Ini ialah arahan domainseqse yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
domainseqs - Menambah rekod jujukan pada fail DCF.
SINOPSIS
domainseqs -dcfinfile dalam fail -dpdbdir direktori -getswiss togol -pdbtospfile dalam fail
-fail data matriksf -gapopen terapung -gapextend terapung -dcfoutfile fail luar
-fail log fail luar
domainseqs -membantu
DESCRIPTION
domainseqs ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Utils:Penciptaan pangkalan data".
PILIHAN
Input seksyen
-dcfinfile dalam fail
Pilihan ini menentukan nama fail DCF (fail klasifikasi domain) (input). A
'fail klasifikasi domain' mengandungi klasifikasi dan data lain untuk domain daripada
SCOP atau CATH, dalam format DCF (seperti EMBL). Fail dijana dengan menggunakan SCOPPARSE
dan CATHPARSE. Maklumat jujukan domain boleh ditambah pada fail dengan menggunakan
DOMAINSEQS.
-dpdbdir direktori
Pilihan ini menentukan lokasi fail CCF domain (fail koordinat bersih)
(input). 'Fail koordinat bersih' mengandungi koordinat dan data lain untuk satu PDB
fail atau satu domain daripada SCOP atau CATH, dalam format CCF (seperti EMBL). Fail-fail,
dijana dengan menggunakan PDBPARSE (fail PDB) atau DOMAINER (domain), mengandungi 'dibersihkan'
data yang konsisten sendiri dan diperbetulkan ralat. Rekod untuk sisa pelarut
kebolehcapaian dan struktur sekunder ditambahkan pada fail dengan menggunakan PDBPLUS. lalai
nilai: ./
-getswiss togol
Nilai lalai: N
-pdbtospfile dalam fail
Pilihan ini menentukan nama pdbcodes untuk fail pengindeksan swissprot. The
swissprot:Fail kesetaraan PDB dijana oleh PDBTOSP
-fail data matriksf
Pilihan ini menentukan matriks penggantian sisa, yang digunakan untuk jujukan
perbandingan. Nilai lalai: EBLOSUM62
diperlukan seksyen
Tambahan seksyen
-gapopen terapung
Pilihan ini menentukan penalti sisipan jurang. Ini ialah markah yang diambil apabila a
jurang tercipta. Nilai terbaik bergantung pada pilihan matriks perbandingan. lalai
nilai menganggap anda menggunakan matriks EBLOSUM62 untuk jujukan protein, dan
Matriks EDNAFULL untuk jujukan nukleotida. Nilai lalai: 10
-gapextend terapung
Pilihan ini menentukan penalti lanjutan jurang. Ini ditambah kepada jurang standard
penalti untuk setiap pangkalan atau sisa dalam jurang. Ini adalah berapa lama jurang dihukum.
Biasanya anda akan menjangkakan beberapa jurang yang panjang dan bukannya banyak jurang yang pendek, jadi jurang itu
penalti lanjutan hendaklah lebih rendah daripada penalti jurang. Nilai lalai: 0.5
Output seksyen
-dcfoutfile fail luar
Pilihan ini menentukan nama fail DCF (fail klasifikasi domain) (output). A
'fail klasifikasi domain' mengandungi klasifikasi dan data lain untuk domain daripada
SCOP atau CATH, dalam format DCF (seperti EMBL). Fail dijana dengan menggunakan SCOPPARSE
dan CATHPARSE. Maklumat jujukan domain boleh ditambah pada fail dengan menggunakan
DOMAINSEQS. Nilai lalai: domainseqs.out
-fail log fail luar
Pilihan ini menentukan nama fail log untuk binaan. Fail log mengandungi
mesej tentang sebarang ralat yang timbul semasa domainseqs dijalankan. Nilai lalai: domainseqs.log
Gunakan domainseqse dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
