bp_unflatten_seqp - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

bp_unflatten_seq - unflatten genbank atau fail ciri gaya genbank ke dalam bersarang
Hierarki SeqFeature

SINOPSIS

bp_unflatten_seq.PLS -e 3 -gff ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS --detail ~/cvs/bioperl-live/t/data/AE003644_Adh-genomic.gb

bp_unflatten_seq.PLS -i foo.embl --dari embl --ke chadoxml -o out.chado.xml

bp_unflatten_seq.PLS --notypemap --detail --to asciitree -ethresh 2 AE003644_Adh-genomic.gb

DESCRIPTION

Skrip ini akan tidak rata fail genbank atau genbank-gaya SeqFeatures ke dalam bersarang
hierarki.

Lihat Bio::SeqFeature::Tools::Unflaterer

Dalam perwakilan GenBank/EMBL, ciri adalah 'rata' - contohnya, tiada pautan
antara mRNA dan CDS, selain daripada pautan tersirat (cth melalui tag atau melalui tapak splice
koordinat) yang mungkin sukar untuk dikodkan.

Ini paling mudah digambarkan dengan format output lalai, asciitree

Set ciri genbank yang tidak diratakan mungkin kelihatan seperti ini (AB077698)

Seq: AB077698
databank_entry 1..2701[+]
gen
mRNA
CDS hCHCR-G 80..1144[+]
exon 80..1144[+]
five_prime_UTR 1..79[+]
location_sequence_feature 137..196[+]
location_sequence_feature 239..292[+]
location_sequence_feature 617..676[+]
location_sequence_feature 725..778[+]
tiga_utama_UTR 1145..2659[+]
polyA_site 1606..1606[+]
polyA_site 2660..2660[+]

Atau seperti ini (bahagian AE003734)

gen
mRNA CG3320-RA
CDS CG3320-PA 53126..54971[-]
exon 52204..53323[-]
exon 53404..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]
mRNA CG3320-RB
CDS CG3320-PB 53383..54971[-]
exon 52204..53631[-]
exon 53688..53735[-]
exon 53798..53918[-]
exon 54949..55287[-]

Yang tidak rata juga akan 'menormalkan' hierarki pembendungan (dalam erti kata
menyeragamkannya - cth memastikan sentiasa ada rekod transkrip, walaupun genbank
hanya menyatakan CDS dan gen)

Secara lalai, jenis GenBank akan dipetakan kepada jenis SO

Lihat Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

COMMAND LINE HUJAH

-i|input FAIL
fail input (juga boleh ditentukan sebagai hujah terakhir)

-dari FORMAT
format input (lalai kepada genbank)

mungkin tidak begitu masuk akal untuk menggunakan ini untuk format bukan rata; iaitu selain daripada
embl/genbank

-untuk FORMAT
format output (lalai kepada asciitree)

mestilah benar-benar format yang bersarang SeqFeature sedar; Saya rasa ini sahaja
asciitree, chadoxml dan gff3

-gff
dengan eksport ke format GFF3 (pra-3 GFF tidak masuk akal dengan urutan yang tidak diratakan, kerana
mereka tidak mempunyai cara yang ditetapkan untuk mewakili graf ciri)

-o|output FAIL
fail luar lalai kepada STDOUT

-perincian
tunjukkan butiran tambahan tentang ciri (mod asciitree sahaja)

-e|thresh INT
menetapkan ambang ralat pada unflattening

secara lalai skrip ini akan menjadi goyah jika ia menemui bahan pelik dalam genbank
fail - naikkan ambang ralat untuk menandakan ini diabaikan (dan dilaporkan pada
STDERR)

-nomagic
menekan use_magic dalam unflattening (lihat Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener

-notypemap
menyekat pemetaan jenis (lihat Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper

SEMUA

Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener membenarkan kawalan halus ke atas unflattener
proses - perlu menambah lebih banyak pilihan untuk membenarkan kawalan ini pada baris arahan

Maklum balas

Mailing senarai
Maklum balas pengguna adalah sebahagian daripada evolusi ini dan modul Bioperl yang lain. Hantar
komen dan cadangan anda sebaiknya ke senarai mel Bioperl. Penyertaan anda
amat dihargai.

[e-mel dilindungi] - Perbincangan umum
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Mengenai senarai mel

laporan bugs
Laporkan pepijat kepada sistem penjejakan pepijat Bioperl untuk membantu kami menjejaki pepijat dan pepijatnya
resolusi. Laporan pepijat boleh dihantar melalui e-mel atau web:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

Gunakan bp_unflatten_seqp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net