mhap - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

mhap - പ്രോബബിലിസ്റ്റിക് സീക്വൻസ് ഓവർലാപ്പിംഗ്

വിവരണം

ദയവായി സജ്ജമാക്കുക -s അഥവാ -p ഓപ്ഷനുകൾ. താഴെയുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ കാണുക: MHAP: MinHash അലൈൻമെന്റ് പ്രോട്ടോക്കോൾ.
ദീർഘനേരം വായിക്കുന്ന സീക്വൻസുകളുടെ (PacBio അല്ലെങ്കിൽ Nanopore പോലുള്ളവ) ഓവർലാപ്പുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള ഒരു ഉപകരണം
ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്.

പതിപ്പ്: 1.6, ബിൽഡ് സമയം: 09/12/2015 11:46 PM ഉപയോഗം 1 (നേരിട്ട് നിർവ്വഹണം): java
സെർവർ -എക്സ്എംഎക്സ് -ഭരണി -s[-ക്യു
ഫയൽ>] [-f ] ഉപയോഗം 2 (മുൻകമ്പ്യൂട്ടഡ് സൃഷ്ടിക്കുക
ബൈനറികൾ): ജാവ സെർവർ -എക്സ്എംഎക്സ് -ഭരണി -p
-q [-എഫ് ]

--വിന്യാസം, സ്വതവേ = തെറ്റ്
പരീക്ഷണാത്മക ഓപ്ഷൻ.

--അലൈൻമെന്റ്-ഓഫ്സെറ്റ്, സ്ഥിരസ്ഥിതി = -0.535
അലൈൻമെന്റ് മാച്ച് സ്‌കോറിലെ വ്യത്യാസം കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള ഓഫ്‌സെറ്റ്.

--അലൈൻമെന്റ്-സ്കോർ, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 1.0E-6
അലൈൻമെന്റ് മത്സരങ്ങൾക്കുള്ള കട്ട്ഓഫ് സ്കോർ.

--ഫിൽട്ടർ-ത്രെഷോൾഡ്, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 1.0E-5
[ഇരട്ട], k-mer ഫിൽട്ടർ ഫയലിലെ k-mer പരിഗണിക്കുന്ന കട്ട്ഓഫ്
ആവർത്തിച്ചുള്ള. ഒരു നിർദ്ദിഷ്‌ട k-mer-നുള്ള ഈ മൂല്യം ലെ രണ്ടാമത്തെ നിരയിൽ വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു
ഫിൽട്ടർ ഫയൽ. ഫിൽട്ടർ ഫയൽ നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ഈ ഓപ്ഷൻ അവഗണിക്കപ്പെടും.

--സഹായിക്കൂ, സ്വതവേ = തെറ്റ്
സഹായ മെനു പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.

--max-ഷിഫ്റ്റ്, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 0.2
[ഇരട്ട], കണക്കാക്കിയ ഓവർലാപ്പിന്റെ ഇടത്തോട്ടും വലത്തോട്ടും പ്രദേശത്തിന്റെ വലുപ്പം, ഉരുത്തിരിഞ്ഞത് പോലെ
ഒരു k-mer പൊരുത്തങ്ങൾ നിശ്ചലമായിരിക്കുന്ന മീഡിയൻ ഷിഫ്റ്റിൽ നിന്നും സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യത്തിൽ നിന്നും
സാധുവായി കണക്കാക്കുന്നു. രണ്ടാം ഘട്ട ഫിൽട്ടർ മാത്രം.

--മിനിറ്റ്-സ്റ്റോർ-ദൈർഘ്യം, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 0
[int], ബോക്സിൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്ന വായനയുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം. ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഫാസ്റ്റ ഫയലിൽ നിന്നുള്ള ഹ്രസ്വ വായനകൾ.

--നാനോപോർ-വേഗത, സ്വതവേ = തെറ്റ്
നാനോപോർ ഫാസ്റ്റ് ക്രമീകരണങ്ങൾക്കായി എല്ലാ പാരാമീറ്ററുകളും സജ്ജമാക്കുക. ഇതാണ് നിലവിലെ ഏറ്റവും മികച്ചത്
മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശം, മുന്നറിയിപ്പില്ലാതെ എപ്പോൾ വേണമെങ്കിലും മാറാം.

--ഇല്ല-സ്വയം, സ്വതവേ = തെറ്റ്
ഒരു ബോക്സിനുള്ളിലെ സീക്വൻസുകൾക്കിടയിലുള്ള ഓവർലാപ്പുകൾ കണക്കാക്കരുത്. എപ്പോൾ ഉപയോഗിക്കണം
വ്യത്യസ്‌ത ഫയലുകളിൽ നിന്ന് അങ്ങോട്ടും ഇങ്ങോട്ടും സീക്വൻസുകൾ വരുന്നു.

--എണ്ണം-ഹാഷുകൾ, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 512
[int], MinHashing-ൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ട min-mers എണ്ണം.

--എണ്ണ-മിനിറ്റ്-പൊരുത്തങ്ങൾ, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 3
[int], രണ്ടാം ഘട്ട ഫിൽട്ടർ കംപ്യൂട്ടുചെയ്യുന്നതിന് മുമ്പ് പങ്കിടേണ്ട മിനിമം # മിനിറ്റ്.
ആ മൂല്യത്തിന് താഴെയുള്ള ഏത് സീക്വൻസും ഓവർലാപ്പുചെയ്യാത്തതായി കണക്കാക്കുന്നു.

