.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

- ജില്ല [<.xvg>] (ener.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

- ഹിസ്റ്റോ [<.xvg>] (edist.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ബിൻ [<.ndx>] (bindex.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

-എൽപി [<.xpm>] (prob.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (ഓപ്ഷണൽ)
പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റ ബാങ്ക് ഫയൽ

-g [<.log>] (shamlog.log) (ഓപ്ഷണൽ)
ലോഗ് ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-[സമയമില്ല (അതെ)
ഇൻപുട്ടിൽ ഒരു സമയം പ്രതീക്ഷിക്കുക

-b (-ക്സനുമ്ക്സ)
സെറ്റിൽ നിന്ന് ആദ്യമായി വായിക്കുന്നത്

-e (-ക്സനുമ്ക്സ)
കഴിഞ്ഞ തവണ സെറ്റിൽ നിന്ന് വായിച്ചു

-ttol (0)
ഉചിതമായ യൂണിറ്റുകളിൽ കൃത്യസമയത്ത് സഹിഷ്ണുത (സാധാരണയായി ps)

-n (1)
ഒരു ആംപർസാൻഡ് മാത്രമുള്ള വരികൾ കൊണ്ട് വേർതിരിച്ച ഈ സെറ്റുകളുടെ എണ്ണം വായിക്കുക

-[തലയാട്ടുക (അല്ല)
ഡെറിവേറ്റീവ് ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല]ഷം (അതെ)
ഊർജം നൽകിയാലും എനർജി വെയ്റ്റിംഗ് ഓഫാക്കുക

-ത്ഷാം (298.15)
സിംഗിൾ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം വിശകലനത്തിനുള്ള താപനില

-pmin (0)
കുറഞ്ഞ സംഭാവ്യത. ഇതിൽ താഴെയുള്ളത് പൂജ്യമായി സജ്ജീകരിക്കും

-മങ്ങിയ (1 1 1)
ദൂരങ്ങൾക്കുള്ള അളവുകൾ, വോളിയം തിരുത്തലിനായി ഉപയോഗിക്കുന്നു (പരമാവധി 3 മൂല്യങ്ങൾ, അളവുകൾ > 3
അവസാനത്തേതിന് സമാനമായ മൂല്യം ലഭിക്കും)

-എൻഗ്രിഡ് (ക്സനുമ്ക്സ 32 32)
എനർജി ലാൻഡ്‌സ്‌കേപ്പുകൾക്കുള്ള ബിന്നുകളുടെ എണ്ണം (പരമാവധി 3 മൂല്യങ്ങൾ, അളവുകൾ > 3 ലഭിക്കും
അവസാനത്തേതിന് സമാനമായ മൂല്യം)

-xmin (0 0 0)
എനർജി ലാൻഡ്‌സ്‌കേപ്പിലെ അക്ഷങ്ങൾക്കായുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞത് (> 3 അളവുകൾക്ക് മുകളിൽ കാണുക)

-എക്സ്മാക്സ് (1 1 1)
എനർജി ലാൻഡ്‌സ്‌കേപ്പിലെ അക്ഷങ്ങൾക്കുള്ള പരമാവധി (> 3 അളവുകൾക്ക് മുകളിൽ കാണുക)

-pmax (0)
ഔട്ട്പുട്ടിലെ പരമാവധി പ്രോബബിലിറ്റി, ഡിഫോൾട്ട് കണക്കാക്കുന്നു

-gmax (0)
ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ പരമാവധി സൗജന്യ ഊർജ്ജം, ഡിഫോൾട്ട് കണക്കാക്കുന്നു

-എമിൻ (0)
ഔട്ട്‌പുട്ടിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എൻതാൽപ്പി, ഡിഫോൾട്ട് കണക്കാക്കുന്നു

-ഇമാക്സ് (0)
ഔട്ട്‌പുട്ടിലെ പരമാവധി എൻതാൽപ്പി, ഡിഫോൾട്ട് കണക്കാക്കുന്നു

- ലെവലുകൾ (25)
ഊർജ്ജ ലാൻഡ്സ്കേപ്പിനുള്ള ലെവലുകളുടെ എണ്ണം

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-sham ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക