bp_seqfeature_loadp - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

bp_seqfeature_load.pl - Muatkan GFF ke dalam pangkalan data SeqFeature

DESCRIPTION

Lulus sebarang bilangan fail format GFF atau fasta (atau GFF dengan fasta terbenam) untuk memuatkan fail
ciri dan jujukan ke dalam pangkalan data SeqFeature. Pangkalan data (dan penyesuai) untuk digunakan ialah
dinyatakan pada baris arahan. Gunakan bendera --create untuk mencipta pangkalan data SeqFeature baharu.

SINOPSIS

bp_seqfeature_load.pl [pilihan] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Cuba 'bp_seqfeature_load.pl --help' atau '--man' untuk mendapatkan maklumat lanjut.

PILIHAN

-d, --dsn
Sumber data DBI (dbi lalai:mysql:test)

-n, --ruang nama
Awalan jadual untuk digunakan (default undef) Membenarkan beberapa ciri jujukan bebas
pangkalan data untuk disimpan dalam satu pangkalan data

-s, --seqfeature
Jenis SeqFeature untuk dibuat... RTSC (Bio lalai::DB::SeqFeature)

-a, --penyesuai
Penyesuai storan (kelas) untuk digunakan (DBI lalai::mysql)

-v, --verbose
Hidupkan pelaporan kemajuan verbose (lalai benar) Gunakan --noverbose untuk mematikan ini.

-f, --cepat
Aktifkan pemuatan pantas. (lalai 0) Hanya tersedia untuk sesetengah penyesuai.

-T, --direktori-sementara
Tentukan direktori sementara untuk pemuatan pantas (lalai File::Spec->tmpdir())

-i, --abaikan-seqregion
Jika benar, maka abaikan arahan ##sequence-region dalam fail GFF3 (lalai, buat
ciri untuk setiap wilayah)

-c, --buat
Cipta pangkalan data dan mulakan semula (default false) Perhatikan, ini akan memadamkan sebelumnya
kandungan pangkalan data, jika ada.

-u, --pengguna
Pengguna untuk menyambung ke pangkalan data sebagai

-p, --kata laluan
Kata laluan untuk digunakan untuk menyambung ke pangkalan data

-z, --zip
Mampatkan jadual pangkalan data untuk menjimatkan ruang (lalai palsu)

-S, --subciri
Hidupkan pengindeksan subciri (lalai benar) Gunakan --nosubfeatures untuk mematikan ciri ini.

--ringkasan
Hasilkan statistik ringkasan untuk graf liputan (lalai palsu) Ini boleh dijalankan pada a
pangkalan data yang dimuatkan sebelum ini atau semasa memuatkan. Ia akan lalai kepada benar jika --create adalah
terpakai.

-N, --nosummary
Jangan jana statistik ringkasan untuk menjimatkan ruang dan masa muat (lalai jika
--create tidak dinyatakan, gunakan pilihan ini untuk mematikan statistik ringkasan secara eksplisit
apabila --create ditentukan)

--noalias-sasaran
Jangan buat atribut Alias ​​yang nilainya ialah target_id dalam atribut Sasaran (jika
ciri ini mengandungi atribut Sasaran, lalai adalah untuk mencipta atribut Alias
yang nilainya ialah target_id dalam atribut Sasaran)

Sila lihat http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml untuk maklumat tentang GFF3
format. BioPerl memanjangkan sedikit format dengan menambahkan arahan ##indeks-subciri. Tetapkan
ini kepada nilai sebenar jika anda ingin pangkalan data dapat mendapatkan semula ciri
bahagian individu (seperti ekson transkrip) secara bebas daripada peringkat atasan
ciri ini:

##subciri indeks 1

Ia juga mungkin untuk mengawal pengindeksan subciri berdasarkan kes demi kes dengan
menambah "index=1" atau "index=0" pada senarai atribut ciri. Ini hanya boleh digunakan
untuk subciri.

Pengindeksan subciri adalah benar secara lalai. Tetapkan kepada palsu (0) untuk menjimatkan banyak ruang pangkalan data
dan prestasi kelajuan. Anda boleh menggunakan --nosubfeatures untuk memaksa ini.

Gunakan bp_seqfeature_loadp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net