Ini ialah geom arahan yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
geom - menganalisis input geometri molekul dalam koordinat Cartesan.
DESCRIPTION
Program yang geom membaca satu set koordinat Cartesan dan menentukan daripada mereka ikatan
jarak (Bohr dan angstrom), sudut ikatan, sudut kilasan, sudut luar satah
(pilihan), momen inersia, dan pemalar putaran.
FILES DIKEHENDAKI
input.dat - Fail input
dan salah satu daripada yang berikut:
geom.dat - fail geometri
file11.dat - fail geometri/kecerunan format PSI
FILES DIJANA
geom.out - fail yang mengandungi analisis
INPUT PILIHAN
. geom program mempunyai pilihan berikut:
-h Cetak maklumat bantuan (pilihan ini).
-aces [nama fail]
Baca input dalam format output ACES, dengan setiap baris terdiri daripada atom
simbol, nombor atom, dan koordinat Cartesan (dalam Bohr). Hujah pilihan
ialah nama fail input geometri, yang lalai kepada geom.dat.
-qchem [nama fail]
Baca input dalam format keluaran QCHEM, dengan setiap baris terdiri daripada atom
nombor, simbol atom, dan koordinat Cartesan (dalam Angstroms). Pilihan
argumen ialah nama fail input geometri, yang lalai kepada geom.dat.
-xyz [nama fail]
Baca input dalam format output XYZ. Baris pertama mengandungi bilangan
atom dan baris kedua ialah baris ulasan. Baris berikutnya masing-masing mengandungi
simbol atom dan koordinat Cartesian XY dan Z (dalam Angstroms). Pilihan
argumen ialah nama fail input geometri, yang lalai kepada geom.dat.
-oop Cetak sudut luar satah, di mana sudut abcd ditakrifkan sebagai sudut yang terbentuk
oleh iklan vektor dan satah yang ditakrifkan oleh atom b, c dan d.
DO_OOP = boolean
Sama seperti suis baris arahan -oop yang diterangkan di atas.
ISOTOP = matriks of nyata/rentetan
Digunakan untuk menentukan jisim yang akan digunakan dalam pengiraan pusat jisim dan
pemalar putaran. Satu tatasusunan disediakan untuk setiap isotopomer untuk dikira.
Tatasusunan boleh mencampurkan nombor titik terapung dengan rentetan yang menetapkan isotop.
Jika tatasusunan ini tidak diberikan dan file11.dat hadir, maka jisim akan ada
diperoleh dengan menukar nombor atom dalam fail11. Jika jisim tidak diberikan oleh
ISOTOPES atau mengikut fail11, maka tiada kuantiti berkaitan jisim akan dikira.
-g [nama fail]
Baca koordinat Cartesian daripada fail selain daripada fail11.dat. Jika nama fail tidak
diberikan, lalai ialah geom.dat. Fail alternatif diandaikan dalam format
serupa dengan geom.dat PSI. Oleh kerana fail tersebut tidak mengandungi nombor atom,
momen inersia dan pemalar putaran tidak dikira jika pilihan ini
digunakan.
READ_GEOM = boolean
Pilihan ini dalam input.dat memberitahu geom untuk membaca geometri daripada geom.dat dalam PSI
format geom.dat.
-a Cetak parameter untuk semua jarak pasangan.
PRINT_ALL_DIST = boolean
Sama seperti -a bendera yang diterangkan di atas.
-d jarak
Hanya mencetak parameter yang melibatkan pasangan atom yang kurang daripada jarak Bohr
berasingan (nilai lalai ialah 4.0 bohr).
PRINT_DISTANCE = nilai
Sama seperti bendera -d yang diterangkan di atas.
-angstrom
Koordinat input adalah dalam angstrom, bukan bohr.
ANGSTROM = boolean
If TRUE, koordinat input adalah dalam angstrom dan bukannya bohr. Lalainya ialah
SALAH.
Contoh berikut adalah untuk mengira maklumat geometri untuk air dengan
beberapa isotop yang berbeza. Geometri dibaca daripada geom.dat dan bukannya daripada
fail11.dat.
geom: (
read_geom = benar
isotop = (
(OHH)
(GELIH)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 Jun 1998 geom(1)
Gunakan geom dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
