Ini ialah arahan cmfetch yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
cmfetch - dapatkan semula model kovarians daripada fail
SINOPSIS
cmfetch [pilihan]
(mendapatkan semula CM bernama )
cmfetch -f [pilihan]
(mendapatkan semula semua CM yang disenaraikan dalam )
cmfetch --indeks [pilihan]
(indeks untuk mengambil)
DESCRIPTION
Mengambil satu atau lebih CM daripada a (sebagai contoh, pangkalan data Rfam yang besar).
Untuk mendayakan pengambilan yang sangat cepat, indekskan pertama, menggunakan cmfetch --indeks. Indeks itu
ialah fail binari bernama .ssi.
Mod lalai adalah untuk mendapatkan CM tunggal dengan nama atau penyertaan, dipanggil . Untuk
contoh:
% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005
Dengan -f pilihan, a mengandungi senarai satu atau lebih kunci dibaca sebaliknya.
Medan dipisahkan ruang putih pertama pada setiap baris bukan ulasan bukan kosong bagi
digunakan sebagai , dan sebarang data yang tinggal pada talian diabaikan. Ini membolehkan pelbagai
daripada fail data terhad ruang putih untuk digunakan sebagai s.
Apabila menggunakan -f dan , if telah diindeks, kunci diambil dalam
perintah mereka berlaku dalam , tetapi kalau tidak diindeks, kunci diambil semula
susunan mereka berlaku dalam . Ini adalah kesan sampingan daripada pelaksanaan yang
membenarkan berbilang kunci untuk diambil walaupun jika ialah aliran tidak boleh digulung semula, seperti
paip input standard.
Dalam penggunaan biasa (tanpa --indeks or -f pilihan), mungkin '-' (sempang), yang bermaksud
membaca input daripada stdin bukannya fail. Dengan --indeks pilihan, mungkin tidak
'-'; adalah tidak masuk akal untuk mengindeks aliran input standard. Dengan -f pilihan, sama ada
or (tetapi bukan kedua-duanya) mungkin '-'. Ia selalunya amat berguna untuk dibaca
daripada input standard, kerana ini membolehkan penggunaan untuk menggunakan baris arahan sewenang-wenangnya
seruan untuk membuat senarai nama CM atau aksesi, kemudian ambil semuanya ke fail baharu,
hanya dengan satu arahan.
Secara lalai, CM dicetak ke output standard dalam format Infernal-1.1.
PILIHAN
-h Bantuan; cetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan semua pilihan yang tersedia.
-f Hujah baris perintah kedua ialah a bukannya bujang . .
medan pertama pada setiap baris digunakan sebagai retrieval (nama CM
atau penyertaan). Baris kosong dan baris ulasan (yang bermula dengan # aksara) ialah
diabaikan.
-o Keluarkan CM ke fail bukannya kepada keluaran standard.
-O Keluarkan CM kepada fail individu yang dinamakan bukannya keluaran standard. Dengan
-f pilihan, ini boleh menyebabkan banyak fail dibuat.
--indeks
Daripada mendapatkan semula satu atau lebih profil daripada , indeks yang Untuk
pengambilan masa depan. Ini mewujudkan a .ssi fail indeks binari.
Gunakan cmfetch dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