--സംഖ്യ-ത്രെഡുകൾ, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 12
[int], കണക്കുകൂട്ടലിനായി ഉപയോഗിക്കേണ്ട ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം. സാധാരണ 2 x #കോറുകളായി സജ്ജീകരിക്കുക.

--പാക്ബിയോ-ഫാസ്റ്റ്, സ്വതവേ = തെറ്റ്
PacBio ഫാസ്റ്റ് ക്രമീകരണത്തിനായി എല്ലാ പാരാമീറ്ററുകളും സജ്ജമാക്കുക. ഇതാണ് നിലവിലെ ഏറ്റവും മികച്ചത്
മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശം, മുന്നറിയിപ്പില്ലാതെ എപ്പോൾ വേണമെങ്കിലും മാറാം.

--പാക്ബിയോ-സെൻസിറ്റീവ്, സ്വതവേ = തെറ്റ്
PacBio സെൻസിറ്റീവ് ക്രമീകരണങ്ങൾക്കായി എല്ലാ പാരാമീറ്ററുകളും സജ്ജമാക്കുക. ഇതാണ് നിലവിലെ ഏറ്റവും മികച്ചത്
മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശം, മുന്നറിയിപ്പില്ലാതെ എപ്പോൾ വേണമെങ്കിലും മാറാം.

--സ്റ്റോർ-ഫുൾ-ഐഡി, സ്വതവേ = തെറ്റ്
ക്രമം മാത്രം സംഭരിക്കുന്നതിനുപകരം ഫാസ്റ്റ ഫയലിൽ കാണുന്നതുപോലെ മുഴുവൻ ഐഡികളും സംഭരിക്കുക
ഫയലിൽ സ്ഥാനം. ചില FASTA ഫയലുകൾക്ക് ദൈർഘ്യമേറിയ IDS ഉണ്ട്, ഫലങ്ങളുടെ ഔട്ട്പുട്ട് മന്ദഗതിയിലാകുന്നു.
കംപ്രസ് ചെയ്ത ഫയൽ ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ ഈ ഓപ്ഷനുകൾ അവഗണിക്കപ്പെടും.

--പരിധി, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 0.04
[ഇരട്ട], രണ്ടാം ഘട്ട സോർട്ട്-ലയനത്തിനായുള്ള ത്രെഷോൾഡ് സമാനത സ്കോർ കട്ട്ഓഫ്
ഫിൽട്ടർ. ഓവർലാപ്പിംഗിൽ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന k-mers-ന്റെ ശരാശരി എണ്ണത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ് ഇത്
പ്രദേശം.

--പതിപ്പ്, സ്വതവേ = തെറ്റ്
പതിപ്പും ബിൽഡ് സമയവും പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.

--ഭാരമുള്ള, സ്വതവേ = തെറ്റ്
വെയ്റ്റഡ് MinHashing നടത്തുക.

-f, ഡിഫോൾട്ട് = ""
വളരെ ആവർത്തിച്ചുള്ള k-mers ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന k-mer ഫിൽട്ടർ ഫയൽ. അടുക്കിയിരിക്കണം
ആവൃത്തിയുടെ അവരോഹണ ക്രമത്തിൽ (രണ്ടാം നിര).

-h, സ്വതവേ = തെറ്റ്
സഹായ മെനു പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.

-k, സ്ഥിരസ്ഥിതി = 16
[int], MinHashing-ന് ഉപയോഗിക്കുന്ന k-mer വലിപ്പം. രണ്ടാം ഘട്ട ഫിൽട്ടറിനുള്ള k-mer വലുപ്പം
പ്രത്യേകം, പരിഷ്‌ക്കരിക്കാനാവില്ല.

-p, ഡിഫോൾട്ട് = ""
ഉപയോഗം 2 മാത്രം. പരിവർത്തനം ചെയ്യേണ്ട ഫാസ്റ്റ ഫയലുകൾ അടങ്ങിയ ഡയറക്‌ടറി
സംഭരണത്തിനുള്ള ബൈനറി ഫോർമാറ്റ്.

-q, ഡിഫോൾട്ട് = ""
ഉപയോഗം 1: റീഡുകളുടെ ഫാസ്റ്റ ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ ഫയലുകളുടെ ഒരു ഡയറക്‌ടറി, ഇതുമായി താരതമ്യം ചെയ്യും
ബോക്സിലെ വായനകളുടെ കൂട്ടം (കാണുക -s). ഉപയോഗം 2: ബൈനറിക്കുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് ഡയറക്ടറി
ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത dat ഫയലുകൾ.

-s, ഡിഫോൾട്ട് = ""
ഉപയോഗം 1 മാത്രം. FASTA അല്ലെങ്കിൽ ബൈനറി ഡാറ്റ ഫയൽ (ഉപയോഗം 2 കാണുക) റീഡുകളായിരിക്കും
ഒരു ബോക്സിൽ സംഭരിച്ചു, തുടർന്നുള്ള എല്ലാ വായനകളും താരതമ്യം ചെയ്യും.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് mhap ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക