Ini ialah arahan bio-pelangi yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
pelangi - halaman manual untuk pelangi 2.0.4 --[e-mel dilindungi], [e-mel dilindungi]>
SINOPSIS
pelangi [pilihan]
DESCRIPTION
pelangi 2.0.4 -- <[e-mel dilindungi], [e-mel dilindungi]>
kelompok
Format Fail Input: fail fasta/fastq berpasangan Format Fail Output:
\t \t \t
-1 Masukkan fail fasta/fastq, menyokong berbilang '-1'
-2 Masukkan fail fasta/fastq, menyokong berbilang '-2' [null]
-l
Panjang baca, lalai: 0 pembolehubah
-m
Ketakpadanan maksimum [4]
-e
Ambang yang sepadan dengan tepat [2000]
-L Tahap polimorfisme yang rendah
div
Format Fail Input: \t \t \t Pengeluaran
Format fail:
\t \t \t [\t ]
-i Fail input [stdin]
-o Fail output [stdout]
-k
K_allele, varian min untuk mencipta kumpulan baharu [2]
-K
K_allele, bahagikan tanpa mengira kekerapan apabila bilangan varian melebihi nilai ini
[50]
-f
Kekerapan, kekerapan varian min untuk membuat kumpulan baharu [0.2]
bergabung
Format Fail Input:
\t \t \t [\t ]
-i Masukkan fail keluaran rbasm [stdin]
-a pemasangan keluaran
-o Fail keluaran untuk gabungan gabungan, satu baris setiap kelompok [stdout]
-N
Bilangan maksimum kluster dibahagikan untuk digabungkan [300]
-l
Pertindihan minimum apabila memasang dua bacaan (hanya sah apabila '-a' dibuka) [5]
-f
Pecahan minimum persamaan apabila pemasangan (hanya sah apabila '-a' dibuka)
[0.90]
-r
Bilangan bacaan minimum untuk dipasang (hanya sah apabila '-a' dibuka) [5]
-R
Bilangan maksimum bacaan untuk dipasang (hanya sah apabila '-a' dibuka) [300]
Penggunaan: pelangi [pilihan]
kelompok
Format Fail Input: fail fasta/fastq berpasangan Format Fail Output:
\t \t \t
-1 Masukkan fail fasta/fastq, menyokong berbilang '-1'
-2 Masukkan fail fasta/fastq, menyokong berbilang '-2' [null]
-l
Panjang baca, lalai: 0 pembolehubah
-m
Ketakpadanan maksimum [4]
-e
Ambang yang sepadan dengan tepat [2000]
-L Tahap polimorfisme yang rendah
div
Format Fail Input: \t \t \t Pengeluaran
Format fail:
\t \t \t [\t ]
-i Fail input [stdin]
-o Fail output [stdout]
-k
K_allele, varian min untuk mencipta kumpulan baharu [2]
-K
K_allele, bahagikan tanpa mengira kekerapan apabila bilangan varian melebihi nilai ini
[50]
-f
Kekerapan, kekerapan varian min untuk membuat kumpulan baharu [0.2]
bergabung
Format Fail Input:
\t \t \t [\t ]
-i Masukkan fail keluaran rbasm [stdin]
-a pemasangan keluaran
-o Fail keluaran untuk gabungan gabungan, satu baris setiap kelompok [stdout]
-N
Bilangan maksimum kluster dibahagikan untuk digabungkan [300]
-l
Pertindihan minimum apabila memasang dua bacaan (hanya sah apabila '-a' dibuka) [5]
-f
Pecahan minimum persamaan apabila pemasangan (hanya sah apabila '-a' dibuka)
[0.90]
-r
Bilangan bacaan minimum untuk dipasang (hanya sah apabila '-a' dibuka) [5]
-R
Bilangan maksimum bacaan untuk dipasang (hanya sah apabila '-a' dibuka) [300]
Gunakan bio-pelangi dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
