ipcress - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ipcress - ഇൻ-സിലിക്കോ PCR പരീക്ഷണ സിമുലേഷൻ സിസ്റ്റം

സിനോപ്സിസ്

ipcress [ ഓപ്ഷനുകൾ ] <പ്രൈമർ ഫയൽ> <ക്രമം പാതകൾ>

വിവരണം

ipcress ആകുന്നു In-സിലിക്കോ പിസിആർ Eപരീക്ഷണം Sഅനുകരണം Sസിസ്റ്റം.

ഇത് PCR പരീക്ഷണങ്ങളുടെ അനുകരണത്തിനുള്ള ഒരു ഉപകരണമാണ്. പ്രൈമറുകൾ അടങ്ങിയ ഒരു ഫയൽ നിങ്ങൾ നൽകുന്നു
കൂടാതെ ഒരു കൂട്ടം സീക്വൻസുകളും, അത് PCR ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ പ്രവചിക്കുന്നു.

എൻ‌സി‌ബി‌ഐയിൽ നിന്നുള്ള ഇ-പി‌സി‌ആർ പ്രോഗ്രാമിന് സമാനമാണ് Ipcress, എന്നാൽ ഇത് വളരെ വേഗതയുള്ളതാണ്, അല്ല
പ്രൈമറിന് സമീപം അവ്യക്തത ചിഹ്നങ്ങൾ ഉള്ളപ്പോൾ പൊരുത്തങ്ങൾ തിരിച്ചറിയുന്നതിൽ പ്രശ്നങ്ങൾ നേരിടുന്നു
അവസാനിക്കുന്നു.

നിങ്ങൾ നിരവധി പ്രൈമർ ജോഡികൾ ഒരുമിച്ച് നൽകുകയാണെങ്കിൽ, ipcress PCR പരീക്ഷണങ്ങളെ അനുകരിക്കും
സമാന്തരമായി, വലിയ തോതിലുള്ള പരീക്ഷണങ്ങളുടെ ജീനോം വൈഡ് സിമുലേഷൻ അനുവദിക്കുന്നു. ഇത് പലതും ഉപയോഗിക്കുന്നു
നിന്ന് ലൈബ്രറികൾ മോചിപ്പിക്കുക സീക്വൻസ് താരതമ്യ ഉപകരണം.

ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ്

ipcress-നുള്ള ഇൻപുട്ട് ഓരോന്നിനും ഒരു പരീക്ഷണം വിവരിക്കുന്ന ഒരു ലളിതമായ വൈറ്റ്-സ്പെയ്സ് ഡിലിമിറ്റഡ് ഫയലാണ്
ലൈൻ. ഓരോ വരിയിലും ഇനിപ്പറയുന്ന 5 ഫീൽഡുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു:

id ഈ പരീക്ഷണത്തിനുള്ള ഒരു ഐഡന്റിഫയർ
പ്രൈമർ_എ ആദ്യ പ്രൈമറിനുള്ള അനുക്രമം
പ്രൈമർ_ബി രണ്ടാമത്തെ പ്രൈമറിനുള്ള അനുക്രമം
min_product_len റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഉൽപ്പന്ന ദൈർഘ്യം
max_product_len റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യാനുള്ള പരമാവധി ഉൽപ്പന്ന ദൈർഘ്യം

ഈ ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഒരു ഉദാഹരണ ലൈൻ ഇതാ:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

ഔട്ട്പ് ഫോർമാറ്റ്

ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഓരോ വരിയിലും ഒരു PCR ഉൽപ്പന്നത്തെ വിവരിക്കുന്നു,
കൂടാതെ "ipcress:" പ്രിഫിക്‌സ് ചെയ്യുന്നു, തുടർന്ന് ഇനിപ്പറയുന്ന 11 ഫീൽഡുകൾ:

sequence_id സീക്വൻസ് ഐഡന്റിഫയർ
പരീക്ഷണ_ഐഡി PCR പരീക്ഷണ ഐഡി
ഉൽപ്പന്നത്തിന്റെ_ദൈർഘ്യം PCR ഉൽപ്പന്ന ദൈർഘ്യം
പ്രൈമർ_5 5' പ്രൈമർ (എ അല്ലെങ്കിൽ ബി)
pos_5 5' പ്രൈമറിന്റെ സ്ഥാനം
പൊരുത്തക്കേട്_5 5' പ്രൈമറിലെ പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ എണ്ണം
പ്രൈമർ_3 |
pos_3 | 3' പ്രൈമറിനായി ഒരേ ഫീൽഡുകൾ
പൊരുത്തക്കേട്_3 |
വിവരണം PCR ഉൽപ്പന്നത്തിന്റെ ഒരു വിവരണം

