gamgi - Dalam talian di Awan

JADUAL:

NAMA

gamgi - antara muka grafik pemodelan atomistik am

SINOPSIS

gamgi [file_1.xml] ... [file_n.xml]

DESCRIPTION

gamgi ialah pakej komputer untuk membina, melihat dan menganalisis struktur atom.

PILIHAN

file_n.xml ialah nama penuh seperti:

../dat/molekul/perisa/bawang putih.xml
~/gamgi/dat/molekul/perisa/bawang putih.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml

Data objek dan konfigurasi boleh dicampur, jadi file_1.xml mungkin fail pilihan, dimuatkan
sebelum fail objek lain. Untuk mengautomasikan prosedur, cuma tambahkan baris seperti ini
~ / .bashrc:

alias gamgi='gamgi ~/gamgi/my_defaults.xml'

PERSEKITARAN

GAMGI_HELP
Tetapkan pembolehubah ini untuk memberitahu GAMGI di mana fail dokumentasi Bantuan berada. Untuk
contoh, tambahkan baris seperti ini kepada ~ / .bashrc :

GAMGI_HELP=~/gamgi/gamgi/doc; mengeksport GAMGI_HELP

GAMGI_TEXT
Tetapkan pembolehubah ini untuk memberitahu GAMGI di mana fail .ttf DejaVu, untuk dipaparkan
fon padat. Sebagai contoh, tambahkan baris seperti ini kepada ~ / .bashrc:

GAMGI_TEXT=~/gamgi/gamgi/src/io/fonts; mengeksport GAMGI_TEXT

PENGERUSI
Tetapkan pembolehubah ini untuk memberitahu GAMGI pelayar mana yang hendak dilancarkan, sekiranya ini dipilih
untuk membaca Bantuan. Sebagai contoh, tambahkan baris seperti ini kepada ~ / .bashrc:

BROWSER=firefox; mengeksport PENGERUSI

BANTU

Baca maklumat pengenalan dengan Bantuan->Mula. Semak imbas dokumentasi di
http://www.gamgi.org/ atau salinan tempatannya di gamgi/doc/. Gunakan mekanisme bantuan yang disatukan semula
di bawah butang Bantuan. Langgan senarai mel[e-mel dilindungi]>.

Hubungi penulis di[e-mel dilindungi]>.

Sepanjang semua antara muka dan format, panjang adalah dalam angstrom, sudut dalam darjah dan
nombor perpuluhan diwakili dengan titik. Setiap parameter yang boleh ditakrifkan dalam
antara muka boleh juga ditakrifkan dalam fail dan begitu juga sebaliknya.

INTERFACES

Putar, gerakkan, skala objek yang dipilih dengan menekan butang kiri, tengah, kanan tetikus.
Eksport objek yang dipilih memilih Fail-> Eksport. Bar status menunjukkan objek yang dipilih
(kiri) dan lapisan (kanan).

Untuk memilih objek, pilih Objek->Pilih dan tekan atas objek. Atau pilih objek
kelas pada menu di atas, dengan butang tengah, sebelum menekan objek. Atau tekan
dua kali Lapisan, Tetingkap atau GAMGI pada menu di atas. Apabila objek tidak mempunyai visual
representasi, tekan tetikus di atas kawasan grafik, untuk muncul menu.

Untuk memilih lapisan, pilih Layer->Select dan tekan tetikus di atas kawasan grafik, untuk muncul
buat menu. Atau pilih kelas lapisan pada menu di atas, dengan butang tengah, sebelum
menekan tetikus di atas kawasan grafik, untuk muncul menu.

Objek pepejal biasanya memerlukan lampu dengan komponen meresap dan spekular untuk dipasang dengan betul
diwakili dalam ruang 3D, jika tidak, ia kelihatan rata. Objek berwayar tidak mempunyai 3D
representasi, jadi lampu resap dan specular tidak dipantulkan, menjadi kurang kelihatan
apabila menggunakan lampu, melainkan komponen ambien yang ketara digunakan. Selalunya ia bernilai
lukis objek pepejal dan berwayar dalam lapisan yang berbeza, dengan dan tanpa lampu.

Apabila dialog tugasan dibuka, untuk mengetahui cara ia berfungsi, cuma pilih Bantuan->Semasa dan satu lagi
dialog akan muncul, menerangkan maksud semua parameter dalam dialog tugas.

Untuk melihat penjelasan terperinci antara muka GAMGI, rujuk manual rujukan di
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, doc/interfaces/reference.html or
Bantuan->Topik->Antaramuka.

FORMATS

GAMGI boleh mengimport fail masuk .xyz and xml format asli, dipilih secara automatik oleh fail
sambungan. GAMGI boleh mengeksport fail masuk .ps, .ppm, .jp[e]g, . Png, .tif[f], .x3d dan asli
xml format, dipilih secara automatik oleh sambungan fail.

Dalam format XML asli GAMGI, molekul air boleh digambarkan sebagai:












Untuk melihat penjelasan terperinci tentang format GAMGI, rujuk manual rujukan di
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, doc/formats/reference.html or
Bantuan->Topik->Format.

CONTOH

Pilih Bantuan->Tutorial untuk mendapatkan senarai prosedur yang diterangkan sepenuhnya, contohnya kebanyakannya
aspek kerja dengan GAMGI.

Gunakan gamgi dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net