pdb2pqr - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

pdb2pqr - ഇലക്ട്രോസ്റ്റാറ്റിക്സ് കണക്കുകൂട്ടലുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് PQR ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

pdb2pqr [--നോഡ്ബമ്പ്] [--നൂപ്] [--ചങ്ങല] [--അസൈൻ-മാത്രം] [--ശുദ്ധിയുള്ള] [--ffout=പേര്]
[--with-ph=ph] [--apbs-ഇൻപുട്ട്] [--ligand=പാത] [[--വാക്കുകൾ] | [-v]] --ff=ശക്തി മണ്ഡലം
പാത ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്

pdb2pqr {--സഹായിക്കൂ | -h}

വിവരണം

pdb2pqr തുടർച്ചയ്ക്കായി ഘടനകൾ തയ്യാറാക്കുന്നതിനുള്ള പല പൊതു ജോലികളും ഓട്ടോമേറ്റ് ചെയ്യുന്നു
ഇലക്ട്രോസ്റ്റാറ്റിക്സ് കണക്കുകൂട്ടലുകൾ, PDB-യിൽ പ്രോട്ടീൻ ഫയലുകൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരു യൂട്ടിലിറ്റി നൽകുന്നു
ഫോർമാറ്റ്പാത) PQR ഫോർമാറ്റിലേക്ക് (ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്). ഈ ടാസ്ക്കുകളിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു:

· ബയോമോളിക്യുലാർ ഘടനകളിലേക്ക് പരിമിതമായ എണ്ണം നഷ്ടപ്പെട്ട കനത്ത ആറ്റങ്ങൾ ചേർക്കുന്നു

സൈഡ്-ചെയിൻ pKas നിർണ്ണയിക്കുന്നു

· കാണാതായ ഹൈഡ്രജൻ സ്ഥാപിക്കൽ

അനുകൂലമായ ഹൈഡ്രജൻ ബോണ്ടിംഗിനായി പ്രോട്ടീൻ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുന്നു

· വിവിധ ഫോഴ്‌സ് ഫീൽഡുകളിൽ നിന്ന് ചാർജും റേഡിയസ് പാരാമീറ്ററുകളും നൽകുന്നു

ഓപ്ഷനുകൾ

pdb2pqr ഇനിപ്പറയുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ സ്വീകരിക്കുന്നു:

--ff=ശക്തി മണ്ഡലം
ദി ശക്തി മണ്ഡലം ഉപയോഗിക്കാൻ. നിലവിലെ മൂല്യങ്ങൾ മഞ്ഞക്കുന്തിരിക്കം, ചാം, പാഴ്‌സ് ഒപ്പം tyl06.

--സഹായിക്കൂ, -h
ഒരു സഹായ സന്ദേശം പ്രിന്റ് ചെയ്‌ത് പുറത്തുകടക്കുക.

--നോഡ്ബമ്പ്
ഡീബമ്പിംഗ് ഓപ്പറേഷൻ നടത്തരുത്.

--നൂപ്
ഹൈഡ്രജൻ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ നടത്തരുത്.

--ചങ്ങല
ഔട്ട്‌പുട്ട് PQR ഫയലിൽ ചെയിൻ ഐഡി സൂക്ഷിക്കുക.

--അസൈൻ-മാത്രം
ആറ്റങ്ങൾ ചേർക്കുന്നതിനോ ഡീബമ്പ് ചെയ്യുന്നതിനോ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുന്നതിനോ മാത്രം ചാർജുകൾ അസൈൻ ചെയ്യുന്നു.

--ശുദ്ധിയുള്ള
ഒപ്റ്റിമൈസേഷനോ ആറ്റം കൂട്ടിച്ചേർക്കലോ പാരാമീറ്റർ അസൈൻമെന്റോ ചെയ്യരുത്, യഥാർത്ഥമായത് തിരികെ നൽകുക
വിന്യസിച്ച ഫോർമാറ്റിലുള്ള PDB ഫയൽ.

