freecontact - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

freecontact - peramal hubungan protein pantas

SINOPSIS

hubungi percuma [OPTION]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < alignment.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < alignment.fa | hubungan percuma
--parprof evfold > contacts.out

hubungi bebas --ali=ALIFILE --apply-gapth=BOOL --clustpc=NUM --ketumpatan=NUM --cov20=BOOL
--anggaran-ivcov=BOOL --jurang=NUM --icme-timeout=NUM --format-input=[rata|xml]
--mincontsep=NUM --format-output=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --pseudocnt=NUM
--pscount-weight=NUM --rho=NUM --benang=NUM --veczw=BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

DESCRIPTION

FreeContact ialah peramal hubungan sisa protein yang dioptimumkan untuk kelajuan. FreeContact boleh
berfungsi sebagai drop-in dipercepatkan untuk peramal kenalan yang diterbitkan EVfold-mfDCA daripada
DS. Marks et al. (2011) [1], dan PSICOV daripada D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact dipercepatkan dengan gabungan arahan vektor, berbilang benang dan
pelaksanaan bahagian penting yang lebih pantas. Bergantung pada penjajaran, kelajuan 8 kali ganda atau lebih tinggi
yang mungkin.

Penjajaran yang cukup besar diperlukan untuk hasil yang bermakna. Sekurang-kurangnya, an
penjajaran dengan kiraan jujukan (selepas pemberat) berkesan lebih besar daripada panjang
urutan pertanyaan harus digunakan. Penjajaran dengan berpuluh-puluh ribu jujukan (berkesan).
dianggap input yang baik.

jackhmmer(1) atau hhblits(1) boleh digunakan untuk menjana penjajaran, contohnya.

[1] PLoS One. 2011;6(12):e28766. doi: 10.1371/journal.pone.0028766. Epub 2011 7 Dis.
Struktur 3D protein dikira daripada variasi jujukan evolusi. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bioinformatik. 2012 Jan 15;28(2): 184-90. Epub 2011 Nov 17. PSICOV: tepat
ramalan hubungan struktur menggunakan anggaran kovarians songsang jarang pada gandaan besar
penjajaran urutan. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Input
Format berikut disokong:

rata
Format fail input mudah berikut digunakan:

# querystart=5
# query=QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
QUERYSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
-SELARA---URUTAN--DENGAN-JUANG-----
LAIN-JURUSAN------------URUTAN

Baris pengepala '#' adalah pilihan. Garis pengepala digunakan untuk mengira sisa sentuhan
nombor dan untuk mencari sisa pertanyaan masing-masing untuk format output tertentu.

Jika tiada pertanyaan ditakrifkan, urutan pertama dalam penjajaran digunakan sebagai pertanyaan
urutan. Urutan pertanyaan tidak boleh mengandungi jurang dalam penjajaran.

Semua baris penjajaran mestilah sama panjang dan mungkin mengandungi sahaja
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]. [B] dipetakan ke [D], [Z] dipetakan ke [E], [JOUX] ialah
dipetakan kepada [X]. [X] hanya sepadan dengan dirinya sendiri untuk keseluruhan program.

Penjajaran input A2M boleh ditukar kepada format di atas menggunakan
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln boleh digunakan untuk paip penjajaran secara langsung
ke dalam hubungan bebas.

xml Dokumen XML dengan satuhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemen, ditakrifkan dalam skema FreeContact [4] yang diperoleh daripada BioXSD [5].

Contoh: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Output
Format output EVfold-mfDCA atau PSICOV asal digunakan secara lalai apabila masing-masing
profil parameter dipilih.

evfold (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + skor hubungan norma (CN) diperbetulkan
| | | | + skor maklumat bersama (MI).
| | | + hubungi kod sisa asid amino
| | + nombor baki kenalan
| + hubungi kod sisa asid amino
+ nombor baki kenalan

Kenalan diisih pada nombor sisa.

pfrmat_rr (PSICOV)
Format ramalan pemisahan residu-residu CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + skor kenalan
| | +-+ julat [Å] jarak Cb-Cb diramalkan untuk pasangan baki
| | (C-alpha untuk glisin)
| | Kedua-dua medan ini adalah invarian dalam output.
| + nombor baki kenalan
+ nombor baki kenalan

Kenalan diisih mengikut skor, menurun.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?page=format>

bioxsd
Dokumen XML dengan satuhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemen, ditakrifkan dalam skema FreeContact [4] yang diperoleh daripada BioXSD [5].

