makehmmerdb - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

makehmmerdb - ഒരു സീക്വൻസ് ഫയലിൽ നിന്ന് ഒരു HMMER ബൈനറി ഡാറ്റാബേസ് ഫയൽ നിർമ്മിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

makehmmerdb [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

makehmmerdb ഒരു ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് ഫയലിൽ നിന്ന് ഒരു ബൈനറി ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഈ ബൈനറി ഫയൽ ചെയ്യാം
ഡിഎൻഎ സെർച്ച് ടൂളിനുള്ള ടാർഗെറ്റ് ഡാറ്റാബേസായി ഉപയോഗിക്കും nhmmer.ഉപയോഗിക്കുന്നുസ്ഥിരസ്ഥിതിക്രമീകരണങ്ങൾin nhmmer,
ഇത് ബെഞ്ച്മാർക്കുകളിലെ സംവേദനക്ഷമതയുടെ ചെറിയ നഷ്ടത്തോടൊപ്പം ഏകദേശം 10 മടങ്ങ് ത്വരണം നൽകുന്നു.
(ഈ രീതി വിപുലമായി പരീക്ഷിക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്, പക്ഷേ ഇപ്പോഴും കുറച്ചുകൂടി പരിഗണിക്കണം
പരീക്ഷണാത്മകം.)

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

മറ്റുള്ളവ ഓപ്ഷനുകൾ

--വിവരങ്ങൾ
സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റിലാണെന്ന് ഉറപ്പിക്കുക . അംഗീകൃത ഫോർമാറ്റുകളിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു
ഫാസ്റ്റ, embl, ജെൻബാങ്ക്, ddbj, uniprot, സ്റ്റോക്ക്ഹോം, pfam, അക്സനുമ്ക്സമ്, ഒപ്പം AFA. സ്ഥിരസ്ഥിതി
ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ് സ്വയം കണ്ടെത്തുന്നതിന്.

--ബിൻ_നീളം
ബിൻ നീളം. ബൈനറി ഫയൽ FM സൂചിക എന്ന ഒരു ഡാറ്റ ഘടനയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു
നീളമുള്ള ബിന്നുകളിൽ ക്രമത്തിന്റെ ക്രമീകരിച്ച പകർപ്പ് സംഘടിപ്പിക്കുന്നു . കൂടുതൽ നീളമുള്ള ബിൻ
ചെറിയ ഫയലുകളിലേക്ക് നയിക്കും (കാരണം ഓരോ ബിന്നിനെയും കുറിച്ചുള്ള ഡാറ്റ ക്യാപ്‌ചർ ചെയ്യുന്നു) കൂടാതെ ഒരുപക്ഷേ
മന്ദഗതിയിലുള്ള അന്വേഷണ സമയം. ഡിഫോൾട്ട് 256 ആണ്. 512-ൽ കൂടുതലുള്ളത് ശ്രദ്ധേയതയിലേക്ക് നയിച്ചേക്കാം
വേഗത കുറയ്ക്കൽ.

--sa_freq
സഫിക്സ് അറേ സാമ്പിൾ നിരക്ക്. എഫ്എം സൂചിക ഘടനയും അണ്ടർലയിങ്ങിൽ നിന്നുള്ള സാമ്പിളുകൾ
സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനായി സഫിക്സ് അറേ. കൂടുതൽ പതിവ് സാമ്പിൾ (ഇതിനുള്ള ചെറിയ മൂല്യം
) വലിയ ഫയൽ വലുപ്പവും വേഗത്തിലുള്ള തിരയലും നൽകും (ഫയൽ വലുപ്പം വലുതാകുന്നതുവരെ
I/O ഒരു തടസ്സമാകാൻ പര്യാപ്തമാണ്). സ്ഥിര മൂല്യം 8 ആണ്. ഒരു പവർ ആയിരിക്കണം
2.

--ബ്ലോക്ക്_സൈസ്
ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസ് വലുപ്പത്തിലുള്ള ബ്ലോക്കുകളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു ദശലക്ഷം അക്ഷരങ്ങൾ. ഒരു എഫ്എം സൂചിക
മുഴുവൻ ക്രമത്തിനും ഒരു എഫ്എം സൂചിക നിർമ്മിക്കുന്നതിനുപകരം ഓരോ ബ്ലോക്കിനും വേണ്ടി നിർമ്മിച്ചതാണ്
ഡാറ്റാബേസ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി 50 ആണ്. വലിയ ബ്ലോക്കുകൾ കാര്യമായ വേഗത നൽകുന്നതായി തോന്നുന്നില്ല
വർധിപ്പിക്കുക.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ makehmmerdb ഉപയോഗിക്കുക