gmx-solvate - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

gmx-solvate - ഒരു സിസ്റ്റം പരിഹരിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx solvate [-സിപി [<.gro/.g96/...>]] [-cs [<.gro/.g96/...>]]
[-p [<.top>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-പെട്ടി ]
[-ആരം ] [- സ്കെയിൽ ] [- ഷെൽ ]
[-മാക്സോൾ ] [-[no]vel]

വിവരണം

gmx പരിഹരിക്കുക 2 കാര്യങ്ങളിൽ ഒന്ന് ചെയ്യാൻ കഴിയും:

1) ലായകത്തിന്റെ ഒരു പെട്ടി ഉണ്ടാക്കുക. വ്യക്തമാക്കുക -cs ഒപ്പം -പെട്ടി. അല്ലെങ്കിൽ വ്യക്തമാക്കുക -cs ഒപ്പം -സിപി ഒരു കൂടെ
ഒരു ബോക്സുള്ള ഘടന ഫയൽ, എന്നാൽ ആറ്റങ്ങൾ ഇല്ലാതെ.

2) ഒരു സോൾട്ട് കോൺഫിഗറേഷൻ പരിഹരിക്കുക, ഉദാ പ്രോട്ടീൻ, ലായക തന്മാത്രകളുടെ ബാത്ത്. വ്യക്തമാക്കുക
-സിപി (ലായനി) ഒപ്പം -cs (ലായകം). സോൾട്ട് കോർഡിനേറ്റ് ഫയലിൽ വ്യക്തമാക്കിയ ബോക്സ് (-സിപി) ആണ്
ഉപയോഗിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ -പെട്ടി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് സോൾട്ട് ബോക്സിൽ കേന്ദ്രീകരിക്കണമെങ്കിൽ, പ്രോഗ്രാം
gmx editconf ബോക്‌സ് അളവുകൾ മാറ്റാനും സോല്യൂട്ടിന്റെ മധ്യഭാഗം മാറ്റാനുമുള്ള സങ്കീർണ്ണമായ ഓപ്ഷനുകൾ ഉണ്ട്.
ഏത് ആറ്റവും തമ്മിലുള്ള അകലം ഉള്ള ബോക്സിൽ നിന്ന് ലായക തന്മാത്രകൾ നീക്കം ചെയ്യപ്പെടുന്നു
ലായക തന്മാത്രയും (സ്) ലായക തന്മാത്രയുടെ ഏതെങ്കിലും ആറ്റവും സ്കെയിലിന്റെ ആകെത്തുകയേക്കാൾ കുറവാണ്
വാൻ ഡെർ വാൽസ് രണ്ട് ആറ്റങ്ങളുടെയും ആരം. ഒരു ഡാറ്റാബേസ് (vdwradii.dat) വാൻ ഡെർ വാൽസിന്റെ ആരം ആണ്
പ്രോഗ്രാം വായിച്ച്, തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന ആരങ്ങൾ സ്കെയിൽ ചെയ്യുന്നു - സ്കെയിൽ. ആരങ്ങൾ കണ്ടെത്തിയില്ലെങ്കിൽ
ഡാറ്റാബേസ്, ആ ആറ്റങ്ങൾ (പ്രീ-സ്കെയിൽഡ്) ദൂരം നിശ്ചയിച്ചിരിക്കുന്നു -ആരം.