Contoh: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Nota: memandangkan BioXSD sedang dalam pembangunan aktif dengan kerjasama FreeContact, the
Skema FreeContact sebenarnya boleh diperoleh daripada versi yang belum tersedia di [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

Output mungkin tidak menyenaraikan semua kemungkinan kenalan.

RUJUKAN

diserahkan. FreeContact: ramalan sentuhan sisa-residu langsung yang pantas dan percuma.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

PILIHAN

-a [ --threads ] arg
Benang untuk digunakan [0-). 0 bermakna sebanyak teras.

--apply-gapth arg
Apabila benar, kecualikan lajur dan baris sisa dengan kekerapan jurang berwajaran > --jurang
daripada matriks kovarians [Boolean].

-c [ --clustpc ] arg
Peratusan pengelompokan BLOSUM [0-100].

--cov20 arg
Jika benar, tinggalkan satu asid amino daripada matriks kovarians, menjadikannya tidak ditentukan terlebih dahulu
[Boolean].

-d [ --density ] arg
Ketumpatan matriks ketepatan sasaran [0-1]. Set 0 untuk tidak mengawal ketumpatan.

--nyahpepijat
Hidupkan nyahpepijat.

--anggaran-ivcov arg
Gunakan anggaran matriks kovarians songsang dan bukannya penyongsangan matriks [Boolean].

-f [ --ali ] arg (=-)
Fail penjajaran [path]. Jika '-', input standard. Lalai: '-'.

-g [ --gapth ] arg
Ambang kekerapan jurang berwajaran (0-1).

-h [ --help ]
Hasilkan mesej bantuan ini.

-i [ --input-format ] arg (=rata)
Format input [rata|xml].

--icme-timeout arg (=1800)
tamat masa anggaran matriks kovarians songsang dalam saat [0-). Digunakan pada setiap iversion
memanggil secara bebas. Jika tamat masa berlaku, program akan keluar dengan status 2.

--mincontsep arg
Pemisahan pasangan sisa sentuhan urutan minimum yang diberikan dalam asid amino sebagai
(ji>=arg). 1 untuk sisa bersebelahan. [1-).

-o [ --output-format ] arg
Format output [evfold|pfrmat_rr|bioxsd].

--parprof arg (= lalai)
Profil parameter (pilihan) [default|evfold|psicov]. Profil lalai ialah evfold.

Argumen baris perintah boleh digunakan untuk mengatasi nilai profil.

evfold
Mencetuskan mod keserasian EVfold-mfDCA [1].

psicov
Mencetuskan mod keserasian PSICOV [2].

psicov-sd
Mencetuskan PSICOV [2] mod lalai yang wajar: rho lalai tetap, tiada kawalan ketumpatan.

-w [ --pscount-weight ] arg
Berat pseudocount [0-1].

-p [ --pseudocnt ] arg
Pseudocount [0-).

--pep
Cetak parameter berkesan pada ralat standard. Gunakan pilihan ini untuk melihat parameter apa
hubungan percuma(1) dijalankan dengan terperinci. Ini amat berguna apabila --parprof
pilihan digunakan dalam kombinasi dengan pilihan lain.

--rho arg
Nilai awal parameter regularisasi Glasso [0-). Jika negatif, pilih nilai
secara automatik.

--arg senyap (=0)
Cetak apa-apa kecuali mesej ralat pada ralat standard. Tidak menjejaskan --nyahpepijat.

--veczw arg
Gunakan pemberat jujukan vektor apabila tersedia [Boolean].

--versi
Versi cetakan.

EXIT STATUS

0 Tiada kesilapan - kejayaan.

1 Ralat yang tidak ditentukan.

2 Tamat masa (lihat --icme-masa tamat) berlaku.

CONTOH

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > demo_1000.psicov

NOTA

Untuk prestasi optimum, gunakan Perisian Algebra Linear Ditala Secara Automatik (ATLAS)
perpustakaan disusun on yang mesin tempat freecontact dijalankan.

Gunakan freecontact dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net