--ffout=പേര്
അവശിഷ്ടങ്ങളുടെയും ആറ്റങ്ങളുടെയും പേരുകൾക്കായി സ്റ്റാൻഡേർഡ് കാനിനിക്കൽ നാമകരണ പദ്ധതി ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് പകരം ഉപയോഗിക്കുക
നൽകിയിരിക്കുന്ന ഫോഴ്സ്ഫീൽഡിൽ നിന്നുള്ള പേരുകൾ.

--with-ph=ph
ഉപയോഗം പ്രോപ്ക pKs കണക്കാക്കാനും pH മൂല്യം നൽകിയിരിക്കുന്ന തന്മാത്രയിൽ പ്രയോഗിക്കാനും. യഥാർത്ഥം
PropKa ഫലങ്ങൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യും ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.പ്രോപ്ക.

--apbs-ഇൻപുട്ട്
ജനറേറ്റ് ചെയ്‌ത PQR ഫയലിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഒരു APBS ഇൻപുട്ട് ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കുക. ഒരു പൈത്തൺ അച്ചാറും ഉണ്ടാക്കുക
മറ്റ് പ്രോഗ്രാമുകളിൽ ഈ പാരാമീറ്ററുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്.

--ligand=പാത
തന്നിരിക്കുന്നതിൽ MOL2 ഫോർമാറ്റിൽ ലിഗാൻഡിന്റെ പാരാമീറ്ററുകൾ കണക്കാക്കുക പാത. Pdb2pka നിർബന്ധമാണ്
സമാഹരിക്കും.

--വാക്കുകൾ, -v
സ്ക്രീനിലേക്ക് അധിക വിവരങ്ങൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

വിപുലീകരണങ്ങൾ

വിപുലീകരണങ്ങൾ PDB2PQR-ലേക്ക് പ്രവർത്തനക്ഷമത ചേർക്കുന്നു, ഒരു പാരാമീറ്റർ പാസ്സാക്കിയാണ് വിളിക്കുന്നത് pdb2pqr.
അവർ അവരുടെ ഫലങ്ങൾ ഉള്ള ഫയലുകളിൽ ഇടുന്നു ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.

ഇനിപ്പറയുന്ന വിപുലീകരണങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കാം pdb2pqr:

--ഫി
ഓരോ അവശിഷ്ട ബാക്ക്ബോൺ ഫൈ ആംഗിൾ ലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.ഫി.

--psi
പെർ-റെസിഡ്യൂ ബാക്ക്‌ബോൺ psi ആംഗിൾ എന്നതിലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.ഫി.

--hbond
ഹൈഗ്രജൻ ബോണ്ടുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.hbond.

--ചി
ഓരോ-അവശിഷ്ട ബാക്ക്ബോൺ ചി ആംഗിളിലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.ചി.

--ബന്ധപ്പെടുക
കോൺടാക്റ്റുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.കോൺ.

--hbondwhatif
ഹൈഡ്രജൻ ബോണ്ടുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.hbo.

--ഉപ്പ്
ഉപ്പ് പാലങ്ങളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് അച്ചടിക്കുക ഔട്ട്പുട്ട്-പാത്ത്.ഉപ്പ്.

--രാമ
ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും phi, psi കോണുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക ഔട്ട്പാത്ത്-പാത്ത്.രാമ

ഉദ്ധരിക്കുന്നു PDB2PQR

നിങ്ങളുടെ ഉപയോഗം ദയവായി അംഗീകരിക്കുക pdb2pqr ഉദ്ധരിച്ചുകൊണ്ട്:

ഡോളിൻസ്കി ടിജെ, നീൽസൺ ജെഇ, മക്കമ്മൺ ജെഎ, ബേക്കർ എൻഎ. PDB2PQR: ഇതിനായി ഒരു ഓട്ടോമേറ്റഡ് പൈപ്പ്ലൈൻ
Poisson-Boltzmann ഇലക്ട്രോസ്റ്റാറ്റിക്സ് കണക്കുകൂട്ടലുകളുടെ സജ്ജീകരണം, നിർവ്വഹണം, വിശകലനം. ന്യൂക്ലിക്
ആസിഡുകൾ ഗവേഷണം, 32, W665-W667 (2004).

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് pdb2pqr ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക