Ini ialah perintah compalign yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
compalign - bandingkan dua penjajaran berbilang
SINOPSIS
selaraskan [-pilihan]
DESCRIPTION
selaraskan mengira pecahan "identiti" antara penjajaran dipercayai dan ujian
penjajaran. Kedua-dua fail mesti mengandungi urutan yang sama, dalam keadaan yang sama
perintah.
Identiti penjajaran jujukan berbilang ditakrifkan sebagai identiti purata atas
semua penjajaran N(N-1)/2 berpasangan.
Identiti pecahan dua set penjajaran berpasangan pula ditakrifkan seperti berikut
(untuk jujukan yang diketahui sejajar k1 dan k2, dan jujukan ujian sejajar t1 dan t2):
lajur yang sepadan / jumlah lajur
di mana jumlah lajur = jumlah bilangan lajur yang terdapat
simbol (nongap) yang sah dalam k1 atau k2;
lajur dipadankan = bilangan lajur yang mana satu daripada
berikut adalah benar:
k1 dan k2 kedua-duanya mempunyai simbol yang sah pada lajur tertentu; t1 dan t2
mempunyai simbol yang sama dijajarkan dalam lajur t1/t2
penjajaran;
k1 mempunyai simbol yang diselaraskan dengan jurang dalam k2; simbol dalam t1 ialah
juga sejajar dengan jurang;
k2 mempunyai simbol yang diselaraskan dengan jurang dalam k1; simbol dalam t2 ialah
juga sejajar dengan jurang.
Oleh kerana markah untuk semua pasangan yang mungkin dikira, algoritma adalah tertib (N^2)L untuk
N jujukan panjang L; set jujukan yang besar akan mengambil sedikit masa.
PILIHAN
Pilihan yang tersedia:
-h Cetak maklumat bantuan dan penggunaan ringkas.
-c Hanya bandingkan di bawah struktur konsensus #=CS yang bertanda.
--maklumat
Tentukan bahawa kedua-dua penjajaran adalah dalam format (MSF, contohnya).
--senyap
Sekat verbose header (digunakan dalam ujian regresi).
Gunakan compalign dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
