gtf2gff3p - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gtf2gff3 - GTF ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയലുകളെ സാധുവായ GFF3 ഫയലുകളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു

പതിപ്പ്

ഈ പ്രമാണം പതിപ്പ് 0.1 വിവരിക്കുന്നു

സിനോപ്സിസ്

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

വിവരണം

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് GTF ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയലുകളെ സാധുവായ GFF3 ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയലുകളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യും. അത് മാപ്പ് ചെയ്യും
കോളം 3 ലെ മൂല്യം (\"തരം\" കോളം) സാധുവായ SO ആണ്, എന്നാൽ പലതും സാധാരണമല്ലാത്ത പദം
GTF ഫയലുകളിൽ ആ കോളത്തിൽ ദൃശ്യമാകാം, നിങ്ങളുടേത് നൽകാൻ കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ എഡിറ്റ് ചെയ്യാം
SO മാപ്പിംഗിലേക്കുള്ള GTF ഫീച്ചർ. എക്സോണുകൾ, സിഡിഎസുകൾ, എന്നിവയിൽ നിന്നുള്ള ജീൻ മോഡലുകളും സ്ക്രിപ്റ്റ് നിർമ്മിക്കും
GTF ഫയലിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന മറ്റ് സവിശേഷതകൾ. എൻസെംബിളിലും ട്വിൻസ്കാനിലും ഇത് നിലവിൽ പരീക്ഷിച്ചുവരുന്നു
GTF, കൂടാതെ സമാന സ്പെസിഫിക്കേഷൻ പിന്തുടരുന്ന മറ്റേതെങ്കിലും ഫയലുകളിൽ ഇത് പ്രവർത്തിക്കണം. അത് ചെയ്യുന്നു
UCSC ടേബിൾ ബ്രൗസറിൽ നിന്നുള്ള GTF-ൽ പ്രവർത്തിക്കില്ല, കാരണം ആ ഫയലുകൾ ജീനിനായി ഒരേ ഐഡി ഉപയോഗിക്കുന്നു
കൂടാതെ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്, അതിനാൽ ഒന്നിലധികം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ ഒരു ജീനിലേക്ക് ഗ്രൂപ്പുചെയ്യുന്നത് അസാധ്യമാണ്. കാണുക
കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് സ്ക്രിപ്റ്റിനൊപ്പം വന്ന README.

ഓപ്ഷനുകൾ:

--cfg
ഒരു കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിനുള്ള ഫയലിന്റെ പേര് നൽകുക. ഇതോടൊപ്പം നൽകിയിരിക്കുന്ന കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ കാണുക
ഫോർമാറ്റ് വിശദാംശങ്ങൾക്കുള്ള സ്ക്രിപ്റ്റ്. എന്നതിന്റെ സ്വഭാവം പരിഷ്കരിക്കാൻ ഈ കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുക
സ്ക്രിപ്റ്റ്. ഒരു കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലും നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ അത് ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg ആ ക്രമത്തിൽ.

--സഹായിക്കൂ
വിശദമായ മാൻ പേജ് ശൈലി സഹായ സന്ദേശം നൽകുക, തുടർന്ന് പുറത്തുകടക്കുക.

ഡയഗ്നോസ്റ്റിക്സ്

"പിശക്: നഷ്‌ടമായതോ നിലവാരമില്ലാത്തതോ ആയ ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ: parse_attributes"
GTF ഫയലിലെ ഒരു വരിയിൽ ആട്രിബ്യൂട്ടുകളൊന്നും ഉണ്ടായിരുന്നില്ല, അല്ലെങ്കിൽ അതിന്റെ ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ കോളം ആയിരുന്നു
വ്യാഖ്യാനിക്കാനാവാത്ത.

"പിശക്: നോൺ-ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്റ്റ് ജീൻ ഫീച്ചർ പിന്തുണയ്‌ക്കുന്നില്ല. പിന്തുണയ്‌ക്കായി ദയവായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക:
ബിൽഡ്_ജീൻ"
ഈ മുന്നറിയിപ്പ് സൂചിപ്പിക്കുന്നത് ഒരു വരിയിൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് ഇല്ലാത്തതിനാൽ അത് ഒഴിവാക്കി എന്നാണ്
ജീൻ സവിശേഷത, കൂടാതെ ഇത്തരത്തിലുള്ള ഫീച്ചർ കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ കോഡ് നിലവിൽ സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല.
ഇത് ചേർക്കുന്നത് വളരെ ബുദ്ധിമുട്ടുള്ള കാര്യമല്ല, അതിനാൽ നിങ്ങൾക്ക് ഈ പിശക് ലഭിക്കുകയാണെങ്കിൽ എന്നെ ബന്ധപ്പെടുക
ഈ സവിശേഷതകൾ പിന്തുണയ്‌ക്കുന്നത് ഇഷ്ടപ്പെടുന്നു.

