load_genbankp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

load_genbank.pl - GENBANK ഫയലുകളിൽ നിന്ന് ഒരു ബയോ::DB::GFF ഡാറ്റാബേസ് ലോഡുചെയ്യുക.

സിനോപ്സിസ്

% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256

ശ്രദ്ധിക്കുക: BioPerl വിതരണത്തിലെ സ്ക്രിപ്റ്റ് bp_genbank2gff.pl ഈ സ്ക്രിപ്റ്റിന് സമാനമാണ്.

വിവരണം

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഒരു ബയോ::DB::GFF ഡാറ്റാബേസ് ലോഡുചെയ്യുന്നു, ഒന്നുകിൽ ഒരു ലോക്കലിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന സവിശേഷതകൾ
genbank ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ genbank-ൽ നിന്ന് ലഭ്യമാക്കിയ ഒരു പ്രവേശനം. വിവിധ കമാൻഡ്-ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ
ഏത് ഡാറ്റാബേസ് ലോഡ് ചെയ്യണമെന്നും നിലവിലുള്ള ഒരു ഡാറ്റാബേസ് അനുവദിക്കണമോ എന്നും നിയന്ത്രിക്കാൻ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു
തിരുത്തിയെഴുതപ്പെടും.

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് നിലവിൽ MySQL മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കുന്നുള്ളൂ, ഇത് ഒരു പ്രൂഫ്-ഓഫ്-തത്ത്വമാണെങ്കിലും എളുപ്പത്തിൽ സാധ്യമാണ്
അഡാപ്റ്ററുകൾ വഴി GFF പിന്തുണയ്ക്കുന്ന മറ്റ് RDMS-നൊപ്പം പ്രവർത്തിക്കാൻ വിപുലീകരിക്കും.

കമാൻഡ്-ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ

കമാൻഡ്-ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ ഒറ്റ-അക്ഷര ഓപ്ഷനുകളായി ചുരുക്കാം. ഉദാ -ഡി പകരം
--ഡാറ്റാബേസ്.

--ഫോഴ്‌സ് സൃഷ്‌ടിക്കലും ഡാറ്റാബേസിന്റെ സമാരംഭവും ഉണ്ടാക്കുക
--ഡിഎസ്എൻ ഡാറ്റ ഉറവിടം (ഡിഫോൾട്ട് dbi:mysql:test)
--ഉപയോക്താവ് mysql പ്രാമാണീകരണത്തിനുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം
--പാസ് mysql പ്രാമാണീകരണത്തിനുള്ള പാസ്‌വേഡ്
--പ്രോക്സി വിദൂര ആക്‌സസിന് ഉപയോഗിക്കാനുള്ള പ്രോക്‌സി സെർവർ
--file ആർഗ്യുമെന്റുകൾ Genbank/EMBL ഫയൽ നാമങ്ങളാണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
--അക്സഷൻ ആർഗ്യുമെന്റുകൾ ജെൻബാങ്ക് അക്സഷൻ നമ്പറുകളാണ്
--stdout ലോഡുചെയ്യുന്നതിനുപകരം stdout-ലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്ത GFF ഫയൽ എഴുതുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് load_genbankp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക