Ini ialah arahan cpgplote yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
cpgplot - Kenal pasti dan plot pulau CpG dalam jujukan nukleotida
SINOPSIS
cpgplot -urutan seqall -tingkap integer -minlen integer -minoe terapung -minpc terapung
-fail luar fail luar -plot togol -graf xygraph -obsexp boolean -cg boolean
-pc boolean -kekalahan featout
cpgplot -membantu
DESCRIPTION
cpgplot ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Nukleik:CpG Islands".
PILIHAN
Input seksyen
-urutan seqall
diperlukan seksyen
-tingkap integer
Peratusan kandungan CG dan kekerapan CG yang Diperhatikan dikira dalam a
tetingkap yang saiznya ditetapkan oleh parameter ini. Tingkap digerakkan ke bawah urutan dan
statistik ini dikira pada setiap kedudukan yang tetingkap dialihkan. lalai
nilai: 100
-minlen integer
Ini menetapkan panjang minimum pulau CpG perlu sebelum ia dilaporkan.
Nilai lalai: 200
-minoe terapung
Ini menetapkan purata minimum yang diperhatikan kepada nisbah jangkaan C campur G kepada CpG dalam satu set
daripada 10 tingkap yang diperlukan sebelum pulau CpG dilaporkan. Nilai lalai: 0.6
-minpc terapung
Ini menetapkan peratusan purata minimum G tambah C satu set 10 tetingkap yang
diperlukan sebelum pulau CpG dilaporkan. Nilai lalai: 50.
Output seksyen
-fail luar fail luar
Ini menetapkan nama fail yang menyimpan laporan nama urutan input, CpG
parameter pulau dan butiran output mana-mana pulau CpG yang ditemui.
-plot togol
Nilai lalai: Y
-graf xygraph
-obsexp boolean
Jika ini ditetapkan kepada benar maka graf bagi nisbah yang diperhatikan kepada jangkaan C tambah G kepada
CpG dalam tetingkap dipaparkan. Nilai lalai: Y
-cg boolean
Jika ini ditetapkan kepada benar maka graf kawasan yang telah ditentukan
Pulau CpG dipaparkan. Nilai lalai: Y
-pc boolean
Jika ini ditetapkan kepada benar maka graf peratusan C tambah G dalam tetingkap ialah
dipaparkan. Nilai lalai: Y
-kekalahan featout
Fail untuk ciri output
Gunakan cpgplote dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