"പിശക്: ഒരു ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് നിർമ്മിക്കാൻ കുറഞ്ഞത് എക്സോണുകളോ CDS-കളോ ഉണ്ടായിരിക്കണം: build_trnsc"
ചില ഫീച്ചറുകൾക്ക് ഒരു ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്_ഐഡി ഉണ്ടായിരുന്നു, എന്നിട്ടും എക്സോണുകളോ സിഡിഎസുകളോ ബന്ധപ്പെട്ടിട്ടില്ല
അത് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്_ഐഡി ആയതിനാൽ ഒരു ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് നിർമ്മിക്കുന്നതിൽ സ്ക്രിപ്റ്റ് പരാജയപ്പെട്ടു.

"പിശക്: seq_id വൈരുദ്ധ്യം: validate_and_finish_trnsc"
ഒരേ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിനുള്ളിൽ ഒരേ seq_id പങ്കിടാത്ത രണ്ട് സവിശേഷതകൾ കണ്ടെത്തി.

"പിശക്: ഉറവിട വൈരുദ്ധ്യം: Validate_and_finish_trnsc"
ഒരേ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിനുള്ളിൽ ഒരേ ഉറവിടം പങ്കിടാത്ത രണ്ട് സവിശേഷതകൾ കണ്ടെത്തി.

"പിശക്: തരം വൈരുദ്ധ്യം: Validate_and_finish_trnsc"
ഒരേ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിനുള്ളിൽ തന്നെ പങ്കിടുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന രണ്ട് സവിശേഷതകൾ കണ്ടെത്തി
ടൈപ്പ് ചെയ്തു എന്നിട്ടും അവർ ചെയ്തില്ല.

"പിശക്: സ്ട്രാൻഡ് വൈരുദ്ധ്യം: Validate_and_finish_trnsc"
ഒരേ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിൽ ഒരേ സ്ട്രാൻഡ് പങ്കിടാത്ത രണ്ട് സവിശേഷതകൾ കണ്ടെത്തി.

"പിശക്: seq_id വൈരുദ്ധ്യം: Validate_and_build_gene"
ഒരേ ജീനിനുള്ളിൽ ഒരേ seq_id പങ്കിടാത്ത രണ്ട് സവിശേഷതകൾ കണ്ടെത്തി.

"പിശക്: ഉറവിട വൈരുദ്ധ്യം: Validate_and_build_gene"
ഒരേ ജീനിനുള്ളിൽ ഒരേ ഉറവിടം പങ്കിടാത്ത രണ്ട് സവിശേഷതകൾ കണ്ടെത്തി.

"പിശക്: സ്ട്രാൻഡ് വൈരുദ്ധ്യം: വാലിഡേറ്റ്_ആൻഡ്_ബിൽഡ്_ജീൻ"
ഒരേ ജീനിൽ ഒരേ സ്ട്രാൻഡ് പങ്കിടാത്ത രണ്ട് സവിശേഷതകൾ കണ്ടെത്തി.

"പിശക്: gene_id വൈരുദ്ധ്യം: Validate_and_build_gene"
ഒരേ ജീനിൽ ഒരേ gene_id പങ്കിടാത്ത രണ്ട് സവിശേഷതകൾ കണ്ടെത്തി.

"FATAL: GTF ഫയൽ തുറക്കാൻ കഴിയില്ല: വായിക്കുന്നതിനുള്ള file_name."
GTF ഫയൽ വായിക്കാനായി തുറക്കാനായില്ല.

"FATAL: ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ നിർമ്മിക്കാൻ എക്സോണുകളോ CDS-കളോ ആവശ്യമാണ്: process_start"
ഒരു start_codon സവിശേഷത വ്യാഖ്യാനിച്ചു, എന്നിട്ടും എക്സോണുകളോ CDS-കളോ ബന്ധപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല
ആ transcript_id ഉപയോഗിച്ച് സ്ക്രിപ്റ്റ് പരാജയപ്പെട്ടു.

