genome-music-galaxyp - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

galaksi muzik genom - Jalankan set lengkap alatan MuSiC secara berurutan.

VERSION

Dokumen ini menerangkan galaksi muzik genom versi 0.04 (2016-01-01 pada 23:10:18)

SINOPSIS

galaksi muzik genom [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--jujukan-jujukan=? --maf-file=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--fail-data-klinikal-kategori=?] [--fail-matriks-mutasi=?] [--permutasi=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-langkau]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--kaedah-ujian-data-numerik=?] [--langkau-gen-mr-rendah] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-anotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--pemangkasan-asing] [--cantum-senyap-sekali] [--langkau-bukan-pengekodan] [--langkau-senyap]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--fail-matrik-korelasi-klinikal=?]

Alat ini mengambil sebagai parameter semua maklumat yang diperlukan untuk menjalankan alat individu. An
contoh penggunaan ialah:

... main muzik \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--reference-sequence input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--genetik-data-jenis gen

DIKEHENDAKI HUJAH

senarai-bam teks
Senarai fail BAM yang dihadkan tab [sample_name normal_bam tumor_bam]

himpunan keluaran teks
Lokasi di mana Galaxy ingin kumpulan output Muzik disimpan

roi-fail teks
Senarai ROI yang dibataskan tab [chr start stop gene_name]

rujukan-urutan teks
Laluan ke jujukan rujukan dalam format FASTA

fail maf teks
Senarai mutasi menggunakan spesifikasi TCGA MAF v2.3

fail laluan teks
Fail dibataskan tab bagi maklumat laluan

PILIHAN HUJAH

output-dir
Direktori tempat fail output dan subdirektori akan ditulis

Nilai lalai '' jika tidak dinyatakan

fail-data-klinikal-numerik teks
Jadual sampel (y) lwn. kategori data klinikal berangka (x)

fail-data-klinikal-kategori teks
Jadual sampel (y) lwn. kategori data klinikal kategori (x)

fail matriks mutasi teks
Simpan matriks sampel-vs-gen yang digunakan semasa pengiraan secara pilihan.

permutasi nombor
Bilangan pilih atur yang digunakan untuk menentukan nilai-P

normal-min-kedalaman Integer
Kedalaman bacaan minimum untuk menganggap asas BAM Normal sebagai dilindungi

tumor-min-depth Integer
Kedalaman bacaan minimum untuk menganggap asas BAM Tumor sebagai dilindungi

min-mapq Integer
Kualiti pemetaan minimum bacaan untuk dipertimbangkan ke arah kiraan kedalaman bacaan

dilangkau persembahan Boolean
Laporkan setiap mutasi yang dilangkau, bukan hanya berapa banyak

Nilai lalai 'false' (--noshow-langkau) jika tidak dinyatakan

noshow-langkau Boolean
Jadikan acara yang dilangkau 'palsu'

gen-untuk-abaikan teks
Senarai gen yang dibataskan koma untuk diabaikan untuk kadar mutasi latar belakang

bmr nombor
Kadar mutasi latar belakang di kawasan yang disasarkan

kehampiran maksimum teks
Jarak AA maksimum antara 2 mutasi

bmr-modifier-file teks
Senarai nilai yang dihadkan tab bagi setiap gen yang mengubah suai BMR sebelum menguji [gene_name
bmr_modifier]

kaedah-ujian-data-numerik teks
Sama ada 'cor' untuk Pearson Correlation atau 'wilcox' untuk Ujian Wilcoxon Rank-Sum untuk
data klinikal berangka.

