Ini ialah arahan gff2ps yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gff2ps - Menghasilkan output grafik PostScript daripada fail GFF.
SINOPSIS
gff2ps [pilihan] -- gff_files
DESCRIPTION
Program ini melukis DotPlots penuh warna daripada fail dengan medan data berformat gff. The
program mengambil sebagai input ciri beranotasi pada jujukan genomik dalam format GFF, dan
menghasilkan output visual dalam PostScript.
PILIHAN
-h Tunjukkan ringkasan pilihan.
-H
Menunjukkan hanya bantuan untuk pilihan yang ditentukan.
-V Mod verbose, laporan penuh dihantar kepada ralat standard (lalai hanya menghantar
Amaran).
-v Mod senyap: Lumpuhkan semua amaran, tiada mesej dihantar kepada ralat standard.
-d Tulis (atau tulis semula jika wujud) fail tersuai lalai.
-D
Cipta fail tersuai lalai baharu dengan nama fail yang diberikan.
-C
Muatkan fail tersuai yang diberikan dan tambahkan pada fail tersuai lalai (.gff2psrc).
-s
Berguna untuk mengubah suai saiz halaman (lalai ialah a4).
-p Menukar orientasi halaman kepada Potret (lalai ialah Landskap).
-G
Menetapkan warna untuk FOREGROUND (lalai ialah hitam).
-g
Menetapkan warna untuk BACKGROUND (lalai ialah putih).
-P <#> Menetapkan bilangan halaman yang diperlukan untuk memisahkan output anda (lalai ialah satu).
-S <#> Zum nukleotida pertama (lalai ialah asal jujukan).
-E <#> Zum nukleotida terakhir (lalai ialah panjang jujukan).
-B <#> Menetapkan blok setiap halaman (lalai ialah satu).
-N <#> Menetapkan nukleotida setiap baris (lalai ialah kedudukan jujukan terbesar daripada input gff-
fail).
-b Sekat dari kiri ke kanan dan dari atas ke bawah (lalai adalah atas ke bawah dahulu).
-L Matikan Pengepala (kawasan Tajuk).
-T
Menentukan tajuk (lalai ialah input nama fail gff).
-t
Menentukan sari kata (lalai ialah tiada).
-l Tidak menunjukkan penomboran halaman.
-O Tidak menunjukkan tarikh.
-o Tidak menunjukkan masa.
-M <#> Bilangan tanda semak utama setiap baris (lalai 10).
-K <#> Skala tanda kutu utama dalam nukleotida, lalai ialah panjang nukleotida untuk garisan
dibahagikan dengan nombor tanda semak utama (lihat pilihan -T).
-m <#> Bilangan tanda semak kecil antara tanda semak utama (lalai 10).
-k <#> Skala tanda kutu kecil dalam lalai nukleotida ialah saiz tanda kutu utama dibahagikan dengan
nombor tanda kutu kecil (lihat pilihan -t).
-w, -f Matikan memaparkan unsur-unsur untaian hadapan(Watson).
-c, -r Matikan memaparkan elemen untaian terbalik(Crick).
-i Matikan memaparkan elemen bebas helai.
-0
Menetapkan warna untuk bingkai "0" (lalai ialah biru).
-1 Menetapkan warna untuk bingkai "1" (lalai ialah merah).
-2 Menetapkan warna untuk bingkai "2" (lalai ialah hijau).
-3 Menetapkan warna untuk bingkai "." (lalai ialah oren).
-n Matikan label untuk kedudukan elemen.
-a Matikan baris CopyRight pada plot.
PERSEKITARAN PELBAGAI
Terdapat tiga pembolehubah persekitaran yang boleh ditetapkan oleh pengguna kepada keutamaan mereka:
+ Anda boleh menentukan laluan di mana GFF2PS boleh mencari fail lalai dengan shell
pembolehubah "GFF2PS_CFDIR". Nilai lalai ialah laluan di mana anda menjalankan GFF2PS.
+ Anda juga boleh menentukan nama fail tersuai lalai yang anda suka dengan pembolehubah
"GFF2PS_CUSTOMFILE", nama fail lalai program untuk fail tersuai ialah ".gff2psrc".
+ GFF2PS perlu menulis beberapa fail sementara dalam direktori dengan kebenaran untuk semasa
pengguna untuk membaca dan menulis. Laluan direktori sementara lalai ditetapkan kepada "/ tmp /"tapi awak boleh
tetapkan laluan direktori sementara yang berbeza menggunakan pembolehubah "GFF2PS_TMP".
Menetapkan vars tersebut dalam Bourne-shell (bash):
eksport GFF2PS_CFDIR="path"
eksport GFF2PS_CUSTOMFILE="nama_fail"
eksport GFF2PS_TMP="path"
Menggunakan C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "laluan"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "nama_fail"
setenv GFF2PS_TMP "laluan"
KOMENTAR
* Warna yang ditakrifkan ialah:
Warna asas: hitam putih
Warna Berubah: kelabu magenta violet biru langit biru cyan hijau laut hijau limau hijau kuning
oren merah coklat
Anda boleh mendapatkan lima warna warna daripada Variable Colors dengan "verydark", "dark", "light" dan
awalan "sangat ringan". Satu contoh: sangat gelap laut hijau laut hijau laut hijau muda laut hijau
hijau laut yang sangat terang
* Saiz Halaman yang ditakrifkan ialah:
Dari A0 hingga A10, dari B0 hingga B10, 10x14, eksekutif, folio, lejar, undang-undang, surat, kuarto,
kenyataan dan tabloid.
Gunakan gff2ps dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