വിവരണ ഫീൽഡ് ഇനിപ്പറയുന്ന 4 സ്ട്രിംഗുകളിൽ ഒന്നാണ്:

മുന്നോട്ട് സാധാരണ ഉൽപ്പന്നം, പ്രൈമർ എ, തുടർന്ന് ബി
revcomp സാധാരണ ഉൽപ്പന്നം, പ്രൈമർ ബി തുടർന്ന് എ
സിംഗിൾ_എ പ്രൈമർ_എ മാത്രം സൃഷ്ടിച്ച മോശം ഉൽപ്പന്നം
സിംഗിൾ_ബി പ്രൈമർ_ബി മാത്രം സൃഷ്ടിച്ച മോശം ഉൽപ്പന്നം

മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഒരു ഔട്ട്‌പുട്ടും പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു, ഇത് പാഴ്‌സിംഗിനായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിട്ടില്ല (കാണുക:
--താഴെ മനോഹരമായി).

പൊതുവായ ഓപ്ഷനുകൾ

മിക്ക വാദങ്ങൾക്കും ഹ്രസ്വവും ദീർഘവുമായ രൂപങ്ങളുണ്ട്. നീണ്ട രൂപങ്ങൾ
കാലക്രമേണ സുസ്ഥിരമാകാനുള്ള സാധ്യത കൂടുതലാണ്, അതിനാൽ സ്ക്രിപ്റ്റുകളിൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ടതാണ്
വിളിക്കുക ipcress.

-h | --ഹ്രസ്വ സഹായം
സഹായം കാണിക്കുക. ഇത് ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഡിഫോൾട്ടുകളുടെയും സംക്ഷിപ്ത സംഗ്രഹം പ്രദർശിപ്പിക്കും
നിലവിൽ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്ന മൂല്യങ്ങളും.

--സഹായിക്കൂ
ഡിഫോൾട്ടുകൾ ഉൾപ്പെടെയുള്ള എല്ലാ സഹായ ഓപ്ഷനുകളും ഇത് കാണിക്കുന്നു, നിലവിൽ സജ്ജീകരിച്ച മൂല്യം,
ഓരോ പാരാമീറ്ററും സജ്ജമാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാവുന്ന പരിസ്ഥിതി വേരിയബിളും. ഉണ്ടാകും
ഏതൊക്കെ ഓപ്ഷനുകൾ നിർബന്ധമാണെന്നതിന്റെ സൂചനയായിരിക്കും. നിർബന്ധിത ഓപ്ഷനുകൾ ഇല്ല
സ്ഥിരസ്ഥിതി, കൂടാതെ ipcress പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഒരു മൂല്യം നൽകിയിരിക്കണം. നിർബന്ധിത ഓപ്ഷനുകൾ ആണെങ്കിൽ
ക്രമത്തിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു, അവയുടെ പതാകകൾ കമാൻഡ് ലൈനിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കിയേക്കാം (ഉദാഹരണങ്ങൾ കാണുക
താഴെ). ഈ മാൻ പേജിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി, ഈ ഓപ്ഷനിൽ നിന്നുള്ള വിവരങ്ങൾ എല്ലായ്പ്പോഴും ഉയർന്നതായിരിക്കും
പ്രോഗ്രാമിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പിനൊപ്പം ഇന്നുവരെ.

-v | --പതിപ്പ്
പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രദർശിപ്പിക്കുക. നിർമ്മാണ തീയതി പോലുള്ള മറ്റ് വിവരങ്ങളും പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു
ഗ്ലിബ് പതിപ്പും ഉപയോഗിച്ചു.

FILE ഇൻപുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ

-i | --ഇൻപുട്ട്
മുകളിൽ വിവരിച്ച ipcress ഫയൽ ഫോർമാറ്റിലുള്ള PCR പരീക്ഷണ ഡാറ്റ.

