Ini ialah command gaeval yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gaeval - mengira skor liputan dan intergriti untuk model gen berdasarkan transkrip
penjajaran
SINOPSIS
gaeval [pilihan] penjajaran.gff3 gen.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESCRIPTION
Pilihan asas:
-h|--bantuan
cetak mesej bantuan ini dan keluar
-v|--versi
cetak nombor versi dan keluar
Wajaran untuk mengira skor integriti (mesti ditambah sehingga 1.0):
-a|--alfa: BERGANDA
intron disahkan, atau % jangkaan panjang CDS untuk gen ekson tunggal; lalai ialah 0.6
-b|--beta: BERGANDA
liputan exon; lalai ialah 0.3
-g|--gamma: BERGANDA
% jangkaan 5' panjang UTR; lalai ialah 0.05
-e|--epsilon: BERGANDA
% jangkaan 3' panjang UTR; lalai ialah 0.05
Panjang ciri yang dijangkakan untuk mengira skor integriti:
-c|--exp-cds: INT
jangkaan panjang CDS (dalam bp); lalai ialah 400
-5|--exp-5putr: INT
jangkaan 5' panjang UTR; lalai ialah 200
-3|--exp-3putr: INT
jangkaan 3' panjang UTR; lalai ialah 100
Gunakan gaeval dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net