Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന samtoh5 കമാൻഡ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
samtoh5 - ഒരു SAM ഫയൽ cmp.h5 ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
സിനോപ്സിസ്
samtoh5 ഇൻ.സാം റഫറൻസ്.ഫാസ്റ്റ out.cmp.h5 [ഓപ്ഷനുകൾ]
ഓപ്ഷനുകൾ
ഇൻ.സാം SAM ഫയൽ ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക.
റഫറൻസ്.ഫാസ്റ്റ
റീഡുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന റഫറൻസ്.
out.cmp.h5
ഔട്ട്പുട്ട് cmp.h5 ഫയൽ.
-smrtTitle
നിർമ്മിച്ച റീഡുകളിൽ നിന്ന് സൃഷ്ടിച്ച അലൈൻമെന്റുകൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുമ്പോൾ ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക
pls2fasta(1) bas.h5 ഫയലുകളിൽ നിന്ന് SMRT റീഡിൽ നിന്നുള്ള റീഡ് കോർഡിനേറ്റുകൾ പാഴ്‌സ് ചെയ്തുകൊണ്ട്
തലക്കെട്ട്. തലക്കെട്ട് ഫോർമാറ്റിലാണ് /പേര്/ദ്വാരം/കോർഡിനേറ്റുകൾ, കോർഡിനേറ്റുകൾ എവിടെയാണ്
ഫോർമാറ്റ് \d+_\d+, ഒപ്പം വിന്യസിച്ച വായനയുടെ ഇടവേളയെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.
-റെഡ് ടൈപ്പ് മൂല്യം
വായന തരം സജ്ജമാക്കുക: 'സ്റ്റാൻഡേർഡ്', 'സ്ട്രോബ്', 'സിസിഎസ്', അല്ലെങ്കിൽ 'സിഡിഎൻഎ'
- വാചാലത മൂല്യം
ആവശ്യമുള്ള പദപ്രയോഗം സജ്ജമാക്കുക.
-useShortRefName
നിന്ന് ലഭിച്ച ചുരുക്കിയ റഫറൻസ് നാമങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക file.sam മുഴുവൻ പേരുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിനുപകരം
നിന്ന് റഫറൻസ്.ഫാസ്റ്റ.
-copyQVs
SAM ഫയലിൽ ലഭ്യമായ എല്ലാ QV-കളും cmp.h5 ഫയലിലേക്ക് പകർത്തുക. ഇതിൽ കാര്യങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുന്നു
InsertionQV, DeletionTag എന്നിവ പോലെ.
കുറിപ്പുകൾ
വ്യത്യസ്ത പ്രോഗ്രാമുകളിൽ വ്യത്യസ്ത അർത്ഥങ്ങളുള്ള ഓപ്ഷണൽ ടാഗുകൾ SAM-ന് ഉള്ളതിനാൽ, ശ്രദ്ധിക്കുക
ശരിയായ ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുന്നതിന് ഉപയോഗം ആവശ്യമാണ്. കാണിക്കാൻ bwa-sw-ലെ "xs" ടാഗ് ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഉപയുക്തമായ സ്കോർ, എന്നാൽ PacBio SAM-ൽ (blasr(1)) ഇത് അന്വേഷണത്തിലെ ആരംഭമായി നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നു
വിന്യാസത്തിന്റെ ക്രമം. എപ്പോൾ -smrtTitle വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു, xs ടാഗ് അവഗണിക്കപ്പെട്ടു, എന്നാൽ എപ്പോൾ
ഇത് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ല, xs, xe ടാഗുകൾ നൽകുന്ന കോർഡിനേറ്റുകൾ നിർവചിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു വായനയുടെ ഇടവേള. CIGAR സ്ട്രിംഗ് ഈ ഇടവേളയുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതാണ്.
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് samtoh5 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