കോർഡിനേറ്റുകളുള്ള സിമ്പിൾ പോയിന്റ് ചാർജ് വാട്ടർ (SPC) ആണ് ഡിഫോൾട്ട് സോൾവെന്റ്
$GMXLIB/spc216.gro. മറ്റ് 3-സൈറ്റ് വാട്ടർ മോഡലുകൾക്കും ഈ കോർഡിനേറ്റുകൾ ഉപയോഗിക്കാം,
ഒരു ചെറിയ സമതുലിതീകരണം മോഡലുകൾ തമ്മിലുള്ള ചെറിയ വ്യത്യാസങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്യും. മറ്റുള്ളവ
ലായകങ്ങൾ, അതുപോലെ മിക്സഡ് ലായകങ്ങൾ എന്നിവയും പിന്തുണയ്ക്കുന്നു. ലായകത്തിന് ഒരേയൊരു നിയന്ത്രണം
ഒരു ലായക തന്മാത്രയിൽ കൃത്യമായി ഒരു അവശിഷ്ടം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു എന്നതാണ് തരം. ശേഷിക്കുന്ന വിവരങ്ങൾ
കോർഡിനേറ്റ് ഫയലുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു, അതിനാൽ കൂടുതലോ കുറവോ സ്ഥിരതയുള്ളതായിരിക്കണം. ഇൻ
ഇതിനർത്ഥം സോൾവന്റ് കോർഡിനേറ്റ് ഫയലിലെ രണ്ട് തുടർന്നുള്ള ലായക തന്മാത്രകൾ എന്നാണ്
വ്യത്യസ്ത അവശിഷ്ട സംഖ്യ ഉണ്ടായിരിക്കണം. ലായനിയുടെ പെട്ടി അടുക്കി വച്ചാണ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്
കോർഡിനേറ്റ് ഫയലിൽ നിന്ന് വായിച്ച കോർഡിനേറ്റുകൾ. ഇതിനർത്ഥം ഈ കോർഡിനേറ്റുകൾ ആയിരിക്കണം എന്നാണ്
തന്മാത്രകളുടെ നല്ല വിന്യാസം ഉറപ്പാക്കാൻ ആനുകാലിക അതിർത്തി സാഹചര്യങ്ങളിൽ സമതുലിതമാക്കി
സ്റ്റാക്കിംഗ് ഇന്റർഫേസുകൾ. ദി -മാക്സോൾ ഓപ്ഷൻ ആദ്യത്തേത് മാത്രം ചേർക്കുന്നു -മാക്സോൾ ലായക
തന്മാത്രകളും ബാക്കിയുള്ളവയും ബോക്സിൽ ഘടിപ്പിക്കും. ഇത് സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
പിന്നീട് പ്രശ്നങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കിയേക്കാവുന്ന ശൂന്യത. നിങ്ങളുടെ വോളിയം വിവേകത്തോടെ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.

ക്രമീകരണം - ഷെൽ പൂജ്യത്തേക്കാൾ വലുത് നിർദ്ദിഷ്‌ട കട്ടിയുള്ള ജലത്തിന്റെ ഒരു പാളി സ്ഥാപിക്കും
(nm) ലായനിക്ക് ചുറ്റും. സൂചന: ഒരു പെട്ടിയുടെ മധ്യത്തിൽ പ്രോട്ടീൻ ഇടുന്നത് നല്ലതാണ്
ആദ്യം (ഉപയോഗിക്കുന്നത് gmx editconf).

ഒടുവിൽ gmx പരിഹരിക്കുക എ
ലായക തന്മാത്രകളുടെ എണ്ണം ഇതിനകം ചേർത്തിട്ടുണ്ട്, കൂടാതെ മൊത്തം എണ്ണത്തിൽ ഒരു വരി ചേർക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ കോർഡിനേറ്റ് ഫയലിലെ ലായക തന്മാത്രകൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-സിപി [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (ഓപ്ഷണൽ)
ഘടനാപരമായ ഫയൽ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp ടിപിആർ

-cs [<.gro/.g96/...>] (spc216.gro) (പുസ്തകശാല)
ഘടനാപരമായ ഫയൽ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp ടിപിആർ

ഇൻപുട്ട്/ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-p [<.top>] (topol.top) (ഓപ്ഷണൽ)
ടോപ്പോളജി ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
ഘടനാപരമായ ഫയൽ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-പെട്ടി (0 0 0)
ബോക്സ് വലിപ്പം (nm ൽ)

-ആരം (0.105)
ഡിഫോൾട്ട് വാൻ ഡെർ വാൽസ് ദൂരം

- സ്കെയിൽ (0.57)
ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് വാൻ ഡെർ വാൽസ് ആരം ഗുണിക്കുന്നതിനുള്ള സ്കെയിൽ ഘടകം
share/gromacs/top/vdwradii.dat. 0.57 ന്റെ ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം സാന്ദ്രതയ്ക്ക് അടുത്താണ്
വെള്ളത്തിലെ പ്രോട്ടീനുകൾക്ക് 1000 ഗ്രാം/ലി.

- ഷെൽ (0)
ലായനിക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ഓപ്ഷണൽ വാട്ടർ ലെയറിന്റെ കനം

-മാക്സോൾ (0)
ബോക്സിൽ യോജിച്ചതാണെങ്കിൽ ചേർക്കേണ്ട പരമാവധി എണ്ണം ലായക തന്മാത്രകൾ. പൂജ്യം ആണെങ്കിൽ
(സ്ഥിരസ്ഥിതി) ഇത് അവഗണിക്കപ്പെട്ടു

-[no]vel (അല്ല)
ഇൻപുട്ട് ലായനിയിൽ നിന്നും ലായകത്തിൽ നിന്നും വേഗത നിലനിർത്തുക

അറിയപ്പെടുന്നത് ISSUES

· പ്രാരംഭ കോൺഫിഗറേഷനുകളിൽ തന്മാത്രകൾ പൂർണ്ണമായിരിക്കണം.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-solvate ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക