gdcmconv - Dalam talian dalam Awan

JADUAL:

NAMA

gdcmconv - Alat untuk menukar DICOM kepada DICOM.

SINOPSIS

gdcmconv [pilihan] fail masuk fail keluar

DESCRIPTION

. gdcmconv program baris arahan mengambil sebagai input fail DICOM (file-in) dan memprosesnya ke
menjana fail DICOM output (fail-keluar). Pilihan baris arahan menentukan jenis
operasi (s) gdcmconv akan digunakan untuk menjana fail output.

PARAMETER

nama fail input DICOM dalam fail

keluar fail nama fail keluaran DICOM

PILIHAN

-i --masukkan nama fail DICOM
-o --output nama fail DICOM

KHAS PILIHAN

-X --explicit Tukar Sintaks Pemindahan kepada eksplisit.
-M --implicit Tukar Sintaks Pemindahan kepada tersirat.
-U --use-dict Gunakan dict untuk VR (hanya awam secara lalai).
--with-private-dict Gunakan dict peribadi untuk VR (pengguna lanjutan sahaja).
-C --check-meta Semak Maklumat Meta Fail (pengguna lanjutan sahaja).
--root-uid Root UID.
--remove-gl Alih keluar panjang kumpulan (tidak digunakan dalam DICOM 2008).
--remove-private-tags Alih keluar tag peribadi.
--remove-retired Alih keluar teg bersara.

GAMBAR PILIHAN

-l --apply-lut Gunakan LUT (bukan standard, pengguna lanjutan sahaja).
-P --photometric-interpretation %s Tukar Tafsiran Fotometrik (jika boleh).
-w --raw Nyahmampat imej.
-d --deflated Mampat menggunakan kempis (gzip).
-J --jpeg Mampatkan imej dalam jpeg.
-K --j2k Mampatkan imej dalam j2k.
-L --jpegls Mampatkan imej dalam jpeg-ls.
-R --rle Mampatkan imej dalam rle (tak rugi sahaja).
-F --paksa Paksa penyahmampatan/pencantuman sebelum pemampatan semula/pemecahan.
--generate-icon Menjana ikon.
--icon-minmax %d,%d Nilai Min/Max untuk ikon.
--icon-auto-minmax Secara automatik mengira nilai Min/Maks terbaik untuk ikon.
--compress-icon Tentukan sama ada ikon mengikut TransferSyntax utama atau kekal tidak dimampatkan.
--planar-configuration [01] Tukar konfigurasi planar.
-Y --lossy Gunakan pemampat lossy (jika boleh).
-S --split %d Tulis imej 2D dengan berbilang serpihan (menggunakan saiz maksimum)

JPEG PILIHAN

-q --quality %*f set kualiti.

JPEG-LS PILIHAN

-e --lossy-error %*i set error.

J2K PILIHAN

-r --rate %*f set kadar.
-q --quality %*f set kualiti.
-t --jubin %d,%d tetapkan saiz jubin.
-n --number-resolution %d set bilangan resolusi.
--set tak boleh balik tak boleh balik.

UMUM PILIHAN

-h --bantuan
cetak teks bantuan ini dan keluar

-v --versi
maklumat versi cetakan dan keluar

-V --verbose
mod verbose (amaran+ralat).

-W --amaran
mod amaran, cetak maklumat amaran

-E --kesilapan
mod ralat, maklumat ralat cetak

-D --nyahpepijat
mod nyahpepijat, cetak maklumat nyahpepijat

KHAS PILIHAN

-I --ignore-errors menukar walaupun fail rosak (pengguna lanjutan sahaja, lihat penafian).

PERSEKITARAN BERBAGAI

GDCM_ROOT_UID Root UID

MUDAH PENGGUNAAN

gdcmconv ialah alat yang hebat untuk menukar pelaksanaan DICOM yang rosak kepada boleh dihuraikan dengan betul
fail DICOM. Penggunaannya secara ringkas:

$ gdcmconv input.dcm output.dcm

atau jika anda lebih suka bersikap eksplisit:

$ gdcmconv -i input.dcm -o output.dcm

Walaupun gdcmconv boleh menulis ganti terus pada fail yang sama (input.dcm = output.dcm), ia
adalah disyorkan bahawa pengguna harus terlebih dahulu menukar kepada fail lain untuk memastikan pepijat
dikendalikan dengan betul oleh GDCM.

Kes biasa di mana anda ingin menggunakan gdcmconv dalam bentuk mudahnya:

· tukar fail selaras bukan cp246 kepada fail selaras cp246,

· menukar pengepala meta fail sintaks endian kecil tersirat kepada eksplisit yang betul
sintaks pemindahan endian kecil,

· menukar pepijat GE-13 bait,

· menukar fail dua sintaks: tersirat/eksplisit,

· tukar fail Philips dwi Little Endian/Big Endian,

· tukar medan UN-1.2.0-bait GDCM 2 yang rosak,

· &...

· Semua fail rosak lain yang disenaraikan dalam pembahagian semula yang disokong.

Apabila tiada pilihan lain digunakan, hanya set data diperiksa. Data Piksel yang terkapsul,
contohnya, tidak diperiksa untuk pepijat yang terkenal.

Apabila melakukan kerja seperti ini, ini biasanya idea yang baik untuk melaksanakan beberapa jenis kualiti
kawalan, lihat pembahagian semula Kawalan Kualiti gdcmconv (di bawah).

JENIS PENGGUNAAN

File meta Header
Berlari

$ gdcmconv input.dcm output.dcm

Tidak cukup untuk mengira semula pengepala meta fail, apabila fail input adalah buggy. Anda mungkin mahu
gunakan: –check-meta

$ gdcmconv --check-meta input.dcm output.dcm

Lihat kes biasa seperti: GE_DLX-8-MONO2-PrivateSyntax.dcm atau
PICKER-16-MONO2-No_DicomV3_Preamble.dcm daripada gdcmData.

Penukaran kepada Eksplisit Pemindahan Syntax
Untuk menukar fail yang ditulis menggunakan Sintaks Pemindahan Tersirat kepada Pemindahan Eksplisit
Sintaks hanya gunakan:

$ gdcmconv --explicit uncompressed.dcm compressed.dcm

Memampatkan kepada Lossless JPEG
Untuk memampatkan fail DICOM yang tidak dimampatkan kepada format berkapsul JPEG Lossless:

$ gdcmconv --jpeg uncompressed.dcm compressed.dcm

Memampatkan kepada lossy JPEG
Untuk memampatkan fail DICOM yang tidak dimampatkan kepada format terkapsul JPEG Lossy:

$ gdcmconv --lossy --jpeg -q 90 uncompressed.dcm compressed.dcm

Catatan:

-q hanyalah salah satu daripada banyak cara untuk menentukan kualiti lossy, anda perlu memeriksa bendera baris cmd yang lain untuk menentukan sifat lossy.

Memampatkan kepada Lossless JPEG-LS
Untuk memampatkan fail DICOM yang tidak dimampatkan kepada format berkapsul JPEG-LS Lossless:

$ gdcmconv --jpegls uncompressed.dcm compressed.dcm

Memampatkan kepada lossy JPEG-LS
Untuk memampatkan fail DICOM yang tidak dimampatkan kepada format berkapsul JPEG-LS Lossy:

$ gdcmconv --lossy --jpegls -e 2 uncompressed.dcm lossy_compressed.dcm

Catatan:

-e (atau –lossy-error) bermakna ralat bertolak ansur maksimum ialah 2 untuk setiap nilai piksel

Memampatkan kepada Lossless J2K
Untuk memampatkan fail DICOM yang tidak dimampatkan kepada format berkapsul JPEG-2000 Lossless:

$ gdcmconv --j2k uncompressed.dcm compressed.dcm

Memampatkan kepada lossy J2K
Untuk memampatkan fail DICOM yang tidak dimampatkan kepada format berkapsul JPEG-2000 Lossy:

$ gdcmconv --lossy -q 55,50,45 --j2k uncompressed.dcm lossy_compressed.dcm

Catatan:

-q hanyalah salah satu daripada banyak cara untuk menentukan kualiti lossy, anda perlu memeriksa bendera baris cmd yang lain untuk menentukan sifat lossy.

Memampatkan kepada Lossless RLE
Untuk memampatkan fail DICOM yang tidak dimampatkan kepada format terkapsul RLE Lossless:

$ gdcmconv --rle uncompressed.dcm compressed.dcm

Tiada perkara seperti pemampatan RLE lossy.

Split terkandung DICOM:
Untuk membahagikan aliran terkapsul kepada bahagian yang lebih kecil (1024 bait setiap satu):

$ gdcmconv --belah 1024 rle.dcm rle_1024.dcm

Jika bilangan bait ganjil dihantar, ia akan dibundarkan ke bawah kepada nombor genap seterusnya (cth.
1025 -> 1024) kerana DICOM hanya membenarkan nombor genap untuk Panjang Nilai.

Memaksa (semula) mampatan
Kadangkala perlu menggunakan pilihan –force. Secara lalai apabila pengguna menentukan –j2k dan
fail input sudah pun dalam format DICOM berkapsul JPEG 2000 maka tiada operasi diperlukan
tempat-tempat. Dengan menggunakan –force anda memastikan bahawa (semula) operasi mampatan berlaku.

