Ini ialah perintah correct_abundances yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS
JADUAL:
NAMA
correct_abundances - jalankan langkah pembetulan persamaan kelimpahan genom
SINOPSIS
betul_kelimpahan NAMA
DESCRIPTION
Jalankan langkah pembetulan persamaan.
Nota: Walaupun adalah mungkin untuk menjalankan pemeta baca dengan tangan atau mencipta persamaan
matriks secara manual, kami amat mengesyorkan untuk menggunakan skrip Python yang disediakan 'run_mappers.py'
dan 'create_similarity_matrix.py'.
PILIHAN
NAMA: Nama fail bagi fail nama; fail nama teks biasa hendaklah mengandungi satu nama setiap
barisan. Nama digunakan sebagai pengecam dalam keseluruhan algoritma.
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar
-m SMAT, --matriks persamaan=SMAT
Laluan ke fail matriks persamaan. Matriks persamaan mesti dibuat dengan yang sama
NAMES fail. [lalai: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --samfiles=SAM
Corak menunjuk ke fail SAM yang dibuat oleh pemeta. Pemegang tempat untuk nama
ialah "%s". [lalai: ./SAM/%s.sam]
-b BOOT, --sampel-bootstrap=but
Tetapkan bilangan sampel bootstrap. Gunakan 1 untuk melumpuhkan bootstrap [lalai: 100]
-o KELUAR, --pengeluaran=OUT
Fail output teks biasa yang mengandungi hasilnya. [lalai: ./results.txt]
Gunakan correct_abundances dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