"മാരകമായത്: പ്രോസസ്സ്_സ്റ്റാർട്ടിൽ പരീക്ഷിക്കാത്ത കോഡ്. പിന്തുണയ്‌ക്ക് രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക."
ഒരു 5' UTR ന്റെ സാന്നിധ്യത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഒരു ആരംഭ കോഡൺ അനുമാനിക്കാനാണ് സ്ക്രിപ്റ്റ് എഴുതിയിരിക്കുന്നത്, പക്ഷേ ഞങ്ങൾ
ഞങ്ങൾ കോഡ് എഴുതുമ്പോൾ ഇത്തരത്തിലുള്ള GTF ഉദാഹരണം ഇല്ലായിരുന്നു, അതിനാൽ ഞങ്ങൾ പ്രോസസ്സ് ഇല്ലാതാക്കി
പരീക്ഷിക്കാത്ത കോഡ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനേക്കാൾ. പിന്തുണയ്‌ക്കായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

"FATAL: അസാധുവായ ഫീച്ചർ സെറ്റ്: process_start"
ഒരു ആരംഭ കോഡൺ അനുമാനിക്കുന്നതിനോ aa അല്ലാത്തത് അനുമാനിക്കുന്നതിനോ സാധ്യമായ എല്ലാ വഴികളും ഞങ്ങൾ പരിഗണിക്കാൻ ശ്രമിച്ചു
ജീൻ കോഡിംഗ്, എന്നിട്ടും ഞങ്ങൾ പരാജയപ്പെട്ടു. നിങ്ങളുടെ ജീൻ സവിശേഷതകളുടെ സംയോജനം സാധ്യമല്ല
നമുക്കു തോന്നും. നിങ്ങൾക്ക് ഒരിക്കലും ഈ പിശക് ലഭിക്കരുത്, നിങ്ങൾ അങ്ങനെ ചെയ്യുകയാണെങ്കിൽ, ഞങ്ങൾ കാണാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു
അത് സൃഷ്ടിച്ച GTF ഫയൽ. പിന്തുണയ്ക്കായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

"FATAL: ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ നിർമ്മിക്കാൻ എക്സോണുകളോ CDS-കളോ ആവശ്യമാണ്: process_stop"
ഒരു stop_codon സവിശേഷത വ്യാഖ്യാനിച്ചു, എന്നിട്ടും എക്സോണുകളോ CDS-കളോ ബന്ധപ്പെട്ടിട്ടില്ല
ആ transcript_id അതിനാൽ സ്ക്രിപ്റ്റ് പരാജയപ്പെട്ടു.

"FATAL: process_stop-ൽ പരീക്ഷിക്കാത്ത കോഡ്. പിന്തുണയ്‌ക്കായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക."
3' UTR ന്റെ സാന്നിധ്യത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഒരു സ്റ്റോപ്പ് കോഡൺ അനുമാനിക്കാനാണ് സ്ക്രിപ്റ്റ് എഴുതിയിരിക്കുന്നത്, പക്ഷേ ഞങ്ങൾ
ഞങ്ങൾ കോഡ് എഴുതുമ്പോൾ ഇത്തരത്തിലുള്ള GTF ഉദാഹരണം ഇല്ലായിരുന്നു, അതിനാൽ ഞങ്ങൾ പ്രോസസ്സ് ഇല്ലാതാക്കി
പരീക്ഷിക്കാത്ത കോഡ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനേക്കാൾ. പിന്തുണയ്‌ക്കായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

"FATAL: അസാധുവായ ഫീച്ചർ സെറ്റ്: process_stop"
ഒരു സ്റ്റോപ്പ് കോഡൺ അനുമാനിക്കുന്നതിനോ aa അല്ലാത്തത് അനുമാനിക്കുന്നതിനോ സാധ്യമായ എല്ലാ വഴികളും ഞങ്ങൾ പരിഗണിക്കാൻ ശ്രമിച്ചു
ജീൻ കോഡിംഗ്, എന്നിട്ടും ഞങ്ങൾ പരാജയപ്പെട്ടു. നിങ്ങളുടെ ജീൻ സവിശേഷതകളുടെ സംയോജനം സാധ്യമല്ല
നമുക്കു തോന്നും. നിങ്ങൾക്ക് ഒരിക്കലും ഈ പിശക് ലഭിക്കരുത്, നിങ്ങൾ അങ്ങനെ ചെയ്യുകയാണെങ്കിൽ, ഞങ്ങൾ കാണാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു
അത് സൃഷ്ടിച്ച GTF ഫയൽ. പിന്തുണയ്ക്കായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