Contoh kehidupan sebenar mengapa anda akan menggunakan –force:

· Apabila Data Pixel tiada data / berlapik dengan sampah

· Apabila anda ingin memastikan GDCM boleh mengendalikan kitaran penyahmampatan & pemampatan semula

Menyahmampatan a Mampat DICOM
$ gdcmconv --raw compressed.dcm uncompressed.dcm

Memampatkan an Tidak terkompresi Icon
Secara lalai apabila memampatkan fail Imej DICOM, gdcmconv tidak akan memampatkan ikon. A
pilihan pengguna perlu dihidupkan untuk memaksa pemampatan Imej Ikon secara eksplisit
Urutan Data Piksel

Sebagai contoh, secara lalai kami tidak akan memampatkan atribut Data Piksel Urutan Imej Ikon:

$ gdcmconv --jpeg gdcmData/simpleImageWithIcon.dcm uncompressed_icon.dcm

Dalam contoh berikut, kami akan memampatkan Data Piksel Jujukan Imej Ikon secara eksplisit
sikap. Dalam kes itu, Sintaks Pemindahan yang sama digunakan untuk kedua-dua Data Piksel utama
dan Data Piksel daripada Urutan Imej Ikon:

$ gdcmconv --jpeg --compress-icon gdcmData/simpleImageWithIcon.dcm compressed_icon.dcm

Menjana an Icon
Untuk beberapa aplikasi mungkin perlu untuk menghasilkan pratonton kecil imej utama kepada
dapat memuatkan pratonton pendek itu dengan cepat dan bukannya imej utama. Kalau macam itu:

$ gdcmconv --raw --generate-icon gdcmData/test.acr test_icon.dcm

Dalam sesetengah kes, elemen Data Piksel utama dinyatakan sebagai piksel yang ditakrifkan pada 16bit. Sejak
Ikon hanya boleh menyimpan paling banyak piksel bersaiz 8bit, operasi skala semula perlu dilakukan.
Untuk memilih selang yang lebih baik untuk melakukan operasi skala semula, pengguna boleh
nyatakan maks min yang digunakan untuk operasi skala semula:

$ gdcmconv --raw --generate-icon --icon-minmax 0,192 gdcmData/012345.002.050.dcm icon_minmax.dcm

menukar yang satah konfigurasi
Selalunya fail RLE dimampatkan menggunakan Konfigurasi Planar yang berbeza (RRR ... GGG...
BBB...) bukannya triplet biasa (RGB ... RGB ... RGB ). Jadi apabila penyahmampatan
Konfigurasi Planar ialah 1. Ini betul-betul sah di DICOM, namun ini adalah
tidak konvensional, dan dengan itu mungkin idea yang baik untuk turut menukar konfigurasi planar dan
tetapkannya kepada lalai:

$ gdcmconv --raw --planar-configuration 0 compressed.dcm uncompressed1.dcm

Untuk membalikkan semula konfigurasi planar fail 'uncompressed1.dcm', cuma lakukan:

$ gdcmconv --raw --planar-configuration 1 uncompressed1.dcm uncompressed2.dcm

RUGI PENUKARAN

Apabila bercakap tentang penukaran tanpa kerugian, terdapat kekaburan yang perlu difahami.
Untuk mencapai nisbah mampatan yang lebih tinggi, ruang warna RGB biasanya tidak digunakan, memihak kepada
satu YBR. Bertukar dari satu ruang warna ke yang lain adalah (tahap bit) tidak rugi.

Untuk butiran lanjut, lihat apakah transformasi tanpa kerugian sebenar seperti yang diterangkan:

http://gdcm.sourceforge.net/wiki/index.php/Color_Space_Transformations

KUALITI KAWALAN

Satu bahagian penting apabila menggunakan gdcmconv ia mempunyai cara untuk mengawal kualiti output.

Anda boleh menggunakan alat pihak ketiga untuk menyemak output gdcmconv adalah betul.

DCMTK / dicom3tools
Menggunakan pelaksanaan DICOM lain seperti yang dari DCMTK atau dicom3tools boleh menjadi baik
proses untuk menyemak output gdcmconv.

· Untuk kegunaan DCMTK: dcmdump

· Untuk kegunaan dicom3tools: dcdump

Untuk rujukan, gdcmconv –raw akan bertindak sebagai dcmdjpeg +cn +px, kerana ia tidak pernah cuba untuk menukar
ruang warna.

VIM: vimdiff
Anda boleh menyediakan editor kegemaran anda untuk membandingkan output, contohnya dalam vim:

autocmd BufReadPre *.dcm set ro
autocmd BufReadPost *.dcm senyap %!dcmdump -M +uc "%"

kemudian hanya lakukan:

$ vimdiff input.dcm output.dcm

vbindiff
Pada UNIX anda boleh membandingkan fail binari secara visual menggunakan arahan vbindiff:

$ vbindiff input.dcm output.dcm

Gunakan gdcmconv dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net