Ini ialah arahan dcmstack yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
dcmstack - penukar DICOM ke NIfTI
DESCRIPTION
penggunaan: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]
[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--time-order TIME_ORDER] [--vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexs] [-v] [--strict] [--version]
[src_dirs [src_dirs ...]]
Susun fail DICOM dari setiap direktori sumber ke dalam volum 2D hingga 5D, secara pilihan mengekstrak
data meta.
kedudukannya hujah:
src_dirs
Direktori sumber yang mengandungi fail DICOM.
pilihan hujah:
-h, - membantu
tunjukkan mesej bantuan ini dan keluar
Input pilihan yang berikut:
--paksa-baca
Cuba baca semua fail sebagai DICOM, walaupun mereka tidak mempunyai mukadimah.
--file-ext FILE_EXT
Cuba baca sahaja fail dengan sambungan yang diberikan. Lalai: .dcm
--benarkan-boneka
Benarkan fail DICOM yang tiada data piksel, mengisi kepingan output itu
nifti dengan nilai maksimum yang boleh diwakili.
Output pilihan yang berikut:
--dest-dir DEST_DIR
Direktori destinasi, lalai kepada direktori sumber.
-o OUTPUT_NAME, --output-nama OUTPUT_NAME
Rentetan format Python yang menentukan nama fail keluaran berdasarkan teg DICOM.
--output-ext OUTPUT_EXT
Sambungan untuk jenis fail output. Lalai: .nii.gz
-d, --dump-meta
Buang data meta yang diekstrak ke dalam fail JSON dengan nama asas yang sama dengan
dihasilkan Nifti
--embed-meta
Benamkan data meta yang diekstrak ke dalam sambungan pengepala Nifti (dalam format JSON).
Menyusun Pilihan:
-g GROUP_BY, --kumpulan-mengikut GROUP_BY
Senarai kunci data meta yang dipisahkan koma untuk mengumpulkan fail input ke dalam tindanan.
--perintah-voxel VOXEL_ORDER
Perintahkan voxel supaya indeks spatial bermula dari arah ini dalam pesakit
angkasa lepas. Arahan dalam ruang pesakit hendaklah diberikan sebagai kod tiga aksara:
(l)kiri, (r)ight, (a)nterior, (p)oterior, (s)atas, (i)inferior. Melepasi kosong
rentetan akan melumpuhkan orientasi semula. Lalai: LAS
-t TIME_VAR, --masa-var TIME_VAR
Kata kunci elemen DICOM untuk digunakan untuk memesan tindanan sepanjang dimensi masa.
--vektor-var VECTOR_VAR
Kata kunci elemen DICOM untuk digunakan untuk memesan tindanan sepanjang dimensi vektor.
--perintah-masa TIME_ORDER
Sediakan fail teks dengan susunan yang diingini untuk nilai (satu setiap baris) bagi
atribut yang digunakan sebagai pembolehubah masa. Pilihan ini jarang diperlukan.
--perintah-vektor VECTOR_ORDER
Sediakan fail teks dengan susunan yang diingini untuk nilai (satu setiap baris) bagi
atribut yang digunakan sebagai pembolehubah vektor. Pilihan ini jarang diperlukan.
meta Pengekstrakan and Penapisan Pilihan:
-l, --senarai-penterjemah
Senaraikan penterjemah yang didayakan dan keluar
--disable-penterjemah DISABLE_TRANSLATOR
Lumpuhkan penterjemah untuk teg yang disediakan. Tag hendaklah diberikan dalam format
"0x0_0x0". Lebih daripada satu boleh diberikan dalam senarai dipisahkan koma. Jika perkataan "semua"
disediakan, semua penterjemah akan dilumpuhkan.
--ekstrak-peribadi
Ekstrak data meta daripada elemen peribadi, walaupun tiada penterjemah. Sekiranya
nilai untuk elemen mengandungi bait bukan ascii ia masih akan diabaikan. The
data meta yang diekstrak masih boleh ditapis oleh ungkapan biasa.
-i INCLUDE_REGEX, --include-regex INCLUDE_REGEX
Sertakan sebarang data meta yang kuncinya sepadan dengan ungkapan biasa yang disediakan. ini
akan mengatasi sebarang ungkapan pengecualian. Terpakai kepada semua data meta.
-e EXCLUDE_REGEX, --exclude-regex EXCLUDE_REGEX
Kecualikan sebarang data meta yang kuncinya sepadan dengan ungkapan biasa yang disediakan. ini
akan menambah ungkapan mengecualikan lalai. Terpakai kepada semua data meta.
--default-regexs
Cetak senarai lalai sertakan dan kecualikan ungkapan biasa dan keluar.
Umum Pilihan:
-v, --verbose
Cetak maklumat tambahan.
--ketat
Gagal pada pengecualian pertama dan bukannya menunjukkan amaran.
--versi
Tunjukkan versi dan keluar.
ADALAH TANGGUNGJAWAB ANDA UNTUK MENGETAHUI JIKA TERDAPAT MAKLUMAT KESIHATAN SWASTA DALAM METADATA
DIEKSTRAK OLEH PROGRAM INI.
Gunakan dcmstack dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
