Ini ialah perintah bamtools yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
bamtools - kit alat untuk memanipulasi fail BAM (penjajaran genom).
SINOPSIS
alat bam [--help] PERINTAH [ARGS]
DESCRIPTION
BamTools memudahkan analisis penyelidikan dan pengurusan data menggunakan fail BAM. Ia mengatasi
sejumlah besar data yang dihasilkan oleh teknologi penjujukan semasa yang biasanya
disimpan dalam format mampat, binari yang tidak mudah dikendalikan oleh penghurai berasaskan teks
biasa digunakan dalam penyelidikan bioinformatik.
PILIHAN
menukar
Menukar antara BAM dan beberapa format lain
count Mencetak bilangan penjajaran dalam fail BAM
liputan
Mencetak statistik liputan daripada fail BAM input
penapis Menapis fail BAM mengikut kriteria yang ditentukan pengguna
pengepala Mencetak maklumat pengepala BAM
indeks Menghasilkan indeks untuk fail BAM
gabungkan Gabungkan berbilang fail BAM ke dalam satu fail
rawak Pilih penjajaran rawak daripada fail BAM sedia ada, lebih bertujuan sebagai ujian
alat.
menyelesaikan
Menyelesaikan bacaan akhir berpasangan (menandai bendera IsProperPair seperti yang diperlukan)
revert Mengeluarkan tanda pendua dan memulihkan kualiti asas asal
sort Isih fail BAM mengikut beberapa kriteria
split Membahagikan fail BAM pada harta yang ditentukan pengguna, mencipta fail keluaran BAM baharu untuk
setiap nilai yang ditemui
statistik Mencetak beberapa statistik asas daripada input fail BAM
Lihat 'bamtools help COMMAND' untuk mendapatkan maklumat lanjut tentang arahan tertentu.
Gunakan bamtools dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
