Ini ialah arahan getcds.pl yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
getcds.pl - Pengekstrakan CDS daripada pelbagai format anotasi
SINOPSIS
getcds.pl [pilihan] fail input [fail output] [fail input [fail output] ...]
PILIHAN
Pilihan termasuk:
redirect => Dayakan ubah hala semasa runtime. dijelaskan di bawah.
force => membenarkan menulis fail .cds kosong
Jika [fail output] tidak ditentukan, "[fail input].cds" digunakan.
Terdapat banyak sihir gelap yang boleh dilakukan dengan fail .redirect. Ubah hala digunakan
untuk mengubah suai tingkah laku biasa dan boleh digunakan secara global (a .redirect file in
direktori yang sama seperti [fail input]), dan/atau berdasarkan setiap input ([fail input].lencong).
Ubah hala dibaca dalam susunan itu supaya kesan setiap input digunakan di atas global
kesan.
Jika anda telah meninggalkan nama fail apa adanya daripada muat turun Ensembl, Ensembl DB yang sesuai
sumber akan diteka secara automatik.
Ubah hala yang mungkin:
CDS - menukar jenis teg yang dicari apabila dijalankan pada fail bioperl (lalai ialah CDS)
offset - tambah beberapa nilai pada semua koordinat
+bioperl - di atas mana-mana data berasaskan ubah hala lain, juga mengekstrak anotasi melalui bioperl
(menggunakan langsung melumpuhkan parser bioperl secara lalai)
ensembl_build - ambil data dari ensembl (dalam skema yang ditentukan)
ucsc_build - ambil data dari (dalam skema yang ditentukan)
murasaki_synth - mensintesis data anotasi untuk setiap sauh daripada penjajaran (jika ini
direktori, kemudian setiap fail input (cth. input.lav) disemak untuk .anchors yang sepadan
fail (cth. input.anchors).
primer - jenis teg yang hendak dibuat daripada data yang dikumpul daripada data luar (cth:
ensembl, ucsc, atau murasaki). lalai adalah sama seperti cds redirect.
kromosom - memaksa kromosom tertentu dan bukannya berasal dari nama fail
gtf - ekstrak anotasi daripada fail .gtf
Gunakan getcds.pl dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
