idba - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

idba_hybrid - ഹൈബ്രിഡ് സീക്വൻസിംഗ് ഡാറ്റയ്ക്കുള്ള ഇറ്ററേറ്റീവ് ഡി ബ്രൂയ്ൻ ഗ്രാഫ് അസംബ്ലർ

സിനോപ്സിസ്

idba_hybrid -r വായിക്കുക.ഫാ -o output_dir [--റഫറൻസ് ref.fa]

വിവരണം

IDBA-Tran എന്നത് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിനുള്ള ഒരു ആവർത്തന ഡി ബ്രൂയ്ൻ ഗ്രാഫ് ഡി നോവോ ഷോർട്ട് റീഡ് അസംബ്ലറാണ്.
ഇത് പൂർണ്ണമായും ഡി നോവോ അസംബ്ലർ ആണ്, ഇത് ആർഎൻഎ സീക്വൻസിങ് റീഡുകളെ മാത്രം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്. IDBA-Tran ലോക്കൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ലോ-എക്‌സ്‌പ്രസ് ചെയ്‌ത ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റുകളിൽ കാണാതായ കെ-മേഴ്‌സ് പുനർനിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള അസംബ്ലി, തുടർന്ന് അത് ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഗ്രാഫിനെ ഘടകങ്ങളായി വേർതിരിക്കുന്നതിന് കോണ്ടിഗുകളിലെ പുരോഗമന കട്ട്ഓഫ്. ഓരോ ഘടകങ്ങളും
മിക്ക കേസുകളിലും ഒരു ജീനുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു കൂടാതെ ധാരാളം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ അടങ്ങിയിട്ടില്ല. ഒരു ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്
ജോഡി-എൻഡ് റീഡുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള അൽഗോരിതം പിന്നീട് ഐസോഫോമുകൾ കണ്ടെത്താൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

-o, --പുറത്ത് ആർഗ് (=ഔട്ട്)
ഔട്ട്പുട്ട് ഡയറക്ടറി

-r, --വായിക്കുക ആർഗ്
ഫാസ്റ്റ റീഡ് ഫയൽ (<=128)

--read_level_2 ആർഗ്
രണ്ടാം ലെവൽ സ്‌കാഫോൾഡുകൾക്കായി ജോടിയാക്കിയ-അവസാനം വായിക്കുന്നു

--read_level_3 ആർഗ്
മൂന്നാം ലെവൽ സ്കാർഫോൾഡുകൾക്കായി ജോടിയാക്കിയ-അവസാനം വായിക്കുന്നു

--read_level_4 ആർഗ്
നാലാമത്തെ ലെവൽ സ്‌കാഫോൾഡുകൾക്കായി ജോടിയാക്കിയ-അവസാനം വായിക്കുന്നു

--read_level_5 ആർഗ്
അഞ്ചാം ലെവൽ സ്കാർഫോൾഡുകൾക്കായി ജോടിയാക്കിയ-അവസാനം ഫാസ്റ്റ വായിക്കുന്നു

-l, --നീണ്ട_വായന ആർഗ്
ഫാസ്റ്റ ലോംഗ് റീഡ് ഫയൽ (>128)

--റഫറൻസ് ആർഗ്
റഫറൻസ് ജീനോം

--മിങ്ക് ആർഗ് (=20)
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ k മൂല്യം (<=124)

--പരമാവധി ആർഗ് (=100)
പരമാവധി k മൂല്യം (<=124)

--ഘട്ടം ആർഗ് (=20)
ഓരോ ആവർത്തനത്തിന്റെയും കെ-മെറിന്റെ വർദ്ധനവ്

--inner_mink ആർഗ് (=10)
ആന്തരിക മിനിമം k മൂല്യം

--ആന്തരിക_ഘട്ടം ആർഗ് (=5)
കെ-മെറിന്റെ ആന്തരിക വർദ്ധനവ്

--പ്രിഫിക്സ് ആർഗ് (=3)
സബ് കെ-മെർ പട്ടിക നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന പ്രിഫിക്‌സ് നീളം

--മിനിറ്റ്_എണ്ണം ആർഗ് (=2)
ഗ്രാഫ് നിർമ്മിക്കുമ്പോൾ k-mer ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഗുണിതം

--മിനിറ്റ്_പിന്തുണ ആർഗ് (=1)
ഓരോ ആവർത്തനത്തിലും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ പിന്തുണ

--എണ്ണ_ത്രെഡുകൾ ആർഗ് (=0)
ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം

--seed_kmer ആർഗ് (=30)
വിത്ത് കിമീർ വലിപ്പം വിന്യാസം

--min_contig ആർഗ് (=200)
കോണ്ടിഗിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വലിപ്പം

--മിനിറ്റ്_മേഖല ആർഗ് (=500)
റഫറൻസ് ജീനോമിൽ പ്രദേശത്തിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വലിപ്പം

-- സമാനമായ ആർഗ് (=0.95)
വിന്യാസത്തിനുള്ള സാമ്യം

--max_mmatch ആർഗ് (=3)
പിശക് തിരുത്തലിന്റെ പരമാവധി പൊരുത്തക്കേട്

--മിനി_ജോഡികൾ ആർഗ് (=3)
ജോഡികളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം

--max_gap ആർഗ് (=50)
റഫറൻസിലെ പരമാവധി വിടവ്

--no_local
ലോക്കൽ അസംബ്ലി ഉപയോഗിക്കരുത്

--നോ_കവറേജ്
കവറേജിൽ ആവർത്തിക്കരുത്

--ശരിയല്ല
തിരുത്തൽ നടത്തരുത്

--pre_correction
അസംബ്ലിക്ക് മുമ്പ് മുൻകൂട്ടി തിരുത്തൽ നടത്തുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് idba ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക