bowtie-debug - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

bowtie - penyelaras bacaan pendek yang cekap memori ultra pantas

DESCRIPTION

Penggunaan: bowtie [pilihan]* {-1 -2 | --12 | } [ ]

Senarai fail yang dipisahkan koma yang mengandungi pasangan huluan (atau jujukan
sendiri, jika -c ditetapkan) berpasangan dengan pasangan dalam

Senarai fail yang dipisahkan koma yang mengandungi pasangan hiliran (atau jujukan
diri mereka jika -c ditetapkan) berpasangan dengan pasangan dalam

Senarai fail dipisahkan koma yang mengandungi bacaan gaya Crossbow. Boleh jadi campuran
berpasangan dan tidak berpasangan. Nyatakan "-" untuk stdin.

Senarai fail yang dipisahkan koma yang mengandungi bacaan tidak berganding, atau jujukan
sendiri, jika -c ditetapkan. Nyatakan "-" untuk stdin.

Fail untuk menulis hits (lalai: stdout)

Input:
-q fail input pertanyaan ialah FASTQ .fq/.fastq (lalai)

-f fail input pertanyaan ialah (berbilang) FASTA .fa/.mfa

-r fail input pertanyaan adalah mentah satu urutan setiap baris

-c urutan pertanyaan diberikan pada baris cmd (as , )

-C bacaan dan indeks berada dalam ruang warna

-Q/--sama
Fail QV sepadan dengan input CSFASTA; gunakan dengan -f -C

--S1//--S2
sama seperti -Q, tetapi untuk fail mate 1 dan 2 masing-masing

-s/--langkau
langkau yang pertama membaca/berpasangan dalam input

-u/--qupto
berhenti selepas dahulu bacaan/pasangan (tidak termasuk bacaan yang dilangkau)

-5/--trim5
memangkas asas dari 5' (kiri) hujung bacaan

-3/--trim3
memangkas asas dari 3' (kanan) hujung bacaan

--phred33-quals
nilai input ialah Phred+33 (lalai)

--phred64-quals
input quals ialah Phred+64 (sama seperti --solexa1.3-quals)

--solexa-quals
input quals adalah daripada GA Pipeline ver. < 1.3

--solexa1.3-persamaan
input quals adalah daripada GA Pipeline ver. >= 1.3

--integer-sama
kualiti diberikan sebagai integer yang dipisahkan ruang (bukan ASCII)

--indeks besar
memaksa penggunaan indeks 'besar', walaupun terdapat indeks kecil

Alignment:
-v
laporkan hits hujung ke hujung w/ <=v tidak sepadan; abaikan kualiti

or

-n/--seedmms ketidakpadanan maksimum dalam benih (boleh 0-3, lalai: -n 2)

-e/--maqerr
jumlah maksimum ketidakpadanan sama dengan merentasi penjajaran untuk -n (def: 70)

-l/--benih panjang biji untuk -n (lalai: 28)

--nomaqround
lumpuhkan pembundaran kualiti seperti Maq untuk -n (10 terdekat <= 30)

-I/--minin
saiz sisipan minimum untuk penjajaran hujung berpasangan (lalai: 0)

-X/--maxins
saiz sisipan maksimum untuk penjajaran hujung berpasangan (lalai: 250)

--fr/--rf/--ff -1, -2 rakan sejajarkan fw/rev, rev/fw, fw/fw (lalai: --fr)

--nofw/--norc
jangan sejajarkan ke hadapan/balik-melengkapkan helai rujukan

--maxbts
max # belakang untuk -n 2/3 (lalai: 125, 800 untuk --terbaik)

--berpasangan
max # percubaan untuk mencari pasangan untuk pukulan sauh (lalai: 100)

-y/--berusaha bersungguh-sungguh
berusaha keras untuk mencari penjajaran yang sah, dengan mengorbankan kelajuan

--chunkmbs
megabait maksimum RAM untuk bingkai carian terbaik pertama (def: 64)

Pelaporan:
-k
melaporkan sehingga penjajaran yang baik setiap bacaan (lalai: 1)

-a/--semua
laporkan semua penjajaran setiap bacaan (lebih perlahan daripada rendah -k)

-m
menekan semua penjajaran jika > wujud (def: tiada had)

-M
seperti -m, tetapi melaporkan 1 pukulan rawak (MAPQ=0); memerlukan --terbaik

--terbaik hits dijamin lapisan terbaik; ikatan diputuskan oleh kualiti

--strata
hits dalam strata sub-optimum tidak dilaporkan (memerlukan --terbaik)

Output:
-t/--masa
masa cetak jam dinding yang diambil oleh fasa carian

-B/--luar pangkalan ref paling kiri mengimbangi = dalam output bowtie (lalai: 0)

--senyap
mencetak apa-apa kecuali penjajaran

--balas balik
tulis penjajaran pada fail refXXXXX.map, 1 peta setiap rujukan

--refinx
rujuk rujuk. seqs mengikut indeks berasaskan 0 dan bukannya nama

--al
tulis bacaan sejajar/pasangan ke fail

--un
tulis bacaan/pasangan tidak sejajar ke fail

--maks
tulis bacaan/pasangan -m had kepada fail

--menekan
menekan lajur yang diberikan (dihapuskan koma) dalam output lalai

--fullref
tulis seluruh nama ref (lalai: hanya sehingga ruang pertama)

Ruang warna:
--snpphred
Penalti Phred untuk SNP apabila menyahkod ruang warna (def: 30)

or

--snpfrac
lebih kurang pecahan asas SNP (cth 0.001); set --snpphred

--col-cseq
cetak seq ruang warna yang dijajarkan sebagai warna, bukan asas yang dinyahkod

--col-cqual
cetak quals ruang warna asal, bukan quals dinyahkod

--col-keepends
kekalkan nukleotida pada hujung penjajaran terdekod yang melampau

SAM:
-S/--sam
tulis hits dalam format SAM

--mapq
kualiti pemetaan lalai (MAPQ) untuk dicetak bagi penjajaran SAM

--sam-nohead
menekan baris pengepala (bermula dengan @) untuk output SAM

--sam-nosq
menekan baris pengepala @SQ untuk output SAM

--sam-RG
Tambah (biasanya "makmal=nilai") ke baris @RG pengepala SAM

Prestasi:
-o/--offrate mengatasi offrate indeks; mestilah >= offrate indeks

-p/--benang bilangan utas penjajaran untuk dilancarkan (lalai: 1)

--mm gunakan I/O yang dipetakan memori untuk indeks; banyak 'bowtie' boleh kongsi

--shmem
gunakan mem kongsi untuk indeks; banyak 'bowtie' boleh kongsi

lain-lain:
--benih
benih untuk penjana nombor rawak

--verbose
output verbose (untuk debugging)

--versi
cetak maklumat versi dan berhenti

-h/--bantuan
cetak mesej penggunaan ini

64-bit Dibina pada lgw01-11 Kha 26 Nov 11:11:48 UTC 2015 Penyusun: gcc versi 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Pilihan: -O3 -Wl,--gaya hash=keduanya -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-keselamatan -g -O2 -fstack-protector-strong
-Wformat -Werror=format-keselamatan -Wl,-Fungsi-simbolik -Wl,-z,relro Saiz {int, panjang,
panjang panjang, kosong*, saiz_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

Gunakan bowtie-debug dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net