ലിനക്സിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള CPAT എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പാണിത്, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് Human_coding_transcripts_mRNA.fa.gz ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
OnWorks-ൽ സൗജന്യമായി Linux-ൽ പ്രവർത്തിക്കാൻ CPAT എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ലിനക്സിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിക്കാൻ CPAT
Ad
വിവരണം
RNA-seq ഉപയോഗിച്ച്, പതിനായിരക്കണക്കിന് നോവൽ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്റ്റുകളും ഐസോഫോമുകളും തിരിച്ചറിഞ്ഞു (Djebali, et al Nature, 2012 , Carbili et al, Gene & Development, 2011) ഈ മറഞ്ഞിരിക്കുന്ന ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോമുകളുടെ കണ്ടെത്തൽ RNA വേർതിരിക്കുന്ന കോഡിംഗിന്റെയും നോൺകോഡിംഗിന്റെയും ആവശ്യകതയെ പുനരുജ്ജീവിപ്പിക്കുന്നു. . എന്നിരുന്നാലും, മുൻകാല കോഡിംഗ് സാധ്യതയുള്ള പ്രവചന രീതികൾ അലൈൻമെന്റിനെ വളരെയധികം ആശ്രയിക്കുന്നു, ഒന്നുകിൽ പ്രോട്ടീൻ തെളിവുകൾക്കായി ജോഡിവൈസ് അലൈൻമെന്റ് അല്ലെങ്കിൽ ഫൈലോജെനെറ്റിക് കൺസർവേഷൻ സ്കോർ (CPC, PhyloCSF, RNACode പോലുള്ളവ) കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ. പ്രോട്ടീൻ കോഡിംഗ് ആർ‌എൻ‌എയും ഹ്രസ്വമായ, ഹൗസ് കീപ്പിംഗ്/റെഗുലേറ്ററി ആർ‌എൻ‌എകളായ snRNA, സ്‌നോആർ‌എൻ‌എ, ടി‌ആർ‌എൻ‌എ എന്നിവയുൾപ്പെടെ മുമ്പ് തിരിച്ചറിഞ്ഞ മിക്ക ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്റ്റുകളും വളരെ സംരക്ഷിതമാണ്. വളരെ ഉപയോഗപ്രദമാണെങ്കിലും, ഈ സമീപനങ്ങൾക്ക് നിരവധി പരിമിതികളുണ്ട്:ഒട്ടുമിക്ക lncRNA-കളും സംരക്ഷിതമല്ലാത്തവയാണ്, അവ ലൈൻ-സ്പെസിഫിക്കായവയാണ്, ഇത് വിന്യാസം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള രീതികളുടെ വിവേചന ശക്തിയെ വളരെയധികം പരിമിതപ്പെടുത്തുന്നു. ഉദാഹരണത്തിന്, സീബ്രാഫിഷിൽ നിന്ന് കണ്ടെത്തിയ 550 എൽഎൻസിആർഎൻഎകളിൽ 29 എണ്ണത്തിന് മാത്രമേ കണ്ടെത്താനാകുന്ന ക്രമം ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളൂ.
പ്രേക്ഷകർ
ശാസ്ത്രം/ഗവേഷണം
ഉപയോക്തൃ ഇന്റർഫേസ്
വെബ് അധിഷ്ഠിത, കമാൻഡ് ലൈൻ
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
പൈത്തൺ
https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണിത്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.