"FATAL: അസാധുവായ ഫീച്ചർ സെറ്റ്: process_exon_CDS_UTR"
എക്സോണുകൾ, CDS-കൾ, UTR-കൾ എന്നിവ അനുമാനിക്കുന്നതിനുള്ള സാധ്യമായ എല്ലാ വഴികളും ഞങ്ങൾ പരിഗണിക്കാൻ ശ്രമിച്ചു
പരാജയപ്പെട്ടു. നിങ്ങളുടെ ജീൻ സവിശേഷതകളുടെ സംയോജനം ഞങ്ങൾക്ക് അർത്ഥമാക്കുന്നില്ല. നിങ്ങൾ ശരിക്കും
എപ്പോഴെങ്കിലും ഈ പിശക് ലഭിക്കണം, നിങ്ങൾ അങ്ങനെ ചെയ്യുകയാണെങ്കിൽ, GTF ഫയൽ കാണാൻ ഞങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നു
അത് സൃഷ്ടിച്ചു. പിന്തുണയ്ക്കായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

"FATAL: അറേ റഫറൻസ് ആവശ്യമാണ്: sort_features."
ഒരു ഉപയോക്താവിന് ഈ പിശക് ട്രിഗർ ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല. ഇത് ഏതാണ്ട് ഉറപ്പായും ഒരു സൂചിപ്പിക്കുന്നു
സോഫ്റ്റ്വെയർ ബഗ്. ദയവായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

"FATAL: ഇതിൽ സ്ട്രാൻഡ് നിർണ്ണയിക്കാൻ കഴിയില്ല: sort_feature_types."
നിങ്ങളുടെ GTF ഫയൽ സവിശേഷതകൾക്കായുള്ള സ്ട്രാൻഡ് സൂചിപ്പിക്കുന്നില്ല എന്ന് ഇത് സൂചിപ്പിക്കാം
അത് ആവശ്യമാണ്. ഇത് ഒരു സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ബഗും സൂചിപ്പിക്കാം. ദയവായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

"FATAL: ഹാഷ് റഫറൻസ് ആവശ്യമാണ്: sort_feature_types."
ഒരു ഉപയോക്താവിന് ഈ പിശക് ട്രിഗർ ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല. ഇത് ഏതാണ്ട് ഉറപ്പായും ഒരു സൂചിപ്പിക്കുന്നു
സോഫ്റ്റ്വെയർ ബഗ്. ദയവായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

"FATAL: അസാധുവായ മൂല്യം strand: strand-ലേക്ക് കൈമാറി."
നിങ്ങളുടെ GTF ഫയൽ സവിശേഷതകൾക്കായുള്ള സ്ട്രാൻഡ് സൂചിപ്പിക്കുന്നില്ല എന്ന് ഇത് സൂചിപ്പിക്കാം
അത് ആവശ്യമാണ്. കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിലെ DEFAULT_STRAND പാരാമീറ്റർ ഉപയോഗിക്കുന്നത് പരിഗണിക്കുക. അത് ഒരുപക്ഷെ
ഒരു സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ബഗും സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ദയവായി രചയിതാവിനെ ബന്ധപ്പെടുക.

കോൺഫിഗറേഷൻ ഒപ്പം ENVIRONMENT

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റിനൊപ്പം ഒരു കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ നൽകിയിരിക്കുന്നു. തിരക്കഥ അത് അന്വേഷിക്കും
./gtf2gff3.cfg-ലെ കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ, ~/gtf2gff3.cfg അല്ലെങ്കിൽ /etc/gtf2gff3.cfg ആ ക്രമത്തിൽ.
ആ ലൊക്കേഷനുകളിലൊന്നിൽ കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ കണ്ടെത്തിയില്ലെങ്കിൽ ഒന്ന് നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ
--cfg ഫ്ലാഗ് മുഖേന, അത് ചില നല്ല ഡിഫോൾട്ടുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ ശ്രമിക്കും, പക്ഷേ നിങ്ങൾ ശരിക്കും നൽകണം
കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ. നൽകിയ കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലും README-യും കാണുക
ഫോർമാറ്റിനും കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദാംശങ്ങൾക്കും ഈ പാക്കേജിനൊപ്പം വന്നത്.

ഡിപൻഡൻസികൾ

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റിന് CPAN-ൽ നിന്ന് ലഭ്യമായ ഇനിപ്പറയുന്ന perl പാക്കേജുകൾ ആവശ്യമാണ്
(www.cpan.org).

Gettop::Long; കോൺഫിഗറേഷൻ ഉപയോഗിക്കുക ::എസ്ടിഡി;

പൊരുത്തക്കേടുകൾ

ഒന്നും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തിട്ടില്ല.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gtf2gff3p ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക