Ini ialah arahan bp_indexp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
bp_index.pl - mengindeks fail untuk digunakan oleh bp_fetch.pl
SINOPSIS
bp_index.pl nama_indeks fail1 fail2 dsb.
DESCRIPTION
bp_index.pl membina indeks bioperl untuk fail jujukan yang diberikan dalam senarai hujah,
di bawah nama indeks. Sebagai contoh
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
akan membina indeks yang dipanggil 'nrdb' sebagai nama indeks untuk fail nrdb.fasta, dan
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
akan membina indeks yang dipanggil swiss untuk semua fail dalam /data/swiss yang berakhir dengan .dat yang
berada dalam format EMBL.
Indeks dibina menggunakan modul Bio/Indeks/*, khususnya, Bio::Index::EMBL dan
modul Bio::Index:: Fasta. Mana-mana skrip yang menggunakan modul ini boleh menggunakan indeks. A
skrip contoh yang baik ialah bp_fetch yang mengambil jujukan dan menyalurkannya ke STDOUT, untuk
contoh
bp_fetch swiss:ROA1_HUMAN
mendapat jujukan ROA1_HUMAN daripada indeks swiss dan menulisnya sebagai format fasta pada STDOUT.
PILIHAN
-fmt - Fasta (lalai), swiss atau EMBL
-dir - direktori tempat fail indeks ditemui
(mengatasi pembolehubah persekitaran BIOPERL_INDEX)
Pilihan untuk kegunaan pakar
-jenis - Jenis fail DBM.
(mengatasi pembolehubah persekitaran BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - laporkan setiap penambahan indeks (debug)
PERSEKITARAN
bp_index dan bp_fetch menyelaras di mana pangkalan data terletak menggunakan pembolehubah persekitaran
BIOPERL_INDEX. Ini boleh ditindih menggunakan pilihan -dir. Tiada nilai lalai, jadi
anda mesti menggunakan pilihan -dir atau tetapkan BIOPERL_INDEX.
Jenis DB diselaraskan dengan BIOPERL_INDEX_TYPE yang jika tidak ada, lalai kepada
apa sahaja modul bioperl telah dipasang, yang dengan sendirinya lalai kepada SDBM_File.
MENGGUNAKAN IT SENDIRI
bp_index.pl ialah skrip yang memacu modul Indeks. Jika anda ingin menggunakan skrip ini
banyak dalam kerja anda, jika ia berasaskan Perl, hampir pasti lebih baik untuk melihat
kod dalam skrip ini dan salinnya merentasi (mungkin anda lebih berkemungkinan mahu menggunakan
kod bp_fetch).
MELANJUTKAN IT
bp_index hanyalah pembalut di sekeliling modul Indeks cemerlang James Gilbert yang terdapat dalam bioperl
Maklum balas
Mailing senarai
Maklum balas pengguna adalah sebahagian daripada evolusi ini dan modul Bioperl yang lain. Hantar
komen dan cadangan anda sebaiknya ke senarai mel Bioperl. Penyertaan anda
amat dihargai.
[e-mel dilindungi] - Perbincangan umum
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Mengenai senarai mel
laporan bugs
Laporkan pepijat kepada sistem penjejakan pepijat Bioperl untuk membantu kami menjejaki pepijat dan pepijatnya
resolusi. Laporan pepijat boleh diserahkan melalui web:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
AUTHOR - Ewan Birney
Ewan Birney[e-mel dilindungi]>
Gunakan bp_indexp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
