ViralFusionSeq [VFS] ലിനക്സിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ, L-നായി ഓൺലൈൻ ഡൗൺലോഡ്

ViralFusionSeq [VFS] എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പാണിത്, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് vfs-2016-08-17.r2.tar.gz ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.

സ്ക്രീൻഷോട്ടുകൾ

ViralFusionSeq [VFS] ഓൺലൈനിൽ Linux-ൽ പ്രവർത്തിക്കും

വിവരണം

ഉബുണ്ടു/ഡെബിയൻ സിസ്റ്റത്തിന് കീഴിൽ VFS പൂർണ്ണമായും പരീക്ഷിച്ചു.

** അറിയിപ്പ് 1**: VFS വൈറസ്-ക്ലിപ്പിനേക്കാൾ മികച്ചതാണ്. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download

2016 ലെ കണക്കനുസരിച്ച്, NIH HPC സിസ്റ്റത്തിൽ ലഭ്യമായ ഒരേയൊരു വൈറൽ ഇന്റഗ്രേഷൻ ടൂൾ VFS ആണ്.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/

വൈറൽ ഇന്റഗ്രേഷൻ ഇവന്റുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനും സിംഗിൾ-ബേസ് റെസല്യൂഷനിൽ ഫ്യൂഷൻ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്റ്റുകൾ പുനർനിർമ്മിക്കുന്നതിനുമുള്ള ഒരു ബഹുമുഖ ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിങ് (HTS) ഉപകരണമാണ് ViralFusionSeq (VFS).

വൈറൽ-ഹ്യൂമൻ ഫ്യൂഷൻ ഇവന്റുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനും വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നതിനുമായി സോഫ്റ്റ്-ക്ലിപ്പിംഗ് വിവരങ്ങൾ, റീഡ്-പെയർ വിശകലനം, ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത ഡി നോവോ അസംബ്ലി എന്നിവയെ VFS സംയോജിപ്പിക്കുന്നു.

ഫ്യൂഷൻ ബ്രേക്ക്‌പോയിന്റുകളുടെ ഗുണനിലവാരം വിലയിരുത്താൻ ലളിതവും എന്നാൽ ഫലപ്രദവുമായ ഒരു അനുഭവ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ മോഡൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

കുറഞ്ഞ ഉപയോക്തൃ നിർവചിച്ച പാരാമീറ്ററുകൾ ആവശ്യമാണ്.

VFS-ന്റെ ഉപയോക്തൃ മാനുവലും ഇൻസ്റ്റാളേഷൻ ഗൈഡും ഉള്ള സോഴ്സ് കോഡ് sourceforge ന്റെ "ഫയലുകൾ" വിഭാഗത്തിൽ ലഭ്യമാണ്.

ഉദ്ധരണി: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

സവിശേഷതകൾ

• RNA-Seq, DNA-Seq ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് ബാധകവും പൂർണ്ണമായി പരീക്ഷിച്ചതുമാണ്
• വൈറൽ സംയോജനം കണ്ടെത്തുന്നതിന് ക്ലിപ്പ് ചെയ്ത സീക്വൻസ് (സിഎസ്), പെയർഡ് എൻഡ് (ആർപി) വിവരങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക
• CS, RP വിവരങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഫ്യൂഷൻ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസിൻറെ പുനർനിർമ്മാണം

പ്രേക്ഷകർ

ശാസ്ത്രം/ഗവേഷണം

പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ

പേൾ

ഇത് https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണ്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.