Nilai lalai 'cor' jika tidak dinyatakan

langkau-rendah-mr-gen Boolean
Langkau ujian gen dengan MR lebih rendah daripada MR latar belakang

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noskip-rendah-mr-gen Boolean
Jadikan langkau-rendah-mr-gen 'salah'

max-fdr nombor
Kadar penemuan palsu maksimum yang dibenarkan untuk gen dianggap sebagai SMG

Nilai lalai '0.2' jika tidak dinyatakan

jenis data genetik teks
Data dalam fail matriks mestilah sama ada data jenis "gen" atau "varian".

wu-anotasi-headers Boolean
Gunakan ini untuk lalai kepada pengepala format anotasi wustl

nowu-anotation-headers Boolean
Jadikan wu-anotasi-pengepala 'palsu'

bmr-kumpulan Integer
Bilangan kelompok sampel dengan BMR yang setanding

Nilai lalai '1' jika tidak dinyatakan

pemotongan berasingan Boolean
Mutasi pemotongan kumpulan sebagai kategori berasingan

Nilai lalai 'false' (--noseparate-truncations) jika tidak dinyatakan

pemotongan hidung Boolean
Jadikan pemotongan berasingan 'palsu'

merge-concurrent-muts Boolean
Mutasi berbilang gen dalam sampel yang sama dianggap sebagai 1

Nilai lalai 'false' (--nomerge-concurrent-muts) jika tidak dinyatakan

nomerge-concurrent-muts Boolean
Jadikan merge-concurrent-muts 'palsu'

langkau-bukan pengekodan Boolean
Langkau mutasi bukan pengekodan daripada fail MAF yang disediakan

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noskip-non-coding Boolean
Jadikan langkau-bukan pengekodan 'salah'

ponteng-senyap Boolean
Langkau mutasi senyap daripada fail MAF yang disediakan

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noskip-senyap Boolean
Jadikan langkau-senyap 'salah'

min-mut-gens-per-path Integer
Laluan dengan gen bermutasi yang lebih sedikit daripada ini akan diabaikan

Nilai lalai '1' jika tidak dinyatakan

glm-model-fail teks
Fail yang menggariskan jenis model, pembolehubah tindak balas, kovarian, dll. untuk GLM
analisis. (Lihat DESKRIPSI).

pemproses Integer
Bilangan pemproses untuk digunakan dalam SMG (memerlukan pakej R 'foreach' dan 'doMC')

Nilai lalai '1' jika tidak dinyatakan

julat aa Integer
Tetapkan seberapa dekat padanan 'hampir' apabila mencari asid amino berhampiran hits

Nilai lalai '2' jika tidak dinyatakan

julat nuc Integer
Tetapkan seberapa dekat padanan 'hampir' apabila mencari kedudukan nukleotida berhampiran hits

Nilai lalai '5' jika tidak dinyatakan

binaan rujukan teks
Letakkan sama ada "Build36" atau "Build37"

Nilai lalai 'Build37' jika tidak dinyatakan

show-known-hits Boolean
Apabila penemuan adalah novel, tunjukkan AA yang diketahui dalam gen tersebut

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noshow-known-hits Boolean
Jadikan rancangan yang terkenal hits 'palsu'

glm-clinical-data-file teks
Ciri klinikal, profil mutasi, data klinikal bercampur lain (Lihat DESKRIPSI).

use-maf-in-glm Boolean
Tetapkan bendera ini untuk menggunakan matriks varian yang dibuat daripada fail MAF sebagai input varian
analisis GLM.

Nilai lalai 'false' (--nouse-maf-in-glm) jika tidak dinyatakan

nouse-maf-in-glm Boolean
Jadikan use-maf-in-glm 'palsu'

omimaa-dir Jalan
folder pangkalan data mutasi asid amino omim

kosmik-dir Jalan
folder pangkalan data mutasi asid amino kosmik

kata kerja Boolean
hidupkan untuk memaparkan output kerja yang lebih besar

Nilai lalai 'benar' jika tidak dinyatakan

noverbose Boolean
Jadikan kata kerja 'palsu'

fail matriks-korelasi-klinikal teks
Simpan matriks sampel-vs-gen yang digunakan secara dalaman semasa pengiraan secara pilihan.

DESCRIPTION

Perintah ini boleh digunakan untuk menjalankan semua alat analisis MuSiC pada set data. Tolonglah
lihat alat individu untuk penerangan lanjut tentang parameter.

PENGARANG

Thomas B. Mooney, MS

KREDIT

Sila lihat kredit untuk muzik genom(1).

Gunakan genome-music-galaxyp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net