WigeoN - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

wigeon - Pintail 16S DNA അനോമലി ഡിറ്റക്ഷൻ യൂട്ടിലിറ്റിയുടെ പുനർനിർമ്മാണം

വിവരണം

ഒരു അന്വേഷണവും വിശ്വസനീയമായ റഫറൻസും തമ്മിലുള്ള സീക്വൻസ് കൺസർവേഷൻ WigeoN പരിശോധിക്കുന്നു
ക്രമം, രണ്ടും NAST വിന്യാസ ഫോർമാറ്റിൽ. ചോദ്യം തമ്മിലുള്ള സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റിയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി
കൂടാതെ റഫറൻസ് സീക്വൻസിലും, വിന്യാസത്തിൽ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന വ്യതിയാനം ഉണ്ട്.
നിരീക്ഷിച്ച വ്യതിയാനം വിതരണത്തിന്റെ 95% അളവിനേക്കാൾ കൂടുതലാണെങ്കിൽ
നോൺ-അനോമലസ് സീക്വൻസുകൾക്കിടയിൽ വ്യതിയാനം നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു, തുടർന്ന് അത് ഒരു അപാകതയായി ഫ്ലാഗ് ചെയ്യുന്നു.

WigeoN എന്നത് പിൻടെയിൽ അൽഗോരിതം Appl-ന്റെ ഒരു ഫ്ലെക്സിബിൾ കമാൻഡ്-ലൈൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പുനർനിർമ്മാണമാണ്.
പരിസ്ഥിതി മൈക്രോബയോൾ. 2005 ഡിസംബർ;7112:7724-36.

മുഴുനീള 16S ആർആർഎൻഎയിൽ മാത്രം കൈമറകളും അപാകതകളും ഫ്ലാഗുചെയ്യാൻ WigeoN ഉപയോഗപ്രദമാണ്.
ക്രമങ്ങൾ. 1000 ബിപിയിൽ താഴെയുള്ള സീക്വൻസുകളുള്ള WigeoN-ന് സെൻസിറ്റിവിറ്റി ഇല്ല.

WigeoN പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന്, നിങ്ങൾക്ക് നാസ്റ്റ്-ഇയർ യൂട്ടിലിറ്റി സൃഷ്ടിച്ച NAST- ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത സീക്വൻസുകൾ ആവശ്യമാണ്.

WigeoN മൈക്രോബയോമ്യൂട്ടിൽ സ്യൂട്ടിന്റെ ഭാഗമാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

ആവശ്യമാണ്:
--query_NAST
അലൈൻമെന്റ് ഫോർമാറ്റിലുള്ള ക്വറി സീക്വൻസുകൾ അടങ്ങിയ മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഫയൽ

ഓപ്ഷണൽ:
--db_NAST
db NAST ഫോർമാറ്റിൽ

--db_FASTA
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ db (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ് ഫോർമാറ്റ് ചെയ്തത്)

--എണ്ണം_ടോപ്പ്_ഹിറ്റുകൾ
ഡിഫോൾട്ട് 1: ഒരൊറ്റ മികച്ച പൊരുത്തം മാത്രം ഉപയോഗിക്കുന്നു.

--പ്ലോട്ട്

--ഡീബഗ്

--exec_dir
പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് cd to exec_dir

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് WigeoN ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക