bowtie2-align-s - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

bowtie2-align-s - alat hujung belakang yang sangat pantas dan cekap memori untuk menjajarkan penjujukan
membaca kepada urutan rujukan yang panjang

DESCRIPTION

Bowtie 2 versi 2.2.6 oleh Ben Langmead ([e-mel dilindungi], www.cs.jhu.edu/~langmea)

PENGGUNAAN

bowtie2-align [pilihan]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Awalan nama fail indeks (tolak mengekor .X.bt2). NOTA: Indeks Bowtie 1 dan Bowtie 2
tidak serasi.

Fail dengan pasangan #1, dipasangkan dengan fail masuk .

Fail dengan pasangan #2, dipasangkan dengan fail masuk .

Fail dengan bacaan tidak berpasangan.

Fail untuk output SAM (lalai: stdout)

, , boleh menjadi senarai yang dipisahkan koma (tiada ruang putih) dan boleh ditentukan
banyak kali. Cth '-U file1.fq, file2.fq -U fail3.fq'.

PILIHAN (lalai in kurungan)

Input:
-q fail input pertanyaan ialah FASTQ .fq/.fastq (lalai)

--qseq fail input pertanyaan adalah dalam format qseq Illumina

-f fail input pertanyaan ialah (berbilang) FASTA .fa/.mfa

-r fail input pertanyaan adalah mentah satu urutan setiap baris

-c , , adalah urutan itu sendiri, bukan fail

-s/--langkau
langkau yang pertama membaca/berpasangan dalam input (tiada)

-u/--sehingga
berhenti selepas dahulu bacaan/pasangan (tiada had)

-5/--trim5
memangkas asas dari 5'/hujung kiri bacaan (0)

-3/--trim3
memangkas asas dari 3'/hujung kanan bacaan (0)

--phred33
kualiti adalah Phred+33 (lalai)

--phred64
kualiti adalah Phred+64

--int-quals
kualiti yang dikodkan sebagai integer terhad ruang

Pratetap:
Sama seperti:

Untuk --hujung ke hujung:

--sangat laju -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--cepat -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--sensitif -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (lalai)

--sangat-sensitif -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Untuk --tempatan:

--sangat-pantas-tempatan -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

--cepat-tempatan -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--sensitif-tempatan -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (lalai)

--sangat-sensitif-tempatan -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

Alignment:
-N
maks # ketidakpadanan dalam penjajaran benih; boleh jadi 0 atau 1 (0)

-L
panjang substring benih; mestilah >3, <32 (22)

-i
selang antara subrentetan benih w/r/t baca len (S,1,1.15)

--n-siling
fungsi untuk # bukan A/C/G/T maks yang dibenarkan dalam aln (L,0,0.15)

--dpad
termasuk aksara rujukan tambahan pada sisi jadual DP (15)

--gbar
tidak membenarkan jurang dalam inti bacaan melampau (4)

--abaikan-sama
anggap semua nilai kualiti sebagai 30 pada skala Phred (dimatikan)

--nofw jangan selaraskan ke hadapan (asal) versi bacaan (mati)

--norc jangan selaraskan versi pelengkap terbalik bacaan (mati)

--tiada-1mm-depan
jangan benarkan 1 penjajaran yang tidak sepadan sebelum cuba mengimbas untuk mendapatkan benih yang optimum
penjajaran

--hujung ke hujung
keseluruhan bacaan mesti diselaraskan; tiada keratan (dihidupkan)

OR

--tempatan
penjajaran tempatan; hujung mungkin dipotong lembut (dimatikan)

Pemarkahan:
--mak
bonus perlawanan (0 untuk --hujung ke hujung, 2 untuk --tempatan)

--mp
penalti maksimum untuk ketidakpadanan; kualiti rendah = penalti lebih rendah (6)

--np
penalti untuk bukan A/C/G/T dalam baca/rujuk (1)

--rdg ,
baca jurang terbuka, lanjutkan penalti (5,3)

--rfg ,
jurang rujukan terbuka, lanjutkan penalti (5,3)

--skor-min skor penjajaran min boleh diterima dengan panjang bacaan
(G,20,8 untuk tempatan, L,-0.6,-0.6 untuk hujung ke hujung)

Pelaporan:
(lalai)
cari berbilang penjajaran, laporkan yang terbaik, dengan MAPQ

OR

-k
melaporkan sehingga alns setiap bacaan; MAPQ tidak bermakna

OR

-a/--semua
laporkan semua penjajaran; sangat perlahan, MAPQ tidak bermakna

Usaha:
-D
berputus asa melanjutkan selepas gagal memanjang berturut-turut (15)

-R
untuk bacaan dengan biji berulang, cuba set benih (2)

Hujung berpasangan:

-I/--minin
panjang serpihan minimum (0)

-X/--maxins
panjang serpihan maksimum (500)

--fr/--rf/--ff -1, -2 rakan sejajarkan fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

--tidak bercampur
menyekat penjajaran tidak berpasangan untuk bacaan berpasangan

--tidak bercanggah
menyekat penjajaran sumbang untuk bacaan berpasangan

--tiada-dovetail
tidak serasi apabila pasangan melepasi satu sama lain

--tiada-mengandungi
tidak selaras apabila satu penjajaran pasangan mengandungi yang lain

--tiada-tindih
tidak serasi apabila pasangan bertindih sama sekali

Output:
-t/--masa
masa cetak jam dinding yang diambil oleh fasa carian

--senyap
mencetak apa-apa ke stderr kecuali ralat serius

--bertemu-fail
hantar metrik ke fail di (mati)

--bertemu-stderr
hantar metrik ke stderr (mati)

--bertemu
laporkan kaunter & metrik dalaman setiap saat (1)

--tidak-unal
menyekat rekod SAM untuk bacaan tidak sejajar

--tiada-kepala
menekan baris pengepala, iaitu baris bermula dengan @

--tidak-persegi
menyekat baris pengepala @SQ

--rg-id
tetapkan id kumpulan baca, dicerminkan dalam baris @RG dan medan pilih RG:Z

--rg
Tambah ("makmal:nilai") ke baris @RG pengepala SAM. Nota: @RG baris hanya dicetak
apabila --rg-id ditetapkan.

--tinggalkan-sec-seq
letakkan '*' dalam medan SEQ dan QUAL untuk penjajaran sekunder.

Prestasi:
-p/--benang bilangan benang penjajaran untuk dilancarkan (1)

--susun semula
memaksa perintah output SAM untuk memadankan susunan bacaan input

--mm gunakan I/O yang dipetakan memori untuk indeks; banyak 'bowtie' boleh kongsi

lain-lain:
--qc-penapis
tapis bacaan yang buruk mengikut penapis QSEQ

--benih
benih untuk penjana nombor rawak (0)

--bukan deterministik rand benih. gen. sewenang-wenangnya dan bukannya menggunakan atribut baca

--versi
cetak maklumat versi dan berhenti

-h/--bantuan
cetak mesej penggunaan ini

Gunakan bowtie2-align-s dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net