-s | --ക്രമം
ക്രമങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുക. ഒന്നിലധികം ഫയലുകൾ ഇവിടെ വ്യക്തമാക്കിയേക്കാം, ഇത് FSM കുറയ്ക്കുന്നു
ഓവർഹെഡ് നിർമ്മിക്കുകയും, പ്രക്രിയ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനേക്കാൾ വേഗത്തിൽ ipcress പ്രവർത്തിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
വെവ്വേറെ.

IPCRESS പാരാമീറ്ററുകൾ

-m | --പൊരുത്തക്കേട്
ഓരോ പ്രൈമറിനും അനുവദനീയമായ പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക. പൊരുത്തക്കേടുകൾ അനുവദിക്കുന്നത് കുറയ്ക്കുന്നു
ഒരു വലിയ പ്രൈമർ അയൽപക്കമെന്ന നിലയിൽ പ്രോഗ്രാമിന്റെ വേഗത നിർമ്മിക്കണം, ഒപ്പം
ഓരോ സീക്വൻസിനും മുമ്പായി കുറച്ച് പരീക്ഷണങ്ങൾ മെമ്മറിയിൽ ഘടിപ്പിക്കാം
ഡാറ്റാബേസുകൾ.

-M | --ഓർമ്മ
പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കേണ്ട മെമ്മറിയുടെ അളവ് വ്യക്തമാക്കുക. കൂടുതൽ മെമ്മറി ഉണ്ടാക്കി
ലഭ്യമായ ipcress, കൂടുതൽ PCR പരീക്ഷണങ്ങൾ നടത്താൻ കഴിയുന്നതിനാൽ അത് വേഗത്തിൽ പ്രവർത്തിക്കും
സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസുകളുടെ ഓരോ സ്കാനിലും. ഇതിൽ ഉപയോഗിച്ച മെമ്മറി ഉൾപ്പെടുന്നില്ല
സ്കാൻ (ഭാഗിക ഫലങ്ങളും സീക്വൻസുകളും സംഭരിക്കുന്നതിന്), അതിനാൽ യഥാർത്ഥ തുക
ഉപയോഗിച്ച മെമ്മറി അല്പം കൂടുതലായിരിക്കും.

-p | --മനോഹരം
പാഴ്‌സിംഗിനായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിട്ടില്ലാത്ത, മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാനാകുന്ന ഫോർമാറ്റിലാണ് ഫലങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

-P | --ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ
PCR ഉൽപ്പന്നങ്ങൾ ഒരു ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് സീക്വൻസായി പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

-S | --വിത്ത്
FSM-നുള്ള വാക്കിന്റെ അയൽപക്കത്തിന് വിത്ത് നീളം വ്യക്തമാക്കുക. പൂജ്യമായി സജ്ജമാക്കിയാൽ,
മുഴുവൻ പ്രൈമർ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ചെറിയ വാക്കുകൾ അയൽപക്കത്തിന്റെ വലിപ്പം കുറയ്ക്കുന്നു, പക്ഷേ
തെറ്റായ പോസിറ്റീവ് പൊരുത്തങ്ങൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാൻ ipcress എടുക്കുന്ന സമയം വർദ്ധിപ്പിക്കുക.

ENVIRONMENT

ഇതുവരെ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

ipcress test.ipcress sequence.fasta
ipcress ഉപയോഗിക്കാവുന്ന ഏറ്റവും ലളിതമായ മാർഗമാണിത്.
ipcress dbsts_human.ipcress --ക്രമം ncbi30/*.fasta --പൊരുത്തക്കേട് 1
ഒരു കൂട്ടം ഫാസ്റ്റ ഫയലുകളുമായി ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയൽ താരതമ്യം ചെയ്യുക, ഓരോന്നിലും ഒരു പൊരുത്തക്കേട് അനുവദിക്കുക
പ്രൈമർ.

പതിപ്പ്

ഈ ഡോക്യുമെന്റേഷൻ എക്സോണറേറ്റ് പാക്കേജിന്റെ പതിപ്പ് 2.2.0-നൊപ്പമുണ്ട്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ipcress ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക