autodocktools - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

adt - AutoDockTools, bahagian hadapan grafik untuk AutoDock

SINOPSIS

runAdt [pilihan]

DESCRIPTION

Halaman manual ini adalah terjemahan hampir literal bagi output yang disediakan oleh runAdt -h
perintah.

PILIHAN

Ringkasan pilihan disertakan di bawah. Untuk penerangan lengkap, rujuk kepada
tutorial dan dokumentasi yang boleh didapati dalam talian.

-h, - membantu
Tunjukkan ringkasan pilihan.

-a or --sekali lagi
main balik fail lastlog

--overwriteLog
tulis ganti fail log

--uniqueLog
buat fail log dengan nama yang unik

--tiadaLog
matikan pembalakan

--tiadaSplash
matikan Skrin Percikan

--mati jangan mulakan gelung acara GUI

--penyesuai fail
jalankan fail yang ditentukan pengguna

--lib packageName
tambahkan perpustakaan arahan

-v r, --penglihatan menjalankan
jalankan rangkaian penglihatan pada baris arahan

-v o, --penglihatan sekali
jalankan rangkaian penglihatan dan keluar dari ADT

-d or --dmode mod
tentukan mod paparan
mod boleh menjadi sebarang gabungan mod paparan
'cpk' : cpk
'garis': garisan
'ss' : reben struktur sekunder
'sb' : kayu dan bola
'lic' : licorice
'ms' : permukaan molekul
'ca' : Surih C-alpha
'bt' : jejak tulang belakang
'sp' : CA-spline
'sssb' : struktur sekunder untuk protein, kayu dan bebola untuk
sisa lain dengan garis ikatan untuk sisa lain tanpa ikatan

-c or --cmode mod
nyatakan skema warna mod dispaly:
'ca' : warna mengikut atom
'cr' : warna mengikut sisa (skim RASMOL)
'cc' : warna mengikut rantai
'cm' : warna mengikut molekul
'cdg': warna menggunakan skema David Goodsell
'cs' : sisa warna menggunakan skema Shapely
'css': warna mengikut elemen struktur sekunder

CONTOH:

paparkan protein sebagai reben, bukan protein sebagai kayu dan bebola dan warna mengikut jenis atom

adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb

Gunakan autodocktools dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net